View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2621_high_1 (Length: 783)

Name: NF2621_high_1
Description: NF2621
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2621_high_1
NF2621_high_1
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (51-745)||(30961054-30961748)
chr4 (478-743)||(33805975-33806239)
chr4 (497-743)||(11240198-11240443)
chr4 (509-743)||(44567139-44567371)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (490-743)||(721551-721803)
chr1 (483-738)||(38880768-38881021)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (484-734)||(16781532-16781779)
chr5 (483-743)||(42689679-42689938)
chr5 (478-743)||(23946775-23947039)
chr5 (226-435)||(38784324-38784538)
chr5 (293-435)||(38741988-38742132)
chr5 (117-335)||(38790437-38790667)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (478-743)||(45210711-45210975)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (484-743)||(17716244-17716502)
chr3 (484-743)||(19017473-19017731)
chr3 (483-743)||(37145661-37145920)
chr3 (487-722)||(53606210-53606444)
chr3 (689-743)||(53987074-53987128)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (572-743)||(8639266-8639436)
chr6 (484-742)||(8684715-8684972)
chr6 (487-743)||(1297373-1297628)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (491-743)||(48953549-48953801)
chr7 (596-743)||(42604106-42604252)
chr7 (487-722)||(46831430-46831664)
chr7 (278-330)||(34081577-34081629)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 655; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 51 - 745
Target Start/End: Complemental strand, 30961748 - 30961054
Alignment:
Q  51 tatatgactaatcttcaaagagaagcacaaaggaagattaagaggattagtgaagagtaaaggaataattacttttgttgaagagagggtaatgtgaagg 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961748 tatatgactaatcttcaaagagaagcacaaaggaagattaagaggattagtgaagattaaaggaataattacttttgttgaagagagggtaatgtgaagg 30961649  T
Q  151 catcaacctctaatcaaaaggactatgagaaggaagaggatgaggctcctagggagtataggagtagtaggaggaatggaggaagacttagaaattatat 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961648 catcaacctctaatcaaaaggactatgagaaggaagaggatgaggctcctagggagtataggagtagtaggaggaatggaggaagacttagaaattatat 30961549  T
Q  251 aatcaagaaaggatagggaagaaaaataactttggaagaaaaagaaacttgaaattcctaatttttaagggaaggttgatctagaaacatgcttacattg 350  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961548 aatcaagaaaggatagggaggaaaaataactttggaagaaaaagaaacttgaaattcctaatttttaaaggaaggttgatctagaaacatgcttacattg 30961449  T
Q  351 agagcaataagtggaacaaaatttagttaccacgaagttaggggaggaaaggaaagtgaagttagcaacttttgagttcacaaattatgccatattacag 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961448 agagcaataagtggaacaaaatttagttaccacgaagttaggggaggaaaggaaagtgaagttagcaacttttgagttcacaaattatgccatattacag 30961349  T
Q  451 tgggatcaactacaaaaagagaggggatcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaata 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30961348 tgggatcaactacaaaaagagaggggatcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaata 30961249  T
Q  551 taaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcaga 650  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30961248 taaaggacttgctaattgttcggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggggaaccaatgtgtggatttctttgctaaattgggtgctaattcaga 30961149  T
Q  651 tgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagcgg 745  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30961148 tgctcattttgtagtgcacccattcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgatagacactttctttgttaggagctagcgg 30961054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 478 - 743
Target Start/End: Original strand, 33805975 - 33806239
Alignment:
Q  478 tcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaaca 577  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || |    
T  33805975 tcacttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttaatgttcgaaata 33806074  T
Q  578 tctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgc 677  Q
    || |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||| |||| || || ||| || |    
T  33806075 tcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgtcgtcca-ccaatcac 33806173  T
Q  678 ctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  33806174 cgccagctgacctcctccctctgcttagagcggatgctataggcactgtctttattaggagatagc 33806239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 497 - 743
Target Start/End: Original strand, 11240198 - 11240443
Alignment:
Q  497 ttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatcacacctt 596  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||| || ||||| || |||||| || ||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  11240198 ttatcaagaatgataccccgagattccacatctacgtcgtgctcattcaaaatattaaagacttgttagttgatcggaacatctctctccatcacacctt 11240297  T
