View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2530_high_1 (Length: 730)

Name: NF2530_high_1
Description: NF2530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2530_high_1
NF2530_high_1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (154-711)||(21606913-21607470)
chr8 (167-448)||(21604636-21604915)
chr8 (248-342)||(21634603-21634697)
chr8 (327-408)||(21609724-21609805)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (154-712)||(38030940-38031501)
chr3 (154-650)||(38024550-38025049)
chr3 (167-440)||(50909939-50910210)
chr3 (167-408)||(38028686-38028927)
chr3 (167-408)||(38040001-38040242)
chr3 (154-408)||(38033695-38033953)
chr3 (167-608)||(38036511-38036954)
chr3 (154-422)||(55084752-55085020)
chr3 (154-334)||(50911863-50912043)
chr3 (167-379)||(50904741-50904953)
chr3 (166-379)||(48840661-48840873)
chr3 (167-374)||(38043882-38044089)
chr3 (429-643)||(50911606-50911825)
[»] chr4 (60 HSPs)
chr4 (1-338)||(27570039-27570376)
chr4 (1-336)||(27420218-27420556)
chr4 (1-329)||(27425626-27425953)
chr4 (51-336)||(27415487-27415769)
chr4 (80-336)||(27412562-27412812)
chr4 (167-376)||(17970278-17970487)
chr4 (80-335)||(27444787-27445033)
chr4 (24-326)||(27565953-27566253)
chr4 (84-362)||(27557394-27557663)
chr4 (1-336)||(27563338-27563681)
chr4 (79-342)||(27423113-27423376)
chr4 (147-359)||(27526081-27526293)
chr4 (152-359)||(27498379-27498586)
chr4 (147-362)||(27502773-27502988)
chr4 (147-362)||(27513742-27513957)
chr4 (167-335)||(27431141-27431309)
chr4 (147-342)||(27486942-27487137)
chr4 (232-336)||(27503966-27504070)
chr4 (147-366)||(27469419-27469638)
chr4 (147-342)||(27479860-27480055)
chr4 (174-336)||(27468319-27468481)
chr4 (147-357)||(27501276-27501486)
chr4 (174-336)||(27514877-27515039)
chr4 (147-342)||(27505688-27505883)
chr4 (147-342)||(27523389-27523584)
chr4 (144-336)||(27585644-27585836)
chr4 (174-381)||(27475526-27475733)
chr4 (152-335)||(27554273-27554456)
chr4 (172-334)||(27485937-27486099)
chr4 (172-385)||(27478826-27479039)
chr4 (147-347)||(27476646-27476846)
chr4 (174-386)||(27508838-27509050)
chr4 (232-336)||(27524568-27524672)
chr4 (154-329)||(27497321-27497496)
chr4 (172-404)||(27556304-27556535)
chr4 (147-362)||(27500304-27500519)
chr4 (172-336)||(27506682-27506846)
chr4 (169-328)||(27414304-27414463)
chr4 (174-324)||(27489946-27490096)
chr4 (232-328)||(27411456-27411552)
chr4 (172-328)||(27424514-27424670)
chr4 (172-328)||(27559240-27559396)
chr4 (147-362)||(27473851-27474066)
chr4 (147-362)||(27507779-27507994)
chr4 (232-358)||(27567299-27567425)
chr4 (277-358)||(27460567-27460648)
chr4 (147-357)||(27516580-27516790)
chr4 (277-362)||(27466910-27466995)
chr4 (270-327)||(27571705-27571762)
chr4 (172-308)||(27527145-27527281)
chr4 (271-342)||(27502121-27502192)
chr4 (270-327)||(27419072-27419129)
chr4 (280-341)||(27495628-27495689)
chr4 (172-367)||(27446131-27446326)
chr4 (81-126)||(27498326-27498371)
chr4 (280-336)||(27600645-27600701)
chr4 (172-328)||(27421931-27422091)
chr4 (185-328)||(27540004-27540147)
chr4 (81-126)||(27501228-27501273)
chr4 (81-126)||(27516793-27516838)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (167-376)||(3073548-3073757)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (166-336)||(1756749-1756919)
chr5 (172-377)||(1754672-1754877)
chr5 (171-326)||(1754243-1754398)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 445; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 445; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 154 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 21607470 - 21606913
Alignment:
Q  154 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 253  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21607470 tcaaaagttgtgaatgtaccaaagggatatcttgcggtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccgagcttcct 21607371  T
Q  254 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcac 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21607370 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacggttccttgcacagaagatattttcatggaaattac 21607271  T
Q  354 ttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttaggtttgtaaagan 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||     
T  21607270 ttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatattatagtcatgatttagatttgtaaagat 21607171  T
Q  454 nnnnnncccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgttgttatttctttctaattctaatc 553  Q
           ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  21607170 tttttttccttttcatacctttggaatgggttagcattgtccatctgaatgacaaattcaggaagagattgtttgttattatttatttctaattctaatc 21607071  T
Q  554 ataatgacacattgtattcagcaactcaaagggctcttatatgcttctatttataagttacaaaactaatgattacttgggataaaaataaagtatatat 653  Q
    ||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21607070 ataatgacacactacattcaacaactcaaagggctcttatatgcttctatttataagttacaaaactaatgattacttgggataaaaataaagtatatat 21606971  T
Q  654 gtgtttattaaaactgcgatgctatatatagcaaatgcatcttcgtaatttgattgct 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21606970 gtgtttattaaaactgcgatgctatatatagcaaatgcatcttcgtaatttgattgct 21606913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 167 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 21604915 - 21604636
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  21604915 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtaagtaggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacatgtt 21604816  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||| || | || ||||||| |||||||    
T  21604815 gagtcaagacgaggaagaattaggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttcaat 21604716  T
Q  367 gggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttaggtttgta 448  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | | ||||  ||| |||||||| |||||| ||||||    
T  21604715 gggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagcaagaaaattttg--tacaatagtcatcatttagatttgta 21604636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 248 - 342
Target Start/End: Original strand, 21634603 - 21634697
Alignment:
Q  248 cttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 342  Q
    |||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  21634603 cttcgtttcaagacttgctgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcgaatgggcggcttcacaattccttgcaccgaagatgttttc 21634697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 327 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 21609805 - 21609724
Alignment:
Q  327 cacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagc 408  Q
    ||||||||| |||||| || | || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  21609805 cacagaagacattttcttgcatattacttctcacttcaatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagc 21609724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 443; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 154 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 38031501 - 38030940
Alignment:
Q  154 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 253  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38031501 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 38031402  T
Q  254 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcac 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  38031401 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagacattttcatggaaattac 38031302  T
Q  354 ttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttaggtttgtaaagan 453  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||     
T  38031301 ttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatattatagtcatgatttagatttgtaaagat 38031202  T
Q  454 nnnnnncccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgttgttatttctttctaattctaatc 553  Q
           ||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  38031201 tttttttccttttcatacctttggaatgggttagcattgtccatctgaatgacaaattcaggaagagattgtttgttattatttatttctaattctaatc 38031102  T
Q  554 ataatgacacattgtattcagcaactcaaagggctcttatatgcttctattta---taagttacaaaactaatgattacttgggataaaaataaagtata 650  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38031101 ataatgacacactacattcaacaactcaaagggctcttatatgcttctatttacattaagttacaaaactaatgattacttgggataaaaataaagtata 38031002  T
