View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2608_low_3 (Length: 556)

Name: NF2608_low_3
Description: NF2608
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2608_low_3
NF2608_low_3
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (14-556)||(37411897-37412438)
chr5 (17-514)||(37429784-37430287)
chr5 (17-514)||(37391585-37392082)
chr5 (17-529)||(37640911-37641423)
chr5 (17-516)||(37595363-37595862)
chr5 (17-516)||(37712663-37713156)
chr5 (17-513)||(37534139-37534635)
chr5 (17-520)||(37824934-37825431)
chr5 (17-520)||(37399445-37399933)
chr5 (17-545)||(37697826-37698354)
chr5 (173-525)||(37380948-37381300)
chr5 (178-516)||(37436895-37437233)
chr5 (17-508)||(37703707-37704192)
chr5 (21-132)||(37436750-37436861)
chr5 (89-141)||(37381332-37381384)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-514)||(14554077-14554562)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (17-529)||(24216352-24216861)
chr4 (176-515)||(16841499-16841838)
chr4 (17-136)||(16841878-16841997)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 495; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 495; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 37412438 - 37411897
Alignment:
Q  14 cagagaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgtta 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37412438 cagagaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacatta 37412339  T
Q  114 tgaatgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagaga 213  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37412338 tgaatgagttccttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtatcagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagaga 37412239  T
Q  214 ttgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaa 313  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37412238 ttgtggaaggaatattacaaatgattccagtgtttgataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacctgaaaaa 37412139  T
Q  314 atcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaa 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37412138 atcattaaaagcc-agttgagtcgttgaaggtgtttaagtttgaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaa 37412040  T
Q  414 ccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaac 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37412039 ccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaac 37411940  T
Q  514 aactaggccaaatatcatgctgagatgaagtgacattgacaag 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  37411939 aactaggccaaatatcatgctgagatgaaatgccattgacaag 37411897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 514
Target Start/End: Original strand, 37429784 - 37430287
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||  |||| ||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||| ||    
T  37429784 agaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattaaagatatatccacagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaaga 37429883  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttact------gctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgag 210  Q
    |||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||| || ||||||| ||||| |||      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37429884 atgagtttcttccatgtgagtggaccaagttcgagtttctgttccatgttccagtaactataactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgag 37429983  T
Q  211 agattgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaa 310  Q
    |||||||||| | |||||||||| | ||  | |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  37429984 agattgtggaggaaatattaccactaatgccggtgtttgatagatttagatgtgtgagcttcactagatcaccaataccagcatgcaccgaagacccgaa 37430083  T
Q  311 aaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtcc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||     ||||||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  37430084 aaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagttgaaagatggtgctattggccgctaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtcc 37430183  T
Q  411 aaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagagg 510  Q
    | ||||||||||| |||  | | | |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||     |||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  37430184 agaccaatcacataatcgtacatgatgtcgcacgtgacaccatcccactcgcagcaatctgtgccggttttccaagattctgtcttgaaagaaaaagagg 37430283  T
Q  511 aaca 514  Q
    ||||    
T  37430284 aaca 37430287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 17 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 37392082 - 37391585
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||||||  ||||||| |||||| ||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  37392082 agaggatgacacattctttagcatagacaaagagctctctctaatggaatacatatccactctattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatga 37391983  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattg 216  Q
    ||||||||||||||||| || | |||||||||||||| ||| |||| || || || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37391982 atgagtttcttccatgtcaatgtatcaagtttgagttgttgttccaagtgccggtaattgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattg 37391883  T
Q  217 tggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatc 316  Q
    |||| |||||||||||| |||  | |   ||| ||| ||| |||| |||||||||||| ||||||| |||| || ||||||  |||||||| ||||||      
T  37391882 tggagggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatatgtgagattcactaaatcaccaataccaacatgcaatgaagacccaaaaaaaaa 37391783  T
