View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2622_low_27 (Length: 435)
Name: NF2622_low_27
Description: NF2622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2622_low_27 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 28924214 - 28923816
Alignment:
| Q |
12 |
caaagggaaaaagtgttgatgaaaccactaagtgtaagcaataaacatgatggttttcttctgtttctctcaaatatatttaacatacattagagatgta |
111 |
Q |
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| T |
28924214 |
caaagggaaaaagtgttgatgaagccactaagtgtaagcaataaacatgatggttttcttctgtttctctcaaatatatttaacatacattagagatgta |
28924115 |
T |
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| Q |
112 |
tatccatctgatatgaagtatgtcctcttcaacaatatatgatttccagaacagagcagacgtcttctgaagcaaatccaatttatcaagcgttgtgtgt |
211 |
Q |
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| T |
28924114 |
tatctatctgatatgaagtatgtcctcttcaacattatatgatttccagaacagagcagacgtcttctgaagcaaatagaatttatcaagcattgtgtgt |
28924015 |
T |
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| Q |
212 |
aggatattgtctgcgtgacctatttaaagtagaagtcaactctaacataaatgtactaacatatgttaatagtttccttattgtctttacagaagatttt |
311 |
Q |
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| T |
28924014 |
aggatattgtctgcgtgacctatttaaagtagaagttaactctaacat--------taacatatgttaatagtttccttattgtctctacagaagatttt |
28923923 |
T |
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| Q |
312 |
ttatttcattattttgaatatgtaaagttgttactaacgatttaatacttctatatggagatattaaggagttttacgtcattagtattttatttgttct |
411 |
Q |
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| T |
28923922 |
tgatttcattattttgaatatgtaaagttgttactgacgatttaatacttctatatggagatattaagcagttttacatcattagtattttatttgttct |
28923823 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 418
Target Start/End: Original strand, 28920347 - 28920755
Alignment:
| Q |
12 |
caaagggaaaaagtgttgatgaaaccactaagtgtaagcaataaacatgatggttttcttctgtttctctcaaatatatttaacatacattagagatgta |
111 |
Q |
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| T |
28920347 |
caaagggaaatagtgttgatgaagccactaagtgtaagcaattaacatgatggttttcttctatttaactcaaatatagttaccatatattagagatgta |
28920446 |
T |
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| Q |
112 |
tatccatctgatatgaagtatgtcctcttcaacaatatatgatttccagaacagagcagacgtcttctgaagcaaatccaatttatcaagcgttgtgtgt |
211 |
Q |
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| T |
28920447 |
tatccatctaatatgaagtatgtccacttcaacatgagatgatttc-agaactgagcagatgtcttcttaagcaaatctaatttatcacacgttgtatgt |
28920545 |
T |
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| Q |
212 |
aggatattgtctgcgtgacctatttaaagtagaagtcaactctaac----ataaatgtactaacatatgttaatagtttccttattgtctttacagaaga |
307 |
Q |
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| T |
28920546 |
aggatattgtctgcttgatctatttaaagttgaagttaacactaattaatataaaggtactaagatatgttaatagttcccttattgtcatcatagaaga |
28920645 |
T |
|
| Q |
308 |
ttttttatttcattattttgaatatgtaaagttgttactaacgatttaatacttctatatggagatattaaggagttttacgtcattagtattttatttg |
407 |
Q |
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| T |
28920646 |
tttcatatttcatttttttgaaaaagtaaagttgttacgaacgatttaatatttctatatgaagatattaagcagttttaaatcattggtatttt-tttg |
28920744 |
T |
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| Q |
408 |
ttctcctttat |
418 |
Q |
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| T |
28920745 |
ttatcctttat |
28920755 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 23 - 418
Target Start/End: Original strand, 28921790 - 28922199
Alignment:
| Q |
23 |
agtgttgatgaaaccactaagtgtaagcaataaacatgatggttttcttctgtttctctcaaatatatttaacatacattagagatgtatatccatctga |
122 |
Q |
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| T |
28921790 |
agtgttgataaagccacttagtgtaagcaataaacattatggttttcttctgtttctctcaaatttatttagcatatattagagatgtatatccatctaa |
28921889 |
T |
|
| Q |
123 |
tatgaagtatgtcctcttcaacaatatatgatttccagaacagagcagacgtcttctgaagcaaatccaatttatcaagcgttgtgtgtaggatattgtc |
222 |
Q |
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| T |
28921890 |
tatgaagtatgtccacttcaacatgagatgatttccagaacagagcagacacattctaaagtaaatctaatttatcacacgttgtatttaggatattgtt |
28921989 |
T |
|
| Q |
223 |
tgcgtgacctatttaaagtagaagtcaactctaacataaatgtactaacatatgttaatagtttccttattgtctttacagaaga-------------tt |
309 |
Q |
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| T |
28921990 |
tgagtgacctgtttcaagtagaagttaaccctaacataaaggtactaacatatgttaatagtccccttattgtcattacattagattcctgatttctttt |
28922089 |
T |
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| Q |
310 |
ttttatttcattattttgaatatgtaaagttgttactaacgatttaat-acttctatatggagatattaaggagttttacgtcattagtattttatttgt |
408 |
Q |
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| T |
28922090 |
tttttttttttttttttgaaaatgtaaagttattactaacaatttaataactactatatgttgattataagcagttttacgtcattagtattttatttat |
28922189 |
T |
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| Q |
409 |
tctcctttat |
418 |
Q |
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| T |
28922190 |
tctcctttat |
28922199 |
T |
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