View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2555_low_3 (Length: 512)

Name: NF2555_low_3
Description: NF2555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2555_low_3
NF2555_low_3
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (1-494)||(22830684-22831177)
chr7 (1-494)||(22839705-22840198)
chr7 (49-490)||(22888993-22889434)
chr7 (28-490)||(22814707-22815169)
chr7 (31-494)||(22858142-22858608)
chr7 (49-490)||(22875623-22876058)
chr7 (48-481)||(22893653-22894077)
chr7 (48-490)||(22809341-22809786)
chr7 (51-399)||(22880294-22880642)
chr7 (58-490)||(22805028-22805451)
chr7 (49-490)||(22897973-22898405)
chr7 (48-262)||(22885325-22885539)
chr7 (310-490)||(22885559-22885736)
chr7 (49-288)||(22913375-22913605)
chr7 (49-308)||(22825959-22826209)
chr7 (415-490)||(22880631-22880706)
chr7 (395-477)||(22922209-22922291)
chr7 (349-435)||(22913669-22913755)
chr7 (391-477)||(22933300-22933386)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (28-490)||(21150572-21151034)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (380-438)||(15628278-15628336)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 494
Target Start/End: Original strand, 22830684 - 22831177
Alignment:
Q  1 aacagttaaaaatttggacnnnnnnnnctcagcaaatactcttactacaggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactc 100  Q
    |||||||||||||||||||        |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22830684 aacagttaaaaatttggacttttttttctcagcaaatactctttctccaggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactc 22830783  T
Q  101 caaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22830784 caaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatg 22830883  T
Q  201 ataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctg 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22830884 ataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctg 22830983  T
Q  301 cataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22830984 cataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatca 22831083  T
Q  401 ataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgt 494  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831084 attccaacatgattatcattgatatcatcaaactcaaaatttttacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgt 22831177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 494
Target Start/End: Original strand, 22839705 - 22840198
Alignment:
Q  1 aacagttaaaaatttggacnnnnnnnnctcagcaaatactcttactacaggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactc 100  Q
    |||||||||||||||||||        |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22839705 aacagttaaaaatttggacttttttttctcagcaaatactctttctccaggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactc 22839804  T
Q  101 caaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22839805 caaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatg 22839904  T
Q  201 ataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctg 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  22839905 ataacgtcggttgtgttggtttatgactaaaaccaacactaaatggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttg 22840004  T
Q  301 cataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatca 400  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||  |   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22840005 cataggatatccactggagagggataaatccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatca 22840104  T
Q  401 ataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgt 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | || || |||| ||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  22840105 ataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcactacttagaagagtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgccaccgtttccaatgt 22840198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 49 - 490
Target Start/End: Original strand, 22888993 - 22889434
Alignment:
Q  49 aggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgag 148  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||    
T  22888993 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatatactgagaagctaccattaaccctgttgaagatgag 22889092  T
Q  149 aatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactggag 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||| ||||  ||||||||| | ||| |    
T  22889093 aatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattggtg 22889192  T
Q  249 ctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatc 348  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| | ||||| |||||  | |    
T  22889193 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaattgaccataacc 22889292  T
Q  349 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacga 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889293 atcataatatcctgcaggagttgaatcagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcgttgatatcatcaaactcaaaattttgacga 22889392  T
Q  449 gtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889393 gtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 22889434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 28 - 490
Target Start/End: Original strand, 22814707 - 22815169
Alignment:
Q  28 ctcagcaaatactcttactacaggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgca 127  Q
    ||||||||||||| |||    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  22814707 ctcagcaaatactgttagcttaggaagttcagatatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccacccaagaatataatgagaagctaca 22814806  T
Q  128 atgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgac 227  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||| ||    
T  22814807 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattac 22814906  T
Q  228 taaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataa 327  Q
    ||  ||||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||| ||| |||||||||    