Q  651 tatgtgtttattaaaactgcgatgctatatatagcaaatgcatcttcgtaatttgattgcta 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38031001 tatgtgtttattaaaactgcgatgctatatatagcaaatgcatcttcgtaatttgattgcta 38030940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 154 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 38025049 - 38024550
Alignment:
Q  154 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 253  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38025049 tcaaaagctgtgaatgtaccaaagggctatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 38024950  T
Q  254 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcac 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  38024949 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagacattttcatggaaattac 38024850  T
Q  354 ttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttaggtttgtaaagan 453  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||       
T  38024849 ttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttagatttgtaaaatt 38024750  T
Q  454 nnnnnncccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttgttgttatttctttctaattctaatc 553  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38024749 ttttttcccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagagattgtttgttgttatttctttctaattctaatc 38024650  T
Q  554 ataatgacacattgtattcagcaactcaaagggctcttatatgcttctattta---taagttacaaaactaatgattacttgggataaaaataaagtata 650  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  38024649 ataatgacacattgtattcaacaactcaaagggctcttatatgcttctatttacattaagttacaaaactaatgattgcttgggatgaaaattaagtata 38024550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 167 - 440
Target Start/End: Original strand, 50909939 - 50910210
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  50909939 atgtgccaaagggttatcttgcagtgtatgttggagagcaaatgctgcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacttgtt 50910038  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    || |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| || |||| |||||||||||||||    
T  50910039 gaatcaagtggaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtcttcttgcaaattacttctcgcttcaat 50910138  T
Q  367 gggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgattta 440  Q
    | |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||  ||| ||||||||||||||    
T  50910139 gagctataaatctttcaataaaggagactgacatagattagcagggaaattttg--tacaatagtcatgattta 50910210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 167 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 38028927 - 38028686
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  38028927 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgtt 38028828  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||| || | || ||||||| |||||||    
T  38028827 gagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttcaat 38028728  T
Q  367 gggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38028727 gggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagc 38028686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 167 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 38040242 - 38040001
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  38040242 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaagcgatttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcatttcaaaacctgtt 38040143  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||||| || | || ||||||| |||||||    
T  38040142 gagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaagacgttttcttgcatattacttctcacttcaat 38040043  T
Q  367 gggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38040042 gggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagc 38040001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 154 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 38033953 - 38033695
Alignment:
Q  154 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 253  Q
    ||||||||  || ||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  38033953 tcaaaagcattgaatgtgccaaagggctatcttgcagtgtacattggagagcaaatgaagcggtttgttatccccacgtcatacttgaaccaagcttcat 38033854  T
Q  254 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatcc----aatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaa 349  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    |||||| ||| |||| ||||| |||||||||||| ||||| || | |    
T  38033853 ttcaaaacttgttgagtcaagccgaggaagaatttggatatgaccatccaattaatgggcggcatcacaattccctgcacagaagatgttttcttgcata 38033754  T
Q  350 tcacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagc 408  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38033753 ttacttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaaggagactgacatagattagc 38033695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 167 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 38036954 - 38036511
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || ||    
T  38036954 atgtgccaaagggctatcttgcagtgtacgttggagagcaaatgaaacggtttgttgtccccatgccatacttgaaccaagcttcatttcaaaatttgtt 38036855  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |  ||||| || | || ||||||| |||||||    
T  38036854 gagtcaagccgaggaagaattcggatatgaccatccaatgggcggcctcacaattccttgcacagaatacgttttcttgcatattacttctcacttcaat 38036755  T
Q  367 gggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgtatactatagtcatgatttaggtttgtaaagannnnnnnccctttt 466  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  || | | ||||  ||| ||||| ||   |||| ||||||||||        | ||||    
T  38036754 gggctataaatcttacactataggagactgacatagattagaaagaaaattttg--tacaatagtgatcgcttagatttgtaaagattttatttcatttt 38036657  T
Q  467 cctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaa----attcagcaagacattgtttgttgttatttctttctaattctaatcataatgaca 562  Q
    |||||| |||||||| |||||  ||||||||||||| |||||    |||||| || | ||| |||||| | ||||| |||||||  |||||||||||| |    
T  38036656 cctacctttggaatgtgttagaattgtccatctgaatgacaaattcattcaggaacaaattatttgttataatttcattctaatcataatcataatgaaa 38036557  T
Q  563 cattgtattcagcaactcaaagggctcttatatgcttctatttata 608  Q
     | |  ||||| ||||||||  || || ||||||||||||||||||    
T  38036556 gaatacattcaacaactcaattggatcctatatgcttctatttata 38036511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 154 - 422
Target Start/End: Original strand, 55084752 - 55085020
Alignment:
Q  154 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 253  Q
    |||||| ||||| |||||||||| || | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| | || |    
T  55084752 tcaaaatctgtgaatgtgccaaaagggtgtcttgcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcttacttgaaccaaccatcat 55084851  T
Q  254 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcac 353  Q
    ||||| |||| |||||||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |  | || ||    
T  55084852 ttcaagacttgttgagtcgggcggaggaagaatttggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttctttcatattac 55084951  T
Q  354 ttctcgcttcaatgggctataaatcttacactaaagaagactgacatagattagctaggacactttgta 422  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55084952 ttctcgcttcaatgaactataaatcttacactgaaagagattgacatagattagctaggacattttgta 55085020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 154 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 50912043 - 50911863
Alignment:
Q  154 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 253  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  | ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  50912043 tcaaaagttgtgaatgtgccaaagggctatcttgcggtatatgttggagacaagatgaaacggtttgtgatccccaagtcatacttgaaccaagcttcat 50911944  T
Q  254 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaag 334  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  50911943 ttcaaaacttgttgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcacccaatgggtggcctaacaattccttgcacagaag 50911863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 167 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 50904953 - 50904741
