View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2624R-Insertion-13 (Length: 810)

Name: NF2624R-Insertion-13
Description: NF2624R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2624R-Insertion-13
NF2624R-Insertion-13
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (9-377)||(32627255-32627623)
chr8 (442-810)||(32627687-32628055)
chr8 (462-810)||(32703931-32704283)
chr8 (94-375)||(32708921-32709202)
chr8 (445-769)||(7297849-7298173)
chr8 (442-769)||(32709625-32709952)
chr8 (87-359)||(32703483-32703757)
chr8 (443-669)||(7293373-7293599)
chr8 (202-361)||(7292554-7292713)
chr8 (192-358)||(7297579-7297745)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (442-777)||(5811332-5811667)
chr4 (87-352)||(5810958-5811223)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (442-792)||(27736651-27737001)
chr3 (96-367)||(27736240-27736511)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (442-766)||(20115800-20116124)
chr6 (442-766)||(21943547-21943859)
chr6 (165-362)||(21943144-21943341)
chr6 (106-377)||(20116529-20116800)
chr6 (106-141)||(21943097-21943132)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (96-368)||(8030369-8030641)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 377
Target Start/End: Original strand, 32627255 - 32627623
Alignment:
Q  9 tgaaatgctccacatcaggtttaggttgacctaatgtagtaggaatgggtcgtgacccatcaataaaagaaaatatgcatcatactttacctccaagacc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627255 tgaaatgctccacatcaggtttaggttgacctaatgtagtaggaatgggtcgtgacccatcaataaaagaaaatatgcatcatactttacctccaagacc 32627354  T
Q  109 atgtcattaagagccatagccaaaagttcccaaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaac 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627355 atgtcattaagagccatagccaaaagttcccaaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaac 32627454  T
Q  209 ccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgct 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627455 ccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgct 32627554  T
Q  309 ggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaataaccaatcaacaaaa 377  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32627555 ggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaatcaccaatcaacaaaa 32627623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 442 - 810
Target Start/End: Original strand, 32627687 - 32628055
Alignment:
Q  442 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgaga 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32627687 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgaagaggaaaaattctaccatgaaaggaaccaggaactcctgaga 32627786  T
Q  542 agaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 641  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627787 agaagcatggacccatttcagtccccatttcatcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacgtaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 32627886  T
Q  642 gttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 741  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627887 gttcaaatatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 32627986  T
Q  742 ccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatg 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32627987 ccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatg 32628055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 462 - 810
Target Start/End: Original strand, 32703931 - 32704283
Alignment:
Q  462 aaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgagaagaagcatggacccatttca 561  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||  ||||| |||| ||  |||||||     
T  32703931 aaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaacttttattaggaaaaatcctgccatagaaggaaccgggaaccccaaagaagtagcaaggtaccatttcg 32704030  T
Q  562 gtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatcgttcaaaaatatc----ata 657  Q
    ||  |||||||  |  |||| |||||||||||  |||| |||||| ||||||   |||||||||| || || ||||||||||||||||| | |    |||    
T  32704031 gtttccatttcagcctgtagattttctttgaacgtgtcgagggacctaaatacattgttgaagtcgttccctggtagatcgttcaaaaagaccttatata 32704130  T
Q  658 tattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgatccagaagagcaaccta 757  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| |    
T  32704131 tattcaggagatttatgattaagctctcgacaaatcttttccacaaccttgatagtatctgagatcgccaacaaagtgtttggtccataagagcaaccca 32704230  T