Q  317 attaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaacca 416  Q
    ||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||| || | ||||||||| || ||||| |   ||    
T  37391782 atttaaagacaagttgagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatagtgctattgggatgtaaatcaccattcaaattgttgcaactgaggtctagttca 37391683  T
Q  417 atcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaaca 514  Q
    ||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  37391682 atcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccacttgcaacaatttgtactgtttttccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaaca 37391585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 17 - 529
Target Start/End: Original strand, 37640911 - 37641423
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  37640911 agaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatga 37641010  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagttt---ttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagaga 213  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||  ||||| | |     ||| ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37641011 atgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttc---ggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagaga 37641107  T
Q  214 ttgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaa 313  Q
    |||||||||||||||||||| |||  | |   ||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  ||||||    ||||    
T  37641108 ttgtggaaggaatattaccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaa 37641207  T
Q  314 atcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaa 413  Q
    || ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |    
T  37641208 attattaaaagccaagttgagttggtgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccaga 37641307  T
Q  414 ccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaac 513  Q
    |||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||    
T  37641308 ccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtattgtttttccaagattctgtcttgaaagaaaaagagggac 37641407  T
Q  514 aactaggccaaatatc 529  Q
    |||||| | |||||||    
T  37641408 aactagacaaaatatc 37641423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 17 - 516
Target Start/End: Original strand, 37595363 - 37595862
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    ||||||||| |||||||||||||  ||||||||  ||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  37595363 agaggatgaaaaattctttagcatggacaaagagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatga 37595462  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattg 216  Q
    ||||||||||||||  |||| |  |  ||||| | |      ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37595463 atgagtttcttccaaatgaatgacttgagtttcaatcccacttcttcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattg 37595562  T
Q  217 tggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatc 316  Q
    ||||||||||||||||| |||  | |   | | ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  |||||| |  ||||||     
T  37595563 tggaaggaatattaccactgaggtaacaatatgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagactcagaaaaatt 37595662  T
Q  317 attaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaacca 416  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  37595663 attaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcacctttaagattgttgcaactgaggtccagacca 37595762  T
Q  417 atcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaac 516  Q
    ||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  37595763 atcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaacaac 37595862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 516
Target Start/End: Original strand, 37712663 - 37713156
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  ||| ||| || || ||| || |||||||| ||| | ||||||    
T  37712663 agaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcacattatccaaataaagttcccttaaattagtagcattatga 37712762  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattg 216  Q
    ||||||||||||||||| || ||||  ||||| | ||      |||  | ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37712763 atgagtttcttccatgtcaatggatttagtttcaatt------ccacatccccaaaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattg 37712856  T
Q  217 tggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatc 316  Q
    ||||||||||||||||| |||  | |   ||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  |||||||   ||||||     
T  37712857 tggaaggaatattaccattgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagaccaagaaaaatg 37712956  T
Q  317 attaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaacca 416  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||    
T  37712957 attaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagacca 37713056  T
Q  417 atcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaac 516  Q
    ||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  37713057 atcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttgccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaacaac 37713156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 513
Target Start/End: Original strand, 37534139 - 37534635
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  ||| ||| || || ||| || |||||||| ||| | ||||||    
T  37534139 agaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcacattatccaaataaagttcccttaaattagtagcattatga 37534238  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattg 216  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||  ||||| | |      ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37534239 atgagtttcttccaaatgaacgaattgagtttcaatcccacttctgcggaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattg 37534338  T
