View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2568_low_10 (Length: 457)

Name: NF2568_low_10
Description: NF2568
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2568_low_10
NF2568_low_10
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (18-441)||(38299732-38300155)
chr8 (30-435)||(38305663-38306068)
chr8 (18-440)||(38320477-38320899)
chr8 (71-433)||(38313023-38313388)
chr8 (18-435)||(38316379-38316799)
chr8 (45-440)||(38325251-38325649)
chr8 (19-435)||(38308385-38308796)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-435)||(38850546-38850966)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 441
Target Start/End: Original strand, 38299732 - 38300155
Alignment:
Q  18 atttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299732 atttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctga 38299831  T
Q  118 gacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctgagatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299832 gacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctgagatg 38299931  T
Q  218 tgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299932 tgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaa 38300031  T
Q  318 aatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaaga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38300032 aatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgacggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcattttaaaactgattgttgaaga 38300131  T
Q  418 ggggttgaaactagttagggatgt 441  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  38300132 ggggttgaaactagttagggatgt 38300155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 30 - 435
Target Start/End: Original strand, 38305663 - 38306068
Alignment:
Q  30 aagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgagacttatatctg 129  Q
    |||||||||| ||  |||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305663 aagagaaactgaagcttaaacaagaattggctaccattcctaataggatatctttaacttttgatttgtgggaatctaacactgctgagacttatatctg 38305762  T
Q  130 tttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctgagatgtgtgagagaatg 229  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  38305763 tttgactgcgcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttctcaacttctgtgttgttttacccactgtagccgagatgtgtgagagaatg 38305862  T
Q  230 gttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatc 329  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||||||| | || |||||||||||| | ||  ||  ||    
T  38305863 gttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagattttctctctcaatttagaggactcatttaaggacaacattttgcaagaacagttgaaatctc 38305962  T
Q  330 aacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaact 429  Q
    | |||| |||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38305963 atcttggtttggaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcacaggcattgttctgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttaaaact 38306062  T
Q  430 agttag 435  Q
    ||||||    
T  38306063 agttag 38306068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 440
Target Start/End: Original strand, 38320477 - 38320899
Alignment:
Q  18 atttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctga 117  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||  |||||||  |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||| | ||    
T  38320477 atttgtacacgaaagcgaaactcaagcttaaacaggatttggctaccattcctaataggatatctttaactgttgatctgtgggaatcatgcactaccga 38320576  T
Q  118 gacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctgagatg 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||||  ||||   ||||||| | ||||||||    
T  38320577 gacttatatttgtttgaccgctcattttgctgacgcgaattggaaattaaagagtaaggttctcaccttctgtactgttgatcccactggagctgagatg 38320676  T
Q  218 tgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaa 317  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||| | ||||||||||||     
T  38320677 tgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaagatcttctctctcactttagatgattcatctgagaatgacattttgcaagaac 38320776  T
Q  318 aatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaaga 417  Q
     |||  ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  38320777 tattgaaaactcaacttggtttgcaaaatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttatgcacgtgttttaaaattgattgttgaaga 38320876  T
Q  418 ggggttgaaactagttagggatg 440  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  38320877 ggggttgaaactagttagtgatg 38320899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 71 - 433
Target Start/End: Original strand, 38313023 - 38313388
Alignment:
Q  71 aataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaata 170  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  38313023 aataggatatctttaacttttgatttgtgggaatctaatactactgagacttatatttgtttgactgctcatttcgttgatgcgaattggaagttaaata 38313122  T
Q  171 gtaaggttcttaatttctgtcttgttttaccc----actgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaaga 266  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||| ||||    |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  38313123 gtaaagttctcaacttctgtcttgttt-accctcctactggagctgagatgtgtgagagaatggttgagtttttgagtgattggggaatagagaaaaaga 38313221  T
Q  267 ttttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatgggga 366  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| | |||||||||||| ||||  |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  38313222 ttttctctctcactttagatgattcatctgagaatgacattttgcaagaacaattaaaaaatcaactttgtttgcaaaatgggttgttatgtgatggaga 38313321  T
Q  367 gttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagtt 433  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||    
T  38313322 gttctttcatgtgcattgttttgcccgcgttttaaacctgattgttgatgaagggttaaaactagtt 38313388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 18 - 435
