View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2580_high_11 (Length: 428)

Name: NF2580_high_11
Description: NF2580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2580_high_11
NF2580_high_11
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (20-418)||(15885621-15886019)
chr1 (20-418)||(12609848-12610246)
chr1 (20-418)||(12636944-12637339)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (25-347)||(62101-62423)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (34-348)||(21779770-21780084)
chr6 (59-210)||(12438286-12438437)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (34-348)||(23145877-23146191)
chr3 (45-348)||(23039009-23039312)
chr3 (35-306)||(23036128-23036399)
chr3 (59-300)||(22971933-22972174)
chr3 (29-348)||(23148710-23149029)
chr3 (59-289)||(22946386-22946616)
chr3 (62-348)||(23024257-23024543)
chr3 (31-336)||(23140000-23140305)
chr3 (29-306)||(23032666-23032928)
chr3 (29-260)||(23017014-23017245)
chr3 (33-323)||(22941328-22941618)
chr3 (33-323)||(22831791-22832081)
chr3 (59-278)||(22986259-22986478)
chr3 (179-262)||(22916686-22916769)
[»] scaffold0554 (1 HSPs)
scaffold0554 (29-344)||(6487-6802)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (33-323)||(5593984-5594274)
chr8 (59-260)||(23610199-23610400)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (51-125)||(2433634-2433708)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (140-216)||(41465802-41465878)
chr5 (49-125)||(7154485-7154561)
chr5 (50-201)||(31187742-31187893)
chr5 (50-201)||(31225885-31226036)
chr5 (50-125)||(31177679-31177754)
chr5 (166-210)||(41654614-41654658)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (184-246)||(55955001-55955063)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 20 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 15886019 - 15885621
Alignment:
Q  20 aatgaaagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgt 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  15886019 aatgcaagtgccaactcaacatttaccaaaccaaatgttatgcccgggcatattcttcttccagaaccaaaaggaatgtactcaaaattattccctttat 15885920  T
Q  120 aatcaaaagagctaccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcacctt 219  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  15885919 agtcaatagagctaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccaatactttggatctcttccaatcgcccatgcattgactatcacctt 15885820  T
Q  220 acttttgattggtatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttc 319  Q
     |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  15885819 gcttttggttggtatatgataaccatcaatctcacatgcttgttcacattctcttggaagtaaaagaggagctggagggtgtaaccttaaggtctctttc 15885720  T
Q  320 acaattgacttcaaatatttgagttcattaagaaagttctcatcaacaactccttttgcgttgaacatttctctaacttcagtttgtgctttcttcatc 418  Q
    |||| ||||||||||||  |||| ||||||| | |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  15885719 acaactgacttcaaataagtgagctcattaatatagttctcaccaacaattccttttgtgttgaacatttctcttacttcatcttgtgctttcttcatc 15885621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 418
Target Start/End: Original strand, 12609848 - 12610246
Alignment:
Q  20 aatgaaagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgt 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  12609848 aatgcaagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgtgctacctggacatattcttcttccagcaccaaagggaatgtactcaaaattattccctttgt 12609947  T
Q  120 aatcaaaagagctaccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcacctt 219  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  12609948 agtcaatagagctaccgatgaatctctccggataaaacttctctggttcagtccagtactttggatctcttccaatcgcccatgcattgactatcacctt 12610047  T
Q  220 acttttgattggtatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttc 319  Q
     ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  12610048 gcttttgattggtatacgatacccatcaatctcacatgcttgtccacattctcttggaagtaaaagaggacctggaggatgtaaccttaaggtctctttc 12610147  T
Q  320 acaattgacttcaaatatttgagttcattaagaaagttctcatcaacaactccttttgcgttgaacatttctctaacttcagtttgtgctttcttcatc 418  Q
    |||| |||||| |||||  |||||||||| | | | || || ||||||  ||||||   |||||| || ||||| || |||  ||||||||||||||||    
T  12610148 acaactgactttaaataagtgagttcatttatacaattttcttcaacatttcctttcatgttgaatatatctcttacctcatcttgtgctttcttcatc 12610246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 20 - 418
