View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2624-Insertion-1 (Length: 842)

Name: NF2624-Insertion-1
Description: NF2624
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2624-Insertion-1
NF2624-Insertion-1
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (8-842)||(49207512-49208347)
chr3 (593-842)||(49212938-49213187)
chr3 (627-842)||(49191855-49192070)
chr3 (627-842)||(49202961-49203176)
chr3 (627-842)||(49188119-49188334)
chr3 (186-289)||(49212373-49212475)
chr3 (8-90)||(49212082-49212162)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (548-842)||(32592479-32592779)
chr1 (561-764)||(31527198-31527409)
chr1 (627-842)||(37030630-37030845)
chr1 (695-834)||(51824717-51824856)
chr1 (548-690)||(51824206-51824353)
chr1 (82-164)||(32592835-32592917)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (620-842)||(26756489-26756713)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 808; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 808; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 842
Target Start/End: Original strand, 49207512 - 49208347
Alignment:
Q  8 aactcaacaaacttgagtaaaagtacacaaataatagcaagaaaaggatcatgatttagacttggcatgttcttaacaaaactgtcatgatactactatc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  49207512 aactcaacaaacttgagtaaaagtacacaaataatagcaagaaaaggatcatgatttagacttggcatgttcttaacaaaactgtcatgatactactatt 49207611  T
Q  108 atatgaacataccgaatgatttaattttataatgatacagaaatttagcaaatgatatatgttcatttgaaaggtattaactatggatttgcggcctcaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207612 atatgaacataccgaatgatttaattttataatgatacagaaatttagcaaatgatatatgttcatttgaaaggtattaactatggatttgcggcctcaa 49207711  T
Q  208 ttagcattttgctacttctctttgtgtaatgtttaatctgtcgattgggggtctctagcttttgagaaacaaacattcaaaacctatctgcaaccacaat 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207712 ttagcattttgctacttctctttgtgtaatgtttaatctgtcgattgggggtctctagcttttgagaaacaaacattcaaaacctatctgcaaccacaat 49207811  T
Q  308 atagtttattaaaaggcaactatatagcaccattgaatttttaactcccatcctatgatcttcgtaaatatgcagtgcacggacttaggactattgtata 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49207812 atagtttattaaaaggcaactatatagcaccattgaatttttaactcccatcctatgatcttcgtaaatatgcagtgcacggacgtaggactattgtata 49207911  T
Q  408 ttgaaaccaatcacaaagggggtaaaatactgttaaattcatacatatacctagagcttaaacttaaagtccaaccttaacatctcaatatataatattc 507  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49207912 ttgaaaccaatcacaaagggagtaaaatactgttaaattcatacatatacctagagcttaaacttaaagtccaaccttaacatctcaatatataatattc 49208011  T
Q  508 tcatgacatgtatgcc-aaaaactgtaattacagcgacgtaattgaagtattactcttgttgctagtaaaacaatttgaataataattaacaaatgaaag 606  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208012 tcattacatgtatgccaaaaaactgtaattacagcgacgtaattgaagtattactcttgttgctagtaaaacaatttgaataataattaacaaatgaaag 49208111  T
Q  607 aagaagtaaaatttgcaaggactaaccttagtgtcatattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattca 706  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208112 aagaagttaaatttgcaaggactaaccttagtgtcatattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattca 49208211  T
Q  707 tcctctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtccaagcagctttctt 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208212 tcctctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtccaagcagctttctt 49208311  T
Q  807 cttagccaactcggaattagcctcagccacttcagc 842  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49208312 cttagccaactcggaattagcctcagccacttcagc 49208347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 593 - 842
Target Start/End: Original strand, 49212938 - 49213187
Alignment:
Q  593 ttaacaaatgaaagaagaagtaaaatttgcaaggactaaccttagtgtcatattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagt 692  Q
    |||| |||||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  49212938 ttaataaatgaaagaagaagttatagttgcatggactaaccttagtttcatattgaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagttgt 49213037  T
Q  693 agtcaaagcattcatcctctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtc 792  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    |||||||  |||||||| ||||||||| | |||    
T  49213038 agtcaaagcattcatcttctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagagccacagccttcttcgcctcaacttcagccacctgagccgccttggtc 49213137  T
Q  793 caagcagctttcttcttagccaactcggaattagcctcagccacttcagc 842  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49213138 caagcagccttctttttggccaactccgaattagcctcagccacttcagc 49213187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 627 - 842
