View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2606_low_13 (Length: 331)

Name: NF2606_low_13
Description: NF2606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2606_low_13
NF2606_low_13
[»] chr4 (31 HSPs)
chr4 (20-321)||(10666689-10666990)
chr4 (20-321)||(10880834-10881135)
chr4 (20-321)||(10709407-10709708)
chr4 (20-321)||(10923177-10923478)
chr4 (20-321)||(10717185-10717485)
chr4 (20-321)||(10930955-10931255)
chr4 (21-315)||(22067564-22067859)
chr4 (20-312)||(17219092-17219381)
chr4 (88-310)||(10700376-10700598)
chr4 (88-310)||(10914146-10914368)
chr4 (89-320)||(10725321-10725552)
chr4 (89-320)||(10939090-10939321)
chr4 (81-311)||(10703334-10703563)
chr4 (81-311)||(10917104-10917333)
chr4 (130-320)||(17216492-17216681)
chr4 (140-310)||(10682053-10682223)
chr4 (140-310)||(10895693-10895863)
chr4 (81-254)||(10699664-10699837)
chr4 (81-254)||(10913434-10913607)
chr4 (81-254)||(10672342-10672514)
chr4 (81-254)||(10885982-10886154)
chr4 (20-150)||(10681898-10682028)
chr4 (20-150)||(10895538-10895668)
chr4 (88-211)||(10671622-10671745)
chr4 (88-211)||(10885262-10885385)
chr4 (123-245)||(22068709-22068831)
chr4 (165-257)||(22200025-22200117)
chr4 (20-66)||(20897702-20897748)
chr4 (226-256)||(22166789-22166819)
chr4 (249-310)||(10671743-10671804)
chr4 (249-310)||(10885383-10885444)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-320)||(19898446-19898746)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (147-180)||(22262038-22262071)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 31)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 20 - 321
Target Start/End: Original strand, 10666689 - 10666990
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10666689 caaagcataaacataaaagataattttagccatatttttcctcctttgcatgatataaacatacaaaagtttgatccctttatatataataaaaaatttc 10666788  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatt 219  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||     
T  10666789 ttgttttattagcttcaattaaattagaacttaggagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatactaatatgtctaatcaataaatcaaata 10666888  T
Q  220 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttacctt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  10666889 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaaaaatctttgagataaatgaaagttcattatagtttctatttatctt 10666988  T
Q  320 tg 321  Q
    ||    
T  10666989 tg 10666990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 20 - 321
Target Start/End: Original strand, 10880834 - 10881135
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10880834 caaagcataaacataaaagataattttagccatatttttcctcctttgcatgatataaacatacaaaagtttgatccctttatatataataaaaaatttc 10880933  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatt 219  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||     
T  10880934 ttgttttattagcttcaattaaattagaacttaggagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatactaatatgtctaatcaataaatcaaata 10881033  T
Q  220 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttacctt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  10881034 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaaaaatctttgagataaatgaaagttcattatagtttctatttatctt 10881133  T
Q  320 tg 321  Q
    ||    
T  10881134 tg 10881135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 20 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 10709708 - 10709407
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 119  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10709708 caaagcataaacataaaagatgatttgagccatatttttcctcttttgcatgatataaagatacaaaagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 10709609  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatt 219  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  10709608 ttgttttactagcttcaattaaattagaacttaggaattgcaagaagtcattaataaaatttaaaattaatgctaatatgtctaatcaataaatcaaatt 10709509  T
Q  220 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttacctt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10709508 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaaaaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttatctt 10709409  T
Q  320 tg 321  Q
    ||    
T  10709408 tg 10709407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 20 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 10923478 - 10923177
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 119  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10923478 caaagcataaacataaaagatgatttgagccatatttttcctcttttgcatgatataaagatacaaaagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 10923379  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatt 219  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  10923378 ttgttttactagcttcaattaaattagaacttaggaattgcaagaagtcattaataaaatttaaaattaatgctaatatgtctaatcaataaatcaaatt 10923279  T