Target Start/End: Original strand, 12636944 - 12637339
Alignment:
Q  20 aatgaaagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgt 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  12636944 aatgcaagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgtgatgcctgggcatattcttcttcctgcaccaaaaggaatgtactcaaaattatttcctttgt 12637043  T
Q  120 aatcaaaagagctaccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcacctt 219  Q
    | |||| ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  12637044 agtcaatagagctaccaatgaatctctctggatgaaacctctctggttcagtccagtactttggatctctaccaattgtccatgcatttactatcacctt 12637143  T
Q  220 acttttgattggtatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttc 319  Q
    |||||||  |||||||||||| || ||||| ||||||||||||  |||||||||   || ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  12637144 acttttggctggtatatgatacccttcaatttcacatgcttgtccacattctct---aagtaaaagaggagttggagggtgtaaccttagagtctctttc 12637240  T
Q  320 acaattgacttcaaatatttgagttcattaagaaagttctcatcaacaactccttttgcgttgaacatttctctaacttcagtttgtgctttcttcatc 418  Q
    || | | |||||||||||| ||||||||| | | |||| ||| |||||  ||||||   |||||| |||| ||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  12637241 actactaacttcaaatattcgagttcatttatatagttttcaccaacagttcctttcttgttgaatatttttctcacttcatattgtgctttcttcatc 12637339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 151; Significance: 9e-80; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 25 - 347
Target Start/End: Original strand, 62101 - 62423
Alignment:
Q  25 aagtgccaactcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatca 124  Q
    |||||||| ||||| | | |||||||||||| |  ||||||| ||||||||| |||| || || |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||    
T  62101 aagtgccagctcaagactcatcaaaccaaatttactgcctgggcatattctttttccagcaccaaaaggaatgtactcgaaattattcccgttgtagtca 62200  T
Q  125 aaagagctaccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttt 224  Q
    | ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||  |||    
T  62201 atagaactaccaatgaatctctctggataaaacctctctggttccgtccagtaccttggatctcttccgattgcccatgcattaactatcagctttgttt 62300  T
Q  225 tgattggtatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaat 324  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  62301 tcattggtatatgatacccatcaatctcacatgcttctctacattctcttggaagtaaaagagcacctggggggtgtaacctcagggtctctttcacaat 62400  T
Q  325 tgacttcaaatatttgagttcat 347  Q
    ||||||||  |||||||||||||    
T  62401 tgacttcacgtatttgagttcat 62423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 34 - 348
Target Start/End: Original strand, 21779770 - 21780084
Alignment:
Q  34 ctcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagcta 133  Q
    ||||| |||| |||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||  | |||| |  ||||    
T  21779770 ctcaatatttctcaaaccaaatgtgctccctgggcatattcttcttccggcaccaaatggaatgtactcaaaattactccctttaaagtcaatatcgcta 21779869  T
Q  134 ccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggta 233  Q
     ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||| | || || || |    
T  21779870 tcgatgaatctctctggataaaacatctctggttcagtccagtagtttggatctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttagtcttaatcggaa 21779969  T
Q  234 tatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaattgacttcaa 333  Q
    | || || ||||  || |||||||||||  |||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| |||| ||| |||||    
T  21779970 tgtggtaaccatttatatcacatgcttgactacattctctcggtaacaaaagaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactgatttcaa 21780069  T
Q  334 atatttgagttcatt 348  Q
    ||| |||||||||||    
T  21780070 ataattgagttcatt 21780084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 210
Target Start/End: Original strand, 12438286 - 12438437
Alignment:
Q  59 atgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctaccgatgaatctctccggataaaacc 158  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| ||  |||| ||||||| ||||||||||||||  |  | | | || |||||||| |||| ||||     
T  12438286 atgccgggacacattcttcttccagcaccaaaaggtataaactcgaaattagaccctttgtaatcaattggacaatcaataaatctctcaggattaaact 12438385  T
Q  159 tctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcac 210  Q
