View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2530_high_3 (Length: 579)
Name: NF2530_high_3
Description: NF2530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2530_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 210 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 12931041 - 12930686
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa-tgaata |
308 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
12931041 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaatgaaca |
12930942 |
T |
|
| Q |
309 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
408 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930941 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
12930842 |
T |
|
| Q |
409 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagat |
508 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12930841 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
12930742 |
T |
|
| Q |
509 |
gatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930741 |
gatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
12930686 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 211 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 12935786 - 12935432
Alignment:
| Q |
211 |
tgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa-tgaatac |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |
|
|
| T |
12935786 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaatgaacac |
12935687 |
T |
|
| Q |
310 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935686 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
12935587 |
T |
|
| Q |
410 |
cactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagatg |
509 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12935586 |
cactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttactctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatg |
12935487 |
T |
|
| Q |
510 |
atacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935486 |
atacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
12935432 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 310 - 417
Target Start/End: Original strand, 26504950 - 26505055
Alignment:
| Q |
310 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || ||| ||||||| | ||| |||| |||| | ||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| || |
|
|
| T |
26504950 |
caatatttaacgtg-aataccgtctaataacaaggcaaaa-ccacagtacaaactccaaaaaatattcaactataataaaaaatattacaatattctttc |
26505047 |
T |
|
| Q |
410 |
cactctct |
417 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
26505048 |
aactctct |
26505055 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 15589038 - 15588948
Alignment:
| Q |
325 |
aaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactct |
415 |
Q |
| |
|
||||||||||| || ||| |||||| || | ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| |||||||||| ||| |||||||||| |
|
|
| T |
15589038 |
aaaaccctctattaatgagagaaaaatcaagtgacaaactctaaaaaatatttcactttatcaaacaatattacaacattttctccactct |
15588948 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 315; Significance: 1e-177; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 211 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 34907503 - 34907149
Alignment:
| Q |
211 |
tgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa-tgaatac |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |
|
|
| T |
34907503 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaatgaacac |
34907404 |
T |
|
| Q |
310 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907403 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
34907304 |
T |
|
| Q |
410 |
cactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagatg |
509 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
34907303 |
cactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatg |
34907204 |
T |
|
| Q |
510 |
atacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907203 |
atacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
34907149 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 56 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 2839348 - 2839207
Alignment:
| Q |
56 |
ataataattgtactagtatgttctcctttgtgtg----tctctctttgagaagattgatatgttacct----gttctttggcttgnnnnnnngttttccc |
147 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
2839348 |
ataataattgtattagtatgttctcctttgtgtgcctctctctctttgagaagattgttatgttatctctctgttccgtgggttgtttttctgttttccc |
2839249 |
T |
|
| Q |
148 |
aaaatactaccttcataaggatatataactattttgtattca |
189 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2839248 |
aaaatactaccttcataaggatttataactattttgtattca |
2839207 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 56 - 96
Target Start/End: Original strand, 2374001 - 2374041
Alignment:
| Q |
56 |
ataataattgtactagtatgttctcctttgtgtgtctctct |
96 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
2374001 |
ataataattgtattagtatgttctcctttgtgtgcctctct |
2374041 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 56 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 2382070 - 2382030
Alignment:
| Q |
56 |
ataataattgtactagtatgttctcctttgtgtgtctctct |
96 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
2382070 |
ataataattgtattagtatgttctcctttgtgtgcctctct |
2382030 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 210 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 14174303 - 14173947
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa--tgaat |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
14174303 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagtgataaaaaaaatgaac |
14174204 |
T |
|
| Q |
308 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174203 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
14174104 |
T |
|
| Q |
408 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgaga |
507 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
14174103 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
14174004 |
T |
|
| Q |
508 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174003 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
14173947 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 210 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 14179057 - 14178701
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa--tgaat |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
14179057 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcaataaaaaaaatgaac |
14178958 |
T |
|
| Q |
308 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178957 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
14178858 |
T |
|
| Q |
408 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgaga |
507 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