T  22814907 tagcaccaacactcattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgtataggaaatccattggaaagggataa 22815006  T
Q  328 attcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatca 427  Q
     | ||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22815007 ctccctgaattgaccatgatcattataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaataattgatatcgataccaacatggttatcattgatatca 22815106  T
Q  428 tcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 490  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22815107 tcaaactgcaaatcttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgttactgtttcca 22815169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 31 - 494
Target Start/End: Original strand, 22858142 - 22858608
Alignment:
Q  31 agcaaatactcttactacaggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatg 130  Q
    |||||||| |||||   ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||     
T  22858142 agcaaatattcttagctcaggaagtttagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgggaagctacaatt 22858241  T
Q  131 aaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgac--- 227  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||   ||| ||  |||||||  |        
T  22858242 accccggttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggtttaacaacat 22858341  T
Q  228 taaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataa 327  Q
    || |||||| | ||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||    
T  22858342 tacaaccaaaattaattggagctaatgtaacatcaatatttttcttcactccatcatattctatccatacctgcataggatatccactagaaagggataa 22858441  T
Q  328 attcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatca 427  Q
     |   ||||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  22858442 gtcgttgaatcgaccaatagcattatagtatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaattattgatgtcaataccagcatggttattattgatatca 22858541  T
Q  428 tcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttccaatgt 494  Q
    |||||||||| || ||||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  22858542 tcaaactcaagatcttgaatagtgtcaagctcaacagcaaacacatggttgctagtgtttccaatgt 22858608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 49 - 490
Target Start/End: Original strand, 22875623 - 22876058
Alignment:
Q  49 aggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgag 148  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| || |||||||||||||||    
T  22875623 aggaagttcagagatttcaagggtttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctaaaattaaacctgttgaagatgag 22875722  T
Q  149 aatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactggag 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||| |||      | ||   | |||||    
T  22875723 aatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattact------agcatctattggag 22875816  T
Q  249 ctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatc 348  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||| ||||||||||  |   ||    
T  22875817 ctaaagtaacatcaatcttttttttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattc 22875916  T
Q  349 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacga 448  Q
    ||| |||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||  | |   |  |    
T  22875917 atcgtaatatcctgtagaagttgaaatagctgatttcaaatcattgatatcaattccaacatggttatcatcgatatcattaaactcattagtcaaaaca 22876016  T
Q  449 gtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 490  Q
    |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22876017 gaatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 22876058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 48 - 481
Target Start/End: Original strand, 22893653 - 22894077
Alignment:
Q  48 caggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagct-gcaatgaaccctgttgaagatg 146  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||||  || |  ||||    
T  22893653 caggaagttcagagattacaaggttttgagcttgaccattaatcttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaaatgaacca-gtagctgatg 22893751  T
Q  147 agaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactgg 246  Q
    | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||          ||||| ||| |||    
T  22893752 aaaatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgttttggtttaa---------caacattaattgg 22893842  T
Q  247 agctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagta 346  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||  || |||| ||||| ||||| ||    
T  22893843 agctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaattgaccatta 22893942  T
Q  347 tcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgac 446  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |     
T  22893943 ccatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcacgattttcaa 22894042  T
Q  447 gagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgcta 481  Q
     ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  22894043 tagtatcaagttcaacaccaaaaacgtggttgcta 22894077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 48 - 490
Target Start/End: Original strand, 22809341 - 22809786
Alignment:
Q  48 caggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatga 147  Q
    ||||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |  |||  | ||||||||||||||    
T  22809341 caggaagtttagagatatcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagatagaatagaacctgttgaagatga 22809440  T
Q  148 gaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgac---taaaaccaacactaact 244  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||| || ||||||||  |    ||||||||||| ||| |    
T  22809441 gaatccaacatacatactagtgttaagaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacattaatt 22809540  T
Q  245 ggagctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccag 344  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||  ||||   | |||| ||||| |||||     