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||| |||| |||||| |||| ||    
T  50904953 atgtgccaaagggatatcttgcagtgtacgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccatatgtcctacttgaaccaaacttcatttcaagacttgtt 50904854  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||  || | ||||||||||||||||||    
T  50904853 gagtcgagcagaggatgaattcggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcagagaagaggtttttttgcatatcacttctcgcttcaat 50904754  T
Q  367 gggctataaatct 379  Q
    ||||| |||||||    
T  50904753 gggctgtaaatct 50904741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 166 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 48840873 - 48840661
Alignment:
Q  166 gatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttat 265  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || || |||||| | |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||| |||| |    
T  48840873 gatgtgccaaagggatatcttgcattgtacgtcggagaggagatgaagcgatttgtaatccccatgccatacttgaaccaagcctcatttcaagacttgt 48840774  T
Q  266 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaa 365  Q
    ||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || | || |||  | |||||||    
T  48840773 tgagt-aagtggagaaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgttttcttgcacattactgttagcttcaa 48840675  T
Q  366 tgggctataaatct 379  Q
    ||||||||||||||    
T  48840674 tgggctataaatct 48840661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 167 - 374
Target Start/End: Original strand, 38043882 - 38044089
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||  |    
T  38043882 atgtgccaaagagctatcttgcagtgtactttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctatgtcatacttgaatcaaacttcgtttcaagacttgct 38043981  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| | ||||| ||    | |||||||||||||||    
T  38043982 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggcggcctcacaattccttgcaccgaaggtgttttcttgcgtgttacttctcgcttcaat 38044081  T
Q  367 gggctata 374  Q
    ||| ||||    
T  38044082 gggatata 38044089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 429 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 50911825 - 50911606
Alignment:
Q  429 agtcatgatttaggtttgtaaagannnnnnncccttttcctaccattggaatgggttagccttgtccatctgaaagacaaattcagcaagacattgtttg 528  Q
    ||||||||||||| ||||||||||       |||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||| ||    
T  50911825 agtcatgatttagatttgtaaagaatttttccccttt-cctgcctttggaatgggttagcattgtccatctgaaggacaatttcaggaagagattgtatg 50911727  T
Q  529 ttgttatttc-----tttctaattctaatcataatgacacattgtattcagcaactcaaagggctcttatatgcttctattt-ataagttacaaaactaa 622  Q
    || ||||||      |||| ||||||||||||||||||    | |||||| || |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  50911726 ttattatttactttatttccaattctaatcataatgacttgatatattcaacacctcaaagggcttctatatgcttctattttataagttacaaaactaa 50911627  T
Q  623 tgattacttgggataaaaata 643  Q
    |||||  ||||||||||||||    
T  50911626 tgattgtttgggataaaaata 50911606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 60)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 27570376 - 27570039
Alignment:
Q  1 acatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagtttttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaaaaatgggtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570376 acatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagtttttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaaaaatgggtt 27570277  T
Q  101 ttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttgg 200  Q
    |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27570276 ttcgtccccctggtatcatcagaagggcatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttgg 27570177  T
Q  201 agagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcat 300  Q
    |||| ||  || ||||| ||| |||||| | |||||||| | |||| |||| |||||| ||||  |||||||||| |||||||| || ||||||||||||    
T  27570176 agagaaacagacgcggtatgtgatccccgtatcatacttaagccaaccttcatttcaagacttgctgagtcaagctgaggaagagttcggatatgatcat 27570077  T
Q  301 ccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatat 338  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  27570076 cccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagatat 27570039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Original strand, 27420218 - 27420556
Alignment:
Q  1 acatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagttt---ttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaaaaatgg 97  Q
    ||||||||||||||||| || | |||||||||||  ||||||||||||||   ||||||  ||||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||||    
T  27420218 acatcctaaagcattcagatttcaaaaacttggtctttgcttaaaagtttattttatttttaaaccatttcttctaaagttttaacacatacaacaatgg 27420317  T
Q  98 gttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgt 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27420318 gttttcgtttccctggtatcatcagaaaggcatcattttctgcaaaccgatcagcttcaaaatctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgt 27420417  T
Q  198 tggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgat 297  Q
    ||||||| ||  || ||||| | | |||||| | |||||||||| |||| |||| ||||||  |||  |||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  27420418 tggagagaaacagacgcggtatttaatccccgtatcatacttgagccaaccttcatttcaaggcttgctgagtcaagttgaggaagagtttggatatgat 27420517  T
Q  298 catccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27420518 catcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagat 27420556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 329
Target Start/End: Original strand, 27425626 - 27425953
Alignment:
Q  1 acatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagtttttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaaaaatgggtt 100  Q
    |||||||||| ||||| ||| | ||||||||| || ||||||| | || ||| |||||||   | | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  27425626 acatcctaaaccattccaatttcaaaaacttgcttcttgcttacaggtctttttttaaaactgaat-attctcaagttttaacacatacaacaatgggtt 27425724  T
Q  101 ttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttgg 200  Q
    |||||||  ||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425725 ttcgttttgctggtatcatcagaaaggcatcattttctgcaaaccgatcagcttcgaaagctgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttgg 27425824  T
Q  201 agagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcat 300  Q
    |||| ||   ||||||| ||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||||||   |||||||| |||||||||||||||    
T  27425825 agagaaacaaaagcggtatgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcatttcaagacttattgagtcaatttgaggaagagtttggatatgatcat 27425924  T
Q  301 ccaatgggtggcctcacgattccttgcac 329  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||    
T  27425925 cccatgggtggcctcaccattccttgcac 27425953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 51 - 336
Target Start/End: Original strand, 27415487 - 27415769
Alignment:
Q  51 ttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatca 150  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |  ||| ||||||| || ||||  |    
T  27415487 ttattttaaaacaatttcttctcaagttttaacacatacaacaatgggttttcgtgtccctagtatcatcagaaagtcatcattttctgcaagccgagta 27415586  T
Q  151 gcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagctt 250  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||   |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| | |    
T  27415587 atttcaaaagttgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggaaaacaaa---agcgatttgtgatccccatatcatacttgaaccaaccat 27415683  T
Q  251 cctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
    | |||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27415684 cgtttcaagacttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcattccatgggtggcctcaccattccttgcacagaagat 27415769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 80 - 336
Target Start/End: Original strand, 27412562 - 27412812
Alignment:
Q  80 taacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaaggg 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||  ||||||||||    
T  27412562 taacacatacaaaaatgggttttcgtttctctggtatcatcagaagggcatcattttctgcaaaccgagcagtttcaaaagctgttgacatgccaaaggg 27412661  T
