View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2527_high_3 (Length: 454)
Name: NF2527_high_3
Description: NF2527
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2527_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 8060596 - 8060167
Alignment:
| Q |
19 |
aatgtcttcaataacaatgatggatttgttagatgtgttcctcgtgactctcatgagatctgagttactatacacaccgcttaaatccaaatcatacaca |
118 |
Q |
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| T |
8060596 |
aatgtcttcaataacaatgatggatttgttagatgtgttcctcgtgactctcatgagatctgagttactatacacaccgcttgaatccaaatcatacaca |
8060497 |
T |
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| Q |
119 |
tcaaatttcagatat--tttgccatagcagcaactagggtagattttccttttcctggaggtccatgcaataggtacccacgtttccaaggcttaccaac |
216 |
Q |
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| T |
8060496 |
tcaaatttcagatatattttgccatagcagcaactagggtagattttcctgttcctggaggtccatgcaataggtacccacgtttccaaggcttaccaac |
8060397 |
T |
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| Q |
217 |
ttttttatacatctttttcctcctcaagaatctatctaaatcatcaattatagctttctttaaatcaggatccaaagcaattgaatcaaatgaagctcga |
316 |
Q |
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| T |
8060396 |
ttttttatacatctttttcctcctcaagaatctatctaaatcatcaattatagctttctttaaatcaggatccaaagcaattgaatcaaatgaagctgga |
8060297 |
T |
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| Q |
317 |
tgattaaaactactttgcagacaagcaccttgcattgaatggatcttgagagttctattatctgcttgcatagcttcataagtgcctaaaacatgtggaa |
416 |
Q |
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| T |
8060296 |
tgattaaaactactttgtagccaagcaccttgcaatgaatggatcttgagagttctattatctgcttgcatagcttcataagggcttaaaacatgtggaa |
8060197 |
T |
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| Q |
417 |
tatacttctccattactttatccctatgct |
446 |
Q |
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| T |
8060196 |
tatacttctccattactttatctctatgct |
8060167 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 8052404 - 8051974
Alignment:
| Q |
19 |
aatgtcttcaataacaatgatggatttgttagatgtgttcctcgtgactctcatgagatctgagttactatacacaccgcttaaatccaaatcatacaca |
118 |
Q |
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| T |
8052404 |
aatgtcttcaaaaacaatgatagatctgttagaagtctctctcatggctctcatgagttctgagtttgaaaacactgagctaagatccaaatcatacaca |
8052305 |
T |
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| Q |
119 |
tcaaatttcagatattttgccatagcagcaactagggtagattttccttttcctggaggtccatgcaataggtacccacgtttccaaggcttaccaactt |
218 |
Q |
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| T |
8052304 |
tcaaatttcaaatactttgccatagcagcaataagactagattttcctgttcctggtggaccatacaataagtaaccacgtttccaaggcttaccaactt |
8052205 |
T |
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| Q |
219 |
ttttatacatctttttcctcctcaagaatctatctaaatcatcaattatagctttctttaaatcaggatccaaagcaattgaatcaaatgaagctcgatg |
318 |
Q |
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| T |
8052204 |
ttttatacaactttttcctcctcaaaaatcgatctaaatcatcaattatagaattttttagatcaggatccatagcaagtgaatcaaatgaagcaggatg |
8052105 |
T |
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| Q |
319 |
attaaaactactttgcagacaag---caccttgcattgaatggatcttgagagttctattatctgcttgcatagcttcataagtgcctaaaacatgtgga |
415 |
Q |
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| T |
8052104 |
tgttaaatcactttgtttccatggtccagattgcattgaatgaatcttaagagttttatttcctgcttttatagcttcataagtgcttaaaacatgtgga |
8052005 |
T |
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| Q |
416 |
atatacttctccattactttatccctatgct |
446 |
Q |
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| T |
8052004 |
atatacttttccattactttatctctatgct |
8051974 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 191
Target Start/End: Original strand, 7932004 - 7932178
Alignment:
| Q |
19 |
aatgtcttcaataacaatgatggatttgttagatgtgttcctcgtgactctcatgagatctgagttactatacacaccgcttaaatccaaatcatacaca |
118 |
Q |
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| T |
7932004 |
aatgtcttcaataacaatgatggatttgttagatgtgttcctcatgactctcatgagatatgagttactatacacaccgcttaaatccaaatcatacaca |
7932103 |
T |
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| Q |
119 |
tcaaatttcag--atattttgccatagcagcaactagggtagattttccttttcctggaggtccatgcaataggt |
191 |
Q |
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|
| T |
7932104 |
tcaaatttcagatatattttgccatagcagcaactagggtagattttcctgttcctggaggtccatgcaataggt |
7932178 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 233 - 306
Target Start/End: Original strand, 32360293 - 32360366
Alignment:
| Q |
233 |
ttcctcctcaagaatctatctaaatcatcaattatagctttctttaaatcaggatccaaagcaattgaatcaaa |
306 |
Q |
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| T |
32360293 |
ttcctcctcaaaaattgatctaaatcatcaattataactttctttagatgacgttccaaagcaagtgagtcaaa |
32360366 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 446
Target Start/End: Original strand, 47547140 - 47547567
Alignment:
| Q |
19 |
aatgtcttcaataacaatgatggatttgttagatgtgttcctcgtgactctcatgagatctgagttactatacacaccgcttaaatccaaatcatacaca |
118 |
Q |
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| T |
47547140 |
aatgtcttcaataacaatgatggatgtgttagatgtgttcctcatgactctcatgagatctgagttactatacacaccgcttaaatccaaatcatacaca |
47547239 |
T |
|
| Q |
119 |
tcaaatttcagatattttgccatagcagcaactagggtagattttccttttcctggaggtccatgcaataggtacccacgtttccaaggcttaccaactt |
218 |
Q |
| |
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|
| T |
47547240 |
tcaaatttcagatattttgccatagcagcaactagggtagattttcctgttcctggaggtccatgcaataggtacccacgtttccaaggcttgccaactt |
47547339 |
T |
|
| Q |
219 |
ttttatacatctttttcctcctcaagaatctatctaaatcatcaattatagctttctttaaatcaggatccaaagcaattgaatcaaatgaagctcgatg |
318 |
Q |
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| T |
47547340 |
ttttatacatctttttcctcctcaagaatctatctaaatcatcaattatagctttctttaaatcaggatccaaagcaattgaatcaaatgaagctggatg |
47547439 |
T |
|
| Q |
319 |
attaaaactactttgcagacaagcaccttgcattgaatggatcttgagagttctattatctgcttgcatagcttcataagtgcctaaaacatgtggaata |
418 |
Q |
| |
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||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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| T |
47547440 |
attaaaactactttgaagccaagcaccttgcaatgaatggatcttgagagttctattatctgcttgcatagcttcataagtgcttaaaacatgtggaata |
47547539 |
T |
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| Q |
419 |
tacttctccattactttatccctatgct |
446 |
Q |
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| T |
47547540 |
tacttctccatcactttatatctatgct |
47547567 |
T |
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Back To:
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