Q  758 agtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttgttgtacatgctggttatg 810  Q
    | |||||||||| ||||||| ||| |||||| || ||||||||| | ||||||    
T  32704231 aatctgcaattgccaagcttatggggagtgttttattgtacatgtttgttatg 32704283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 94 - 375
Target Start/End: Original strand, 32708921 - 32709202
Alignment:
Q  94 tttacctccaagaccatgtcattaagagccatagccaaaagttcccaaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatg 193  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||| ||||||||||||| |||||    
T  32708921 tttacctgcaagaccatatcattaagagctatagccataagttcccaaatgtagcaacactccttgctatacttcttgtcactttttcttcctaaaaatg 32709020  T
Q  194 ttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacatt 293  Q
    ||| |||||||| ||| |||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| |||||||| ||  | |  |||||    
T  32709021 ttagaatcatgcgaccaccttcaactacttcctttgcacgacacttgagaaaaagagaaaaatcactttgaaattggttgtagtacgcagtaagtacatt 32709120  T
Q  294 caaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaataaccaatcaacaa 375  Q
      |||||||||| |  |  || |||||||||||||| |||||||   ||  ||| ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  32709121 tgaggggcttgtacgagccatgtaaatgttgcccttattgttgttcacattctccggaacctaaataatcaccaatcaacaa 32709202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 445 - 769
Target Start/End: Original strand, 7297849 - 7298173
Alignment:
Q  445 accttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgagaaga 544  Q
    ||||| |||| ||| |||||||| | |||||||||||  ||||| |||||| ||  |||||||| ||||| ||| || ||||||||||| ||  | |||     
T  7297849 acctttgatagccactgaaggctgtgagaggaatgaatgaaatgtaaacttcgattaggaaaaactctactatagaaagaaccaggaaccccaaaaaagt 7297948  T
Q  545 agcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatcgtt 644  Q
    |||| | || ||||| |||    ||||| ||  | ||||| ||||| ||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |  | ||| ||    
T  7297949 agcaagaactcattttagttttgatttcatcttgcagtttctctttaaagttgtcaagtgacttaaatatgttgttgaagtcatttccagaaacatcatt 7298048  T
Q  645 caaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgatcca 744  Q
     ||||||||| | || |||||||||  ||| || | || | | |||||||| ||||||||  ||||||||||| | | ||| ||||||||||||| ||||    
T  7298049 aaaaaatatcttgtactcgggagatgaatggttcaattgttggcaaagcttctccacaaccatgataatatctgataccacaaacaaagtgtttggtcca 7298148  T
Q  745 gaagagcaacctaagtctgcaattg 769  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||    
T  7298149 gaagaacaacctaaatctgcaattg 7298173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 442 - 769
Target Start/End: Original strand, 32709625 - 32709952
Alignment:
Q  442 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgaga 541  Q
    ||||||||||||| |||   |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| || ||||| || |||||||||||||| || |    
T  32709625 caaaccttagatagccacataaggctgtaagaggaatggacaaaatgcaaactttgattaggaaaaatcctgccatagaaagaaccaggaactccagata 32709724  T
Q  542 agaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 641  Q
       | ||  || ||||||||||  |  ||||  |  | ||| | | ||||||  | ||||| ||  |||| ||| | |||||||| || ||||| | |||    
T  32709725 tataacactgatccatttcagtttctgtttcaccgtgcagtctctttttgaagttatcaagagatctaaagatgttattgaagtcgttacccggcaaatc 32709824  T
Q  642 gttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 741  Q
    |||||| || | | | ||||||||||||| |||||| |  | |||||||||||||||||| || |||||||  ||| | | |||||||||||||||||      
T  32709825 gttcaagaagaccttgtattcgggagattcatgattcaactctcgacaaagcttttccacgaccttgataaattctgataccaccaacaaagtgtttggc 32709924  T
Q  742 ccagaagagcaacctaagtctgcaattg 769  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||    
T  32709925 ccagaagagcaacccaagtctgcaattg 32709952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 87 - 359
Target Start/End: Original strand, 32703483 - 32703757
Alignment:
Q  87 atcatactttacctccaagaccatgtcattaagagccatagccaaaagttcccaaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttc-ttcc 185  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||| ||||    
T  32703483 atcatagtttacctgcaagaccatttcattaagacccatagccataacttcccaaacgtaacaacactctttgcttgatggatcttcgctttttctttcc 32703582  T
Q  186 tacaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttg 285  Q
     | ||| || | || || ||  || ||||||||||  |||  ||||||||| || |||||||  ||||||||| ||    |||| |  |||||||||||     