Q  180 atatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagag 279  Q
    |||| |||| || |||||||||||      ||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||| | |  |||||| |||||||||||||||| ||     
T  27412662 atatattgccgtgtatgttggaga------gaaacggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccattatttcaagacttattgagtcaagctgaa 27412755  T
Q  280 gaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27412756 gaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcacggaagat 27412812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 167 - 376
Target Start/End: Original strand, 17970278 - 17970487
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||| |||||| ||||  |    
T  17970278 atgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgct 17970377  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    |||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  || |  | |||||| ||||||||    
T  17970378 gagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtttttttgcatgttacttctagcttcaat 17970477  T
Q  367 gggctataaa 376  Q
    || |||||||    
T  17970478 ggtctataaa 17970487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 80 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 27445033 - 27444787
Alignment:
Q  80 taacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaaggg 179  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||         ||| ||||| | || |||||||||  |||||||||||||||||    
T  27445033 taacacatacaagaatgggttttcgtttaaccggtatcatcagaaggg---------ctgcaaaccaaacatcttcaaaaggcgtggatgtgccaaaggg 27444943  T
Q  180 atatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagag 279  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||| || |||||||||| |||| | || |||||| | ||||||| |||||| |||    
T  27444942 atatcttgcagtatacgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgagccaatcatcatttcaagaattattgaatcaagccgag 27444843  T
Q  280 gaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 335  Q
    ||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  27444842 gaacaattcggatatgaccatccaatgggtggtctcacaattccttgcagagaaga 27444787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 27566253 - 27565953
Alignment:
Q  24 aaaaacttggttattgcttaaaagtttttatttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcaga 123  Q
    ||||||||| || ||||||| |||| ||| ||  ||||||| || ||||||||| | ||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||| |    
T  27566253 aaaaacttgcttcttgcttacaagtctttttt--aaaaccaatttttctcaagtttgaacgcatacagcaatgggttttcgtttccctagtattatcaaa 27566156  T
Q  124 agggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgtta 223  Q
    |||| ||| |||  |||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||   ||||| ||||| |    
T  27566155 agggcatcatttgttggaaaccgagcagtttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatcttgcagtgtatgttggagagaaacaaaagcgatttgtga 27566056  T
Q  224 tccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattcc 323  Q
    ||||||| |||||| |||||||| | |  |||||| ||||  |||  ||||  ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27566055 tccccatatcatacctgaaccaaccattgtttcaagacttgctgatacaagttgaggaagagcatggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcc 27565956  T
Q  324 ttg 326  Q
    |||    
T  27565955 ttg 27565953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 84 - 362
Target Start/End: Original strand, 27557394 - 27557663
Alignment:
Q  84 acatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatat 183  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||         ||||| | || ||||||| | |||||||||||||| |||||||    
T  27557394 acatataagaatgggttttcgtttacctgttatcatcagaagggcatc---------aaaccaagcatcttcaaagggtgtggatgtgccaaggggatat 27557484  T
Q  184 cttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaag 283  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | || |||||| | ||  ||| |||||| ||||||     
T  27557485 cttgccgtatatgttggagaggaaatgaagaggtttgtgatcccaatgtcatacttaaaccaaccatcatttcaagaattgctgaatcaagctgaggaac 27557584  T
Q  284 aatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgctt 362  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||| | || |||||||| |||||    
T  27557585 aatttgaatatgttcatccaatgggtggtctcactattccatgcagagaagatgttttcttagatatcacttcgcgctt 27557663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 27563681 - 27563338
Alignment:
Q  1 acatcctaaagcattcaaatctgaaaaacttggttattgcttaaaagtttttat---------ttaaaaaccatttattctcaagtgttaacacatacaa 91  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |         |||||||    || ||||||||| ||||||||  ||     
T  27563681 acatcctaaagcattcaaatttcaaaaacttggttattgcttaaaagtttttttgttctttttttaaaaa----ttcttctcaagttttaacacactcag 27563586  T
Q  92 aaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctt---tttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgc 188  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| |   || ||  || |||||||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  27563585 caatgggttttcgtttacctggtatcattagaaggtcatcatcgtttacttcaagccgatcagttacaaaagttgtggacgtgccaaagggctatcttgc 27563486  T
Q  189 agtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaattt 288  Q
    ||| || ||||||||  ||   ||| |  |||| |||||| | ||||||||||||||| | |  |||||| | ||  |||||||||| || ||||| |||    
T  27563485 agtgtacgttggagataaacaaaagagaattgtgatccccgtatcatacttgaaccaaacattgtttcaagatttgctgagtcaagccgaagaagagttt 27563386  T
Q  289 ggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27563385 ggatatgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcactgaagat 27563338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 79 - 342
Target Start/End: Original strand, 27423113 - 27423376
Alignment:
Q  79 ttaacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagggaatctttttctggaaaccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagg 178  Q
    ||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||  || ||||||| ||||||| ||   |||||||||| |||  ||||||||     
T  27423113 ttaacacatacaacaatgggtatccgtttctctggtattatcagaagggcctcattttctgcaaaccgagcaatatcaaaagctgcggacatgccaaaga 27423212  T
Q  179 gatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcaga 278  Q
    |||||||||| |||||||||||| || ||  ||  |||  ||| |||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| | || ||||||||||| ||    
T  27423213 gatatcttgctgtatatgttggatagaaacagacacggcatgtgatccgcatatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgttgagtcaagccga 27423312  T
Q  279 ggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 342  Q
    |||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||    
T  27423313 ggaagagtttggttacaatcatcccatgggtggcctcaccgttccttgcacggaagatgttttc 27423376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 147 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 27526293 - 27526081
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| || ||  | |||||||||||||||    
T  27526293 atcatcttcaaaaggtgtcgatgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaa 27526194  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
     | || || ||| | || ||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||| | |    
T  27526193 acctcattccaagaattgttgagccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaacgggtggtctcactattccttgcagagaagacgttttcttag 27526094  T
Q  347 aaatcacttctcg 359  Q
    | |||||||||||    
T  27526093 agatcacttctcg 27526081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 152 - 359
Target Start/End: Original strand, 27498379 - 27498586
Alignment:
Q  152 cttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttc 251  Q
    |||||||||  |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  27498379 cttcaaaaggcgtggacatgccaaagggatatctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacgttttgtgatccctatatcatacttgaaccaaccatc 27498478  T
Q  252 ctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatc 351  Q
     || ||| |||| ||||  ||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||||| || ||| | || |||    
T  27498479 gttccaagacttgttgaaccaagccgaggaacaattcgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcggagaagacatgttcttagatatc 27498578  T