Q  597 aagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacctccttcc 696  Q
    |||||||| ||||||||||   |||| |||||||||||| | ||||| ||||||| ||||| |  | || || ||||||||||| |||||||||| ||||    
T  11240298 aagagaggggaaccaatgtttggattactttgctaaattaggtgctagttcagattctcatatgctcgttca-ccattcgcctctagctgacctcattcc 11240396  T
Q  697 tctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||  ||| |||| |||| |||||||    
T  11240397 tcttcttagagctgatgcgataggagcttgctttcttagaagctagc 11240443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 509 - 743
Target Start/End: Original strand, 44567139 - 44567371
Alignment:
Q  509 ataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggagaa 608  Q
    |||||||||||| ||||| |||   ||| ||||| |||||||| || ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44567139 ataccccgagattccacatctatatcgttctcattcagaatattaaagacttgctagttgatcggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggggaa 44567238  T
Q  609 ccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagc 708  Q
      |||||| ||||| |||| ||||||| | |||||||||| |||||||| || | || || ||| ||| |||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  44567239 tgaatgtggagattactttactaaattaggtgctaattcatatgctcatcttatcgtcca-ccaatcgtctccggctgtcctccttcctcttcttagagc 44567337  T
Q  709 tgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    || || ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44567338 tg-tgcgatagacactttctttgttagaagctagc 44567371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 142; Significance: 4e-74; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 490 - 743
Target Start/End: Original strand, 721551 - 721803
Alignment:
Q  490 gttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatc 589  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  721551 gttaatcttattatgaatgacactccgagataccacacctacgccgtcctcattcagaatataaaggatttgctaattgttcggaacttctctctccatc 721650  T
Q  590 acaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacc 689  Q
    |||| |||||||||| || |||||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||    
T  721651 acacattaagagaggggagccaatgcgcggatttctttgctaagttgggtgctaattcagatgctcatcttgtcgtcca-ccaatcgcctccagctgacc 721749  T
Q  690 tccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    |||| |||||||||||||||||||  ||||||||| | ||| ||||||| ||||    
T  721750 tcctccctctgcttagagctgatgccataggcactgtttttattaggagatagc 721803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 483 - 738
Target Start/End: Original strand, 38880768 - 38881021
Alignment:
Q  483 tcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctct 582  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  38880768 tcttgcagttaatcttattatgaatgacactc-gagataccacacctacgtcgtcctcattcagaatataaaggatttgctaattgttcggaacatctct 38880866  T
Q  583 cttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctcca 682  Q
    || |||||||| |||||| ||  ||||||||| || |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||| || || ||| |||||||||    
T  38880867 ctccatcacacattaagatagaggaaccaatgcgcggatttctttgctaagttgggtgttaattcagatgctcatcttgtcgtcca-ccaatcgcctcca 38880965  T
Q  683 gctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggag 738  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||| |||| | ||| |||||||    
T  38880966 gctgacctcctccctctgcttagaactgatgccatagacactgtttttattaggag 38881021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 127; Significance: 4e-65; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 484 - 734
Target Start/End: Original strand, 16781532 - 16781779
Alignment:
Q  484 cttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctc 583  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||| ||||| | |||||| || ||||||||| ||| | ||||||||||||    
T  16781532 cttgctgttaatcttatcatgaatgatatcc-gagattccacatctacgccgttctcattc-gaatattaaagacttgctagttgatcggaacatctctc 16781629  T
Q  584 ttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccag 683  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  | || ||| ||||||||||    
T  16781630 ttcatcacaccttaagagaggggaatcaatgtgtggattactttgctaaattggatgctaatttagacgctcattttgtcctcca-ccaatcgcctccag 16781728  T
Q  684 ctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgtta 734  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  16781729 ctgacctccttcctctgcttagaattgatgcgataggcacttactttgtta 16781779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 483 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 42689938 - 42689679
Alignment:
Q  483 tcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctct 582  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || ||||||    
T  42689938 tcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatctct 42689839  T
Q  583 cttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctcca 682  Q