Q  220 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttacctt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10923278 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaaaaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttatctt 10923179  T
Q  320 tg 321  Q
    ||    
T  10923178 tg 10923177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 321
Target Start/End: Original strand, 10717185 - 10717485
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 119  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10717185 caaagcataaacataaaaaagaatttgagccatatttttcctcatttgcatgatataaacatacaaaagtttgatcccattatatataacaaaaaatttc 10717284  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatt 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||    
T  10717285 ttgttttattagcttcaattaaattagcactacgcagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatactaatatgtctaatcaataaatgaagtt 10717384  T
Q  220 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttacctt 319  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  10717385 tatccctttacatcactcaa-tgattacttaaccttagcaaacatcgttattaaaaatctttgacaataataaaagctcattatagtttttatttatctt 10717483  T
Q  320 tg 321  Q
    ||    
T  10717484 tg 10717485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 321
Target Start/End: Original strand, 10930955 - 10931255
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 119  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10930955 caaagcataaacataaaaaagaatttgagccatatttttcctcatttgcatgatataaacatacaaaagtttgatcccattatatataacaaaaaatttc 10931054  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatt 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||    
T  10931055 ttgttttattagcttcaattaaattagcactacgcagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatactaatatgtctaatcaataaatgaagtt 10931154  T
Q  220 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttacctt 319  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  10931155 tatccctttacatcactcaa-tgattacttaaccttagcaaacatcgttattaaaaatctttgacaataataaaagctcattatagtttttatttatctt 10931253  T
Q  320 tg 321  Q
    ||    
T  10931254 tg 10931255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 21 - 315
Target Start/End: Original strand, 22067564 - 22067859
Alignment:
Q  21 aaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaat-ttc 119  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  22067564 aaagcacaaacataaaagagaatttgagccatatttgtcctcctttgcatgatataaacataaaaaagttagatccctttatatataacaaaaaaaattc 22067663  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatt 219  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| | || ||    
T  22067664 ttgttttattagcttcaattaaattagctcttggaagttgcaagaagtcattaataaaattttaaattaatgctaatatgtctaatcaataagtcaagtt 22067763  T
Q  220 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttattta 315  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||  |||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  22067764 tatctctttatatcactccattgattacttaaccttaacaaacaccgctaataaaaatctttgacagtcataaaagttcattatagtttttattta 22067859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 17219381 - 17219092
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 119  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||||||| ||||     
T  17219381 caaagcataaacataaaagagaatttgagccatatttttcctcctttgcatgatataaacataaaa-agtt--atccctttatatataacaaaacattta 17219285  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatt 219  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||| | || |     
T  17219284 ttattttattagcttaaattaaattagcagttaggagttgcaagaagtcgttactaaaatttgaaactaatgctaatatgtctaatctataagttaagtg 17219185  T
Q  220 tatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| | | ||||||||||||||||| ||||||    
T  17219184 tatctctttacatcactcaattgattatttaaccttagcaaacatttctattaaaaatatttgacaatcatgaaagttcattatagattttat 17219092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 88 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 10700598 - 10700376
Alignment:
Q  88 gtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaatt 187  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||  ||| ||||||    
T  10700598 gtttaatccctttatatataacaaaaaaattcttgtgttatcagctttaattaaattagcacttaggagttgcaagaaggcactaatattattggaaatt 10700499  T
Q  188 aatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagt 287  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || || || ||||| ||||||||| |||    
T  10700498 aatactaatatgtctaatcaataattcaagtttatctctttacatctctcaattgattacttaaccttagagaatatggcgattaaaaatctttgacagt 10700399  T
Q  288 aatgaaagttcattatagttttt 310  Q
    ||| ||| |||||||||||||||    
T  10700398 aataaaacttcattatagttttt 10700376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 88 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 10914368 - 10914146
