View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2541_low_3 (Length: 538)

Name: NF2541_low_3
Description: NF2541
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2541_low_3
NF2541_low_3
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (45-509)||(4845713-4846177)
chr7 (45-509)||(4711773-4712237)
chr7 (83-489)||(4666891-4667297)
chr7 (91-398)||(4630971-4631275)
chr7 (129-451)||(4662982-4663301)
chr7 (76-447)||(4636852-4637220)
chr7 (91-481)||(4653481-4653868)
chr7 (85-445)||(4863919-4864276)
chr7 (39-479)||(4815959-4816396)
chr7 (76-463)||(4783567-4783951)
chr7 (85-434)||(4696931-4697277)
chr7 (46-308)||(4672837-4673096)
chr7 (57-301)||(4643848-4644089)
chr7 (328-447)||(4643666-4643785)
chr7 (325-445)||(4672673-4672793)
chr7 (347-463)||(4647505-4647619)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (85-491)||(18925483-18925886)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 509
Target Start/End: Original strand, 4845713 - 4846177
Alignment:
Q  45 tgacaacagcgaatacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggt 144  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845713 tgacaacagagaatacgaaattcgtaatgataaagctttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggt 4845812  T
Q  145 atgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaa 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4845813 atgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaa 4845912  T
Q  245 acaatattactccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaattt 344  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4845913 acaatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattt 4846012  T
Q  345 caaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatttttata 444  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||     
T  4846013 cgaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatc 4846112  T
Q  445 gatgatatcttggctgaaccaatggctgatgtgatttactggagtggcggtaacaggattcctgt 509  Q
     ||||||| |||||||||| |   |||||||||||||  |||||||| ||||||| |||||||||    
T  4846113 aatgatattttggctgaactatatgctgatgtgattttttggagtggtggtaacatgattcctgt 4846177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 45 - 509
Target Start/End: Original strand, 4711773 - 4712237
Alignment:
Q  45 tgacaacagcgaatacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggt 144  Q
    ||||||||  |||||| ||||||  || || |||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||   | |||||||||    
T  4711773 tgacaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggt 4711872  T
Q  145 atgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaa 244  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711873 atgtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaa 4711972  T
Q  245 acaatattactccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaattt 344  Q
    ||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711973 acaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaattt 4712072  T
Q  345 caaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatttttata 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||     
T  4712073 caaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatc 4712172  T
Q  445 gatgatatcttggctgaaccaatggctgatgtgatttactggagtggcggtaacaggattcctgt 509  Q
     ||||||| |||||||||| |   ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4712173 aatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgatttactggagtggtggtaacatgattcctgt 4712237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 83 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 4667297 - 4666891
Alignment:
Q  83 tggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttactt 182  Q
    |||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||  |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4667297 tggagacggtttatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttccacctggtgacgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttactt 4667198  T
Q  183 ggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatattactccaaattacactgcaccagaagctgta 282  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||||  || ||||  ||||||||||||||||||| | |||| || ||||||||||||||||||||||| |||     
T  4667197 ggagaaacaatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaatactattccaaattacactgcaccagaagttgtg 4667098  T
Q  283 tacttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttac 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  4667097 tacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttgattctatttttacttatatggtaaggttgc 4666998  T
Q  383 atttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatttttatagatgatatcttggctgaaccaatggctgatgtgattta 482  Q
    |||||||||||||||||  || ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  4666997 atttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagatttttatagatgatattatggctgaaccaagggctgacgtgcttta 4666898  T
Q  483 ctggagt 489  Q
     ||||||    
T  4666897 ttggagt 4666891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 91 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4631275 - 4630971
Alignment:
Q  91 gtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaag 190  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4631275 gtttatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaag 4631176  T
Q  191 aatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatattactccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaac 290  Q
    ||||||||  |||||||||||||  || ||||    |||||| |||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4631175 aatatccacttagtgtatcaagttattttggac---atcatctaaactatttaaacaataccatttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaac 4631079  T
Q  291 tgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgt 390  Q
    ||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4631078 tgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagttgattcttcttttacttatatggtaagattacatttttgt 4630979  T
Q  391 gagtttga 398  Q
    ||||||||    
T  4630978 gagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 129 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 4663301 - 4662982
Alignment:
Q  129 aagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgat 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| || ||||   |||    
T  4663301 aagtgatgatacaggtatgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gat 4663205  T
Q  229 catccaaactatttaaacaatattactccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattata 328  Q
    |||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4663204 catctaaactatttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattata 4663105  T