    || |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||| |||| || || ||| ||||| |||    
T  42689838 ctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgtcgtcca-ccaatcgccgcca 42689740  T
Q  683 gctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  42689739 gctgacctcctccctctgcttagagctgatgctataggcactgtctttattaggagatagc 42689679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 478 - 743
Target Start/End: Original strand, 23946775 - 23947039
Alignment:
Q  478 tcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaaca 577  Q
    |||| |||||| || |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || |    
T  23946775 tcacttcttgcagtcaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacatacgccttcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaata 23946874  T
Q  578 tctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgc 677  Q
    |  |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||| |||| || || ||| || |    
T  23946875 taactctccatcacactttaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgtcgtcca-ccaatcac 23946973  T
Q  678 ctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  23946974 caccagctgacctcctccctctgcttagagctgatgctataggcactatctttattaggagatagc 23947039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 226 - 435
Target Start/End: Original strand, 38784324 - 38784538
Alignment:
Q  226 atggaggaagacttagaaattatataatcaagaaagga----tagggaagaaaaataactttggaagaaaaagaaacttgaaattcctaatttttaaggg 321  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||    ||| || ||| |||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||||||     
T  38784324 atggaggaagacttagaaac-atgtaatcaacaaaggaggattagagaggaagaataactttggaagaacaagaaatttaaaattcctaaattttaagga 38784422  T
Q  322 aaggttgatct--agaaacatgcttacattgagagcaataagtggaacaaa-atttagttaccacgaagttaggggaggaaaggaaagtgaagttagcaa 418  Q
    |||||||||||  |||||||| |||| ||| ||||| | || ||||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  38784423 aaggttgatctagagaaacatacttatattcagagctaaaattggaacaaatatttagttaccatgaattta-gggaggaatggaaagtgaagttagcaa 38784521  T
Q  419 cttttgagttcacaaat 435  Q
    ||||  |||||||||||    
T  38784522 ctttgaagttcacaaat 38784538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 293 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 38742132 - 38741988
Alignment:
Q  293 agaaacttgaaattcctaatttttaagggaaggttgatct--agaaacatgcttacattgagagcaataagtggaacaaa-atttagttaccacgaagtt 389  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |  |||||||| |||| ||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  38742132 agaaacttgaaattcttaatttttaagggaatgttgatttagagaaacatacttaaattcagagctaaaagtggaacaaatatttagttaccatgaagtt 38742033  T
Q  390 aggggaggaaaggaaagtgaagttagcaacttttgagttcacaaat 435  Q
    | |||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  38742032 a-gggaagaatggaaagtgaagttagcaactttgaagttcacaaat 38741988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 117 - 335
Target Start/End: Original strand, 38790437 - 38790667
Alignment:
Q  117 aattacttttgttgaagagagggtaatgtgaaggcatcaacctctaa-tcaaaaggactat--gagaaggaagaggatgaggctcctagggagtatagga 213  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||  ||| ||||||| |||||| |||| |||||||||  ||    
T  38790437 aattactttggttaaagaaagggtaatgtgaagtcatcaacctccaagtcaaaaggactatatgaggaggaagatgatgagactccaagggagtat--ga 38790534  T
Q  214 gtagtaggaggaatggaggaagacttagaaattatataatcaagaaaggat-------------agggaagaaaaataactttggaagaaaaagaaactt 300  Q
    |   ||||||  || ||| |||||||| |||  || |||||||||||||||             ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38790535 ggcataggagacattgagaaagacttaaaaac-atgtaatcaagaaaggatgattagggtctctagggaggaagaataactttggaagaaaaagaaactt 38790633  T
Q  301 gaaattcctaatttttaagggaaggttgatctaga 335  Q
     |||||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  38790634 -aaattccttacttttaagggaaggttgatataga 38790667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 118; Significance: 9e-60; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 478 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 45210975 - 45210711
Alignment:
Q  478 tcacatcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaaca 577  Q
    |||| |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || |    
T  45210975 tcacttcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaata 45210876  T
Q  578 tctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgc 677  Q
    || |||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||| |||| || || ||| || |    
T  45210875 tcactctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagatgttcatcttgtcgtcca-ccaatcac 45210777  T
