View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2617_low_4 (Length: 370)

Name: NF2617_low_4
Description: NF2617
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2617_low_4
NF2617_low_4
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (26-352)||(37701454-37701777)
chr5 (17-345)||(37710279-37710607)
chr5 (17-352)||(37638511-37638846)
chr5 (17-352)||(37393946-37394281)
chr5 (17-345)||(37822676-37823004)
chr5 (17-352)||(37531865-37532200)
chr5 (17-352)||(37592969-37593304)
chr5 (17-352)||(37402058-37402393)
chr5 (9-352)||(37434475-37434818)
chr5 (9-333)||(37427834-37428163)
chr5 (17-352)||(37695360-37695695)
chr5 (31-324)||(37383400-37383693)
chr5 (9-352)||(37439835-37440178)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (17-352)||(16844056-16844391)
chr4 (9-261)||(16846715-16846966)
chr4 (9-325)||(24218783-24219099)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 26 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37701777 - 37701454
Alignment:
Q  26 ttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaacc 125  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||   ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37701777 ttggagtggttggacctctccaggaaccgtttgacgggtgagattcccgcggctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaacc 37701678  T
Q  126 accttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccattgtctaaatc 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37701677 accttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaattgtctaaatc 37701578  T
Q  226 atgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatatgcatgtggg 325  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  37701577 atgcaaaaatgaggaagatcttccacctcattcaacatctgaagatg---aagagtcaggatttggctggaaagcggtagcaataggatatgcatgtggg 37701481  T
Q  326 acaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
     |||||||||||||||| ||| |||||    
T  37701480 gcaatattcgggttgctcttgggatat 37701454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 17 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 37710607 - 37710279
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37710607 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37710508  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37710507 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggatttccatt 37710408  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||    
T  37710407 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagcggtagcaatcggatat 37710308  T
Q  317 gcatgtgggacaatattcgggttgctatt 345  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37710307 gcatgtggggcaatattcgggttgctatt 37710279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37638846 - 37638511
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37638846 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37638747  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37638746 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37638647  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||  |||||    
T  37638646 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatccggatttggctggaaagcggtagcaatcggatat 37638547  T
Q  317 gcatgtgggacaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  37638546 gcatgtggggcaatattcgggttgctattgggatat 37638511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Original strand, 37393946 - 37394281
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  37393946 ttgagaaatttagagtggttggacctctcaaggaaccaattgaagggtgagattcccgtggctttgacaaatttgaatttcctctcattcttaaaccttt 37394045  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  37394046 cacaaaaccaccttgagggagtcatacctacaggtcaacaatttgatacatttggaaatgattcttatgaagggaatacaatgttgtgtggattccaatt 37394145  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||    
T  37394146 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcttccaccgcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagcggtagcaatcggatat 37394245  T
Q  317 gcatgtgggacaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
    | ||||||| ||||||  |||||||| ||| |||||    
T  37394246 ggatgtggggcaatatatgggttgctgttgggatat 37394281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 17 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 37823004 - 37822676
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37823004 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37822905  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  37822904 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttatgtggatttccatt 37822805  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||    
T  37822804 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatcggccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagcggtagcaatcggatat 37822705  T
Q  317 gcatgtgggacaatattcgggttgctatt 345  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  37822704 gcatgtggggcaatcttcgggttgctatt 37822676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37532200 - 37531865
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37532200 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37532101  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37532100 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37532001  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||  |||||    
