View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2594_high_1 (Length: 834)

Name: NF2594_high_1
Description: NF2594
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2594_high_1
NF2594_high_1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (13-818)||(39624876-39625720)
chr8 (13-818)||(39634426-39635270)
chr8 (269-519)||(40276473-40276733)
chr8 (657-755)||(40276231-40276329)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 39625720 - 39624876
Alignment:
Q  13 aatatagggaaaaagaagttctagtgttatcataactaaccagtaatcacctaacaa-ctatttaaggaaatttaaactaagatcgaaagacctagttat 111  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39625720 aatataggaaaaaagaagttctagtgttatcataactaaccagtaatcacctaacaaactatttaaggaaatttaaactaagatcgaaagacctagttat 39625621  T
Q  112 tcatcaaaattagtattagcttacaaattaaacagagaaatattgcatcggaattgattaagattgatgtgcgatgggaaggttgagtaaagaagagaag 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39625620 tcatcaaaattagtattagcttacaaa-----cagagaaatattgcatcggaattgattaagattgatgtgcgatgggaatgttgagtaaagaagagaag 39625526  T
Q  212 gaaaaagcagc---------------gacaatggtggcgacagtgagaggaagtaaacgaaagggtattgcaaagagttggatggtagtatttgaaacag 296  Q
    |||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39625525 gaaaaagcagcagtagggatggcagcgacaatggtggcgacagtgagaggaagtaaacaaaagggtattgcaaagagttggatggtagtatttgaaacag 39625426  T
Q  297 gtgaatcacgtgtcgaggatatcgacaaacactccatcatgcgacgaacaggtttacctgcacgtgaccttagagtctttgatacaaagctttctcaacc 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39625425 gtgaatcacgtgtcgaggatatcgacaaacactccatcatgcgacgaacaggtttacctgcacgtgaccttagagtctttgatacaaagctttctcagcc 39625326  T
Q  397 ttcttctatcttaggacgagaaaaagccattattgttaacttagaacacattagagcgatt----------atgaagtgcttatgattaattcaattgac 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39625325 ttcttctatcttaggacgagaaaaagccattattgttaacttagaacacattagagcgattatcacttcgaatgaagtgcttatgattaattcaattgac 39625226  T
Q  487 ccttcctttattcgctttcttcaagatcttcaaaagcgtgttcttctttctaataatattcaagtgcccacgcgggggagcgatgacgttgatagtcatt 586  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39625225 cctttctttattcgctttcttcaagatcttcaaaagcgtgttcttctttctaataatattcaagtgcccatgcgggggagcgatgacgttgatagtcatt 39625126  T
Q  587 gtgaagtcaaaccttt---------------------ggtgcagagtcctactcattttccaaataatgaatcaattggcgtagcaggtgcgtcggctcc 665  Q
    ||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39625125 gtgaagtcaaacctttgttggaggagttgttgccatcggtgcagagtcctactcattttccaaataatgaatcaattggcgtagcaggtgtgtcggctcc 39625026  T
Q  666 taagcagcttccgtttgagttcaaagctcttgagtcttgtattgaatctgcttgtacctgccttgaatatgaggtacgtaattcatgcaacatacagaaa 765  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39625025 taagcagcttccgtttgagttcaaagctcttgagtcttgtattgaatctgcttgtacctgccttgaatatgaggtacgtaattcatgcaacatacagaaa 39624926  T
Q  766 taattagttagtcaattaaagaatctaggttttacaatttgttgtgtttagtt 818  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39624925 taattagttagtca---aaagaatctaggttttaccatttgttgtgtttagtt 39624876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 818
Target Start/End: Complemental strand, 39635270 - 39634426
Alignment:
Q  13 aatatagggaaaaagaagttctagtgttatcataactaaccagtaatcacctaacaa-ctatttaaggaaatttaaactaagatcgaaagacctagttat 111  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39635270 aatataggaaaaaagaagttctagtgttatcataactaaccagtaatcacctaacaaactatttaaggaaatttaaactaagatcgaaagacctagttat 39635171  T
Q  112 tcatcaaaattagtattagcttacaaattaaacagagaaatattgcatcggaattgattaagattgatgtgcgatgggaaggttgagtaaagaagagaag 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  39635170 tcatcaaaattagtattagcttacaaa-----cagagaaatattgcatcggaattgattaagattgatgtgcgatgggaatgttgagtaaagaagagaag 39635076  T
