View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2572_high_1 (Length: 478)

Name: NF2572_high_1
Description: NF2572
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2572_high_1
NF2572_high_1
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (19-471)||(5315482-5315932)
chr8 (19-223)||(5308505-5308709)
chr8 (19-223)||(5280640-5280844)
chr8 (19-221)||(14947878-14948080)
chr8 (23-223)||(5288653-5288853)
chr8 (27-220)||(15127279-15127472)
chr8 (302-466)||(5309054-5309218)
chr8 (302-464)||(5288016-5288178)
chr8 (278-458)||(14947254-14947433)
chr8 (302-464)||(5280289-5280451)
chr8 (348-464)||(15127672-15127788)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-464)||(31524491-31524951)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (57-124)||(113952-114019)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 471
Target Start/End: Original strand, 5315482 - 5315932
Alignment:
Q  19 tactgtaagagcattcaacatggtagatggattttacaaaaactacttaaaacttgtggacaaagatgcttcattgttctttcattctaatgtgggaatg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315482 tactgtaagagcattcaacatggtagatggattttacaaaaactacttaaaacttgtggacaaagatgcttcattgttctttcattctaatgtgggaatg 5315581  T
Q  119 gaatggatggttataaggattgaagcacttcaaaatttaactctcatcaccgcagctttgttgctaattcttgttcctcgtggatatgtgtccccaggta 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  5315582 gaatggatggttataaggattgaagcacttcaaaatttaactatcatcaccgcagctttgttgctaattcttgttcctcgtggatacgtgtcgccaggta 5315681  T
Q  219 ataatgttgcataagagatcatctgcgatgacatgattttgctaatactgacaattctcggcaattctcctgttctttgtctccaggacttgtgggactg 318  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  5315682 ataatgttgcataagagatcatatgtgatgacatgattttgctaatactgacaattctcggcaattctcctgttc--tgtctccaggacttgtgggactg 5315779  T
Q  319 tctctttattatgctttaattttgacatcagcccaaatattttggactcgatggttttccaacttatcgaactacattatctctgttgaaagaatcaatc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315780 tctctttattatgctttaattttgacatcagccccaatattttggactcgatggttttccaacttatcgaactacattatctctgttgaaagaatcaatc 5315879  T
Q  419 agttcattcacattccatttgagcctcctgccattgtggagaataatctaccc 471  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5315880 agttcattcacgttccatttgagcctcctgccattgtggaggataatcgaccc 5315932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 223
Target Start/End: Original strand, 5308505 - 5308709
Alignment:
Q  19 tactgtaagagcattcaacatggtagatggattttacaaaaactacttaaaacttgtggacaaagatgcttcattgttctttcattctaatgtgggaatg 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  5308505 tactataagagcattcaacatggtagatagattttacaaaaattacttaaaacttgtggactcagatgcttcattgttctttcattctaatgtggccatg 5308604  T
Q  119 gaatggatggttataaggattgaagcacttcaaaatttaactctcatcaccgcagctttgttgctaattcttgttcctcgtggatatgtgtccccaggta 218  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||    
T  5308605 gaatgggtggttttaaggattgaagcaattcaaaatataactgtcatcactgcagctttgttgcttattctacttccttgtggatatgtgtccccaggta 5308704  T
Q  219 ataat 223  Q
     ||||    
T  5308705 gtaat 5308709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 5280844 - 5280640
Alignment:
Q  19 tactgtaagagcattcaacatggtagatggattttacaaaaactacttaaaacttgtggacaaagatgcttcattgttctttcattctaatgtgggaatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  5280844 tactgtaagagcattcaacatggtagacagatttttcaaaaactacttaaaacttgtggacacagatgcttcattgttctttcattctaatgtggcgatg 5280745  T
Q  119 gaatggatggttataaggattgaagcacttcaaaatttaactctcatcaccgcagctttgttgctaattcttgttcctcgtggatatgtgtccccaggta 218  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| |||||   |||||  |||||||| || |||||||    
T  5280744 caatggatggttttaaggattgaagcacttcaaaacttgactgtcatcacagcagctttgttgcttattctacatcctcagggatatgtatcaccaggta 5280645  T
Q  219 ataat 223  Q
    |||||    
T  5280644 ataat 5280640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 14948080 - 14947878
Alignment:
Q  19 tactgtaagagcattcaacatggtagatggattttacaaaaactacttaaaacttgtggacaaagatgcttcattgttctttcattctaatgtgggaatg 118  Q