Q  352 acttctcg 359  Q
    ||||||||    
T  27498579 acttctcg 27498586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 147 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 27502988 - 27502773
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| |||||||||   ||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||| | |||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||    
T  27502988 atcatcttcaaaaggcttggatgtgccaaaaggatatcttgccgtttatgtaggagagaagatgaagcggtttgtgattccaatgtcatatttgaatcaa 27502889  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
     |||| |||||| ||||  |||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||   ||||||| ||||| | |    
T  27502888 acttcatttcaagacttgctgagccaagctgtggaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttactattccttgtgaagaagattttttcgtag 27502789  T
Q  347 aaatcacttctcgctt 362  Q
    | ||||||||||||||    
T  27502788 atatcacttctcgctt 27502773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 147 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 27513957 - 27513742
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  27513957 atcatcttcaaaagctgttgacgtgccaaaaggatatctagcagtgtatgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaa 27513858  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
     | || || ||| | || ||||  ||||| || ||| ||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||  | ||| | |    
T  27513857 acctcgttccaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatatgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagtattcttag 27513758  T
Q  347 aaatcacttctcgctt 362  Q
    | ||||||||||||||    
T  27513757 atatcacttctcgctt 27513742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 167 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 27431309 - 27431141
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| | || ||    
T  27431309 atgtgccaaagggatatattgcagtatatgttggggatgaaatgaagaggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccgtcatttcaagaattgtt 27431210  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 335  Q
    || |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||  ||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  27431209 gaatcaagccgaggaacaatttggatatgaccatccaaccggtggtctcacaattccttgcagagaaga 27431141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 147 - 342
Target Start/End: Original strand, 27486942 - 27487137
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| |||||  | |||||||| ||||||    
T  27486942 atcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctttatcatacttaaaccaa 27487041  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 342  Q
     | || |||||| | || ||||  ||||| || ||| |||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| ||||||    
T  27487042 ccatcgtttcaagaattgttgaaccaagctgaagaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtcttactattccttgcaaagaagacattttc 27487137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 232 - 336
Target Start/End: Original strand, 27503966 - 27504070
Alignment:
Q  232 tcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacag 331  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  27503966 tcatacttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaagccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccttgcaccg 27504065  T
Q  332 aagat 336  Q
    |||||    
T  27504066 aagat 27504070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 147 - 366
Target Start/End: Original strand, 27469419 - 27469638
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||    
T  27469419 atcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgatccctatatcatatttgaagcaa 27469518  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
     | || || ||| |  | ||||| ||||| || ||| |||||| |||||| |||||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||| | |    
T  27469519 acatcattacaagaactgttgagccaagctgaagaacaatttgaatatgaacatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagaaattttcttag 27469618  T
Q  347 aaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    | ||||| |||| |||||||    
T  27469619 atatcacctctcacttcaat 27469638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 147 - 342
Target Start/End: Original strand, 27479860 - 27480055
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| ||||||||| | |||| |||||||| || ||||| |||||||| || |||||| |||||||||| ||||| || ||  | |||||||||||||||    
T  27479860 atcatcttcaaaaggtttggacgtgccaaaaggctatctagcagtatacgtaggagagaaaatgaagcgttttgtgattcctgtatcatacttgaaccaa 27479959  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 342  Q
     | || || ||||| || ||||  ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  27479960 acatcattccaaaagttgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagacattttc 27480055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 174 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 27468481 - 27468319
Alignment:
Q  174 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 273  Q
    |||||| ||| |||| || |||||||||||| || ||  |||||||||  ||||  | |||||||| |||||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27468481 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttaaaccaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27468382  T
Q  274 gcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
     | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27468381 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcacggaagat 27468319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 147 - 357
Target Start/End: Original strand, 27501276 - 27501486
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| ||||||||| ||| || || |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||||    
T  27501276 atcatcttcaaaaggtgtcgaggttccaaagggatgtctagcagtatatgttggagaggaaatgaaacggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaa 27501375  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
     | |  |||||| |||| ||||  ||||| |||||| |||||| ||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||| | |||||| || ||| | |    
T  27501376 ccattgtttcaagacttgttgaaccaagccgaggaacaatttgaatacgatcatccaacgggtggtctcactattccttgtagagaagacatgttcttag 27501475  T
Q  347 aaatcacttct 357  Q
    | |||||||||    
T  27501476 atatcacttct 27501486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 174 - 336
Target Start/End: Original strand, 27514877 - 27515039
Alignment:
Q  174 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 273  Q
    |||||| ||| |||| || |||||||||||| || ||  |||||||||  ||||  | ||||||||||| ||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27514877 aaagggctatgttgcggtgtatgttggagagaaactggtgcggtttgtagtccctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27514976  T
Q  274 gcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
     | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  27514977 tccgaggaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgtacagaagat 27515039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 147 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 27505883 - 27505688
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| ||||||||| | |||| ||||||||||| ||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| || ||  | |||||||||||||||    
T  27505883 atcatcttcaaaaggtttggaggtgccaaaggggtatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaa 27505784  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 342  Q
     | || || ||| | || ||||  ||||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  27505783 acctcattccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagagattttc 27505688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 147 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 27523584 - 27523389
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||| || ||  | ||||| |||||||||    
T  27523584 atcatcttcaaaagctgtggacgttccaaagggctatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatatttgaaccaa 27523485  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 342  Q
     |||| || ||| | || |||||  |||| |||||| |||||| |||||| |||||||||||||| || || |||||||||| |||||| ||||||    