    | ||   |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  12438386 tttctccttcattccaatactttgggtctcttccaattgcccatgcattcac 12438437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 34 - 348
Target Start/End: Original strand, 23145877 - 23146191
Alignment:
Q  34 ctcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagcta 133  Q
    ||||| |||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||| |  |||     
T  23145877 ctcaatatttgtcaaaccaaatgtgctccctggacatattcttcttccagcaccaaaaggaatgtactcaaagttactccctttatagtcaatatcgctg 23145976  T
Q  134 ccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggta 233  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||||| ||| |||||| ||||| |||| ||||||| | || || ||||    
T  23145977 tcgatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagtagtttggatctcttgcaactgcccaagcattgactaacaccttagtcttaatcggta 23146076  T
Q  234 tatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaattgacttcaa 333  Q
    | ||||| ||||  || |||||| ||||  |||||||||| || |  |||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||| |||| | | |||||    
T  23146077 tgtgataaccatttatatcacattcttgactacattctctcggtaacaaaagaggtgctggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaatttcaa 23146176  T
Q  334 atatttgagttcatt 348  Q
    ||| |||||||||||    
T  23146177 ataattgagttcatt 23146191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 45 - 348
Target Start/End: Original strand, 23039009 - 23039312
Alignment:
Q  45 tcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctaccgatgaatct 144  Q
    |||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| | ||||| || ||||  | |||  | | ||||||    
T  23039009 tcaaaccaaatgtgctccctgggcatattcttcttccggcaccaaaaggaatgtactcataattacttcctttatagtcaatggcgctgtcaaggaatct 23039108  T
Q  145 ctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggtatatgatatcca 244  Q
    ||| |||||||| ||||| || |||||||| || |||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| |||    
T  23039109 ctctggataaaatctctccggctcagtccagtaatttggatctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttactcttaataggtatgtgataacca 23039208  T
Q  245 tcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaattgacttcaaatatttgagtt 344  Q
    |  |||||||||| |||   |||||||||||| |  |||||||| | ||||||||||||||| |  || ||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  23039209 tttatctcacatgtttgacgacattctcttggcagcaaaagaggtgttggagggtgtaacctcagggtttctttgacaactgacttcaaataattgagtt 23039308  T
Q  345 catt 348  Q
    ||||    
T  23039309 catt 23039312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 35 - 306
Target Start/End: Original strand, 23036128 - 23036399
Alignment:
Q  35 tcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctac 134  Q
    |||| |||| |||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| || |||      
T  23036128 tcaatatttctcaaaccaaatgtgctccctgggcatattcttcttccggcaccaaaaggaatgtactcaaagttactccctttgtagtcaatagcgctgt 23036227  T
Q  135 cgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggtat 234  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||| ||||| | | | |||||||| || || |||||    
T  23036228 cgatgaatctctcgggataaaatctctctggttcagtccagtaatttggatctcttgcaattgcccaagcatttattgttaccttactcttaataggtat 23036327  T
Q  235 atgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaacct 306  Q
     ||||| ||||  ||| ||||||||||   ||| |||||||| |  |||||||| | |||||||||||||||    
T  23036328 gtgataaccatttatcacacatgcttgaacacactctcttggtagcaaaagaggtgttggagggtgtaacct 23036399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 59 - 300
Target Start/End: Original strand, 22971933 - 22972174
Alignment:
Q  59 atgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctaccgatgaatctctccggataaaacc 158  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||| | || ||||| || |||||||||     
T  22971933 atgcctggacaaattcttcttccagcaccaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaagagaactatcaataaatctttcaggataaaact 22972032  T
Q  159 tctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggtatatgatatccatcaatctcacatgc 258  Q
    | || || ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  22972033 tatctggatcagtccaatattttggatcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctacttttgattggtatgtgataaccatcaatctcacaagc 22972132  T