Q  212 gaaaaagcagc---------------gacaatggtggcgacagtgagaggaagtaaacgaaagggtattgcaaagagttggatggtagtatttgaaacag 296  Q
    |||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39635075 gaaaaagcagcagtagggatggcagcgacaatggtggcgacagtgagaggaagtaaacaaaagggtattgcaaagagttggatggtagtatttgaaacag 39634976  T
Q  297 gtgaatcacgtgtcgaggatatcgacaaacactccatcatgcgacgaacaggtttacctgcacgtgaccttagagtctttgatacaaagctttctcaacc 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39634975 gtgaatcacgtgtcgaggatatcgacaaacactccatcatgcgacgaacaggtttacctgcacgtgaccttagagtctttgatacaaagctttctcagcc 39634876  T
Q  397 ttcttctatcttaggacgagaaaaagccattattgttaacttagaacacattagagcgatt----------atgaagtgcttatgattaattcaattgac 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39634875 ttcttctatcttaggacgagaaaaagccattattgttaacttagaacacattagagcgattatcacttcgaatgaagtgcttatgattaattcaattgac 39634776  T
Q  487 ccttcctttattcgctttcttcaagatcttcaaaagcgtgttcttctttctaataatattcaagtgcccacgcgggggagcgatgacgttgatagtcatt 586  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39634775 cctttctttattcgctttcttcaagatcttcaaaagcgtgttcttctttctaataatattcaagtgcccatgcgggggagcgatgacgttgatagtcatt 39634676  T
Q  587 gtgaagtcaaaccttt---------------------ggtgcagagtcctactcattttccaaataatgaatcaattggcgtagcaggtgcgtcggctcc 665  Q
    ||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39634675 gtgaagtcaaacctttgttggaggagttgttgccatcggtgcagagtcctactcattttccaaataatgaatcaattggcgtagcaggtgtgtcggctcc 39634576  T
Q  666 taagcagcttccgtttgagttcaaagctcttgagtcttgtattgaatctgcttgtacctgccttgaatatgaggtacgtaattcatgcaacatacagaaa 765  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39634575 taagcagcttccgtttgagttcaaagctcttgagtcttgtattgaatctgcttgtacctgccttgaatatgaggtacgtaattcatgcaacatacagaaa 39634476  T
Q  766 taattagttagtcaattaaagaatctaggttttacaatttgttgtgtttagtt 818  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39634475 taattagttagtca---aaagaatctaggttttaccatttgttgtgtttagtt 39634426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 269 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 40276733 - 40276473
Alignment:
Q  269 aagagttggatggtagtatttgaaacaggtgaatcacgtgtcgaggatatcgacaaacactccatcatgcgacgaacaggtttacctgcacgtgacctta 368  Q
    |||||||||||||||||||  || |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  40276733 aagagttggatggtagtatcagagacaggtgaatcacgcgttgaagatattgacaaacactccatcatgcaacgaacagggttacctacgcgtgacctta 40276634  T
Q  369 gagtctttgatacaaagctttctcaaccttcttctatcttaggacgagaaaaagccattattgttaacttagaacacattagagcgatt----------a 458  Q
    |||   ||||| |||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||  ||| |||          |    
T  40276633 gagctcttgatccaaaactctctaacccttcttctatcttaggacgagaaaaagctattgtcgttaacttagaacacattcaagcaattatcacttccaa 40276534  T
Q  459 tgaagtgcttatgattaattcaattgacccttcctttattcgctttcttcaagatcttcaa 519  Q
    ||||||||||||||||||||| |   |||||| |||| |||| || |||||||||||||||    
T  40276533 tgaagtgcttatgattaattccacaaaccctttctttcttcgtttccttcaagatcttcaa 40276473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 657 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 40276329 - 40276231
Alignment:
Q  657 gtcggctcctaagcagcttccgtttgagttcaaagctcttgagtcttgtattgaatctgcttgtacctgccttgaatatgaggtacgtaattcatgcaa 755  Q
    |||||||||||||||  | || |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||    
T  40276329 gtcggctcctaagcaattaccttttgagtttaaagctcttgaggcttgtattgaatctacttgtacgtgccttgaatctgaggtatgtgattcatgcaa 40276231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University