Q  329 atgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagt 428  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||| ||||| |    
T  4663104 atgtaacttggaattttgaggttgattcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaat 4663005  T
Q  429 ttttcagatttttatagatgata 451  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  4663004 gtttcagatttttatagatgata 4662982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 76 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 4637220 - 4636852
Alignment:
Q  76 aaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctc 175  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4637220 aaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattggggcaatgattttcctc 4637121  T
Q  176 gttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatattactccaaattacactgcaccaga 275  Q
     ||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||  | |  |    || | | ||  |||  ||||||| | | ||||||||||| |||||||||    
T  4637120 tttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccaga 4637024  T
Q  276 agctgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggta 375  Q
    || ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4637023 agttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggta 4636924  T
Q  376 aggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatttttatagat 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||| ||||||| |||||||| || ||||||    
T  4636923 aggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatattcatagat 4636852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 91 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 4653868 - 4653481
Alignment:
Q  91 gtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaag 190  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||     ||||| ||| ||||||| |||||||| || |||| |||||||||||| ||||||     
T  4653868 gtttatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatactggtttgtttcgtaattgggataacgattatcctcgttacttagagaaac 4653769  T
Q  191 aatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatattactccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaac 290  Q
    ||||||||   ||||||||||||| || || ||   ||||||  ||||||  ||||||||  | |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  4653768 aatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaagctgtatacctaac 4653672  T
Q  291 tgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgt 390  Q
    ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |  |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4653671 tgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttacttatatggtcaggttacatttttgt 4653572  T
Q  391 gagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatttttatagatgatatcttggctgaaccaatggctgatgtgattt 481  Q
    || ||||||  || ||||||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4653571 gaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaaccaaatgctgatgtgattt 4653481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 85 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 4864276 - 4863919
Alignment:
Q  85 gagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 184  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864276 gagacggtttatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttccaccgggtgatgatactggtatgtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 4864177  T
Q  185 agaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatattactccaaattacactgcaccagaagctgtata 284  Q
    ||||| |||||||| | ||  ||||||||| || |  |    ||||||  ||||||  |||||| |  | || |||||||||||||||||||| ||| ||    
T  4864176 agaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagttgtgta 4864080  T
Q  285 cttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacat 384  Q
    |||||||||||||||||| |||  | |||  |||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4864079 cttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttgattctaattttacttatatggtaaggttacat 4863980  T
Q  385 ttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatttttatag 445  Q
    |||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||    
T  4863979 ttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagattttcatag 4863919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 39 - 479
Target Start/End: Original strand, 4815959 - 4816396
Alignment:
Q  39 tggttctgacaacagcgaatacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgat 138  Q
    ||||||||||||||  |||||| || |||  ||  | |||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||   | |||    
T  4815959 tggttctgacaacacggaataccaagttcttaacaacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagat 4816058  T
Q  139 acaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaact 238  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||  | |  |    || | | ||  |    
T  4816059 acaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacat 4816155  T
Q  239 atttaaacaatattactccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttg 338  Q
    ||  ||||||| | | ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||    
T  4816156 ataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttg 4816255  T
Q  339 gaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatt 438  Q
    ||| ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||| ||||| |||||||||||    
T  4816256 gaactttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagatt 4816355  T
Q  439 tttatagatgatatcttggctgaaccaatggctgatgtgat 479  Q
    || ||||||||||  ||||||||||   | |||||||||||    
T  4816356 ttcatagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgat 4816396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 76 - 463
Target Start/End: Original strand, 4783567 - 4783951
Alignment:
Q  76 aaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctc 175  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||   | |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  4783567 aaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgtaattgggacaatgattctcctc 4783666  T
Q  176 gttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatattactccaaattacactgcaccaga 275  Q
    |||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||  | |  |    || | | ||  |||  ||||||| | | ||||||||||| |||||||||    
T  4783667 gttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacac---ataacctaacatataaaaacaatgtcattccaaattacattgcaccaga 4783763  T
Q  276 agctgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggta 375  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||||  ||||||||||||||||    