Q  259 ttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtg 300  Q
    ||||  |||  | ||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  22972133 ttgtccacacacccttggtactaaaagaggaccaggagggtg 22972174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 348
Target Start/End: Original strand, 23148710 - 23149029
Alignment:
Q  29 gccaactcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaag 128  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||| |  | ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||||| || |||| |     
T  23148710 gccagctcaatatttctcaaaccaaatatgctccctgggcatattcttcttccggcaccaaaaggaatgtactcgaagttactccctttatagtcaatat 23148809  T
Q  129 agctaccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgat 228  Q
     |||  | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||| ||| | || ||    
T  23148810 cgctttcaatgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagtagtttgaatctcttgcaattgcccaagcattgattatcactttagtcttaat 23148909  T
Q  229 tggtatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaattgac 328  Q
     || || ||||| ||||  || ||||| |||||  |||||||||| || |  |||||||| || |||||||||| |||||| || ||||| |||| | |     
T  23148910 cggaatgtgataaccatttatatcacacgcttgactacattctctcggtaacaaaagaggtgccggagggtgtagccttaaggtttctttgacaactaat 23149009  T
Q  329 ttcaaatatttgagttcatt 348  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  23149010 ttcaaataattgagttcatt 23149029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 59 - 289
Target Start/End: Original strand, 22946386 - 22946616
Alignment:
Q  59 atgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctaccgatgaatctctccggataaaacc 158  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||| | || ||||| || |||||||||     
T  22946386 atgcccggacaaattctccttccggcaccaaatggaatgtactcaaaatttgttcctttgaaatcaacagaactatcaataaatctttcaggataaaact 22946485  T
Q  159 tctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggtatatgatatccatcaatctcacatgc 258  Q
    | || || ||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||| | ||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  22946486 tatctggatcagtccaatattttggatcccttccaattgcccaagcattgattatcaccctactattgattggtatgtgataaccatcaatctcacatgc 22946585  T
Q  259 ttgtgtacattctcttggaactaaaagagga 289  Q
    ||||| |||  | || |||| ||||||||||    
T  22946586 ttgtgcacacaccctaggaattaaaagagga 22946616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 62 - 348
Target Start/End: Original strand, 23024257 - 23024543
Alignment:
Q  62 cctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctaccgatgaatctctccggataaaacctct 161  Q
    |||||||||||||||| ||| || || |||||||| |||||||| ||| ||||||| || |||| |   ||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  23024257 cctggacatattcttcgtcccgcaccaaaaggaatatactcaaagttactccctttatagtcaatatcactatcgatgaatctctctggataaaacctct 23024356  T
Q  162 caggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggtatatgatatccatcaatctcacatgcttg 261  Q
    | ||||| ||||| || |||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| | ||  |||| || | ||| || || |||| ||||| |||    
T  23024357 ctggttcggtccagtaatttggatctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttagtcttagttggaatgtcataaccgtctatcttacatgattg 23024456  T
Q  262 tgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaattgacttcaaatatttgagttcatt 348  Q
     | ||||||||| || | |||||| || || |||||||||||||| |  || ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  23024457 agcacattctctcggtattaaaagtggtgccggagggtgtaacctcagggtttctttgacaattgatttcaaataattaagttcatt 23024543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 31 - 336
Target Start/End: Original strand, 23140000 - 23140305
Alignment:
Q  31 caactcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagag 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |  | ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||| | ||||||| || |||| || |    
T  23140000 caactcaacatttctcaaaccaaatatgcttcctgggcatattcttcgtcccgcaccaaaaggaatgtactcaaaatcactccctttatagtcaatagtg 23140099  T
Q  131 ctaccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattg 230  Q
     | || ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||| || |||| ||||||  | |||||||||||||| || | ||||||| | || | ||    
T  23140100 tttcccatgaatctctctggataaaatttctctggttcagtccagtagtttggatctctcgcgattgcccatgcattgacgaccaccttagtcttaaatg 23140199  T