14178857 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
14178758 |
T |
|
| Q |
508 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178757 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
14178701 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 210 - 564
Target Start/End: Original strand, 28611567 - 28611923
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa--tgaat |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28611567 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaac |
28611666 |
T |
|
| Q |
308 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611667 |
accaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
28611766 |
T |
|
| Q |
408 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgaga |
507 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28611767 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
28611866 |
T |
|
| Q |
508 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611867 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
28611923 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 210 - 564
Target Start/End: Original strand, 28606805 - 28607161
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa--tgaat |
307 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| | || |
|
|
| T |
28606805 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaattaac |
28606904 |
T |
|
| Q |
308 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
407 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28606905 |
accaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
28607004 |
T |
|
| Q |
408 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgaga |
507 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28607005 |
tccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
28607104 |
T |
|
| Q |
508 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607105 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
28607161 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 211 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 44161949 - 44161597
Alignment:
| Q |
211 |
tgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa--tgaata |
308 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
44161949 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaaca |
44161850 |
T |
|
| Q |
309 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
408 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
44161849 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaat--tctct |
44161752 |
T |
|
| Q |
409 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagat |
508 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
44161751 |
ccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtaagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
44161652 |
T |
|
| Q |
509 |
gatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatt |
563 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161651 |
gatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatt |
44161597 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 211 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 11104829 - 11104479
Alignment:
| Q |
211 |
tgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaatacc |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
11104829 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagctgtagcgataaaaa-tgaacacc |
11104731 |
T |
|
| Q |
311 |
aatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcc |
410 |
Q |
| |
|
|||||||||| | ||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104730 |
aatatttaacatagaaaatcctctaatatcgagggtaaa-ccacgggacaaactccgaaaaatattccaccatatctaagaatattacaatattctctcc |
11104632 |
T |
|
| Q |
411 |
actctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagatga |
510 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
11104631 |
actctcttacacaca-aagagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcaaatgctattattttataacacctagaagttatagagatga |
11104533 |
T |
|
| Q |
511 |
tacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104532 |
tatccacccggtgtatttttcctacactctctggatttactcaacactctattt |
11104479 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 210 - 512
Target Start/End: Original strand, 48826701 - 48827000
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaatac |
309 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||| || |
|
|
| T |
48826701 |
ttgttgggatcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaattcaa--gagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatagaaaaagaacac |
48826798 |
T |
|
| Q |
310 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
409 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826799 |
caatatttaacgtggaaaatcctctaataccgagggaaaaatcacgggacaa-ctccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctt |
48826897 |
T |
|
| Q |
410 |
cactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagatg |
509 |
Q |
| |
|
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
48826898 |
cgctctcttacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagattcactcctatttgaatgctattattttatagcacctagaagttatagagatg |
48826997 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 238 - 409
Target Start/End: Original strand, 48708086 - 48708256
Alignment:
| Q |
238 |
tgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaataccaatatttaacgtggaaaaccctctaat |
337 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| |||||| |||| || || | ||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||| || ||||| || |||| |
|
|
| T |
48708086 |
tgtaaattaaaattccaaaatataaaagaaattgaatcttacaacgcagtggtggcgataaaat-taaataccaatatttaacatgaaaaactctataat |
48708184 |
T |
|
| Q |
338 |
accgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
409 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48708185 |
actaagagaaaaaccacgtgacaaactccaaaaaatatttcattatattaaaaaatattacaatattctctc |
48708256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 324 - 485
Target Start/End: Original strand, 24726288 - 24726446
Alignment:
| Q |
324 |
gaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacaca |
423 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| | |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||| ||||| || | |
|
|
| T |
24726288 |
gaaaaccatctaatatcaagggaaaagccacgagacaaactctgaaaaatattccattatattaaagaacataataatattctctccattctcttaccga |
24726387 |
T |
|
| Q |
424 |
cacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatttta |
485 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||| |
|
|
| T |
24726388 |
cac--gagatacactatattgttttccgtgagacc-actcctattcaaatgttattatttta |
24726446 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 211 - 564