    |||||||||||||||   |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14948080 tactgtaagagcatttggcatggtagacagatttttcaaaaactacttaaaacttgtggacacagatgcttcattgttctttcattctaatgtggcaatg 14947981  T
Q  119 gaatggatggttataaggattgaagcacttcaaaatttaactctcatcaccgcagctttgttgctaattcttgttcctcgtggatatgtgtccccaggta 218  Q
    |||||| | ||| ||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||| || | |||||  ||||||| |||||||| || |||||||    
T  14947980 gaatgggtagttgtaagggttgaagcacttcaaaacttgactgtcatcactgcagctttgctgattattctacttcctcggggatatgtatcgccaggta 14947881  T
Q  219 ata 221  Q
    |||    
T  14947880 ata 14947878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 23 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 5288853 - 5288653
Alignment:
Q  23 gtaagagcattcaacatggtagatggattttacaaaaactacttaaaacttgtggacaaagatgcttcattgttctttcattctaatgtgggaatggaat 122  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||    
T  5288853 gtaagatcattcaacatggtagacagatttttcaaaaactacttgaaacttgtggacacagatgcttcattgttctttcattcaaatggggccatggaat 5288754  T
Q  123 ggatggttataaggattgaagcacttcaaaatttaactctcatcaccgcagctttgttgctaattcttgttcctcgtggatatgtgtccccaggtaataa 222  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||| | ||||| |||||  ||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  5288753 gggtggttttaaggattgaagcacttcaaaacttgactgtcatcactgcagctcttttgcttattctacttcctcagggatatgtatccccaggtaataa 5288654  T
Q  223 t 223  Q
    |    
T  5288653 t 5288653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 27 - 220
Target Start/End: Original strand, 15127279 - 15127472
Alignment:
Q  27 gagcattcaacatggtagatggattttacaaaaactacttaaaacttgtggacaaagatgcttcattgttctttcattctaatgtgggaatggaatggat 126  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |    
T  15127279 gagcattcaacatggtagacagatttttcaaaaactacttaaaacttgtggatacagatgcttcattgttctttcattccaatgtggcaatggaatggtt 15127378  T
Q  127 ggttataaggattgaagcacttcaaaatttaactctcatcaccgcagctttgttgctaattcttgttcctcgtggatatgtgtccccaggtaat 220  Q
     ||| |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||||| | || |||||  ||||||   ||||| | ||||||||||||    
T  15127379 agttttaaggattgaagcacttctaaatttgactgtcatcactgcagctttgctactcattctacttcctcaaagatatctatccccaggtaat 15127472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 302 - 466
Target Start/End: Original strand, 5309054 - 5309218
Alignment:
Q  302 caggacttgtgggactgtctctttattatgctttaattttgacatcagcccaaatattttggactcgatggttttccaacttatcgaactacattatctc 401  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  5309054 caggccttgtgggactgtctctttcttatgcttttaccttgacaggagcccaaatattttggactcgatggttttccaacttatcaaactatattatctc 5309153  T
Q  402 tgttgaaagaatcaatcagttcattcacattccatttgagcctcctgccattgtggagaataatc 466  Q
    ||| ||||||||||| || ||||||||||| |||  | |||||||  |||||||||| |||||||    
T  5309154 tgtcgaaagaatcaaccaattcattcacataccagctaagcctccctccattgtggataataatc 5309218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 302 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 5288178 - 5288016
Alignment:
Q  302 caggacttgtgggactgtctctttattatgctttaattttgacatcagcccaaatattttggactcgatggttttccaacttatcgaactacattatctc 401  Q
    |||| |||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||    
T  5288178 caggccttgtggggctgtctctttcttatgcttttactttgacaggagcccaaatattttggagtagatggttttccaacttatcaaaccatattatctc 5288079  T
Q  402 tgttgaaagaatcaatcagttcattcacattccatttgagcctcctgccattgtggagaataa 464  Q
     |||||||||||||| || ||||||||||| |||  ||| || |||||||||||||| |||||    
T  5288078 cgttgaaagaatcaaccaattcattcacataccagctgaaccgcctgccattgtggataataa 5288016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 278 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 14947433 - 14947254
Alignment:
Q  278 ggcaattctcctgttctttgtctccaggacttgtgggactgtctctttattatgctttaattttgacatcagcccaaatattttggactcgatggttttc 377  Q
    ||||| ||||||||||| ||| | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14947433 ggcaactctcctgttctgtgt-tgcaggccttgttggactgtctctttcttatgcttttaccttgacaggagcccaaatattttggactagatggttttc 14947335  T