Target Start/End: Original strand, 49191855 - 49192070
Alignment:
Q  627 actaaccttagtgtcatattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccttgc 726  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  49191855 actaaccttggtttcatattgaacactagctttgctaaggaactcagctttaagcttctcagttgtagtcaaagcattcatcctctcaacttcaccttgt 49191954  T
Q  727 aactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtccaagcagctttcttcttagccaactcggaattag 826  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||    
T  49191955 aactcagcatcccttagagcgacggctttggcagcctcaacttcggccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttagccaattcagaattag 49192054  T
Q  827 cctcagccacttcagc 842  Q
    ||||||||||||||||    
T  49192055 cctcagccacttcagc 49192070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 627 - 842
Target Start/End: Original strand, 49202961 - 49203176
Alignment:
Q  627 actaaccttagtgtcatattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccttgc 726  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||     
T  49202961 actaaccttagtttcatattgaacactagctttgctaaggaactcggctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctttcaacttcaccttgt 49203060  T
Q  727 aactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtccaagcagctttcttcttagccaactcggaattag 826  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||    |||||||  |||||||| ||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  49203061 aactcagcatcccttagagccacggccttcttcgcctcaacttcagccacctgagccgccttagtccaagctgccttcttcttagccaactcagaattag 49203160  T
Q  827 cctcagccacttcagc 842  Q
    |||||||||| |||||    
T  49203161 cctcagccacctcagc 49203176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 627 - 842
Target Start/End: Original strand, 49188119 - 49188334
Alignment:
Q  627 actaaccttagtgtcatattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccttgc 726  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  49188119 actaaccttggtttcatattgaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagttgtagtcaatgcattcatcctctcgacttcaccttgc 49188218  T
Q  727 aactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtccaagcagctttcttcttagccaactcggaattag 826  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||    ||||| |  |||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  49188219 aactcagcttcccttagagcaacagccttcttcgcctcgacttcagccacctgagccgccttggtccaagccgctttcttcttagccaactcagaattag 49188318  T
Q  827 cctcagccacttcagc 842  Q
    | | ||||||||||||    
T  49188319 cttgagccacttcagc 49188334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 186 - 289
Target Start/End: Original strand, 49212373 - 49212475
Alignment:
Q  186 aactatggatttgcggcctcaattagcattttgctacttctctttgtgtaatgtttaatctgtcgattgggggtctctagcttttgagaaacaaacattc 285  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||    
T  49212373 aactatggatttccgtccccaattagcattttgatacttctctttgtataatgtttaat-tgtcaattgggggcctctggcttttgagaaacaaacaatc 49212471  T
Q  286 aaaa 289  Q
    ||||    
T  49212472 aaaa 49212475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 90
Target Start/End: Original strand, 49212082 - 49212162
Alignment:
Q  8 aactcaacaaacttgagtaaaagtacacaaa-taatagcaagaaaaggat-catgatttagacttggcatgttcttaacaaaact 90  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49212082 aactcaacaaacctgagtaaaagtacacaaaataatagcaag----ggattcatgatttagacttggcatgttcttaacaaaact 49212162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 174; Significance: 4e-93; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 548 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 32592779 - 32592479
Alignment:
Q  548 attgaagtattactcttgttgctagtaaaacaatttgaataataat------taacaaatgaaagaagaagtaaaatttgcaaggactaaccttagtgtc 641  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||      ||| ||||||||||||  || | ||||||| ||||||||||| || ||    
T  32592779 attgaagtattaatattgttgctagtaaaccaatttgaataataataataactaataaatgaaagaaggggttatatttgcatggactaaccttggtttc 32592680  T
Q  642 atattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccttgcaactcagcttccctt 741  Q
    ||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32592679 atactgaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccctgcaactcagcttccctt 32592580  T
Q  742 agagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtccaagcagctttcttcttagccaactcggaattagcctcagccacttcag 841  Q
    |||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  32592579 agagccacagctttagcagcttcgacttcagccacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttcgccaactcagaattagactcagccacttcag 32592480  T