Target Start/End: Original strand, 37040426 - 37040781
Alignment:
| Q |
211 |
tgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa--tgaata |
308 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |
|
|
| T |
37040426 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaaca |
37040525 |
T |
|
| Q |
309 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
408 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
37040526 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattttct |
37040625 |
T |
|
| Q |
409 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagat |
508 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
37040626 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgttttccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagagat |
37040725 |
T |
|
| Q |
509 |
gatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040726 |
gatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
37040781 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 210 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 15290595 - 15290243
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaa-gagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaa--tgaa |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
15290595 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaatccaaaaagagattggatcttgcagcgcagccttagcgataaaaaaaatgaa |
15290496 |
T |
|
| Q |
307 |
taccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
406 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290495 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggtataaaccacgggacaaactccaaaagattttccactatatttaagaatattacaatattct |
15290396 |
T |
|
| Q |
407 |
ctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgag |
506 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
15290395 |
ctccactctcttacacacacaagagatacaatatagtgttt-ccgtgagacccactcctattcgaatgctattattt--cagcacctagaagttatagag |
15290299 |
T |
|
| Q |
507 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatt |
563 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
15290298 |
atgatacccacccggtgtattttt-ccacactttctggatttagtcaacactctatt |
15290243 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 211 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 12099361 - 12099060
Alignment:
| Q |
211 |
tgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaatacc |
310 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||| || || |||||||||||| |||| | | |
|
|
| T |
12099361 |
tgttgggctcgacgagtttaacgcgagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagatatgatcttgcagctcaccgatagcgataaaaa-tgaaaagc |
12099263 |
T |
|
| Q |
311 |
aatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcc |
410 |
Q |
| |
|
||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12099262 |
aatattttacgtgaaaaaccctctaatgacgaaggaaaaaccaagggacaaactccgaaaaaatttcaactatattaaagaatattacaatattctctcc |
12099163 |
T |
|
| Q |
411 |
actctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagatga |
510 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
12099162 |
actctcttacacgcacaagagacacaatattgtgtttctagtgagactcactcctattcaaatgatattattttataacacctaaaagttatagagatga |
12099063 |
T |
|
| Q |
511 |
tac |
513 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
12099062 |
tac |
12099060 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 360 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 12082227 - 12082028
Alignment:
| Q |
360 |
aaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacct |
459 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12082227 |
aaactccaaaaaatattccactatattaa-gaatattacaatattttctccactctcttacacggaaaagagatacaatatagtgtttctaatgagactc |
12082129 |
T |
|
| Q |
460 |
acttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactc |
559 |
Q |
| |
|
|| |||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||||||||| | | ||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
12082128 |
gctcctattcaaatgttattattttatagcgcctagaagttatagagataatacctacccgatatatttttccc-ctttttctggatttacccaacactc |
12082030 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 234 - 447
Target Start/End: Original strand, 2757236 - 2757448
Alignment:
| Q |
234 |
caagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaataccaatatttaacgtggaaaaccctc |
333 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||| || || | ||| || ||||||||| | || |||||||||||| || ||| |||| |
|
|
| T |
2757236 |
caagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaattgaattatgcagtgtagcaataacgataaaaatttaacaccaatatttaatatgaaaacccctt |
2757335 |
T |
|
| Q |
334 |
taataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctcacacacacaagagat |
433 |
Q |
| |
|
|||| | | |||||||||| | |||||| | ||||| |||||||||||||| || |||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
2757336 |
taatgcttaaggaaaaaccatgagacaaattttgaaaa-tattccactatatttaaaaatattgcactattctctccactctctttcacactcaagagat |
2757434 |
T |
|
| Q |
434 |
acaatatagtgttt |
447 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
2757435 |
acaatatagtgttt |
2757448 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 211 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 12084751 - 12084661
Alignment:
| Q |
211 |
tgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaa |
301 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
12084751 |
tgttgggctcaacgagcttaacacgagggtaaattaaaatttcaaaatccaatagacattggatcttgtagcgcaacggtagcgataaaaa |
12084661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 209 - 564
Target Start/End: Original strand, 42910991 - 42911344
Alignment:
| Q |
209 |
tttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaata |
308 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||| |||| | |
|
|
| T |
42910991 |
tttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtggaaattaaaattttaaaatccaaaagagattagatcttgcagcgcagcggcaacgataaaaa-tgaaca |
42911089 |
T |
|
| Q |
309 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
408 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911090 |
ccaatatttaacatggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaa-tattccactatatttaagaatattacaatattctct |
42911188 |
T |
|
| Q |
409 |
ccactctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagat |
508 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |
|
|
| T |
42911189 |
ccactctctcacacacacaaaagatacaatatagtgtttcccttgagacctacttctattctaatgctattattttatagcaccaagaagttatagagat |
42911288 |
T |
|
| Q |
509 |
gatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911289 |
gatacccacccagtgtattttttccacactctctggatttactcaacactctattt |
42911344 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 211 - 558
Target Start/End: Original strand, 29106878 - 29107224
Alignment:
| Q |
211 |
tgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaatacc |
310 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||| |
|
|
| T |
29106878 |
tgttgggatcgaggagcttaatgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagattggatcttgcagcgcagcggtagcgttaaaaa-tgaacacc |
29106976 |
T |
|
| Q |
311 |
aatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcc |
410 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29106977 |
aatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcc |
29107076 |
T |
|
| Q |
411 |
actctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagatga |
510 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
29107077 |
actctcttacacacacaagagatacaa-atagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttttagcacctagaagttataaagatga |
29107175 |
T |
|
| Q |
511 |
ta-cccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacact |
558 |
Q |
| |
|
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29107176 |
taccccacccaatgtatttttcccacactctctggatttactcaacact |
29107224 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 237 - 394
Target Start/End: Original strand, 38997164 - 38997320
Alignment:
| Q |
237 |
gtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaataccaatatttaacgtggaaaaccctctaa |
336 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| | ||||||||||| ||| || ||| || ||| || | ||||||||| ||| | |||||||| |||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
38997164 |
gtgtaaattaaaattccagaatccaaaagaaattaaatcttgaagtgcatcgacaatgataaaaaa-gaacagcaatattttacgtcgaaaaccctctaa |
38997262 |
T |
|
| Q |
337 |
taccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
394 |
Q |
| |
|
|| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
38997263 |
tatcgaacgaaaaactacgggacaaactccaaaaaataatccattatattaaagaata |
38997320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 301
Target Start/End: Original strand, 38994698 - 38994789
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaa |
301 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||| ||| || ||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38994698 |
ttgttgggcttgacgatcttaatgctagtgtaaattaaaattccaaaacccaaacaaaattggatcttgcagtgcagcggtaatgataaaaa |
38994789 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 210 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 8539549 - 8539193
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaatac |
309 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||| | |
|
|
| T |
8539549 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaattctaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtaacaataaaaaatgaacat |
8539450 |
T |
|
| Q |
310 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
409 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
8539449 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaagatattccactatatttaagaatattacaatattatctc |
8539350 |
T |
|
| Q |
410 |
cactctctcacacacacaagagatacaa---tatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgag |
506 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
8539349 |
cactctcttacacacacaagagatacaatattatagtgttt-ccgtgagacccactcctattcgattgctattattttacagcacctaaaagttatagag |
8539251 |
T |
|
| Q |
507 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| |
|
|
| T |
8539250 |
atgatacccatccgatgtatttttcccacactctctgaatttactgaacactatattt |
8539193 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 8e-47; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 429 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 51302306 - 51302171
Alignment:
| Q |
429 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttattgagatgatacccacccggtgtattt |
528 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302306 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcgaatgcaattgttttatagcacctagaagttatagagatgattcccacccggtgtattt |
51302207 |
T |
|
| Q |
529 |
ttcccacactctctggatttactcaacactctattt |
564 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
51302206 |
tatccacactctctggatttactcaatactctattt |
51302171 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 210 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 51303020 - 51302937
Alignment:
| Q |
210 |
ttgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattggattttgtagcgcagcggtagc |
293 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
51303020 |
ttgttgggatcgacgagcttaatgcaagtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaacagattggatcttgcagcgcagcggtagc |
51302937 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 1525890 - 1525696
Alignment:
| Q |
1 |
tttcaagaattagagaaggactactaagaagatttgcact---atgcttttcatgattataat-aattgtactagtat--gttctcctttgtgtgtctct |
94 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| || ||| || | ||| | | |||||||||| ||||| |
|
|
| T |
1525890 |
tttcaagaattagagaaggactactaagaagatttgcactgttatgtttttaataattattattaatattaattgtaccagctatcctttgtgtatctct |
1525791 |
T |
|
| Q |
95 |
ctttgagaagattgatatgttacct--gttctttggcttgnnnnnnngttttcccaaaatactaccttcataaggatatataactattttgtattca |
189 |
Q |
| |
|
||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
1525790 |
cttggagaattttgatatgttatctctgttctctgggttgtttct--gttttcccaaaatactaccttcataaggatttataactattttggattca |
1525696 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 285 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 51302361 - 51302304
Alignment:
| Q |
285 |
agcggtagcgataaaaaatgaataccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag |
343 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302361 |
agcggtagcgataaaaa-tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag |
51302304 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 211 - 394
Target Start/End: Original strand, 2100199 - 2100379
Alignment:
| Q |
211 |
tgttgggctcgacgagcttaactcaagtgtaaattaaaattcaaaaatccaaaagagattgga-ttttgtagcgcagcggtagcgataaaaaatgaatac |
309 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||| || || || ||||||| |||| | |
|
|
| T |
2100199 |
tgttgggctcgacgagcttaacacaagtgtaaattaaaattccaaaattcataagagatttgaattttgcagcacaacgataatgataaaat-tgaacat |
2100297 |
T |
|
| Q |
310 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
394 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2100298 |
caatatttaaggtggaaaaccctttaataatgagcgaaaaac---ggggcaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
2100379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 387 - 435
Target Start/End: Original strand, 2100723 - 2100771
Alignment:
| Q |
387 |
aaagaatattacaatattctctccactctctcacacacacaagagatac |
435 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
2100723 |
aaagaatattacaatattctctccactctcttacatacacaagagatac |
2100771 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University