View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2525_low_26 (Length: 238)

Name: NF2525_low_26
Description: NF2525
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2525_low_26
NF2525_low_26
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (15-238)||(7425066-7425289)
chr2 (15-238)||(11357024-11357265)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-238)||(12490592-12490829)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 15 - 238
Target Start/End: Original strand, 7425066 - 7425289
Alignment:
Q  15 atattaaacaatgcggtcactcttgagaacgttatgcctactattttcttaacttaggtgtgctttaggtgctgcttgtttgttaataagagagacttcc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7425066 atattaaacaatgcggtcactcttgagaacgttatgcctactattttcttaacttaggtgtgctttaggtgctgcttgtttgttaataagagagacttcc 7425165  T
Q  115 ctataactcaaggtgttggaattttgcaacaatgagtgattggtcgatgaataaagggggatatgctactatatattagaaacatggcaagttaaaggtg 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7425166 ctataactcaaggtgttggaattttgcaacaatgagtgattggtcgatgaataaagggggatatgctactatatattagaaacatggcaagttaaaggtg 7425265  T
Q  215 ttgaagtttaagaatgtcgtggtc 238  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  7425266 ttgaagtttaagaatgtcgtggtc 7425289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 11357265 - 11357024
Alignment:
Q  15 atattaaacaatgcggtcactcttgagaacgttatgcctactattttcttaacttaggt----gtgctttag--------------gtgctgcttgtttg 96  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    ||||||| |              ||||||||| ||||    
T  11357265 atatcaaacaatgcagtcactcttgagaacgttatgcctactattttcttaacttatgtatgtgtgctttggtgaccagccttttagtgctgcttatttg 11357166  T
Q  97 ttaataagagagacttccctataactcaaggtgttggaattttgcaacaatgagtgattggtcgatgaataaagggggatatgctactatatattagaaa 196  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||    
T  11357165 ttgataagagagacttccttataactcaaggtgttggaattttgcaacaatgagtggttggttgatggataaagcggaatatgctactatatattaggaa 11357066  T
Q  197 catggcaagttaaaggtgttgaagtttaagaatgtcgtggtc 238  Q
    ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11357065 catggaaaatttaaggtgttgaagtttaagaaggtcgtggtc 11357024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 3e-63; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 238
Target Start/End: Original strand, 12490592 - 12490829
Alignment:
Q  15 atattaaacaatgcggtcactcttgagaacgttatgcctactattttcttaacttaggtgtgctttag--------------gtgctgcttgtttgttaa 100  Q
    |||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |              ||| |||||||||||| |    
T  12490592 atatcaaacaatgcaggcactcttgagaacgttatgcctactatattcttaacttatgtgtgctttggtgacaagccttttagtgttgcttgtttgttga 12490691  T
Q  101 taagagagacttccctataactcaaggtgttggaattttgcaacaatgagtgattggtcgatgaataaagggggatatgctactatatattagaaacatg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  12490692 taagagagacttccctataactcaaggtgttggaattttgcaacaatgagtggttggttgatggataaaggggaatatgctactatatattaggaacatg 12490791  T
Q  201 gcaagttaaaggtgttgaagtttaagaatgtcgtggtc 238  Q
     ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12490792 acaaatttaaggtgttgaagtttaagaaggtcgtggtc 12490829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University