T  32703583 aataaaagtaagaaccaggctcccaccttcaactaactctagggcacgacattttagaaaaaatgagaaatcttttctatattgttcatagtaagcctta 32703682  T
Q  286 acgacattcaaggggcttgtgctgg-atatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaatt 359  Q
    | |||| |  |||||||||||||||   |  ||||| ||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||    
T  32703683 atgacacttgaggggcttgtgctggcccaagtaaatattgcctttgttgttgtctacaccgtccggaacctaatt 32703757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 443 - 669
Target Start/End: Original strand, 7293373 - 7293599
Alignment:
Q  443 aaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgagaa 542  Q
    ||||||| |||| ||| ||||| || |||||| | || || ||||||| |||| ||  |||||||| |||| |||| || ||||||||||| ||  ||||    
T  7293373 aaacctttgatagccagtgaagactgtaagagcagtggacgaaatgcagacttcgatcaggaaaaactctatcatagaaagaaccaggaacaccaaagaa 7293472  T
Q  543 gaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatcg 642  Q
    | |||| || | |||||||||    ||||| ||||||||||| | ||| ||  | ||||| |||||||| ||| ||||||||||||| || |  ||||||    
T  7293473 gtagcaagggctcatttcagttttgatttcatcaagtagtttatgtttaaagctatcaagtgacttaaaaatgttgttgaagtcattccctgaaagatcg 7293572  T
Q  643 ttcaaaaatatcatatattcgggagat 669  Q
    || ||||| ||| | ||||||||||||    
T  7293573 ttaaaaaagatcttgtattcgggagat 7293599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 202 - 361
Target Start/End: Original strand, 7292554 - 7292713
Alignment:
Q  202 atgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggc 301  Q
    |||| |||||||||||| | ||| |  || ||||||||||||||||  || || ||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |    
T  7292554 atgcgacccccttcaaccaattcctttgcgcgacacttgagaaaaatcgacaagtctctttgaaattgctcgtagtaagccttgacgacatttgagggac 7292653  T
Q  302 ttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaa 361  Q
    |||||  |   || |||||||| ||||| ||||| |||  ||| || |||||||||||||    
T  7292654 ttgtgtcgctgatgtaaatgttacccttattgttatctataccttcgggaacctaattaa 7292713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 358
Target Start/End: Original strand, 7297579 - 7297745
Alignment:
Q  192 tgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgaca 291  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||  ||||| ||| |||  ||||| |  ||||| || ||||| |||    
T  7297579 tgttagaaccatgcaacccccttcaactagttcctctgcacgacacttgagaaaaaccgagaagtctcttttaaattgatcatagtatgctttgacaaca 7297678  T
Q  292 ttcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaat 358  Q
    ||  |||| ||||||  |   || |||||||||| ||| ||||| |||  |||||| ||||||||||    
T  7297679 tttgagggacttgtgtagttgatgtaaatgttgctcttattgttctctataccctccggaacctaat 7297745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 160; Significance: 8e-85; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 8e-85
Query Start/End: Original strand, 442 - 777
Target Start/End: Original strand, 5811332 - 5811667
Alignment:
Q  442 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgaga 541  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||| |   ||||| || |||| ||||||||| |||||||| || ||||    
T  5811332 caaaccttagataaccattgaagactgtaagaagaatgcacaaaatgcaaacttttatctggaaagatcctactataaaaggatccaggaacaccagaga 5811431  T
Q  542 agaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 641  Q
    || |||| ||||||||||||||  ||||||| | | ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| |  |||||| |||||||||||||||||    
T  5811432 agtagcaaggacccatttcagtttccatttcattacgtagtttttctttgaaggtgtcaagggacataaatacgtcgttgaaatcatttcccggtagatc 5811531  T
Q  642 gttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 741  Q
    ||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||||||||| |||||||||| |    
T  5811532 gttcaaaaagactttatattcgggagatttatgattaagttctcgacaaagcttttcaacaaccttgataatttcagagatcaccaagaaagtgtttggt 5811631  T
Q  742 ccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagctt 777  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  5811632 ccaaaagagcaacccaagtctgcaattgccaagctt 5811667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 87 - 352
Target Start/End: Original strand, 5810958 - 5811223
Alignment:
Q  87 atcatactttacctccaagaccatgtcattaagagccatagccaaaagttcccaaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcct 186  Q
    |||||| | ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||| |||||    | |||||| ||||    
T  5810958 atcatagtctacctgcaaaaccatatcattaagagccatagccatgagttcccaaatgtaaccagactccttgcttgatggatcactgttttttcgtcct 5811057  T
