View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2530_low_1 (Length: 1097)

Name: NF2530_low_1
Description: NF2530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2530_low_1
NF2530_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-1085)||(45708866-45709939)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (437-546)||(14092598-14092707)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 922; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 922; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1085
Target Start/End: Complemental strand, 45709939 - 45708866
Alignment:
Q  18 cattggagacactttgtgggcaagcttttggggcaaagaaacataacttattaggaatatacctacaaagatcttggattgttctgttcctttgttgttt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45709939 cattggagacactttgtgggcaagcttttggggcaaagaaacataacttattaggaatatacctacaaagatcttggattgttctgttcctttgttgttt 45709840  T
Q  118 tttactgttgccgttttatatctttgccactccaattctcaaacttctaggacaacctgatgacgtggcagaatggagtggtattgtggctatctggctt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45709839 tttactgttgccgttttatatctttgccactccaattctcaaacttctaggacaacctgatgacgtggcagaatggagtggtattgtggctatctggctt 45709740  T
Q  218 atacctttgcatttcagttttgcatttcagtttcctcttcagaggtttctacaatgccagctgaaaacaggtgtgattgcttgggtttctttggttggtt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45709739 atacctttgcatttcagttttgcatttcagtttcctcttcagaggtttctacaatgccagctgaaaactggtgtgattgcttgggtttctttggttggtt 45709640  T
Q  318 tggtggtaaatgtggtgcttagttggctgttgatttttgtttgggattttggacttattggtgctgctattgctttggatgtttcttggtggattttggt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45709639 tggtggtaaatgtggtgcttagttggctgttgatttttgtttgggattttggacttattggtgctgctattgctttggatgtttcttggtggattttggt 45709540  T
Q  418 ttttgggatgttggcttatactgtttgtggtgggtgtcctttaacttggactggtttttcaattgaagccttttctggtctttgggatttcttcaaactc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45709539 ttttgggatgttggcttatactgtttgtggtgggtgtcctttaacttggactggtttttcaattgaagccttttctggtctttgggatttcttcaaactc 45709440  T
Q  518 tcttttgcttctggagttatgctatggtacgttatgacaatctc----tatctcttaatacatgatcatattaagttaatgtctagagcctaaatcacgt 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45709439 tcttttgcttctggagttatgctatggtacgttatgacaatctctatatatctcttaatacatgatcatattaagttaatgtctagagcctaaatcacgt 45709340  T
Q  614 acgtgcatgtgatgtgatgtgacacaaaattaaatttgtatttcttgaaaggaaaaccttggtgtgcaagtaatatactcctacttatgttagtgatttg 713  Q
    ||||||     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45709339 acgtgc-----atgtgatgtgacacaaaattaaatttatatttcttgaaaggaaaaccttggtgtgcaagtaatatactcctacttatgttagtgatttg 45709245  T
Q  714 tgcagtttagagaactggtattacaggatactgctacttatgactggccagttggagaatgcgactgttgctgttgatgccttgtctgtatggtaagtat 813  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45709244 tgcagtttagagaactggtattacaggatactgctacttatgactggccagttggagaatgcgactgttgctgttgatgccttgtctgtatggtaagtat 45709145  T
Q  814 tctgtgcctcctcttcctataannnnnnnnnnaaatttaatcagttatttctttattaaaatactactcctagttattaata--nnnnnnnngaaagagt 911  Q
    ||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||    
T  45709144 tctgtgcctcctcttcctataaaatttcttttaaatttaatcagttatttctttattaaaatactactcctagttattaatatcttttttttgaaagagt 45709045  T
Q  912 actcctagttattttaattacatcaacaataaaatttaatcaatgtgctcttatatttaaggatggagtactctttg-----nnnnnnnnnaagtttaat 1006  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              |||||||||    
T  45709044 actcctagttattttaattacatcaacaataaaatttaatcaatgtgctcttatatttaaggatggagtactctttgttttttttttttttaagtttaat 45708945  T
Q  1007 ttacaagtttggtgactaatgtactgaatttatttaattggttttgcagtatgactatcaatgggtgggaaatgatgat 1085  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45708944 ttacaagtttggtgactaatgtactgaatttatttaattggttttgcagtatgactatcaatgggtgggaaatgatgat 45708866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 437 - 546
Target Start/End: Original strand, 14092598 - 14092707
Alignment:
Q  437 actgtttgtggtgggtgtcctttaacttggactggtttttcaattgaagccttttctggtctttgggatttcttcaaactctcttttgcttctggagtta 536  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| || || || |||||||| |||||||| ||  | ||||| |||  ||||||||| ||||    
T  14092598 actgtttatggtggttgtcctttgacttggaatgggttttctatggaggctttttctgggctttgggaatttgttaaactttctgctgcttctggtgtta 14092697  T
Q  537 tgctatggta 546  Q
    ||||||||||    
T  14092698 tgctatggta 14092707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University