T  27523484 acttcattccaagaattgttgagcgaagccgaggaacaatttgaatatgaccatccaatgggtggtctaactattccttgcaaagaagacattttc 27523389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 144 - 336
Target Start/End: Original strand, 27585644 - 27585836
Alignment:
Q  144 ccgatcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaac 243  Q
    |||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |  ||||| ||  ||   ||| | ||||| |||||| | ||||||||||||    
T  27585644 ccgatcagtttcaaaagttgtggacgtgccaaagggatatctcgcagtgtgcgttggtgataaacaaaagagatttgtgatccccgtatcatacttgaac 27585743  T
Q  244 caagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
    ||| | |  |||||| | ||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  27585744 caaccattgtttcaagatttgatgagtcaagccgaagaagagtttggatatgatcatccaatgggaggtctcaccattccttgcacagaagat 27585836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 174 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 27475733 - 27475526
Alignment:
Q  174 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 273  Q
    |||||| ||| |||| || |||||||||||| || ||  |||||||||  | ||  | ||||||||||| ||| |||| |||||| |||| |||||||||    
T  27475733 aaagggctatgttgccgtgtatgttggagagaaattggcgcggtttgtagttcctgtatcatacttgaatcaaccttcatttcaagacttgttgagtcaa 27475634  T
Q  274 gcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaatgggctat 373  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||    | || |||||| |||| ||||||||||    
T  27475633 gccgaggaagagtttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtcttccaacatataacttcttgcttgaatgggctat 27475534  T
Q  374 aaatctta 381  Q
     |||||||    
T  27475533 gaatctta 27475526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 152 - 335
Target Start/End: Original strand, 27554273 - 27554456
Alignment:
Q  152 cttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttc 251  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | || || |  || | |||| | ||    
T  27554273 cttcaaaaggagtggatgtgccaaagggataccttgcagtatatgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatatcaatttctttgttaagccaaccatc 27554372  T
Q  252 ctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaaga 335  Q
     |||||| | ||  ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||||| | ||||||    
T  27554373 gtttcaagaattgctgaatcaagctgaggaacaatttggatatgatcatccaacgggtagtctcacaattccttgtagagaaga 27554456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 172 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 27486099 - 27485937
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    |||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| | |  |||||| | ||  |   ||    
T  27486099 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27486000  T
Q  272 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaag 334  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  27485999 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgcactgaag 27485937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 172 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27479039 - 27478826
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    |||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| | |  |||||| | ||  |   ||    
T  27479039 ccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaacagaagcggtttgttgtcccaatatcatacttgaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27478940  T
Q  272 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaatgggct 371  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||    | || |||||| |||| ||||||||    
T  27478939 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggcctcaccattccttgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttgaatgggct 27478840  T
Q  372 ataaatcttacact 385  Q
    || | |||||||||    
T  27478839 atgattcttacact 27478826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 147 - 347
Target Start/End: Original strand, 27476646 - 27476846
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| |||||||| | ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| || ||  | |||||||||||||||    
T  27476646 atcatcttcaaaaaccgtggacgttccaaagggatatctagcagtgtatgttggtgagaaaatgaagcggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaa 27476745  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
     | || || ||| |  |  |||| |||   |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| |||||| |||    
T  27476746 acctcattccaagaactgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagacattttcttgg 27476845  T
Q  347 a 347  Q
    |    
T  27476846 a 27476846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 174 - 386
Target Start/End: Original strand, 27508838 - 27509050
Alignment:
Q  174 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 273  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||| || ||| ||| |||||  | ||  ||||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||| |||     
T  27508838 aaagggctatgttgcagtgtatgttggagagaaactgacgcgttttgtcgttcctgtgtcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcag 27508937  T
Q  274 gcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaatgggctat 373  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| | |||||| | |||    | || |||||| |||||||||| ||||    
T  27508938 gctgaggaagagtttggatatgatcatccaacgggtggcctcaccattccatgctccgaagatgtgttccaacatataacttcttgcttcaatggactat 27509037  T
Q  374 aaatcttacacta 386  Q
     ||||||| ||||    
T  27509038 gaatcttatacta 27509050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 232 - 336
Target Start/End: Original strand, 27524568 - 27524672
Alignment:
Q  232 tcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacag 331  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||| |||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  27524568 tcatatttgaaccaaccttcatttcaagacttgttgaatcaagctgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattccgtgcaccg 27524667  T
Q  332 aagat 336  Q
    |||||    
T  27524668 aagat 27524672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 154 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 27497496 - 27497321
Alignment:
Q  154 tcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcct 253  Q
    |||||| |||| || || |||||||| ||| ||||||| |||||||||||  ||   ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||| | |  |    
T  27497496 tcaaaatctgtagaagttccaaagggctatgttgcagtgtatgttggagataaacaaaagcggtttgtgatccctatctcatacttaaaccaaccattgt 27497397  T
Q  254 ttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcac 329  Q
    ||||| | || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||    
T  27497396 ttcaatatttgttgagtcaagctgaggaagagtttggatatgatcatcccacaggtggcctcaccattccttgcac 27497321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 172 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 27556535 - 27556304
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||||||  |||||||||| ||||| || ||||| ||||  ||||||||| |||| |||||| | ||| |   ||    
T  27556535 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattcccatttcattattgaaccaaccttcatttcaagaattactacatc 27556436  T
Q  272 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctc-gcttcaatgggc 370  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||| ||||  ||||||  |||| |  || || |||||| |||||||||       
T  27556435 aagcagaagaagaatttggatatgatcattctatgggtggtctcacaattccatgcagtgaagatgctttcttacaactctcttctcggcttcaatgtta 27556336  T
Q  371 tataaatcttacactaaagaagactgacatagat 404  Q
     |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  27556335 aataaatctt--actaaagaagactgacatagat 27556304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 147 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 27500519 - 27500304
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| |||||||| ||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||||    
T  27500519 atcatcttcaaaatctgtggacgtaccaaaaggatatctagcagtgtacgtaggagagaaaatgaagcgatttgtgatccctatatcatacttaaaccaa 27500420  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
      ||| || ||| | ||  |||| ||| | || ||| | || |||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||  ||||| | |    