Q  217 tggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatc 316  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||| || | ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | | |  |||||||   ||||||     
T  37534339 tggaaggaatattaccactgaggtcagagtatgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggtattgaagaccaagaaaaatg 37534438  T
Q  317 attaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaacca 416  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||    
T  37534439 attaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagacca 37534538  T
Q  417 atcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaac 513  Q
    ||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  37534539 atcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagaagaac 37534635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 17 - 520
Target Start/End: Original strand, 37824934 - 37825431
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||  |||||| ||| |||||||| |  || | ||| |||||||| || |||||||| ||| | ||||||    
T  37824934 agaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacatgttcactccattaagatgaagatcccttaaattagtagcattatga 37825033  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattg 216  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||  ||||| | |       ||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37825034 atgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatc------ccacgtgccagtttctgctgagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattg 37825127  T
Q  217 tggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatc 316  Q
    ||||||||||||||||| |||  | |   ||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  ||||||    |||||||    
T  37825128 tggaaggaatattaccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatc 37825227  T
Q  317 attaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaacca 416  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||    
T  37825228 attaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagacca 37825327  T
Q  417 atcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaac 516  Q
    ||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  37825328 atcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaacaac 37825427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 37399933 - 37399445
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||||||||| |  ||| |||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  37399933 agaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgagggaagacatgttcacaatattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatga 37399834  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattg 216  Q
    ||||||||||||||||| || | |||||||| ||          ||      |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37399833 atgagtttcttccatgtcaatgaatcaagttcga----------caa-----agttaaagctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattg 37399749  T
Q  217 tggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatc 316  Q
    ||||||||||||||||| |||  | |   | | ||  ||| ||||||||||| ||||| ||||| | || | ||  | |||  ||||||||  ||||||     
T  37399748 tggaaggaatattaccattgaggttacaatatgatgtatttagatgtgtgagtttcactaaatctccaacaccaataggcattgaagacccagaaaaatt 37399649  T
Q  317 attaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaacca 416  Q
    |||||||||||| || ||| ||||||||||| |||| || |||||  |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| || ||||||| ||||    
T  37399648 attaaaagccaaattaagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatgatgctattgggatgtaattcaccttttagtttgttgcaactgaggtccagacca 37399549  T
Q  417 atcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaac 516  Q
    ||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
T  37399548 atcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgttttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagaggaacaac 37399449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 545
Target Start/End: Original strand, 37697826 - 37698354
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||  |||||| ||| |||||||| |  || | ||| |||||||| || |||||||| ||| | ||||||    
T  37697826 agaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacatgttcactccattaagatgaagatcccttaaattagtagcattatga 37697925  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagttt---ttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagaga 213  Q
    ||||||||||||||  |||| | ||  ||||| | |     ||| ||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37697926 atgagtttcttccaaatgaatgaattgagtttcaatcccacttgttc---gtaccagtaactgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagaga 37698022  T
Q  214 ttgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaa 313  Q
    |||||||||||||||||||| |||  | |   ||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| |  | | ||  | | |  |||||||   ||||    
T  37698023 ttgtggaaggaatattaccattgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaaatctccgacaccaataggtattgaagaccaagaaaa 37698122  T
Q  314 atcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaa 413  Q
    || |||||||||||| || ||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||    
T  37698123 attattaaaagccaaattaagttgttgaaggcgtctaagctggaagatagtgctattgggatgtaattcacctttcaaattgttgcaactgaggtccaaa 37698222  T
Q  414 ccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaac 513  Q
