View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2589_low_3 (Length: 356)

Name: NF2589_low_3
Description: NF2589
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2589_low_3
NF2589_low_3
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (31-336)||(14774448-14774757)
chr5 (74-336)||(15049336-15049598)
chr5 (11-336)||(15016510-15016831)
chr5 (10-296)||(17881727-17882019)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (11-313)||(36875041-36875339)
chr1 (11-139)||(36875706-36875833)
chr1 (78-128)||(36875582-36875632)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (120-300)||(53867379-53867559)
chr4 (102-215)||(54159736-54159849)
chr4 (256-322)||(43528020-43528086)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 31 - 336
Target Start/End: Original strand, 14774448 - 14774757
Alignment:
Q  31 atacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcctcagaatacttttcaaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacaaacattg 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  14774448 atacatcatgtaaaactgaggcaaatttgattctcagaatacttttcaaattgagtgataaaactatgcatagaaggccaccacttttcttcaaacattg 14774547  T
Q  131 ctcaacaaaatacaaggaagagggactagag----acaaagataatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcagt 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14774548 ctcaacaaaatacaaggaagagggactagagagagacaaagataaaagacttgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcatt 14774647  T
Q  227 cctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagggactgcaattaaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagtcctaattgacattcag 326  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14774648 cctttctacagcatccttgtatggatattcaatccagggactgcaattaaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagtcctaattgacattcag 14774747  T
Q  327 actcgggaaa 336  Q
    | | ||||||    
T  14774748 atttgggaaa 14774757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 74 - 336
Target Start/End: Original strand, 15049336 - 15049598
Alignment:
Q  74 tttcaaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagacaaagataata 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||| |    
T  15049336 tttcaaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacttgcatttttcaacaaaatattaggaagaaggactagacacaaagataaaa 15049435  T
Q  174 gacatgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaaatgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagggactgcaat 273  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||  | ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15049436 gacttgtgcacctctgataaaaatgcatctaatgatagttctccaaatatattccttcctacagcatccttgtatggattttcaatccagggactgcaat 15049535  T
Q  274 taaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagtcctaattgacattcagactcgggaaa 336  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  15049536 taaaaatcataaaatatcaaataacattgctatgagttcaaattgacattcagactcgggaaa 15049598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 11 - 336
Target Start/End: Original strand, 15016510 - 15016831
Alignment:
Q  11 cacagaccagacatatagtcatacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcctcagaatacttttcaaattgagtgataaaactatccatagaagccca 110  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||| ||||||||||||||  |||||||||  ||| |        |||    
T  15016510 cacagaccagacgtacagtcatacatcatgtaaaactgaggcaaccatgattctcaaaatacttttcaaatatagtgataaa--tattc--------cca 15016599  T
Q  111 ccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagacaaagataatagacatg-----tgcacctctgacaaaaatgcatcaag 205  Q
    ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||| ||     ||||||||||||||||||||||||||    
T  15016600 ccatttttctataaacattgttcaacaaaatataaggaagagggcctagagacaaagataaatgacttgtgcactgcacctctgacaaaaatgcatcaag 15016699  T
Q  206 tgatagtcctccaaatgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagggactgcaattaaaagtcat-aaaatatcaaataacattgcc 304  Q
    ||| | ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||| | |||||||    
T  15016700 tgacaatcctccagatgcattcctttctacagcatccttgtatggattttcaatccagggactgcaattaaaaattttaaaaatatcaaaaagcattgcc 15016799  T
Q  305 aagagtcctaattgacattcagactcgggaaa 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016800 aagagtcctaattgacattcagactcgggaaa 15016831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 296
Target Start/End: Original strand, 17881727 - 17882019
Alignment:
Q  10 gcacagaccagacatatagtcatacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcctcagaatacttttcaaattgagtgataaaactatc---catagaag 106  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||  ||  ||||| | || |  |||| |||||||||||||| |||||||    ||||||||    
T  17881727 gcacagaccagacgtacagtcatacatcatgtaaaactgagataaccttgattcccaaagaacttatcaaattgagtgatcaaactattattcatagaag 17881826  T
