View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2623-Insertion-4 (Length: 686)

Name: NF2623-Insertion-4
Description: NF2623
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2623-Insertion-4
NF2623-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-686)||(14927159-14927832)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 584; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 584; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 14927832 - 14927159
Alignment:
Q  8 tcaattgttttgagaactgagtcggtctaactgaaatataagagtgtcagttccataatgccaaatgaaaatttccaacatcaaaagcctgcaatttact 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927832 tcaattgttttgagaactgagtcg-tctaactgaaatataagagtgtcagttccataatgccaaatgaaaatttccaacatcaaaagcctgcaatttact 14927734  T
Q  108 caagaccttccaaaattcagatggttgatgaattgaggatgcaatatgaagatatggatctgctttcaccagtgcatccagaaccatcaactcaattgcc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927733 caagaccttccaaaattcagatggttgatgaattgaggatgcaatatgaagatatggatctgctttcaccagtgcatccagaaccatcaactcaattgcc 14927634  T
Q  208 tgacaaaggaaacaagaaaaattagtgttttctctctgaacacaaatataatttgtgttgccattaataaatttgttgaaatcgctcacctttacttttg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927633 tgacaaaggaaacaagaaaaattagtgttttctctctgaacacaaatataatttgttttgccattaataaatttgttgaaatcgctcacctttacttttg 14927534  T
Q  308 catgtgtgtagactgttctatgcaaatccgcacgggttgcaaataacttgtgagttgtcagatctgaccaacatgtcaaacaatgataatgtactataat 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927533 catgtgtgtagactgttctatgcaaatcagcacgggttgcaaataacttgtgagttgtcagatctgaccaacatgtcaaacaatgataatgtactataat 14927434  T
Q  408 ttacggtcttccgcactaacaatgatagcaaagtttttagtaagcactaacaatctgtagagcgataacaaatttcgtcatccataacttgcatggtctc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927433 ttacggtcttccgcactaacaatgatagcaaagtttttagtaagcactaacaatctgtagagcgataacaaatttcgtcatccataacttgcatggtctc 14927334  T
Q  508 catcaatctgaaaagtcaataaaaaattaaaatcaagttatgattaatttccaacctcattggnnnnnnnnngttatggaatgaagtatgttctatattt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14927333 catcaatctgaaaagtcaataaaaaattaaaatcaagttatgattaatttccaacctcattggaaaaaaaaagttatggaatgaagtatgttctatattt 14927234  T
Q  608 caataaagagcgaaaaatattgttggcactgctgtacgattgtggtgtcacaacttcacaaactgtcaggaacacccaa 686  Q
    ||||||  ||| |||||||||| | |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  14927233 caataagaagc-aaaaatattgct-gcactgctgtacaattgtgttgtcacaac-tcacaaactgtca-gaacacccaa 14927159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University