View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2610_low_4 (Length: 648)
Name: NF2610_low_4
Description: NF2610
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2610_low_4 |
 | |
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| [»] scaffold0279 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 637
Target Start/End: Original strand, 27526847 - 27527468
Alignment:
| Q |
18 |
gtttggacaaacaacttaattagacacttatagcaaaaacgcttgtgtagaaactaattcaaactggactttgatttgtgcgaaatcatgtattgtacct |
117 |
Q |
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| T |
27526847 |
gtttggacaaacaacttaattagacacttatagcaaaaacgcttgtgtagaaactaattcaaacaggactttgatttgtgcgaaatcatgtcatgtacct |
27526946 |
T |
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| Q |
118 |
ggcttcnnnnnnncacctgtgaaggtttattgcaggctcctcttcttctaggttgtgatgttagaaatgtgactaaagagaccatggagatagtctctaa |
217 |
Q |
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| T |
27526947 |
ggcttctttttttcacctttgaaggtttattgcaggctcctcttcttctaggttgtgatgttagaaatgtgactaaagagaccatggagatagtctctaa |
27527046 |
T |
|
| Q |
218 |
taaggaagttattgcagtcaaccaaggtgatgcataatttgagtcattttgtgatttcctaatcattgtaatatgtta-tgatattaatttttatctctt |
316 |
Q |
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| T |
27527047 |
taaggaagttattgcagttaaccaaggtgatgcataatttgagtcattttgtgatttcctaatcattgtaatatgttactgatattaaattctatctctt |
27527146 |
T |
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| Q |
317 |
accacgatagatttgcttggcgtacaagctaagaaaattaggatggaaggtgatgctgaggtaattttcatttcgaatacaatatacgatttcatctcta |
416 |
Q |
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| T |
27527147 |
accacgatagatttgcttggcgtacaagctaagaaagttaggatggaaggagatgctgaggtaattttcatttcgaatacaacatacgatttcatctcta |
27527246 |
T |
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| Q |
417 |
ctctctagtattatttgtaggtaattggattctctgctgttaggtgaagatcgttgaactactcatattttgagttacattttaaag-aaattttgtgaa |
515 |
Q |
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| T |
27527247 |
ctctctagtattatttgtaggtaattggattctctgctgttaggtgaagatcgttgaactactcatattttgagttacattttaaagaaaattttgtgaa |
27527346 |
T |
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| Q |
516 |
gtcaaaatataaggcgtaaaatcttaatcaacagccgagatcccttgaatgcgttacactgtgcttttatatagattttgtctaataatttggcaatatg |
615 |
Q |
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| T |
27527347 |
gtcaaaatataaggcgtaaaatcttaatcaacagccgagatcccttgaatgcgttacactgtgcttttagatagattttgtctaataatttggcaatatg |
27527446 |
T |
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| Q |
616 |
tttattaaagatttttgttctt |
637 |
Q |
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| T |
27527447 |
tttattaaagatttttgttctt |
27527468 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 131 - 505
Target Start/End: Original strand, 27532730 - 27533101
Alignment:
| Q |
131 |
cacctgtgaaggtttattgcaggctcctcttcttctaggttgtgatgttagaaatgtgactaaagagaccatggagatagtctctaataaggaagttatt |
230 |
Q |
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|
| T |
27532730 |
caccggtgaaggtttattgcaggctcctcttcttctaggctgtgatgttagaaatgtgactaaagagaccttggagatagtttctaataaggaagttatt |
27532829 |
T |
|
| Q |
231 |
gcagtcaaccaaggtgatgcataatttgagtcattttgtgatttcctaatcat-tgtaatat--gtta-tgatattaatttttatctctta--ccacgat |
324 |
Q |
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| T |
27532830 |