Q  678 ctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  45210776 cgccagctgacctcctccctctgcttagagctgatgctataggcactgtctttattaggagttagc 45210711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 484 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 17716502 - 17716244
Alignment:
Q  484 cttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctc 583  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| || || || || || || || |||||| | | | ||||||||||||    
T  17716502 cttgctgttaatctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctatgccgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctc 17716403  T
Q  584 ttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccag 683  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| || || ||| ||||| ||||    
T  17716402 ttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccatttcagatgctcagtttgttgtcca-ccaatcgcccccag 17716304  T
Q  684 ctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||    
T  17716303 ctgacctccttcctatgcttagagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagc 17716244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 484 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 19017731 - 19017473
Alignment:
Q  484 cttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctc 583  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||| || || || || || || || |||||| | | | ||||||||||||    
T  19017731 cttgctgttaatctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctatgccgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaacatctctc 19017632  T
Q  584 ttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccag 683  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| || || ||| ||||| ||||    
T  19017631 ttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcagattattttgctaaattgggtgccatttcagatgctcagtttgttgtcca-ccaatcgcccccag 19017533  T
Q  684 ctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||    
T  19017532 ctgacctccttcctatgcttagagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagc 19017473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 483 - 743
Target Start/End: Original strand, 37145661 - 37145920
Alignment:
Q  483 tcttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctct 582  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | |||| | || ||| ||    
T  37145661 tcttgcagttaatcttattatgaatgacactccgagatatcacacctacgccgtcctcattcagaacataaaggatttgcttagtgttcgaaatatcact 37145760  T
Q  583 cttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctcca 682  Q
    || |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||| | |||| |||| || || ||| | ||| |||    
T  37145761 ctccatcacacattaagagaggggaaccaatgtgcggatttctttgccaagttgggtgctaattcagaagttcatcttgtcgtcca-ccaattgccgcca 37145859  T
Q  683 gctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  37145860 gctgacctcctccctctgcttagagatgatgctataggcactgtctttattaggagatagc 37145920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 487 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 53606444 - 53606210
Alignment:
Q  487 gctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttc 586  Q
    ||||||||||||||   |||||| || || |||||||||| ||||||||  || ||||||||||| || ||| |||||| ||   ||||||| || || |    
T  53606444 gctgttaatcttattgcgaatgacactcctagataccacatctacgccgctcttatccagaatatcaaagacctgctaaatgacaggaacatttccctcc 53606345  T
Q  587 atcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctg 686  Q
    | ||||| |||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||  | |||| || ||| || |||||||||||||    
T  53606344 accacactttaagagaggggaatcaatgtgcggacttctttgctaaatttggtgctaattcagatgctgctcttgtcgtccat-caatcgcctccagctg 53606246  T
Q  687 acctccttcctctgcttagagctgatgtgataggca 722  Q
    | ||||| ||  ||||||||||||||| | ||||||    
T  53606245 atctcctccccttgcttagagctgatgcgctaggca 53606210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 689 - 743
Target Start/End: Original strand, 53987074 - 53987128
Alignment:
Q  689 ctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  53987074 ctcctccctctgcttagagctgatgctataggcactgtctttattaggagatagc 53987128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 572 - 743
Target Start/End: Original strand, 8639266 - 8639436
Alignment:
Q  572 ggaacatctctcttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatcc 671  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | || || ||    
T  8639266 ggaacatctctcttcatcacgcttcaagagaggggaatcaatgtgcagattactttgctaaattgggtgctagttcagatgctcattttatcgtcca-cc 8639364  T
Q  672 attcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  8639365 aatcgcctccagctgacctccttcctctgcttagagctgatgcgataggcacttactttgttagaagctagc 8639436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 484 - 742
Target Start/End: Original strand, 8684715 - 8684972
Alignment:
Q  484 cttgctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctc 583  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| || || || || || || || || |||||| | | | ||||  ||||||    