Target Start/End: Original strand, 38316379 - 38316799
Alignment:
Q  18 atttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctga 117  Q
    ||||||||||  |||||||||| ||  |||||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||    
T  38316379 atttgtacacgaaagagaaactaaagcttaaacaagaattggctagcattcctaataggatatctttaacttttgatttgtgggaatctaacaccactga 38316478  T
Q  118 gacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccac----tgtatctga 213  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||  ||||||||| |||| |    || | | ||    
T  38316479 gacttatatttgtttgacagctcattttgttgacgcgaattggaagttgaatagtaaggttctcaactttcgtcttgttt-accctcctattgcagcgga 38316577  T
Q  214 gatgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaa 313  Q
    ||| |  ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  || ||| |    
T  38316578 gatttcggagagaatgattgaattgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactttagatgattcatttgagaataatgttatgcta 38316677  T
Q  314 gaaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttg 413  Q
    ||| ||||  |||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  38316678 gaacaattgaaaaatcaactttgtttgcgaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcatgcgttttaaaactgattgctg 38316777  T
Q  414 aagaggggttgaaactagttag 435  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  38316778 aagaggggttaaaactagttag 38316799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 45 - 440
Target Start/End: Original strand, 38325251 - 38325649
Alignment:
Q  45 ttaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgagacttatatctgtttgaccgctcattt 144  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||  | |||| || ||| |||||||||||||    
T  38325251 ttaaacaacaattggctaccattcctaatagggtatctttaacttttgatttgtgggaatcttgcactactatgccttacatttgtctgaccgctcattt 38325350  T
Q  145 tgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacc---cactgtatctgagatgtgtgagagaatggttgagttcttg 241  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||| |  ||   |||||    |||||||||||| |||||| |||| || |||    
T  38325351 tgttgacgcgaattggaaggtaaatagtaaggttctcaatttctgtagtgtctaccctgacactggtggtgagatgtgtgaaagaatgattgaattgttg 38325450  T
Q  242 aatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaagaaaaatttcaaaatcaacttgttttgc 341  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||| |  |||||||  || | |||||| ||||  ||  ||| |||| |||||    
T  38325451 aatgattggggaatagagaaaaagattttttctcttactttagatgattcagtcgagaataatgttctacaagaacaattgaaatctcatcttggtttgc 38325550  T
Q  342 ataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaagaggggttgaaactagttagggatg 440  Q
    | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  38325551 aaaatgggttgttgtgtgatggagagttctttcacgggcactgttttgcacgtgttttaaatctgattgttgaagacgggttgaaactagttagtgatg 38325649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Original strand, 38308385 - 38308796
Alignment:
Q  19 tttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctgag 118  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||  | |||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||  |||||||||||   ||| |||      
T  38308385 tttgtacacggaagagaaacataagctcaaacaacaactggctaccattccttataagatatctttaacctttgagttgtgggaatcttgtactactggc 38308484  T
Q  119 acttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttaccc---actgtatctgaga 215  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||    |||| | |  | |    
T  38308485 acttatatttgtttatccgctcattttgttggcgcggattggaagttaaatagtaagcttttcaatttctgtcttgttttccctcctactggagcctata 38308584  T
Q  216 tgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaaga 315  Q
    |||||||||||||||||||        ||||||||||| ||||| |||||||||| ||  | |||||||| ||||||||| |||||||  || ||||| |    
T  38308585 tgtgtgagagaatggttga--------atgattggggagtagagaaaaagattttttcatttactttagatgattcatttgagaataatgttctgcaaca 38308676  T
Q  316 aaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttgaa 415  Q
    | ||||  | | |||||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  38308677 acaattgaagactcaacttggtttggaaaatgggttgttatgtgatggagagttctttcatgctcattgttttgcacatgttttaaaactgattgttgaa 38308776  T
Q  416 gaggggttgaaactagttag 435  Q
    |||||||  |||||||||||    
T  38308777 gaggggtgtaaactagttag 38308796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 18 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 38850966 - 38850546
Alignment:
Q  18 atttgtacactgaagagaaactcaatattaaacaacagctggctactattcctaataggatatctttaacttttgatctgtgggaatctaacactgctga 117  Q
    ||||||||||  |||||||||  ||  ||||||||||  |  |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  38850966 atttgtacacgaaagagaaacctaagcttaaacaacaattaactaccattcctaataggatatctttatcttttgatttgtgggaatctaacactactga 38850867  T
Q  118 gacttatatctgtttgaccgctcattttgttgacgcggattggaagttaaatagtaaggttcttaatttctgtcttgttttacccactgtatctg---ag 214  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||  ||  ||     ||   ||    
T  38850866 gacttatatttgtttgactgctcattttgttgacgcgaattggaagttaaatagtaaggttatcaatttccgtcttgtttatcctcctactagtggggag 38850767  T
Q  215 atgtgtgagagaatggttgagttcttgaatgattggggaatagaggaaaagattttctctctcactttagaagattcatttaagaataaaattttgcaag 314  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||| | ||||| | ||||||||||    
T  38850766 atttgtgagagaatggttgagttgttgaatgattggggaatagagaaaaagattttctctctcactattgatgattcatctgagaatgagattttgcaag 38850667  T
Q  315 aaaaatttcaaaatcaacttgttttgcataatgggttgttatgtgatggggagttctttcacgggcattgttttgcacgcgttttaaaactgattgttga 414  Q
    || ||||  ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| | ||| |||||    
T  38850666 aacaattgaaaactcaacttgttttgcaaaatggtttgttatgtgatggagagttctttcatgtgaattgttttgcacgcgttttaaatcagatagttga 38850567  T
Q  415 agaggggttgaaactagttag 435  Q
    ||| | ||| |||||||||||    
T  38850566 agaagcgttaaaactagttag 38850546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University