View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2623-Insertion-1 (Length: 958)

Name: NF2623-Insertion-1
Description: NF2623
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2623-Insertion-1
NF2623-Insertion-1
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (7-877)||(6538520-6539390)
chr1 (922-958)||(6538486-6538522)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 697; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 697; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 877
Target Start/End: Complemental strand, 6539390 - 6538520
Alignment:
Q  7 aataattttactcacattttcattgccgacttcagcatcaaatatgaaccattcctnnnnnnnnnn--ccataattttactcacatttcattgcccaatt 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6539390 aataattttactcacattttcattgccgacttcagcatcaaatatgaaccattccttaaaaaaaaaaaccataattttactcacatttcattgcccaatt 6539291  T
Q  105 aagnnnnnnnnnnnaatgaaaaatgttactactaattgttagtttttctccttgttaatatttggatcatgaaccttcaactacttaatccttaactcaa 204  Q
    |||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  6539290 aagtttttttttt-aatgaaaaatgttactactaattgttagtttttctccttgttaatatttggatcatgaaccttcaactagttaatcttttactcaa 6539192  T
Q  205 attagttgagctatccaaccttatatgtatgccgactaaaataatagttcaactactcctcctttggctttactataagtctcatttaagaaaatacatt 304  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6539191 attagttgagctacccaactttacatatatgccgactaaaataatagttcaactactcctcctttggctttactataagtctcatttaagaaaatacatt 6539092  T
Q  305 ggttgtagtcttgtgtataatttctttttattgtgttattaagctatgagagttttatataatagattagtcttttaagtttgacacttttcatagctta 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6539091 ggttgtagtcttgtgtataatttctttttattgtgttattaagctatgagagttttatataatagattagtcttttaagtttgacacttttcatagctta 6538992  T
Q  405 aatcataacaattgagagtacatcattgaatagtgaaagattagtgaagacttgaaagaagaaagagtagataaaatgttaaatgtgataatgaagtcat 504  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6538991 aatcataacaattgagagtacaccattgaatagtgacagattagtgaagacttcaaagaagaaagagtagataaaatgttaaatgtgataatgaagtcat 6538892  T
Q  505 gcggctcatgtcatgagtgtaagtcataactcataacatatacttcctccgtaataaaaaaggtacatgtacctttttgctaatattgtgtcacgaaatg 604  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6538891 gtggctcatgtcatgagtgtaagtcataactcataacatatacttcctccgtaataaaaaaagtacatgtacctttttgctaatattgtgtcacgaaatg 6538792  T
Q  605 agttcacttttcttnnnnnnntggtcacttacagtttacattgatttcaatagtataatataacattgtgttaaaactataaaaatccatgaaagagtga 704  Q
    ||||||||||||||       |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6538791 agttcacttttcttaaaaaaatggtcacttacag-atacattgatttcaatagtataatataacattgtgttaaaactataaaaatccatgaaagagtga 6538693  T
Q  705 aaattgaagtgtttgaaagtagcagcagagtaattgattggtgatagatgcatgaagttttacatagagagaaagttgttttgtacatcagattttaaag 804  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6538692 aaattgaagtgtttgaaagtagtagcagagtaattgattggtgatagatgcatgaagttgtacatagagagaaagttgttttgtacatcagcttttaaag 6538593  T
Q  805 ggatggcaatcttgtaaatctcacattgagcaaataagatagattagtctgatacttaagtcatacatacatc 877  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6538592 ggatggcaatcttgtaaatctcacattgagcaaataagatagattagtgtgatacttaagtcatacatacatc 6538520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 922 - 958
Target Start/End: Complemental strand, 6538522 - 6538486
Alignment:
Q  922 atccgttccatttaaacgactagtctattgaattgga 958  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6538522 atccgttccatttaaacgattagtctattgaattgga 6538486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University