    |||||||| | |||| |  | ||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |  |||||||||||||||    
T  37698223 ccaatcacgtaatccgactcagtgtcacacgtgacaccatcccacttgcaacaatctgtattgtttttccaagattctgtcctggaagaaaaagaggaac 37698322  T
Q  514 aactaggccaaatatcatgctgagatgaagtg 545  Q
    | |||| |||||||||| | ||||| ||||||    
T  37698323 atctagaccaaatatcaggttgagacgaagtg 37698354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 173 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 37381300 - 37380948
Alignment:
Q  173 actgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattc 272  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  ||    |  || | ||| ||| |||||||||||||||    
T  37381300 actgctgagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggagggaatattaccaccgagggaacagtgtgatagatttagatgtgtgagattc 37381201  T
Q  273 accaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattga 372  Q
    || ||||||  ||||  | ||||||   |||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||||     
T  37381200 actaaatcatcaatactaacatgcaataaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagattgtgctattgg 37381101  T
Q  373 gatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgt 472  Q
    ||||||||||||| || |||||| |||| || ||||||| |||||||||||||||  | | || ||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||    
T  37381100 gatgtaattcaccattcagattgctgcaactgaggtccagaccaatcacatgatctgacatggagtcgcacgtgacaccatcccacccacaacaatctgt 37381001  T
Q  473 attatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaactaggccaaa 525  Q
    ||||||||||||||| ||| | || |||||||||| |||||| ||||||||||    
T  37381000 attatttttccaagattctatcttgaaagaaaaagtggaacatctaggccaaa 37380948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 178 - 516
Target Start/End: Original strand, 37436895 - 37437233
Alignment:
Q  178 taagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaa 277  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||  |||  || | |||  || ||||||||||| ||||| ||    
T  37436895 taagatcaagggatactaattttgacaaatgagagattttggaaggaatattaccactgaggtcacagtatgataggtttagatgtgtgagtttcactaa 37436994  T
Q  278 atcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgt 377  Q
    |||||||||| ||  | | |  |||||| |  |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||    
T  37436995 atcactaataccaataggtattgaagactcagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgt 37437094  T
Q  378 aattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattat 477  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| | |    
T  37437095 aattcacctttcagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcacaacaatctgtactgt 37437194  T
Q  478 ttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaac 516  Q
    ||| |||||| ||||| || |||||||||||| ||||||    
T  37437195 tttcccaagattctgtcttgaaagaaaaagagaaacaac 37437233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 508
Target Start/End: Original strand, 37703707 - 37704192
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||  ||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  37703707 agaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatga 37703806  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattg 216  Q
    ||||||||||||||||| || |||| || ||  |     || || | ||| |  | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  37703807 atgagtttcttccatgtcaacggattaatttcca-----tgttcga-gtaactataactgctaagatcaagtgatattaattttgacaaatgagagattg 37703900  T
Q  217 tggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatc 316  Q
    |||| ||| |||||||  |||  | |     | ||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||  | |||  ||||| ||  ||||||     
T  37703901 tggagggagtattacccttgaggtgacaaaatgataaatttagatgtgtgagattcactaaatcgccaataccaataggcattgaagatccagaaaaatg 37704000  T
Q  317 attaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaacca 416  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | | |||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||    
T  37704001 attaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgtagattgtgctattaggttgtaattcacctttcagattgttgcaactgagatccaaacca 37704100  T
Q  417 atcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaaga 508  Q
    ||||| |||||  | |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||     |||||||||| ||||| || |||||||||||    
T  37704101 atcacgtgatcagacacggtgtcgcacgtgacaccatcccactcgcaacaatctgtgccggttttccaagattctgtcttaaaagaaaaaga 37704192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 21 - 132
Target Start/End: Original strand, 37436750 - 37436861
Alignment:
Q  21 gatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatga 120  Q
    |||||||||||| ||| || |||||||||  ||||||  || |||||||| |  || | ||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||    
T  37436750 gatgacaaattcgttaacaacgacaaagagctctctccaattgaagacattttcactccattcagatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatga 37436849  T
Q  121 gtttcttccatg 132  Q
    ||||||||||||    
T  37436850 gtttcttccatg 37436861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 89 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 37381384 - 37381332
Alignment:
Q  89 aagctcgcttaaatttgtaacgttatgaatgagtttcttccatgtgaagggat 141  Q
    |||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  37381384 aagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatggat 37381332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 514
Target Start/End: Original strand, 14554077 - 14554562
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |  || | |||||||| ||| || |||||||| ||| | ||||||    