Q  107 cccaccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagg---gactagagacaaagataatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcatca 203  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||| |||||     
T  17881827 cccaccactcttctacaaacattgttcaacaaaatataaggaagaggagtgactagagacaaagataaaagacttattcacctctgacaaaaacgcatcg 17881926  T
Q  204 agtgatagtcctccaaatgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagggactgcaattaaaagtcataaaatatcaaata 296  Q
    ||||||||||||||| ||||  | |||| |||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  17881927 agtgatagtcctccacatgctttactttttacagcatcctcatatggatattcaatccagggactgcaattaaaaatcataaaatatcaaata 17882019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 11 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 36875339 - 36875041
Alignment:
Q  11 cacagaccagacatatagtcatacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcctcagaatacttttcaaattgagtgataaaactatccatagaagccca 110  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||   |||| |||| || |||  | ||||||||| |||| ||| | |||||||||||     
T  36875339 cacagacaagacatacagtcatacatcatgcaaaactgaggcaaccgtgattctca-aacactaattaaattgagtaataagactttacatagaagcccg 36875241  T
Q  111 ccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagacaaagataatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgata 210  Q
    ||||| |||||  ||||||| |||||||||   | | ||||||||||||||||||| |||  |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36875240 ccactcttctatgaacattgttcaacaaaa---atgtaagagggactagagacaaaaatagaagatgtgtgcacctcagacaaaaatgcatcaagtgata 36875144  T
Q  211 gtcctccaaatgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagggactgcaattaaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagt 310  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||| ||||||  ||| ||| | | ||||||||||| ||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36875143 gtcctccaaatgcatttctttcaacagcatcctcatatagatttccgatccagggactacaatttaaaattgtaaaatatcaaataacattgccaagggt 36875044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 36875833 - 36875706
Alignment:
Q  11 cacagaccagacatatagtcatacatcatgtaaaactaaggcaaatttgatcctcagaatacttttcaaattgagtgataaaactatccatagaagccca 110  Q
    ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||| | ||||  ||||| |||| || ||| || |||| ||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  36875833 cacagaccatacatacaatcatatatcatgtaaaactgaagcaatcttgattctca-aacactatttaaatagagtgataaaactttccatagaaactca 36875735  T
Q  111 ccacttttctacaaacattgctcaacaaa 139  Q
    | ||| |||||| ||||||| ||||||||    
T  36875734 caactcttctacgaacattgttcaacaaa 36875706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 36875632 - 36875582
Alignment:
Q  78 aaattgagtgataaaactatccatagaagcccaccacttttctacaaacat 128  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  36875632 aaattgagtgagaaaaccatccatagaagcccaccactcttatacgaacat 36875582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 120 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 53867559 - 53867379
Alignment:
Q  120 tacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagacaaagataatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctccaa 219  Q
    |||| |||||| |||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||  || | ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  53867559 tacacacattgttcaacaaaatgcgaggaagagggaatagagactaaggaaaaaaactcgagcacctttgacaaaaatgcatcaagtgatagtcctctaa 53867460  T
Q  220 atgcagtcctttctacaacatccttgtatggatattcaatccagggactgcaattaaaagtcataaaatatcaaataacat 300  Q
    ||||  ||   ||| || |||||| ||| |||  | | ||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  53867459 atgcgctctcatctgcagcatcctcgtagggagctccgatccaaggactgaaattaacagtcataaaatattaaataacat 53867379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 102 - 215
Target Start/End: Original strand, 54159736 - 54159849
Alignment:
Q  102 agaagcccaccacttttctacaaacattgctcaacaaaatacaaggaagagggactagagacaaagataatagacatgtgcacctctgacaaaaatgcat 201  Q
    ||||||||| |||| | |||||||||||| |||  ||||| |||||| ||||||  |||||| ||| | | || | || |||||| |||||||||||| |    
T  54159736 agaagcccatcactctcctacaaacattgttcagtaaaattcaaggacgagggaacagagaccaaggtgaaaggcttgagcacctttgacaaaaatgctt 54159835  T
Q  202 caagtgatagtcct 215  Q
    ||||||||||||||    
T  54159836 caagtgatagtcct 54159849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 43528086 - 43528020
Alignment:
Q  256 caatccagggactgcaattaaaagtcataaaatatcaaataacattgccaagagtcctaattgacat 322  Q
    ||||||| |||| | |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  43528086 caatccaaggacggaaattaaaaatcctaaaatatcaaatatcattggcaagagtcctcattgacat 43528020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University