Q  187 acaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttga 286  Q
    | |||||||| |||||||  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||     
T  5811058 aaaaatgttagaatcatgtgaccaccttcaactagttcttcggcacgacacttgagaaaaaaagagaaatctgtttgaaattgcttgtagtaagccttgt 5811157  T
Q  287 cgacattcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaa 352  Q
     ||||||  ||||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  5811158 ggacatttgaggggcttgtgctcgtcaggtaaatgttgcccttgttgttgtctccaacctcaggaa 5811223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 139; Significance: 3e-72; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 442 - 792
Target Start/End: Original strand, 27736651 - 27737001
Alignment:
Q  442 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgaga 541  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |   ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||    
T  27736651 caaaccttagatagccattgaagactatacgaggaatgaacaaaatgcaaactattatctggaaaaattctgccataaaatgaaccaggaactccataga 27736750  T
Q  542 agaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 641  Q
    || |||| || || |||| |||  ||||||| ||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  27736751 agtagcacgggcctattttagtttccatttcatcacgtagtttctctttgaaggtgtcaagggacttgaatacgttgttgaagtcatttcccggtagatc 27736850  T
Q  642 gttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 741  Q
     ||||||||||   ||||||| ||||||||||||| | |   | ||||||| ||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||      
T  27736851 attcaaaaatactttatattcaggagatttatgatgatgcacttgacaaagtttttccacacctttgataatttctgatatcaccaacatagtgtttggc 27736950  T
Q  742 ccagaagagcaacctaagtctgcaattgtcaagcttttggagagtgtgttg 792  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||    
T  27736951 ccaaaagagcaacccaagtctgcaattgccaagcttctgggaagtgtgttg 27737001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 96 - 367
Target Start/End: Original strand, 27736240 - 27736511
Alignment:
Q  96 tacctccaagaccatgtcattaagagccatagccaaaagttcccaaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatgtt 195  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||| || ||||    
T  27736240 tacctgcaagaccatatcattaagggccatagccatgagttcccaaatgtaacaacactccttgcttgatggattgtcgcatttccttcctaaaagtgtt 27736339  T
Q  196 ataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattca 295  Q
    | ||||||   | | |||||||||| ||||| |||||||||    ||||||| |||||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||| ||      
T  27736340 agaatcatttgagctccttcaactaattctttggcacgacatcgaagaaaaaaagagaaatctgttcgaaattgcttgtagtaagccttgatgacgtttg 27736439  T
Q  296 aggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaataacca 367  Q
    ||||||||||||| |  |  |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  27736440 aggggcttgtgctcgtcaggtaaatgtttcccttgttgttgtcagcaccctctggaacctaatgaatcacca 27736511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 118; Significance: 9e-60; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 9e-60
Query Start/End: Original strand, 442 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 20116124 - 20115800
Alignment:
Q  442 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgaga 541  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||| | |  ||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||    
T  20116124 caaaccttagataaccaatgaatgctatatgaggaatgaactaaatgtaaactctcattagggaaaattctgccataaaaggaaccgggaacaccagaga 20116025  T
Q  542 agaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 641  Q
    || |||| |||||||||| | |  ||| ||| | |   || |||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| | ||||||    
T  20116024 agtagcaaggacccattttattttccaattcattagaaagcttttctttgaaggtgtcaagggacttaaatatgccgttgaagtcgtttccggatagatc 20115925  T
Q  642 gttcaaaaatatcat-atattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttga 740  Q
    ||||||| | | ||| |||||| ||||||| |||||| | || |  |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||||     
T  20115924 gttcaaagaga-catcatattcaggagattcatgattcaattctatacaaagcttttccacaaccttgataatttctgagatcaccaacaaggtgtttgg 20115826  T
Q  741 tccagaagagcaacctaagtctgcaa 766  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||    
T  20115825 tcctgaagagcaacctaagtctgcaa 20115800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 442 - 766
Target Start/End: Original strand, 21943547 - 21943859
Alignment:
Q  442 caaaccttagataaccaatgaaggctataagaggaatgaacaaaatgcaaactttgacgaggaaaaattctaccataaaaggaaccaggaactcctgaga 541  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||  |||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||    
T  21943547 caaaccttagagagccaatgaagactgcaagaggcatgaataaaatgcaaactttggtaaggaaaaattctgccataaaaggaaccgggaacaccaaaga 21943646  T
Q  542 agaagcatggacccatttcagtccccatttcttcaagtagtttttctttgaaaatgtcaagggacttaaatatggtgttgaagtcatttcccggtagatc 641  Q
    || |||| ||||| |||||| | |          ||  ||||||||||||||  | ||||||||| |||||| | ||||||| || ||||| ||||||||    
T  21943647 agtagcaaggaccaatttcattac----------aa--agtttttctttgaaggtctcaagggacctaaatacgttgttgaaatcgtttccgggtagatc 21943734  T
Q  642 gttcaaaaatatcatatattcgggagatttatgattaagttttcgacaaagcttttccacaactttgataatatctaagatcaccaacaaagtgtttgat 741  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |  | | ||||||||||||||||||| || ||||| ||  |||||||||||||||| |||  |    
T  21943735 gttcaaaaataccttatattcgggagattcatgattcaactcttgacaaagcttttccacaacatttataatctccgagatcaccaacaaagtatttagt 21943834  T
Q  742 ccagaagagcaacctaagtctgcaa 766  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||    
T  21943835 ccagaagaacaacccaagtctgcaa 21943859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 165 - 362
Target Start/End: Original strand, 21943144 - 21943341
Alignment:
Q  165 tggattgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttgg 264  Q
    ||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||     
T  21943144 tggattgtcgcattctcttactaaaaatgttataaccatgcaacccccttcaactagttcttgggcacgacactttagaaaaagagataaatctctatga 21943243  T
Q  265 aattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaat 362  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||||||  ||||||||||| | |  |  |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| ||||| |||||    
T  21943244 aattgctcatagtaagccttgaagacatttgaggggcttgtggtcgccaagtaaatgttgcccttattgttgtctacacccttagggacctatttaat 21943341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 106 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 20116800 - 20116529
Alignment:
Q  106 accatgtcattaagagccatagccaaaagttcccaaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatgttataatcatgc 205  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||  | | ||||||  |||||  || |||| |||||||| |||||| | ||||||||    
T  20116800 accatatcattaagagctgtagccaaaagttcccaaaggtaacaaaccccattgcttaatggatcatcactttctcttcctataaatgtcagaatcatgc 20116701  T
Q  206 aacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattcaaggggcttgt 305  Q
    |||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| |  || || ||||||| ||||||  | ||||||||    
T  20116700 aacctccttcaaccaattctttggcacgacacttgagaaaaagagagaaatcaatacgaaattgttcataatatgccttgaagacatttgatgggcttgt 20116601  T
Q  306 gctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaataaccaatcaacaaaa 377  Q
    | | | ||| ||||| ||||||||||||||||   |||| |  |||||||||||||| ||| ||| ||||||    
T  20116600 gttcgctatgtaaatattgcccttgttgttgttcacaccattgggaacctaattaatcaccgatcgacaaaa 20116529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 141
Target Start/End: Original strand, 21943097 - 21943132
Alignment:
Q  106 accatgtcattaagagccatagccaaaagttcccaa 141  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21943097 accatatcattaagagccatagccaaaagttcccaa 21943132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 8030641 - 8030369
Alignment:
Q  96 tacctccaagaccatgtcattaagagccatagccaaaagttcccaaatgtaacaacactccttgcttgttggattgtcgctttttcttcctacaaatgtt 195  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | ||| | ||| |||||||| || |||||||| |||||   |  ||  || ||||||||||| |  | |||     
T  8030641 tacctccaagaccatgtcattaagggcaacagcaagaagctcccaaatatagcaacactctttgctatatttatcatcactttttcttcccaagattgtg 8030542  T
Q  196 ataatcatgcaacccccttcaactatttcttcggcacgacacttgagaaaaagagagaaatctatttggaattgcttgtagtaagccttgacgacattca 295  Q
    | || ||| | |||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||| |||| |||||||  | |||||| ||||  || ||      
T  8030541 agaaccatacgacccccgtcaacaagttcttctgcacgacacttgagaaacaatgagaaatctctttgaaattgctcatggtaagcgttgagcacgtttg 8030442  T
Q  296 aggggcttgtgctggatatataaatgttgcccttgttgttgtctgcaccctcaggaacctaattaataaccaa 368  Q
     |||||||||| | |  || |||||||| ||||| || || ||| |||| | |||||||||| |||| |||||    
T  8030441 cggggcttgtggtagccatgtaaatgttacccttattattctctacacctttaggaacctaagtaatcaccaa 8030369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University