Q  378 caacttatcgaactacattatctctgttgaaagaatcaatcagttcattcacattccatttgagcctcctgccattgtgga 458  Q
     || ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||  ||||||||||||| |||||||    
T  14947334 aaatttatcaaaccatattatctctgttgaaagaatcaaacaattcattaacataccagctgagcctcctgccgttgtgga 14947254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 302 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 5280451 - 5280289
Alignment:
Q  302 caggacttgtgggactgtctctttattatgctttaattttgacatcagcccaaatattttggactcgatggttttccaacttatcgaactacattatctc 401  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||    ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| || ||||| ||||||||    
T  5280451 caggccttgtgggactgtctctttcttatgctttttccttgacaggagcccaagtattttggactcgatggtttaacaacttgtcaaactatattatctc 5280352  T
Q  402 tgttgaaagaatcaatcagttcattcacattccatttgagcctcctgccattgtggagaataa 464  Q
     |||||||||||||| || ||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5280351 cgttgaaagaatcaagcaattcattcacataccagctgagcctcccgccattgtggataataa 5280289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 348 - 464
Target Start/End: Original strand, 15127672 - 15127788
Alignment:
Q  348 agcccaaatattttggactcgatggttttccaacttatcgaactacattatctctgttgaaagaatcaatcagttcattcacattccatttgagcctcct 447  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||  ||||||||||    
T  15127672 agcccaaatattttggactagatggttttccaacttatcaaattatatcatctctgttgaaagaatcaagcaattcattcacataccagctgagcctcct 15127771  T
Q  448 gccattgtggagaataa 464  Q
    ||||||||||| |||||    
T  15127772 gccattgtggataataa 15127788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 19 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 31524951 - 31524491
Alignment:
Q  19 tactgtaagagcattcaacatggtagatggattttacaaaaactactt-aaaacttgtggacaaagatgcttcattgttctttcattctaatgtgggaat 117  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  || ||   ||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||| |  ||||||||||||||||||| |  ||    
T  31524951 tactataagagcattcaacatggtagacagacttatgaaatactactttaaaacttgtcgacacagatgctacgctgttctttcattctaatgttgccat 31524852  T
Q  118 ggaatggatggttataaggattgaagcacttcaaaatttaactctcatcaccgcagctttgttgctaattcttgttcctcgtggatatgtgtccccaggt 217  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||  | ||||| ||||| |||||||| |||||  |||||| |||||||||||| ||||||    
T  31524851 ggagtggatggttataaggattgaggcacttcaaactttgacagttatcactgcagcattgttgcttattctacttcctcatggatatgtgtctccaggt 31524752  T
Q  218 a---ataatgttgcataaga-gatcatctgcga---tgacatgattttgc---taatactgac----aattctcggcaattctcctgttctttgtctcca 303  Q
    |   ||| | |||||||| | | ||   |||||   |||||||||||||    ||||||||||    || ||| || |||||| ||||| | ||| | ||    
T  31524751 acttatagtattgcataaaaaggtcgattgcgacgatgacatgattttgacgataatactgactgctaactcttggaaattcttctgttgtgtgtgtgca 31524652  T
Q  304 ggacttgtgggactgtctctttattatgctttaattttgacatcagcccaaatattttggactcgatggttttccaacttatcgaactacattatctctg 403  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||  |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| |||| ||||| |    
T  31524651 ggacttgtgggactgtctctttcgtatgcttttaatttgacaggagcccagatattttggactagatggttttccaccttatcaaacaacataatctcgg 31524552  T
Q  404 ttgaaagaatcaatcagttcattcacattccatttgagcctcctgccattgtggagaataa 464  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||||||||   || |||||||||||| ||||| ||||    
T  31524551 ttgaaagaatcaagcagttcatcgacattccagccgaacctcctgccattatggaggataa 31524491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 57 - 124
Target Start/End: Original strand, 113952 - 114019
Alignment:
Q  57 aaaactacttaaaacttgtggacaaagatgcttcattgttctttcattctaatgtgggaatggaatgg 124  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  113952 aaaactacttaaaacttgtggacacagatgcttcattgttctttcattctaatgtggcaatggaatgg 114019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University