T  4783764 aggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaagttgattctgcttttacttatatggta 4783863  T
Q  376 aggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatttttatagatgatatcttggctgaac 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||    
T  4783864 aggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttcatagatgatagtttggctgaac 4783951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 85 - 434
Target Start/End: Original strand, 4696931 - 4697277
Alignment:
Q  85 gagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 184  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||   | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4696931 gagacggtttatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccaccaaaccaagatactggtatgtttcgtaactgggacaatgattttcctcgttacttgg 4697030  T
Q  185 agaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatattactccaaattacactgcaccagaagctgtata 284  Q
    ||||| |||||||| | ||  ||||||||| || |  |    ||||||  ||||||  |||||| |  | || |||||||||||||||||||||||| ||    
T  4697031 agaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacaccattcaaaattacactgcaccagaagctgtgta 4697127  T
Q  285 cttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacat 384  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||    
T  4697128 cttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgttggttttacttatatggtaaggttgcat 4697227  T
Q  385 ttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttca 434  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||| |||| ||||||| |||||    
T  4697228 ttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttca 4697277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 46 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 4673096 - 4672837
Alignment:
Q  46 gacaacagcgaatacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggta 145  Q
    |||||||  |||||| ||||||  || || |||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||| ||||| ||||    
T  4673096 gacaacacggaataccaaattcataacgaaaaagctttggaaatggtttatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttccaccgggtgacgatactggta 4672997  T
Q  146 tgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaa 245  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  |||   |   ||||||  |||| ||||||    
T  4672996 tgtttcgtaattgggacaatgattttcatggttacttggagaaacaatatccacttagtgtatcaagtgagtat---atgcatcatctcaactttttaaa 4672900  T
Q  246 caatattactccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaat 308  Q
    |||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  4672899 caataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 57 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 4644089 - 4643848
Alignment:
Q  57 atacgaaattcgaaatgataaagatttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaat 156  Q
    |||| ||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||| |||||   | ||||||||||||||||| |||    
T  4644089 ataccaaattcttaatgacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacaggtatgtttcgtaat 4643990  T
Q  157 tgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatattactc 256  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    || ||||||| || ||||| |    |||||| |||||||||||| |||   | ||    
T  4643989 tgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaatatccgctaagcgtatcaaatgattatgaa---catcatctaaactatttaaaaaatgccattc 4643893  T
Q  257 caaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagtt 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  4643892 caaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 328 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643666
Alignment:
Q  328 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagag 427  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||| ||||||    
T  4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
Q  428 tttttcagatttttatagat 447  Q
    | |||||||| || ||||||    
T  4643685 tctttcagatattcatagat 4643666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 325 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672673
Alignment:
Q  325 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaata 424  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||| |||| |||    
T  4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
Q  425 gagtttttcagatttttatag 445  Q
    |||  ||||||||||||||||    
T  4672693 gagcctttcagatttttatag 4672673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 347 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 4647619 - 4647505
Alignment:
Q  347 aagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatttttataga 446  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||| ||||||  |||| ||| ||||||||| || ||||||||    
T  4647619 aagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtttataga 4647522  T
Q  447 tgatatcttggctgaac 463  Q
    |||||| ||||||||||    
T  4647521 tgatattttggctgaac 4647505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 173; Significance: 9e-93; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 85 - 491
Target Start/End: Original strand, 18925483 - 18925886
Alignment:
Q  85 gagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggtatgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttgg 184  Q
    |||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18925483 gagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtatgtttcgttattgggacaacgattttcctcgttacttgg 18925582  T
Q  185 agaaagaatatccaaatagtgtatcaagtgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatattactccaaattacactgcaccagaagctgtata 284  Q
    ||||| ||||||||   |||||||||| || || |  |    || |||  |||||| |||||||||  | |||||| ||||| |||||||||| ||||||    
T  18925583 agaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatataaacaataccattccaaactacacggcaccagaagttgtata 18925679  T
Q  285 cttaactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacat 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||| || |||    
T  18925680 cttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgattctgcctttacttatttggtaagattgcat 18925779  T
Q  385 ttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtaatagagtttttcagatttttatagatgatatcttggctgaaccaatggctgatgtgatttact 484  Q
    ||||| |||||||||  || ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||  |||||||||||| | |    
T  18925780 ttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatttggctgaacgaaatgctgatgtgattcatt 18925879  T
Q  485 ggagtgg 491  Q
    |||||||    
T  18925880 ggagtgg 18925886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University