Alignment:
Q  88 gtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaatt 187  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||  ||| ||||||    
T  10914368 gtttaatccctttatatataacaaaaaaattcttgtgttatcagctttaattaaattagcacttaggagttgcaagaaggcactaatattattggaaatt 10914269  T
Q  188 aatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagt 287  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || || || ||||| ||||||||| |||    
T  10914268 aatactaatatgtctaatcaataattcaagtttatctctttacatctctcaattgattacttaaccttagagaatatggcgattaaaaatctttgacagt 10914169  T
Q  288 aatgaaagttcattatagttttt 310  Q
    ||| ||| |||||||||||||||    
T  10914168 aataaaacttcattatagttttt 10914146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 89 - 320
Target Start/End: Original strand, 10725321 - 10725552
Alignment:
Q  89 tttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaatta 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10725321 tttgatccctttatatataacaaaaaaattattattttaatagcttcaattaaattagcacttaggagttgcaaaaaatcattaataaaatttgaaatta 10725420  T
Q  189 atattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagta 288  Q
    ||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||| | | |     
T  10725421 atattaatatgtctaatcaattattcaagtttatctctttgcataactctaatgattacttaaccataggaaacatcgctattaaaaatctttaacaatc 10725520  T
Q  289 atgaaagttcattatagtttttatttaccttt 320  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  10725521 atgaaagtccagtatagtttttatttatcttt 10725552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 89 - 320
Target Start/End: Original strand, 10939090 - 10939321
Alignment:
Q  89 tttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaatta 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  10939090 tttgatccctttatatataacaaaaaaattattattttaatagcttcaattaaattagcacttaggagttgcaaaaaatcattaataaaatttgaaatta 10939189  T
Q  189 atattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagta 288  Q
    ||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||| ||| |||| | ||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||| | | |     
T  10939190 atattaatatgtctaatcaattattcaagtttatctctttgcataactctaatgattacttaaccataggaaacatcgctattaaaaatctttaacaatc 10939289  T
Q  289 atgaaagttcattatagtttttatttaccttt 320  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  10939290 atgaaagtccagtatagtttttatttatcttt 10939321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 81 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 10703563 - 10703334
Alignment:
Q  81 tacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatt 180  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||    
T  10703563 tacaaaagtttgatcccattatatataacaattttttt-ttgttttattagctttaattaaattaacacttaggagttgcaagaagtcattaatattatt 10703465  T
Q  181 tgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctt 280  Q
     |||||||||| |||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  10703464 ggaaattaatactaatatatctaatcaataaatggagtttatctctttacatcactcaattgattacttaattttagcaaacatcgcgattaaaaatctt 10703365  T
Q  281 tgagagtaatgaaagttcattatagttttta 311  Q
    ||| | |||| ||| ||||||||||||||||    
T  10703364 tgacactaataaaacttcattatagttttta 10703334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 81 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 10917333 - 10917104
Alignment:
Q  81 tacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatt 180  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||    
T  10917333 tacaaaagtttgatcccattatatataacaattttttt-ttgttttattagctttaattaaattaacacttaggagttgcaagaagtcattaatattatt 10917235  T
Q  181 tgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctt 280  Q
     |||||||||| |||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||| ||||||    
T  10917234 ggaaattaatactaatatatctaatcaataaatggagtttatctctttacatcactcaattgattacttaattttagcaaacatcgcgattaaaaatctt 10917135  T
Q  281 tgagagtaatgaaagttcattatagttttta 311  Q
    ||| | |||| ||| ||||||||||||||||    
T  10917134 tgacactaataaaacttcattatagttttta 10917104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 130 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 17216681 - 17216492
Alignment:
Q  130 agctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctcttta 229  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| || ||||||| ||||    
T  17216681 agcttcaattaaattagcacttaggagtggcaagaagtcaataataaaatttgaaattaatactaatatgtctgatcaattaatcaagtttatctattta 17216582  T
Q  230 catcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttaccttt 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17216581 catcactcaattgattacttaaccttagcaaacatcgctatt-agaatgtttgacaatcatgaaagttcattatagtttttatttatcttt 17216492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 140 - 310
Target Start/End: Original strand, 10682053 - 10682223
Alignment:
Q  140 aaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaa 239  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  10682053 aaattagcactacggagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatactaatatgtctaattaataaatcaagtttatctctttgcatcactcaa 10682152  T
Q  240 ttgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagttttt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | | |||||||| |||||||||||||||    
T  10682153 ttgattacttaaccttagcaaacatcgctattaaaaatctttcacaataatgaaaattcattatagttttt 10682223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 140 - 310
Target Start/End: Original strand, 10895693 - 10895863
Alignment:
Q  140 aaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaa 239  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  10895693 aaattagcactacggagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatactaatatgtctaattaataaatcaagtttatctctttgcatcactcaa 10895792  T
Q  240 ttgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagttttt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | | |||||||| |||||||||||||||    
T  10895793 ttgattacttaaccttagcaaacatcgctattaaaaatctttcacaataatgaaaattcattatagttttt 10895863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 81 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10699837 - 10699664
Alignment:
Q  81 tacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatt 180  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |  |||    
T  10699837 tacaaaagtttgatccctttatatataaaaaaaaaattcttgttttattagctttaattaaattagcacttaggagttggaagaagtcattaaaattatt 10699738  T
Q  181 tgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaacct 254  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  10699737 ggaaattaatactaatatgtctaatcaataagttaagtttatctctttatgtcactcaattgattacttaacct 10699664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 81 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 10913607 - 10913434
Alignment:
Q  81 tacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatt 180  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |  |||    
T  10913607 tacaaaagtttgatccctttatatataaaaaaaaaattcttgttttattagctttaattaaattagcacttaggagttggaagaagtcattaaaattatt 10913508  T
Q  181 tgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaacct 254  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  10913507 ggaaattaatactaatatgtctaatcaataagttaagtttatctctttatgtcactcaattgattacttaacct 10913434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 81 - 254
Target Start/End: Original strand, 10672342 - 10672514
Alignment:
Q  81 tacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatt 180  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||  |||    
T  10672342 tacaaaagtttgatcc-tttatatataacaaaaaaattcttgttttattagctttaattaaattagcacttagaagttggaagaagtcattaatattatt 10672440  T
Q  181 tgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaacct 254  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10672441 ggaaattaatactaatatgtctaatcaataagtcaagtttatctctttacgtcactcaattgattactgaacct 10672514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 81 - 254
Target Start/End: Original strand, 10885982 - 10886154
Alignment:
Q  81 tacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatt 180  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||  |||    
T  10885982 tacaaaagtttgatcc-tttatatataacaaaaaaattcttgttttattagctttaattaaattagcacttagaagttggaagaagtcattaatattatt 10886080  T
Q  181 tgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaacct 254  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  10886081 ggaaattaatactaatatgtctaatcaataagtcaagtttatctctttacgtcactcaattgattactgaacct 10886154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 150
Target Start/End: Original strand, 10681898 - 10682028
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 119  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10681898 caaagcataaacataaaaaagaatttgagccatatttttcctcatttgcatgatataaacatacaaaagtttgatccctttatatataacacaaaatttc 10681997  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcact 150  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10681998 ttgttttattagcttcaattaaattagcact 10682028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 150
Target Start/End: Original strand, 10895538 - 10895668
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaatttc 119  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10895538 caaagcataaacataaaaaagaatttgagccatatttttcctcatttgcatgatataaacatacaaaagtttgatccctttatatataacacaaaatttc 10895637  T
Q  120 ttgttttattagctttaattaaattagcact 150  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10895638 ttgttttattagcttcaattaaattagcact 10895668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Original strand, 10671622 - 10671745
Alignment:
Q  88 gtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaatt 187  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||| ||||||    
T  10671622 gtttaatccctttatatataacaaaaaaattcttgttttatcggctttaattaaattagcacttaggagttgcaagaagtcactaatattattggaaatt 10671721  T
Q  188 aatattaatatgtctaatcaataa 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  10671722 aatactaatatgtctaatcaataa 10671745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 88 - 211
Target Start/End: Original strand, 10885262 - 10885385
Alignment:
Q  88 gtttgatccctttatatataacaaaaaatttcttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaatt 187  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||| ||||||    
T  10885262 gtttaatccctttatatataacaaaaaaattcttgttttatcggctttaattaaattagcacttaggagttgcaagaagtcactaatattattggaaatt 10885361  T
Q  188 aatattaatatgtctaatcaataa 211  Q
    |||| |||||||||||||||||||    
T  10885362 aatactaatatgtctaatcaataa 10885385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 123 - 245
Target Start/End: Original strand, 22068709 - 22068831
Alignment:
Q  123 ttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaatttat 222  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||   ||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||    
T  22068709 tttttttagcttcaattaaattagcttttggaagttgtaagaactcattaataaatttttaaattaatattaatatgtctaatcgataagtcaagtttat 22068808  T
Q  223 ctctttacatcactcaattgatt 245  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22068809 ctctttacatcactcaattgatt 22068831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 165 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 22200117 - 22200025
Alignment:
Q  165 agtcattaataaaatttgaaattaatattaat-atgtctaatcaataaataaaatttatctctttacatcactcaattgattacttaaccttag 257  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||| || | ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  22200117 agtcatttataaaatt-gaaattaatattaaacatttctaatcaatatatcatatttatccctttatatcactcaattgatgacttaaccttag 22200025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 66
Target Start/End: Original strand, 20897702 - 20897748
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctccttt 66  Q
    ||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  20897702 caaagcataaacaaacatgataatatgagccatatttttcctccttt 20897748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 226 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 22166819 - 22166789
Alignment:
Q  226 tttacatcactcaattgattacttaacctta 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22166819 tttacatcactcaattgattacttaacctta 22166789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 310
Target Start/End: Original strand, 10671743 - 10671804
Alignment:
Q  249 taaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagttttt 310  Q
    |||||||||  ||||| || ||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  10671743 taaccttagagaacatggcgattaaaaatctttgacagtaataaaacttcattatagttttt 10671804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 249 - 310
Target Start/End: Original strand, 10885383 - 10885444
Alignment:
Q  249 taaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagttttt 310  Q
    |||||||||  ||||| || ||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  10885383 taaccttagagaacatggcgattaaaaatctttgacagtaataaaacttcattatagttttt 10885444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 8e-89; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Original strand, 19898446 - 19898746
Alignment:
Q  20 caaagcataaacataaaagataatttgagccatatttttcctcctttacatgatataaacatacaatagtttgatccctttatatataacaaaaaattt- 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||     
T  19898446 caaagcataaacataaaagagaatttgagccatattttttctcctttgcatgaaataaacatacaaaagtttgatccctttatatataaaaacaaatttt 19898545  T
Q  119 cttgttttattagctttaattaaattagcacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatttgaaattaatattaatatgtctaatcaataaataaaat 218  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||    
T  19898546 cttgttttgttagcttcaattaaattaacacttaggagttgccagaagttattaacaaaatttaaaattaatactaatatgtctaatcaataagttaaat 19898645  T
Q  219 ttatctctttacatcactcaattgattacttaaccttagcaaacattgctattaagaatctttgagagtaatgaaagttcattatagtttttatttacct 318  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||| ||| | | ||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  19898646 tgatctctttacatcaatcaattgattacttaaccttaacaaacatggctagtaa-aatctatgacattcatgaaagatcattataatttttatttatct 19898744  T
Q  319 tt 320  Q
    ||    
T  19898745 tt 19898746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 147 - 180
Target Start/End: Original strand, 22262038 - 22262071
Alignment:
Q  147 cacttaagagttgcaagaagtcattaataaaatt 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22262038 cacttaagagttgcaagaagtcatttataaaatt 22262071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University