Q  231 gtatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaattgactt 330  Q
    |||| ||||| ||||  ||||||||||||||   ||| |||||||| |  ||||||||  | |||| ||||||||| || || ||||| || ||||| ||    
T  23140200 gtatgtgataaccatgtatctcacatgcttgaccacactctcttggtagcaaaagaggcaccggagtgtgtaacctcaaggtttctttgacgattgattt 23140299  T
Q  331 caaata 336  Q
    ||||||    
T  23140300 caaata 23140305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 29 - 306
Target Start/End: Original strand, 23032666 - 23032928
Alignment:
Q  29 gccaactcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaag 128  Q
    |||| ||||| |||| |||||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||| | ||||| || |||| ||    
T  23032666 gccagctcaatatttctcaaaccaaatgtactccctgggcatattcttcttccggcaccaaagggaatgtactcaaaattacttcctttatagtcaatag 23032765  T
Q  129 agctaccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgat 228  Q
     |||  ||||||||||||| ||               ||||||||| || |||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  23032766 cgctgtcgatgaatctctctgg---------------ttcagtccagtagtttggatctcttgcaattgcccaagcattgactatcaccttacttttaat 23032850  T
Q  229 tggtatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaacct 306  Q
    |||||| ||||| ||||  ||||||||||||||    ||||||||||| |  ||||||||  ||| |||||| |||||    
T  23032851 tggtatgtgataaccatttatctcacatgcttgaccgcattctcttggtagcaaaagaggtactgtagggtggaacct 23032928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 29 - 260
Target Start/End: Original strand, 23017014 - 23017245
Alignment:
Q  29 gccaactcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaag 128  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||  | || || ||||||||||||||  | || ||||||||||| || || ||| ||||||| || |||| |     
T  23017014 gccaactcaacatttctcaaaccgaatgtactcccagggcatattcttcttccaccaccaaaaggaatgtattcgaagttactccctttatagtcaatac 23017113  T
Q  129 agctaccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgat 228  Q
     | |  | ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| || |||| ||||||| | |||||||| ||||| | |||||||||| | || |     
T  23017114 cgttgtcaatgaatctctctggataaaacttctctggttcagtccagtagtttggatctcttgcgattgcccaagcattaattatcaccttagtcttaac 23017213  T
Q  229 tggtatatgatatccatcaatctcacatgctt 260  Q
    |||||| ||||| ||||  |||||||||||||    
T  23017214 tggtatgtgataaccatgtatctcacatgctt 23017245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 33 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 22941618 - 22941328
Alignment:
Q  33 actcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagct 132  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||  || ||||| ||||||||||| || || || |||||| ||||||||||| | || || ||||| | | | ||    
T  22941618 actcaacattgaccaaaccaaatgttactcccggacacattcttcttccagcaccaaatggaatgaactcaaaattatttcccttataatctacacaact 22941519  T
Q  133 accgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggt 232  Q
      | || || || || |||||||| ||||| || |||  |||||  |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |  |||    
T  22941518 ttcaataaacctttcaggataaaatctctctgggtcatcccaatgatttggatctcttccaatggcccaagcattcactatcactttgcttttaaaaggt 22941419  T
Q  233 atatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaa 323  Q
    |||| ||| ||||  || ||||||||||||  ||||||||||||||  ||||  | ||| |||||||| || || || |||||||||||||    
T  22941418 atatcatacccatttatttcacatgcttgtccacattctcttggaagcaaaaatgcagcaggagggtgcaatctcaatgtctctttcacaa 22941328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 323
Target Start/End: Original strand, 22831791 - 22832081
Alignment:
Q  33 actcaacatttatcaaaccaaatgtta-tgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagc 131  Q
    |||||||||| | |||||||||||| | |||| ||| | |||||||| || || || ||||||||| ||||||||||| | || || || || | | | |    
T  22831791 actcaacattgaccaaaccaaatgtgactgcc-ggaaacattcttctaccagcaccaaaaggaatgaactcaaaattattacccttatagtccacacaac 22831889  T
Q  132 taccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattgg 231  Q
    || | |||||||| || |||||||| || || || ||   |||||  |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |  ||    
T  22831890 tatcaatgaatctttcaggataaaatctttctgggtcgtcccaatgatttggatctcttccaatagcccaagcattcactatcactttgcttttaaaagg 22831989  T