T  27500419 agttcattccaagaattgctgagccaatctgaagaacagttcggatatgaccatccaatgggtggcatcactattccttgcagagaagaccttttcttag 27500320  T
Q  347 aaatcacttctcgctt 362  Q
    || |||||||| ||||    
T  27500319 aattcacttcttgctt 27500304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 172 - 336
Target Start/End: Original strand, 27506682 - 27506846
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| |||||| ||  || ||||||||| ||||| || |||||||| |||||| | |  |||||| | ||  |   ||    
T  27506682 ccaaagggctatgttgcagtatatgtcggagagaaacagacgcggtttgtgatcccaatatcatacttaaaccaaccattgtttcaagaattgctacatc 27506781  T
Q  272 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  27506782 aagcggaagaagaatttggatatgatcatcccatgggtggactcaccattccttgcactgaagat 27506846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 169 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 27414463 - 27414304
Alignment:
Q  169 gtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattga 268  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||  ||||||  |||||||| || ||  | ||||||||||||||| | || |||||| | ||| | |    
T  27414463 gtgccaaaaggctatcttgcagtctacgttggagataaaatgagacggtttgtgattcctgtatcatacttgaaccaaccctcatttcaagaattactaa 27414364  T
Q  269 gtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgca 328  Q
     |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||    
T  27414363 atcaatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccgtgca 27414304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 174 - 324
Target Start/End: Original strand, 27489946 - 27490096
Alignment:
Q  174 aaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaa 273  Q
    |||||| ||| ||| ||| |||||||||||| ||   || ||||||||  ||||  |||||||||| ||| || | || |||||| | || |||| ||||    
T  27489946 aaagggctatgttgtagtgtatgttggagagaaacaaaaacggtttgtagtccctgtgtcatacttaaacaaaccatcatttcaagatttgttgaatcaa 27490045  T
Q  274 gcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattcct 324  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27490046 gccgaggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattcct 27490096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 232 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 27411552 - 27411456
Alignment:
Q  232 tcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgca 328  Q
    ||||||||||||||| | || |||||| | ||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  27411552 tcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatcaagcagaagaagaatttggatatgatcatcctatgggtggtctcacaattccttgca 27411456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 172 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 27424670 - 27424514
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| || ||  | ||||||||||||||| |||| |||||| | ||  | | ||    
T  27424670 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatcaaatgaggcggtttgtgattccagtatcatacttgaaccaaccttcatttcaagaattgctaaatc 27424571  T
Q  272 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgca 328  Q
    || | || ||||||| |||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||    
T  27424570 aatctgaagaagaatatggatatgatcatccaatgggtggtcttaccattccgtgca 27424514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 172 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 27559396 - 27559240
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||||||  |||||||| | ||| | || || || ||||  ||||| ||| |||| |||||| | ||||| || |    
T  27559396 ccaaaaggctatctcgcagtttatgttggagacaaaatgaagagatttctgattcctatttcattattgaatcaatcttcatttcaatagttattaagcc 27559297  T
Q  272 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgca 328  Q
    || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27559296 aatcagaagaagagtttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgca 27559240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 147 - 362
Target Start/End: Original strand, 27473851 - 27474066
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||||| || || || || |||||| | |||||| | ||||| ||||| || ||||| ||||| |||    
T  27473851 atcatcttcaaaatctgtgggtgttccaaagggatatctagctgtgtacgtaggagaggagatgaagagatttgtgatccctatatcatatttgaagcaa 27473950  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
       || || ||| | ||  |||| |||   |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||  ||||| | |    
T  27473951 aaatcattccaagaattgctgagccaaagtgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcggagaagacgttttcttag 27474050  T
Q  347 aaatcacttctcgctt 362  Q
    | ||||||||||||||    
T  27474051 acatcacttctcgctt 27474066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 147 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 27507994 - 27507779
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| |||||||||   ||||| ||||||||||||| ||||| || || || ||||   |||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||    
T  27507994 atcatcttcaaaaggcttggatatgccaaagggataccttgcggtgtacgtaggagtaaaaatgaagcggtttgtaattccaatgtcatatttgaatcaa 27507895  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
     ||||  ||||| | ||  | || || || |  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||   ||||||| ||||| | |    
T  27507894 acttcacttcaagagttgctcagccaggctgtcgaagaatttggatatgaccatccaatgggtggtcttacaattccttgtgaagaagatcttttcttag 27507795  T
Q  347 aaatcacttctcgctt 362  Q
    | ||||||||||||||    
T  27507794 atatcacttctcgctt 27507779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 232 - 358
Target Start/End: Original strand, 27567299 - 27567425
Alignment:
Q  232 tcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacag 331  Q
    ||||||||||||||| | || |||||| | ||| | | |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |    
T  27567299 tcatacttgaaccaaccatcgtttcaagaattactaaatcaaacagaagaagaatttggttatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcagcg 27567398  T
Q  332 aagatattttcatggaaatcacttctc 358  Q
    |||||  |||| | ||| |||||||||    
T  27567399 aagatgctttcttagaactcacttctc 27567425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 277 - 358
Target Start/End: Original strand, 27460567 - 27460648
Alignment:
Q  277 gaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctc 358  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||||| |||| ||||| ||||    
T  27460567 gaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagacattttcttggatatcacctctc 27460648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 147 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 27516790 - 27516580
Alignment:
Q  147 atcagcttcaaaagctgtggatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaa 246  Q
    |||| |||||||| ||||||  || |||||||||||||| || || ||||| ||| || | |||||| | ||||| ||||| || ||||| ||||| |||    
T  27516790 atcatcttcaaaatctgtgggcgttccaaagggatatctagctgtgtatgtaggaaaggacatgaagagatttgtgatccctatatcatatttgaagcaa 27516691  T
Q  247 gcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatgg 346  Q
       || || ||| | || ||||  ||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||  ||||| | |    
T  27516690 aaatcattccaagaattgttgaaccaagctgaggaacaatttgaatatgaccatccaatggggggtctcactattccttgcaaagaagaagttttcttag 27516591  T
Q  347 aaatcacttct 357  Q
    | |||||||||    
T  27516590 atatcacttct 27516580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 277 - 362
Target Start/End: Original strand, 27466910 - 27466995
Alignment:
Q  277 gaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgctt 362  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||| | || ||||||||| ||||    
T  27466910 gaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctcactattccttgcagagaagaagttttcttagacatcacttctagctt 27466995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 270 - 327
Target Start/End: Original strand, 27571705 - 27571762
Alignment:
Q  270 tcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgc 327  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27571705 tcaatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtctcacaattccttgc 27571762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 172 - 308
Target Start/End: Original strand, 27527145 - 27527281