gcagttaaccaaggtgatgcataattt--gtcattttgcgattttctaatcatatgtaatatacgttactgatattatgttatatcttttatcacacgat |
27532927 |
T |
|
| Q |
325 |
agatttgcttggcgtacaagctaagaaaattaggatggaaggtgatgctgaggtaattttcatttcgaatacaatatacgatttcatctctactctctag |
424 |
Q |
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|
| T |
27532928 |
agattcgcttggcgtacaagctaaaaaggttaggatggaaggtgatgctgaggtaattttcattccgaatacaacatacgatttc-------ttctcgag |
27533020 |
T |
|
| Q |
425 |
tattatttgtaggtaattggattctctgctgttaggtgaagatcgttgaactactcatattttgagttacattttaaagaa |
505 |
Q |
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|
| T |
27533021 |
cgttacttgtatggaattggattgtcttctgttaaatgaagatcgtcaaactactcatgttttgagttgcattttaaagaa |
27533101 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 597 - 637
Target Start/End: Original strand, 27533152 - 27533192
Alignment:
| Q |
597 |
ctaataatttggcaatatgtttattaaagatttttgttctt |
637 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
27533152 |
ctaataatttggcactatgtttattaaagatttttgttctt |
27533192 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0279 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0279
Description:
Target: scaffold0279; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 637
Target Start/End: Original strand, 20728 - 21349
Alignment:
| Q |
18 |
gtttggacaaacaacttaattagacacttatagcaaaaacgcttgtgtagaaactaattcaaactggactttgatttgtgcgaaatcatgtattgtacct |
117 |
Q |
| |
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|
| T |
20728 |
gtttggacaaaccacttaattagacacttatagcaaaaacgcttgtgtagaaactaattcaaacaggactttgatttgtgcgaaatcatgtcatgtacct |
20827 |
T |
|
| Q |
118 |
ggcttcnnnnnnncacctgtgaaggtttattgcaggctcctcttcttctaggttgtgatgttagaaatgtgactaaagagaccatggagatagtctctaa |
217 |
Q |
| |
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| T |
20828 |
ggcttctttttttcacctttgaaggtttattgcaggctcctcttcttctaggttgtgatgttagaaatgtgactaaagagaccatggagatagtctctaa |
20927 |
T |
|
| Q |
218 |
taaggaagttattgcagtcaaccaaggtgatgcataatttgagtcattttgtgatttcctaatcattgtaatatgtta-tgatattaatttttatctctt |
316 |
Q |
| |
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|
| T |
20928 |
taaggaagttattgcagttaaccaaggtgatgcataatttgagtcattttgtgatttcctaatcattgtaatatgttactgatattaaattctatctctt |
21027 |
T |
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| Q |
317 |
accacgatagatttgcttggcgtacaagctaagaaaattaggatggaaggtgatgctgaggtaattttcatttcgaatacaatatacgatttcatctcta |
416 |
Q |
| |
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|
| T |
21028 |
accacgatagatttgcttggcgtacaagctaagaaagttaggatggaaggagatgctgaggtaattttcatttcgaatacaacatacgatttcatctcta |
21127 |
T |
|
| Q |
417 |
ctctctagtattatttgtaggtaattggattctctgctgttaggtgaagatcgttgaactactcatattttgagttacattttaaag-aaattttgtgaa |
515 |
Q |
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| T |
21128 |
ctctctagtattatttgtaggtaattggattctctgctgttaggtgaagatcgttgaactactcatattttgagttacattttaaagaaaattttgtgaa |
21227 |
T |
|
| Q |
516 |
gtcaaaatataaggcgtaaaatcttaatcaacagccgagatcccttgaatgcgttacactgtgcttttatatagattttgtctaataatttggcaatatg |
615 |
Q |
| |
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| T |
21228 |
gtcaaaatataaggcgtaaaatcttaatcaacagccgagatcccttgaatgcgttacactgtgcttttagatagattttgtctaataatttggcaatatg |
21327 |
T |
|
| Q |
616 |
tttattaaagatttttgttctt |
637 |
Q |
| |
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| T |
21328 |
tttattaaagatttttgttctt |
21349 |
T |
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