Q  232 tatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaa 323  Q
    ||||| ||| ||||  ||||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||  |  |  ||||||||||| || || |||||||||||||    
T  22831990 tatatcatacccatttatctcacatgcttttccacattctcttggaagcaaaaatgttgacggagggtgtaatctcaatgtctctttcacaa 22832081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 278
Target Start/End: Original strand, 22986259 - 22986478
Alignment:
Q  59 atgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctaccgatgaatctctccggataaaacc 158  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||| || || || |||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||| | || || ||||| |||||||||     
T  22986259 atgccaggacaaattctccttccagcaccaaatggaatgtactcaaaattagttcctttgaaatcaatagaactatcaataaacctctcaggataaaact 22986358  T
Q  159 tctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggtatatgatatccatcaatctcacatgc 258  Q
    | || || ||| ||||||| || | ||| | |||||| ||||| ||||| || |  ||  ||||||| |  ||||| | ||| |||| ||||||||| ||    
T  22986359 tatcggggtcattccaatatttaggatcccgtccaatggcccaagcattaacgaggactctactttttacaggtatgtaataaccattaatctcacaagc 22986458  T
Q  259 ttgtgtacattctcttggaa 278  Q
    ||||  ||| ||||||||||    
T  22986459 ttgtccacactctcttggaa 22986478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 22916769 - 22916686
Alignment:
Q  179 tttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggtatatgatatccatcaatctcacatgcttgt 262  Q
    |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| | |||||||  ||| ||||  || ||||||||||||    
T  22916769 tttggatctcttccaatggcccaagcattcactatcactttgcttttaaatggtataccatacccatttatttcacatgcttgt 22916686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0554 (Bit Score: 84; Significance: 9e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0554
Description:

Target: scaffold0554; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 29 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 6802 - 6487
Alignment:
Q  29 gccaactcaacatttatcaaaccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaag 128  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| |  | ||||| || ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||  |||||| || |||| ||    
T  6802 gccagctcaacatttctcaaaccaaatatacttcctgggcaaattcttcttccagcaccaaaaggaatgtactcaaaattaccccctttatagtcaatag 6703  T
Q  129 agctaccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgat 228  Q
     |||  |  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  | |||| ||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||  | |     
T  6702 tgctgtcagtgaatctctctggataaaacctctctggttcagtccagaagtttggatctcttgcaattgcccaagcattgattatcaccttactcctaaa 6603  T
Q  229 tggtatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaattgac 328  Q
     ||||| | ||| ||||  |||||||||||||    |||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| |  || ||||| || | |||     
T  6602 cggtatgttataaccatttatctcacatgctttaccacattctcttggtagcaaaagaggtgctggagggtgtaacctaagggtttctttgacgactgat 6503  T
Q  329 ttcaaatatttgagtt 344  Q
    |||||||| |||||||    
T  6502 ttcaaataattgagtt 6487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 33 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 5594274 - 5593984
Alignment:
Q  33 actcaacatttatcaaaccaaatgtta-tgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagc 131  Q
    |||||||||| | |||||||||||| | |||| ||| | |||||||| || || || ||||||||| ||||||||||| | || || || || | | | |    
T  5594274 actcaacattgaccaaaccaaatgtgactgcc-ggaaacattcttctaccagcaccaaaaggaatgaactcaaaattattacccttatagtccacacaac 5594176  T
Q  132 taccgatgaatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattgg 231  Q
    || | |||||||| || |||||||| || || || ||   |||||  |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| |  ||    
T  5594175 tatcaatgaatctttcaggataaaatctttctgggtcgtcccaatgatttggatctcttccaatagcccaagcattcactatcactttgcttttaaaagg 5594076  T
Q  232 tatatgatatccatcaatctcacatgcttgtgtacattctcttggaactaaaagaggagctggagggtgtaaccttaacgtctctttcacaa 323  Q
    ||||| ||| ||||  ||||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||  |  |  ||||||||||| || || |||||||||||||    
T  5594075 tatatcatacccatttatctcacatgcttttccacattctcttggaagcaaaaatgttgacggagggtgtaatctcaatgtctctttcacaa 5593984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 260