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||  ||  ||| |||||||| ||||| || ||| |||| |||||| | || |||| | | ||  ||||||    
T  27527145 ccaaagggctatcttgcggtgtatgttggagataaacagaaacggtttgtgatcccaatatcacacttaaaccaaccatcgtttctagagttgctgagtc 27527244  T
Q  272 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatggg 308  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  27527245 aagctgaggaagagtttggatatgatcatcccatggg 27527281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 271 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 27502192 - 27502121
Alignment:
Q  271 caagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttc 342  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| ||||||    
T  27502192 caagctgaggaacaatttgaatatgatcatccaatgggtggtctaactattccttgcagagaagacattttc 27502121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 270 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 27419129 - 27419072
Alignment:
Q  270 tcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgc 327  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  27419129 tcaatcagaagaagaatttggatatgatcatccaatgggtggtcttacaattccttgc 27419072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 280 - 341
Target Start/End: Original strand, 27495628 - 27495689
Alignment:
Q  280 gaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatatttt 341  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  27495628 gaagagtttggatttaatcatccaatgggtggtctcaccattccttgcagagaagatatttt 27495689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 172 - 367
Target Start/End: Original strand, 27446131 - 27446326
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    ||||| || |||||||| || |||||||||||  |||||||||| ||||| || || |  ||||  ||||| ||| |||| |||||| | |  || || |    
T  27446131 ccaaaaggctatcttgcggtttatgttggagaaaaaatgaagcgatttgtgattccaacttcattattgaatcaaccttcatttcaagagtcgttaagcc 27446230  T
Q  272 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaatg 367  Q
    || |||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||  |||||| ||||| | |||  ||||||  |||||||||    
T  27446231 aatcagaagaagagtttgaatatgatcatcgaatggatggtctctcgattccttgcagtgaagatgttttcttagaacacacttcgtgcttcaatg 27446326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 126
Target Start/End: Original strand, 27498326 - 27498371
Alignment:
Q  81 aacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagg 126  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  27498326 aacacatacgaaaatgggttttcgtttaccaggtatcatcagaagg 27498371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #56
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 280 - 336
Target Start/End: Original strand, 27600645 - 27600701
Alignment:
Q  280 gaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  27600645 gaagaatttggttacaatcatccaatgggtggtctcacaattccttgcaaagaagat 27600701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #57
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 27422091 - 27421931
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    ||||| || ||||| ||||| |||||||||||   |||||| ||||| || || ||  | ||||||||||||||| | |  |||||| | ||| | | ||    
T  27422091 ccaaaaggctatctcgcagtctatgttggagatagaatgaaacggttcgtgattccagtatcatacttgaaccaaccattatttcaagaattactaaatc 27421992  T
Q  272 aagcagaggaagaattt----ggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgca 328  Q
    ||||||| |||||||||    ||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  27421991 aagcagaagaagaatttggatggatacgatcatccaacgggtggtctcacaattccttgca 27421931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #58
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 328
Target Start/End: Original strand, 27540004 - 27540147
Alignment:
Q  185 ttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtcaagcagaggaaga 284  Q
    ||||||| |||||||||||  | ||||||||||| || || || ||   || |||||| ||| |||| |||||| ||||  | ||  | |||||||||||    
T  27540004 ttgcagtgtatgttggagaaaatatgaagcggttcgtgattcctattggatgcttgaatcaaccttcatttcaagacttgctaagcaaggcagaggaaga 27540103  T
Q  285 atttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgca 328  Q
    |||||| ||  |||||||||||||||| || || ||||||||||    
T  27540104 atttgggtaccatcatccaatgggtggactaaccattccttgca 27540147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #59
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 126
Target Start/End: Original strand, 27501228 - 27501273
Alignment:
Q  81 aacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagg 126  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  27501228 aacacatacaagaatgggttttcgtttacctggtatcctaagaagg 27501273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #60
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 27516838 - 27516793
Alignment:
Q  81 aacacatacaaaaatgggttttcgtttccctggtatcatcagaagg 126  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  27516838 aacacatacaacaatgggttttcgtttacctagtatcatcaaaagg 27516793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 167 - 376
Target Start/End: Original strand, 3073548 - 3073757
Alignment:
Q  167 atgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttatt 266  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||| |||||| ||||  |    
T  3073548 atgtgccaaagggatatcttgcggtgtacgttggagaggaaatgaagcggtttgtgatccctacgtcatacttgaaccaaacttcatttcaatacttgct 3073647  T
Q  267 gagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaat 366  Q
    |||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  || |  | |||||| ||||||||    
T  3073648 gagtcgggcagaggaagaattcggatacgatcatccaatgggtggcctcacaattccttgcacagaagatgtttttttgcatgttacttctagcttcaat 3073747  T
Q  367 gggctataaa 376  Q
    || |||||||    
T  3073748 ggtctataaa 3073757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 87; Significance: 3e-41; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 166 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 1756919 - 1756749
Alignment:
Q  166 gatgtgccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttat 265  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||  |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| | || |||||| |||| |    
T  1756919 gatgtaccaaagggctatcttgcagtgaatgttggagagaaacagaagcggtttgtgatcccaatatcatacttgaaccaaccatcgtttcaatacttgt 1756820  T
Q  266 tgagtcaagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagat 336  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  1756819 tgagtcaagctgaagaagaatttggatatgatcaccccatgggtggcctcaccattccttgcaccgaagat 1756749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 172 - 377
Target Start/End: Original strand, 1754672 - 1754877
Alignment:
Q  172 ccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagtc 271  Q
    |||||||| ||| ||||||| ||| |||||||| ||  ||| |||  ||| ||||| || ||||||||||| ||| | || ||||||  ||| |||||||    
T  1754672 ccaaagggctatgttgcagtgtatattggagagaaacagaaacggcatgtgatcccaatatcatacttgaatcaaccatcgtttcaatccttgttgagtc 1754771  T
Q  272 aagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttgcacagaagatattttcatggaaatcacttctcgcttcaatgggct 371  Q
    |||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| | |||    | || |||||| |||| ||||||||    
T  1754772 aagctgcggaagagtttggatatgatcatccaatgggtggcctcaccattctttgcacagaagatgtcttcgaaaatataacttctagcttaaatgggct 1754871  T
Q  372 ataaat 377  Q
    ||||||    
T  1754872 ataaat 1754877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 171 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 1754398 - 1754243
Alignment:
Q  171 gccaaagggatatcttgcagtatatgttggagagcaaatgaagcggtttgttatccccatgtcatacttgaaccaagcttcctttcaaaacttattgagt 270  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||| | || |||||||| ||  | |      
T  1754398 gccaaaaggatatctagctgtatatgttggagaagaaatgaagcggtttgtgatccccgtatcatacttgaaccaatcgtcatttcaaaaattgctaaac 1754299  T
Q  271 caagcagaggaagaatttggatatgatcatccaatgggtggcctcacgattccttg 326  Q
     || | |||||| | |||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  1754298 aaatctgaggaacagtttgaatatgatcatccgatgggtggtctcactattccttg 1754243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University