Q  842 c 842  Q
    |    
T  32592479 c 32592479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 6e-67
Query Start/End: Original strand, 561 - 764
Target Start/End: Original strand, 31527198 - 31527409
Alignment:
Q  561 tcttgttgctagtaaaacaatttgaataataat------taacaaatgaaa--gaagaagtaaaatttgcaaggactaaccttagtgtcatattcaacac 652  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||      ||| ||||||||  |||| ||| | ||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||    
T  31527198 tcttgttgctagtaaaacaaattgaataataataataattaataaatgaaattgaaggagttatatttgcatggactaaccttggtttcatactcaacac 31527297  T
Q  653 tagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagagccacggc 752  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  31527298 tagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccctgcaactcagcttcccttagagccacagc 31527397  T
Q  753 tttagcagcctc 764  Q
    ||||||||||||    
T  31527398 tttagcagcctc 31527409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 627 - 842
Target Start/End: Original strand, 37030630 - 37030845
Alignment:
Q  627 actaaccttagtgtcatattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaacctcaccttgc 726  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||     
T  37030630 actaaccttggtttcatattgaacactagctttgctaaggaactctgctttaagcttttcagtagtagtcaatgcattcatcctctcaacttcaccttgt 37030729  T
Q  727 aactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtccaagcagctttcttcttagccaactcggaattag 826  Q
    |||||||||||||||||   ||| || ||    ||||| |  |||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  37030730 aactcagcttcccttagtttcacagccttcttcgcctcgacttcagccacctgagccgccttggtccaagccgctttcttcttagccaactcagaattag 37030829  T
Q  827 cctcagccacttcagc 842  Q
    | | ||||||||||||    
T  37030830 cttgagccacttcagc 37030845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 695 - 834
Target Start/End: Original strand, 51824717 - 51824856
Alignment:
Q  695 tcaaagcattcatcctctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtcca 794  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||  | |||||||||||| ||| | |||||    
T  51824717 tcaaagcattcatcttctcaacctcaccttgcaactcagcttcccttagaaccacagatttagcagcctcaacttgagccacttgagcagccttagtcca 51824816  T
Q  795 agcagctttcttcttagccaactcggaattagcctcagcc 834  Q
    ||| ||||||||| | |||||||| || ||||||||||||    
T  51824817 agccgctttcttcatcgccaactcagagttagcctcagcc 51824856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 548 - 690
Target Start/End: Original strand, 51824206 - 51824353
Alignment:
Q  548 attgaagtattactcttgttgctagtaaaacaatttgaataataattaacaaatgaaagaa-gaagtaaaatttgcaaggactaa-----ccttagtgtc 641  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||| | ||| | ||||||| |||||||     |||| || ||    
T  51824206 attgaagtattaatcttgttgctagtaaaacaatttgaataataat-aataaataaatgaaaggagttatatttgcatggactaaactaaccttggtttc 51824304  T
Q  642 atattcaacactagctttgctaaggaaatcagctttaagcttctcagta 690  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  51824305 atattgaacactagctttgctaagtaaatcagctttaagcttctcagta 51824353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 82 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 32592917 - 32592835
Alignment:
Q  82 aacaaaactgtcatgatactactatcatatgaacataccgaatgatttaattttataatgatacagaaatttagcaaatgata 164  Q
    ||||||| |||||| | || | ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32592917 aacaaaattgtcataaaacaaatattatatgaacataccgtatgatttagttttataatgatacataaatttagcaaatgata 32592835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 120; Significance: 6e-61; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 620 - 842
Target Start/End: Original strand, 26756489 - 26756713
Alignment:
Q  620 tgcaaggactaaccttagtgtcatattcaacactagctttgctaa---ggaaatcagctttaagcttctcagtagtagtcaaagcattcatcctctcaac 716  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||  | |||||||||| ||||   |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26756489 tgcatggactaaccttggtttcatatgta-cactagctttactaattaggaactcaggtttaagcttctcagtggtagtcaaagcattcatcctctcaac 26756587  T
Q  717 ctcaccttgcaactcagcttcccttagagccacggctttagcagcctcaagctcagccacttgagccgccattgtccaagcagctttcttcttagccaac 816  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  26756588 ctcaccttgcaactcagcttccctaagggccacagctttagcagcctcaacttcagcgacttgagccgccttagtccaagccgctttcttcttagtcaac 26756687  T
Q  817 tcggaattagcctcagccacttcagc 842  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||    
T  26756688 tcggaattagcctcggccacctcagc 26756713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University