Target Start/End: Original strand, 23610199 - 23610400
Alignment:
Q  59 atgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctaccgatgaatctctccggataaaacc 158  Q
    ||||| ||||| ||||| || || || || || |||||| ||||||||||||| |||  | |||||| ||||||| | || || || || |||||||||     
T  23610199 atgccgggacaaattctcctaccagcaccaaatggaatgaactcaaaattagttcctgagaaatcaatagagctatcaataaacctttcaggataaaact 23610298  T
Q  159 tctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggtatatgatatccatcaatctcacatgc 258  Q
    | || || ||| ||||||| || | ||| ||||| |||||||| ||||| | ||  ||  ||||||| |  ||||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  23610299 tatctgggtcattccaatatttaggatcccttcctattgcccaagcatttattaggactctactttttacaggtatatgatagccattaatctcacaagc 23610398  T
Q  259 tt 260  Q
    ||    
T  23610399 tt 23610400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 2433708 - 2433634
Alignment:
Q  51 caaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaa 125  Q
    ||||||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2433708 caaatgtgattcctggacatattctccttcctgcaccaaaaggtatgtactcaaaattagaccctttgtaatcaa 2433634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 41465878 - 41465802
Alignment:
Q  140 aatctctccggataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcactatcac 216  Q
    ||||||||||||  |||| | || |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  41465878 aatctctccggaataaacttttccggttcactccaatactttggatctcttccaatcgcccatgcatttactatcac 41465802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 7154561 - 7154485
Alignment:
Q  49 accaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaa 125  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||    
T  7154561 accaaatgacatgcctggacacattcttcttccagcaccaaaaggaatatactcaaaattatttcctttgaaatcaa 7154485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 201
Target Start/End: Original strand, 31187742 - 31187893
Alignment:
Q  50 ccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctaccgatgaatctctccg 149  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| || |||||| ||||||  | ||||  ||  || ||||| |    
T  31187742 ccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcag 31187841  T
Q  150 gataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgccca 201  Q
    | | ||| ||||||| ||| | ||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  31187842 gtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgccca 31187893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 31226036 - 31225885
Alignment:
Q  50 ccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaaaagagctaccgatgaatctctccg 149  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||| || |||||| ||||||  | ||||  ||  || ||||| |    
T  31226036 ccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtattcaaaatttgtgcctttgaaatcaattgtgctattgagaaacctctcag 31225937  T
Q  150 gataaaacctctcaggttcagtccaatactttgaatctcttccaattgccca 201  Q
    | | ||| ||||||| ||| | ||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  31225936 gtttaaaactctcagcttctgcccaatacctttcatctcttccaattgccca 31225885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 125
Target Start/End: Original strand, 31177679 - 31177754
Alignment:
Q  50 ccaaatgttatgcctggacatattcttcttccggcgccgaaaggaatgtactcaaaattagtccctttgtaatcaa 125  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || || |||||| ||||||    
T  31177679 ccaaatgccatgcctggacacattcttcttccagcaccgaacggtatgtactcaaagtttgtacctttgaaatcaa 31177754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 166 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 41654658 - 41654614
Alignment:
Q  166 ttcagtccaatactttgaatctcttccaattgcccatgcattcac 210  Q
    |||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  41654658 ttcaatccaatacttttggtctcttccaattgcccatgcattcac 41654614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 184 - 246
Target Start/End: Original strand, 55955001 - 55955063
Alignment:
Q  184 atctcttccaattgcccatgcattcactatcaccttacttttgattggtatatgatatccatc 246  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||  || | || |||||||| | |||||||||    
T  55955001 atctcttccaattgcccatgcatttactatcacgctagtctttattggtatttcatatccatc 55955063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University