T  8684715 cttgctgttaatctcatcatgaatgatacaccgagattccacatctacgctgttcttattcaaaacattaaagatttgctagtcgatcggaatttctctc 8684814  T
Q  584 ttcatcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccag 683  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||||||||  ||  ||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||| || || ||| ||||| |||     
T  8684815 ttcatcacaccttaagagagggaaatcaatgtgcaatttattttgctaaattgggtgccatttcagatgctcagtttgttgtcca-ccaatcgcccccaa 8684913  T
Q  684 ctgacctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctag 742  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||  |||||||| ||||||    
T  8684914 ctgacctccttcctatgcttagagctgatgcgatgggcacttattttgttagaagctag 8684972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 487 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 1297628 - 1297373
Alignment:
Q  487 gctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttc 586  Q
    ||||||||||||||   |||||| || || |||||||||| ||||||||| || ||| |||||||  | ||| |||||| || | ||||||| || || |    
T  1297628 gctgttaatcttattgcgaatgacactcctagataccacatctacgccgttcttatcgagaatatcgaagacctgctaaatgatcggaacatttccctcc 1297529  T
Q  587 atcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctg 686  Q
    | ||||| |||||||| | ||| |||||||| || |||| ||||||||| | |||||||||||||| | || |||| || ||| ||||||||||||||||    
T  1297528 accacactttaagagaagggaatcaatgtgcggacttctctgctaaatttggtgctaattcagatgttgatcttgtcgtccat-cattcgcctccagctg 1297430  T
Q  687 acctccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    | ||||| ||  ||||||||||||||| | |||||| ||  ||||||||||||||||    
T  1297429 atctcctccccatgcttagagctgatgcgctaggcatttattttgttaggagctagc 1297373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 491 - 743
Target Start/End: Original strand, 48953549 - 48953801
Alignment:
Q  491 ttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttcatca 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||||  |    |||||||||||||||||||    
T  48953549 ttaatcttatcatgaatgataccccgagatatcacatctacgcagttcttatccacaatatcaaggatttgctagctaaccggaacatctctcttcatca 48953648  T
Q  591 caccttaagagaggagaaccaatgtgcaga-tttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacc 689  Q
    |||  ||||||||| ||| ||| ||||| | ||| ||||||||||| || |||| |||||||||| || |||| || ||| || |||||| || |||| |    
T  48953649 cactctaagagaggggaatcaacgtgcaaactttttttgctaaattcgaagctatttcagatgctgatcttgtcgtccat-caatcgcctacaactgatc 48953747  T
Q  690 tccttcctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    ||||||| ||||||||||||||||   ||||||| |||||  |||||| |||||    
T  48953748 tccttcccctgcttagagctgatgctctaggcaccttcttcattaggaactagc 48953801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 596 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 42604252 - 42604106
Alignment:
Q  596 taagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctgacctccttc 695  Q
    |||||||||  || |||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| || || ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  42604252 taagagagggaaatcaatgtgcggattactttgctaaattgggtgctatttcagatgctcagtttgttgtcca-ccaatcgcccccagctgacctccttc 42604154  T
Q  696 ctctgcttagagctgatgtgataggcactttctttgttaggagctagc 743  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |||||||    
T  42604153 ctatgcttagagctgatgcgataggcacttattttgttagaagctagc 42604106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 487 - 722
Target Start/End: Original strand, 46831430 - 46831664
Alignment:
Q  487 gctgttaatcttatcatgaatgataccccgagataccacacctacgccgtcctcatccagaatataaaggacttgctaattgtttggaacatctctcttc 586  Q
    ||||||||||||||   |||||| || || |||||||||| ||||||||  || ||||||||||| || ||| |||||| ||   ||||||| || || |    
T  46831430 gctgttaatcttattgcgaatgacactcctagataccacatctacgccgctcttatccagaatatcaaagacctgctaaatgacaggaacatttccctcc 46831529  T
Q  587 atcacaccttaagagaggagaaccaatgtgcagatttctttgctaaattggatgctaattcagatgctcattttgtagtgcatccattcgcctccagctg 686  Q
    | ||||| |||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||||  | |||| || ||| || |||||||||||||    
T  46831530 accacactttaagagaggggaatcaatgtgcggacttctttgctaaatttggtgctaattcagatgctgctcttgtcgtccat-caatcgcctccagctg 46831628  T
Q  687 acctccttcctctgcttagagctgatgtgataggca 722  Q
    | ||||| ||  ||||||||||||||| | ||||||    
T  46831629 atctcctccccttgcttagagctgatgcgctaggca 46831664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 330
Target Start/End: Original strand, 34081577 - 34081629
Alignment:
Q  278 aactttggaagaaaaagaaacttgaaattcctaatttttaagggaaggttgat 330  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||||||    
T  34081577 aactttggaagaaaaagaaacttaaaattcctaatttccaaaggaaggttgat 34081629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University