T  14554077 agaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttcactccattcagataaagatcccttaaattagtagcattatga 14554176  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagttactgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattg 216  Q
    |||||||| |||||||| || |||| || ||            ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14554177 atgagtttattccatgtaaatggattaattt------------ccaagaaccagttaatgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattg 14554264  T
Q  217 tggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatc 316  Q
    ||||||||||||||||| | |  | |   ||  ||| ||| |||||  |||| ||||| ||||| | |||| ||  | |||  |||||||| |||| |||    
T  14554265 tggaaggaatattaccactaaggtaacaattggatatatttagatgcatgagtttcactaaatcgccaataccaagaggcattgaagacccaaaaatatc 14554364  T
Q  317 attaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaacca 416  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| || | ||||||||| |||||||| |   ||    
T  14554365 attaaaagctaggttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagatagtgctattaggatgtaattcaccattcaaattgttgcaactaaggtctagttca 14554464  T
Q  417 atcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaaca 514  Q
    ||||| ||| |  | | |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||    
T  14554465 atcacgtgacctgatatggtgtcgcacgtgacaccatcccactcgcaacaatctgtactctttttccaagattctgtcttgaaagaaaaagagaaaca 14554562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 4e-58; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 24216861 - 24216352
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||      ||||  |||||||||| ||||| || || || | |||||| | |||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  24216861 agaggatgacaaattctttagca------aagagctctctctgattgaagatatgtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatga 24216768  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaagggatcaagtttgagtttttgatccatgtaccagtta---ctgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagaga 213  Q
    |||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||    ||||| |   ||  ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  24216767 atgagtttcttccatgtgaagatattgagtttgagtttttgttccaccggccagtaataacttttaagatcaagtgacactagttttgacaactgagaga 24216668  T
Q  214 ttgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcaccaaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaa 313  Q
    ||||||| |||||||||||| | |  | |  | || ||||||| |||| |||||||||||| | ||||| |||  || ||||||  |||||||   ||||    
T  24216667 ttgtggagggaatattaccagtaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactagatcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaa 24216568  T
Q  314 atcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagatgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaa 413  Q
    || |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  24216567 attattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtgcaatttggatgtaactcacctttcagattgttgcaactaaggtccaga 24216468  T
Q  414 ccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtattatttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaac 513  Q
    |||||||| | ||   |    ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| |  ||||||||| || || ||  | ||| |||||| |||||    
T  24216467 ccaatcacgtaatttgacctagtgtcacacatgaccccatcccactcgcaacaatctgcaccatttttccaggattccgtcctgaaataaaaagtggaac 24216368  T
Q  514 aactaggccaaatatc 529  Q
    |  ||| |||||||||    
T  24216367 acatagaccaaatatc 24216352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 176 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 16841838 - 16841499
Alignment:
Q  176 gctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattaccaatgatttcagtgttttataaattaagatgtgtgagattcacc 275  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| | |||| |||  |||  || | ||| ||| |||||||||| ||||||     
T  16841838 gctaagatcaagagatactaattttgacaaatgagagattgtggagtgaatgtcaccattgaggtcacagtatgatagatttagatgtgtgatattcact 16841739  T
Q  276 aaatcactaatatcatcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagtcgttgaaggtgtttaagttggaagatagtgctattgagat 375  Q
    ||||| |||||| ||  | |||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | |  |||| ||||||||||||| |||    
T  16841738 aaatcgctaataccaataggcattgaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtcttaactggaggatagtgctattgggat 16841639  T
Q  376 gtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccactcgcaacaatctgtatt 475  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||| ||| | |||  |  | ||||| ||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||      
T  16841638 gtaattcacctttcaaattgttgcaactgaggtccaaaccaaccacgtaatctgattcagtgtcacacgtgacaccatcccacttgcaacaatccgtacc 16841539  T
Q  476 atttttccaagaatctgttttcaaagaaaaagaggaacaa 515  Q
     ||||||||||| | ||| || ||||||  ||||||||||    
T  16841538 gtttttccaagattttgtcttgaaagaagtagaggaacaa 16841499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 16841997 - 16841878
Alignment:
Q  17 agaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaatttgtaacgttatga 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||||  || |||||||| |  || | ||| |||| ||| || ||||| || ||| | ||||||    
T  16841997 agaggatgacaaattgtttagcattgacaaagagctctctccaattgaagacatgttcactccatttagataaagatcccttaatttagtagcattatga 16841898  T
Q  117 atgagtttcttccatgtgaa 136  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  16841897 atgagtttcttccaagtgaa 16841878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University