T  37532000 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagctgtggcaattggatat 37531901  T
Q  317 gcatgtgggacaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
    | ||||||| |||||| |||||| || ||| |||||    
T  37531900 ggatgtggggcaatatccgggttcctcttgggatat 37531865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37593304 - 37592969
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37593304 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgaagggtgagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37593205  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37593204 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttggaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37593105  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||  |||||    
T  37593104 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatccggatttggctggaaagctgtggcaattggatat 37593005  T
Q  317 gcatgtgggacaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
    | ||||||| |||||| |||||| || ||| |||||    
T  37593004 ggatgtggggcaatatccgggttcctcttgggatat 37592969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Original strand, 37402058 - 37402393
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37402058 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgacgggtgagattcctgaggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaccttt 37402157  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37402158 cacaaaaccatcttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacatttgaaaatgattcttttgaaggaaatacaatgttgtgtggattccaatt 37402257  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||  |||||    
T  37402258 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatccggatttggctggaaagctgtggcaattggatat 37402357  T
Q  317 gcatgtgggacaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
    | ||||||| |||||| |||||| || ||| |||||    
T  37402358 ggatgtggggcaatatccgggttcctcttgggatat 37402393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 9 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37434818 - 37434475
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattctt 108  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37434818 tgagtaaattgagacatttggagtggttagacctctcaaaaaaccagttgacgggtgaaattcctgtggctttgacaaatttgaatttcctatcattctt 37434719  T
Q  109 gaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 208  Q
    ||| |||||| | ||||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37434718 gaacctttcaaacaaccaccttgagggagtcatacctacgggtcaacaatttgctacatttgaaaatgattcctatgaaggaaatacaatgttatgtgga 37434619  T
Q  209 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||   |    
T  37434618 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaacgagaaagatctgccaccacattcaacatctgaagacgaagaagaatcaggatttggctggaaaacggtagtga 37434519  T
Q  309 tatgatatgcatgtgggacaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
    |  |||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||    
T  37434518 tcggatatggatgtggggcaatatttgggttgctgttgggatat 37434475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 9 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 37428163 - 37427834
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaacca---aat--gacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctca 103  Q
    |||||||  ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||   |||  ||| ||||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||| |||    
T  37428163 tgagtaatctgagaaacttggagtggttggacctctcaaggaaccatttaatttgacaggtgagattcccaccgctttggaaaatttgaatttcctatca 37428064  T
Q  104 ttcttgaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgt 203  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |    
T  37428063 ttcttgaatctctcacaaaaccaccttgagggaatcatacctaccggccaacagtttgatacatttggaaatgattcctatgaagggaatacaatgttat 37427964  T
Q  204 gtggattcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgt 303  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  37427963 gtggattcatattgtctaaatcatgcaaaaatgatgaagatcaaccaccacattcaacatctgaagaagaagaggaatcaggatttggctggaaagcggt 37427864  T
Q  304 aacaatatgatatgcatgtgggacaatatt 333  Q
    |  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  37427863 agtaataagatatgcatgtgggacaatatt 37427834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37695695 - 37695360
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| | |||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||    
T  37695695 ttgagaaaattggagtggttggacctctcatgtaaccaattgacgggagagattcctgtggctttgacaaatttgaacttcctctcagtcttaaaacttt 37695596  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  37695595 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctaaaggtcaacagtttaatacgtttggaaatgattcctatgaagggaatactatgttatgtggattcccatt 37695496  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||  |||||    
T  37695495 gtctagattatgcaaaaatgatgaagatctaccaccacattcgacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagctgtggcaattggatat 37695396  T
Q  317 gcatgtgggacaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
    | ||||||| |||||| |||||| || ||| |||||    
T  37695395 ggatgtggggcaatatccgggttcctcttgggatat 37695360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 31 - 324
Target Start/End: Original strand, 37383400 - 37383693
Alignment:
Q  31 gtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatctttcacaaaaccacctt 130  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37383400 gtggttagacctctcaaggaaccaattgaagggtgagattcctttggctttgacaaatttgaattttctctctttcttgaatctttcacaaaaccacctt 37383499  T
Q  131 gagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccattgtctaaatcatgca 230  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  37383500 gagggaatcatacctacaggtcaacagtttggtacatttggaaatgattcctttgaaggaaatacaatgttatgtggatttccattgtcaaaatcatgca 37383599  T
Q  231 aaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatatgcatgtgg 324  Q
    ||| ||| ||||||  | | ||  ||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||   |||| |||||||||||||    
T  37383600 aaactgatgaagattggtcgccatattcaacatctaatgatgaagaggaatctggatttggctggaaagcagtggtaataggatatgcatgtgg 37383693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 9 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37440178 - 37439835
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattctt 108  Q
    |||||||||||||| |||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||  |  |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  37440178 tgagtaaattgagaaatttagagtggtcggacctctcaagaaaccaattgaccggtgaaattcccgtgactttgacaaatttgaatttcctctctgtctt 37440079  T
Q  109 gaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 208  Q
     || |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37440078 aaacctttcacaaaaccaccatgagggaatcatacctgcaggtcaacagtttggtacatttggaaatgattcctatgaagggaatacaatgttatgtgga 37439979  T
Q  209 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaa 308  Q
    |  |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    |    
T  37439978 tatccattgtctaagccatgcaaaaatgaggaagatcttccaccatattcaacaactgatgatcaagaggaatcaggatttggctggaaagctgtggtga 37439879  T
Q  309 tatgatatgcatgtgggacaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
    |  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  37439878 tcggatatggatgtggggcaatattcgggttgctattgggatat 37439835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 17 - 352
Target Start/End: Original strand, 16844056 - 16844391
Alignment:
Q  17 ttgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattcttgaatcttt 116  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||||| ||||||| |   |||||| |||||||||||||||| || ||||| || ||||    
T  16844056 ttgagaaatttggagtggttggacctctcatgcaaccaattgacgggagagattcttgaggctttggcaaatttgaatttcctttctttcttaaaccttt 16844155  T
Q  117 cacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtggattcccatt 216  Q
    ||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  16844156 cacaaaaccactttaaaggaatcatacctacaggtcaacaatttaatacatttggaaatgattcctatcaagggaatacaatgttgtgtggattgccatt 16844255  T
Q  217 gtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaatatgatat 316  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||    
T  16844256 ctctaattcatgcaaaaatgaggaagatctgccacaacattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagcggtaacaatcggatat 16844355  T
Q  317 gcatgtgggacaatattcgggttgctattgagatat 352  Q
    ||||||||  |||||||||||||||| ||| |||||    
T  16844356 gcatgtggtgcaatattcgggttgctcttgggatat 16844391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 9 - 261
Target Start/End: Original strand, 16846715 - 16846966
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattctt 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  16846715 tgagtaaattgagacatttggagtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggagagattcctgtggctttgacaaatttgaatttcctttctttctt 16846814  T
Q  109 gaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 208  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16846815 gaacctttcaaaaaaccaccttgagggagtcatacctacaggtcaacaattttctacatttggaaatgattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 16846914  T
Q  209 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaac 261  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16846915 ttcccatcgtctaaatcat-aaaaaatgaggaagatctgccaccacattcaac 16846966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 9 - 325
Target Start/End: Original strand, 24218783 - 24219099
Alignment:
Q  9 tgagtaaattgagacatttggggtggttggacctctcaaggaaccaaatgacgggtgagattcctattgctttgacaaatttgaatttcctctcattctt 108  Q
    ||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||| ||| |  |||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  24218783 tgagtaatttgcgaaatttggagtggttggacctctcaagaaacaacttgagtggtaagattcctatggctttgacaaatttgaatttcctctctttttt 24218882  T
Q  109 gaatctttcacaaaaccaccttgagggaatcatacctacaggccaacagtttgatacatttggaaataattcctatgaaggaaatacaatgttgtgtgga 208  Q
     || |||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  24218883 aaacctttcacaaaaccatctcaagggaatcatacctaccggccaacaatttaacacatttggaaatgattcctatgaaggaaatgcaatgttatgtgga 24218982  T
Q  209 ttcccattgtctaaatcatgcaaaaatgaggaagatctgccacctcattcaacatctgaagatgaagaagaatcaggatttggctggaaagccgtaacaa 308  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| |||    
T  24218983 tttccattgtcaaaatcatgcaaaaatgatgaagatcggccaccatattcaacgtctaatgatgacgaggaatcgggatttggctggaaagcagtagcaa 24219082  T
Q  309 tatgatatgcatgtggg 325  Q
    || |||||| |||||||    
T  24219083 taggatatggatgtggg 24219099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University