View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2629R-Insertion-3 (Length: 556)

Name: NF2629R-Insertion-3
Description: NF2629R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2629R-Insertion-3
NF2629R-Insertion-3
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (230-481)||(22361019-22361270)
chr3 (230-482)||(22365405-22365657)
chr3 (253-462)||(23397192-23397404)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (230-487)||(3941373-3941634)
chr4 (230-482)||(3945777-3946033)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (230-482)||(30049523-30049779)
chr8 (230-481)||(30045121-30045376)
chr8 (230-482)||(7162476-7162731)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (230-481)||(1330569-1330820)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (230-482)||(39949403-39949653)
chr7 (230-482)||(39953795-39954045)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (230-482)||(196251-196492)
chr5 (230-482)||(200630-200871)
[»] scaffold1453 (1 HSPs)
scaffold1453 (230-308)||(3-81)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 230 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 22361270 - 22361019
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  22361270 ttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtca 22361171  T
Q  330 taagacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaataaag 429  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22361170 tatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgtgcagcatagctttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaag 22361071  T
Q  430 taacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361070 taacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 22361019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 230 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 22365657 - 22365405
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  22365657 ttactatactgcaaatttgatacatatcatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgcttagttgatgtca 22365558  T
Q  330 taagacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaataaag 429  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22365557 tatgacataaacctacttaacttgtgcagataaccttacttatgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaag 22365458  T
Q  430 taacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365457 taacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 22365405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 253 - 462
Target Start/End: Original strand, 23397192 - 23397404
Alignment:
Q  253 ataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtcataagacataaacctacttaactt 352  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||  ||| ||| |||   |||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  23397192 ataccatccatacatctttcttacatatttagagtcaaatacttagtaatgacataacttatactttgttgatgtcatacgacataaacctatttaactt 23397291  T
Q  353 gtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaac-aagttaaaatgatt--acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtat 449  Q
    || || |  ||||||||||||||| | ||| ||||  ||||||| |||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||| |||||  || |||    
T  23397292 gtacagaacaccttacttgtgcaggaaagtattaccgacaaaactaagttaaaatcattacacacacataggcaataaagtaacattaacaacgaaatat 23397391  T
Q  450 tcagaaaagtttt 462  Q
    |||||||||||||    
T  23397392 tcagaaaagtttt 23397404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 230 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 3941634 - 3941373
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  3941634 ttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtca 3941535  T
Q  330 taa----gacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaat 425  Q
    ||     ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3941534 tatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaat 3941435  T
Q  426 aaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacacgaatg 487  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3941434 aaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacactaatg 3941373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 230 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 3946033 - 3945777
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  3946033 ttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtca 3945934  T
Q  330 taa----gacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaat 425  Q
    ||     ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3945933 tatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaat 3945834  T
Q  426 aaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945833 aaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 3945777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 230 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 30049779 - 30049523
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  30049779 ttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtca 30049680  T
Q  330 taa----gacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaat 425  Q
    ||     ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30049679 tatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaat 30049580  T
Q  426 aaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049579 aaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 30049523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 230 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 30045376 - 30045121
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  30045376 ttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatactaagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtca 30045277  T
Q  330 taa----gacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaat 425  Q
    ||     ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30045276 tatatatgacataaacctacttaacttgtgcagataatcttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaat 30045177  T
Q  426 aaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045176 aaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 30045121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 230 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 7162731 - 7162476
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  7162731 ttactatgctgcaaatttaatacaaaccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtca 7162632  T
Q  330 taagacataaacctacttaacttgtgcaaataacctta---cttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaata 426  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162631 tatgacataaacctgcttaacttgtgcagataaccttattacttgtgcagcatagttttactaacaaaataagttaaaatgattacacacataagcaata 7162532  T
Q  427 aagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162531 aagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 7162476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 230 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 1330820 - 1330569
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||||||||    
T  1330820 ttactatgctgcaaatttgatacataccatccttacatccttcttacatacttatagtcaaatacttactaatgactcaacctatactttgctgatgtca 1330721  T
Q  330 taagacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaataaag 429  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  1330720 tatgacataaacctacttaacttgtgcagataacattacttgtgcagtatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaatagag 1330621  T
Q  430 taacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1330620 taacataaacaataaagtattcagacaagttttataggtcaattagtcaaca 1330569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 178; Significance: 9e-96; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 9e-96
Query Start/End: Original strand, 230 - 482
Target Start/End: Original strand, 39949403 - 39949653
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| ||||||  || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||    
T  39949403 ttactatgctgcaaattttttatatatcatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaataactcagcctatgtttagctgatgtca 39949502  T
Q  330 taagacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaataaag 429  Q
    || |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39949503 tatgacataaacctacttaacttg--cagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaag 39949600  T
Q  430 taacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 482  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949601 taacataaacaataaagtataaagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 39949653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 230 - 482
Target Start/End: Original strand, 39953795 - 39954045
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| ||||||  || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||  ||||| ||| |||||||||    
T  39953795 ttactatgctgcaaattttttatatatcatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaataactcagtctatgtttagctgatgtca 39953894  T
Q  330 taagacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaataaag 429  Q
    || |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39953895 tatgacataaacctacttaacttg--cagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaag 39953992  T
Q  430 taacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 482  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953993 taacataaacaataaagtataaagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 39954045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 175; Significance: 6e-94; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 230 - 482
Target Start/End: Original strand, 196251 - 196492
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  196251 ttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtca 196350  T
Q  330 taagacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaataaag 429  Q
    || ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  196351 tatgacgtaaacctacttaactcgtgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataaacaataaag 196450  T
Q  430 taacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 482  Q
    |||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196451 taacata-----------attcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 196492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 230 - 482
Target Start/End: Original strand, 200630 - 200871
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactcaacctatgcttaactgatgtca 329  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  200630 ttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactcagcctatgcttagctgatgtca 200729  T
Q  330 taagacataaacctacttaacttgtgcaaataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaataaag 429  Q
    || ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  200730 tatgaggtaaacctacttaacttgtgcagataaccttacttgtgcagcatagttttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataaacaataaag 200829  T
Q  430 taacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 482  Q
    |||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200830 taacata-----------attcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 200871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1453 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold1453
Description:

Target: scaffold1453; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 230 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 81 - 3
Alignment:
Q  230 ttactatgctgtaaatttgatacataccatccatatatccttcttacatacttatagtcaaatacttagtaatgactca 308  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  81 ttactatgctgcaaatttgatacataccatccatacatccttcttacatacttatagccaaatacttagtaatgactca 3  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University