T  22809541 ggagctaaagtagcatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaaggctcatattcttgaattgaccat 22809640  T
Q  345 tatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttg 444  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | || |    
T  22809641 tactatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaatatggttatcattgatatcatcaaactcactacttag 22809740  T
Q  445 acgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 490  Q
    | |||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  22809741 aagagtatctagttcaacaccgaaaacatggttactactgtttcca 22809786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 51 - 399
Target Start/End: Original strand, 22880294 - 22880642
Alignment:
Q  51 gaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgagaa 150  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||| |||| |||||||||||| ||    
T  22880294 gaagctcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagctaaaattaaccttgttgaagatgataa 22880393  T
Q  151 tccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactggagct 250  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    || || ||||||||| | |||||||||||||||  ||||||    
T  22880394 tccaacatacatactattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgacaacaaatgtcgtgttggtttattattaaaaccaacactaatcggagct 22880493  T
Q  251 aaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcat 350  Q
    || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| | |||||||| ||  |||||    
T  22880494 aatgtaacctcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactggaaagggataaatccttgaatcgatcataatcat 22880593  T
Q  351 cataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatc 399  Q
    ||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22880594 cataatatcctgcagaaattgaatttactgatttcaaatcattgatatc 22880642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 58 - 490
Target Start/End: Original strand, 22805028 - 22805451
Alignment:
Q  58 agagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgagaatccaaca 157  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  22805028 agagattacaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgagaatccaaca 22805127  T
Q  158 tacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactggagctaaggtaa 257  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||  | |||||||         | |||||  |||||||||||| ||||    
T  22805128 tacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggttt---------aacaacataaactggagctaaagtaa 22805218  T
Q  258 catcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataata 357  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||  ||   | |||| | |||||  |||||| |||||    
T  22805219 catcaatctttttcttcactccatcataatcaatccatacctgtataggatttccactggaaaggtctactgttctgatttgaccatgatcatcgtaata 22805318  T
Q  358 tcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagc 457  Q
      |||||| ||||||   | ||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||||  |  | |||| |||||||||||| || |  |||||||||     
T  22805319 ggctgcagtagttgagacaactgatttcagatcattgatattaataccatcgtggttattgtcaacatcaccaaactcaaaatctttagaagtgtcaagt 22805418  T
Q  458 tcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 490  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22805419 tcaacaccaaaaacatggttgccactgtttcca 22805451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 173; E-Value: 8e-93
Query Start/End: Original strand, 49 - 490
Target Start/End: Original strand, 22897973 - 22898405
Alignment:
Q  49 aggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaa--tgaaccctgttgaagatg 146  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| || ||  ||||||  || |  ||||    
T  22897973 aggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaag-tgaaaactgaacca-gtagctgatg 22898070  T
Q  147 agaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactgg 246  Q
    | |||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||   |||||| ||||||||          ||||| ||| |||    
T  22898071 aaaatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggtttaa---------caacattaattgg 22898161  T
Q  247 agctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagta 346  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||  |||||| ||| | ||||| ||    
T  22898162 agctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccatta 22898261  T
Q  347 tcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgac 446  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | |   |     
T  22898262 acatcataatatcctgcaggagttgatttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcattaaactcactactaataa 22898361  T
Q  447 gagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 490  Q
     ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22898362 tagtatcaagttcaacaccaaaaacatggttgctactatttcca 22898405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 48 - 262
Target Start/End: Original strand, 22885325 - 22885539
Alignment:
Q  48 caggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatga 147  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  22885325 caggaagttcagagatttcaaggttttgagcttggctattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctacaattaaccctgttgaagatga 22885424  T
Q  148 gaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactgga 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  22885425 gaatccaacatacattctattgttgagtattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttatcactaaaaccaacactaattgga 22885524  T
Q  248 gctaaggtaacatca 262  Q
    ||||| |||||||||    
T  22885525 gctaaagtaacatca 22885539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 310 - 490
Target Start/End: Original strand, 22885559 - 22885736
Alignment:
Q  310 tccactggtaagggataaattcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaaca 409  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||   ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22885559 tccactggaaagggataaattcctgaatc---cataatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaata 22885655  T
Q  410 tggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 490  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22885656 tggttatcattgatttcatcaaactcaaaattttgatcagtgtcaagctcaataccaaaaacatggctgctactgtttcca 22885736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 49 - 288
Target Start/End: Original strand, 22913375 - 22913605
Alignment:
Q  49 aggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaatgaaccctgttgaagatgag 148  Q
    |||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||  | |||||||||||||||    
T  22913375 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 22913474  T
Q  149 aatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactggag 248  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||   |||||| |||||||         | ||||| ||| |||||    
T  22913475 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 22913565  T
Q  249 ctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattc 288  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22913566 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattc 22913605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 49 - 308
Target Start/End: Original strand, 22825959 - 22826209
Alignment:
Q  49 aggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgcaa--tgaaccctgttgaagatg 146  Q
    |||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||  ||||||  || |  ||||    
T  22825959 aggaagttcagaaattacaagattttgagcttgaccattaagcttaaaacttcaaccaagaatataatgagaag-tgaaaactgaacca-gtagctgatg 22826056  T
Q  147 agaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgactaaaaccaacactaactgg 246  Q
    |||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| |||   |||||| |||||||         | ||||| ||| |||    
T  22826057 agaatccaacatacatactattgttcaaaattggaggaagatctctggtcaatgaaaacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattgg 22826147  T
Q  247 agctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggat 308  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22826148 agctaaagtaacatcaatctttttattttcaccatcatattctatccatacctgcataggat 22826209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 415 - 490
Target Start/End: Original strand, 22880631 - 22880706
Alignment:
Q  415 atcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 490  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  22880631 atcattgatatcgtcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaacatggttgctaatgtttcca 22880706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 395 - 477
Target Start/End: Original strand, 22922209 - 22922291
Alignment:
Q  395 atatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 477  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| |||||| ||||||    
T  22922209 atatctataccaacatggttatcattaatatcaccaaactcaaaatcttgaacagtgtcaaactcaacagcaaaaagatggtt 22922291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 349 - 435
Target Start/End: Original strand, 22913669 - 22913755
Alignment:
Q  349 atcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactc 435  Q
    ||||||||||||||| | ||  || ||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  22913669 atcataatatcctgccgaagccgatttctctgatttcaaaccattgatatcaattccaacatggttgtcattgatatcatcgaactc 22913755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 391 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 22933386 - 22933300
Alignment:
Q  391 attgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggtt 477  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||  |||||||| ||| ||| |||||| ||||||    
T  22933386 attgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaactcaaagtcttgagcagtgtcaaactcgacagcaaaaatatggtt 22933300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 28 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 21151034 - 21150572
Alignment:
Q  28 ctcagcaaatactcttactacaggaaggtcagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgca 127  Q
    ||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21151034 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 21150935  T
Q  128 atgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtcttggtttatgac 227  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||  |  |||||| | |     
T  21150934 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 21150835  T
Q  228 taaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatccttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataa 327  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| | |||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||    
T  21150834 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 21150735  T
Q  328 attcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttgaattagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatca 427  Q
    ||   |||||| | || ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21150734 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttgagttagctgatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttattattgatatca 21150635  T
Q  428 tcaaactcaaaattttgacgagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 490  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150634 tcaaactcaaaatcttgaacagtgtcaagctcaacaccaaaaacatggttgctactgtttcca 21150572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000008; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 380 - 438
Target Start/End: Original strand, 15628278 - 15628336
Alignment:
Q  380 gatttcaaatcattgatatcaataccaacatggttatcattgatatcatcaaactcaaa 438  Q
    ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  15628278 gatttcaaaccattgatgtctataccaacatggttatcattaatatcatcaaacccaaa 15628336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University