View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2637_low_5 (Length: 385)
Name: NF2637_low_5
Description: NF2637
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2637_low_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 367
Target Start/End: Original strand, 32104396 - 32104757
Alignment:
| Q |
6 |
agtgagatgaatgtataggatgaacattaaaccttaaaatgtaagttgtaattcaatcaatttgattaatcaagcatgtttacaatagaaagaacttaat |
105 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32104396 |
agtgatatgaatgtataggatgaacattaaaccttaaaatgtaagttgtaattcaatcaatttgattaatcaagcatatttacaatagaaagaacttaat |
32104495 |
T |
|
| Q |
106 |
aaattataatatcttataaagaaataatattgattcaacttctaaaactacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaagggaaa |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32104496 |
aaattataatatcttataaagaaataatattgattcaacttctaaaactacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaagggaaa |
32104595 |
T |
|
| Q |
206 |
aagtgatacatatttatattattacaaattatggcatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacattgaaccatatataaacttgactga |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32104596 |
aagtgatacatatttatattattacaaattatggcatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacattgaaccatatataaacttgactga |
32104695 |
T |
|
| Q |
306 |
agagtgataaataaactaaaattggttcattgcatggaatgatagactattagggatattat |
367 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32104696 |
agagtgataaataaactaaaattggttcattgcatggaatgatagactattagggatattat |
32104757 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 5 - 293
Target Start/End: Original strand, 32087119 - 32087419
Alignment:
| Q |
5 |
gagtgagatgaatgtataggatgaacattaaaccttaaaatgtaagttgtaattcaatcaatttgattaatcaagcatgtttacaatagaaagaacttaa |
104 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
32087119 |
gagtgatatgaatgtataagatgaacaataaaccttaaaatgtaagttctaaatcaatcaatttgattaatcaagcatgtttacaatagaaagaactcaa |
32087218 |
T |
|
| Q |
105 |
taaattataatatcttataaagaaataatattgattcaacttctaaaactacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaagggaa |
204 |
Q |
| |
|
||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32087219 |
taacttgtaatatctcataaa-aaataatattgattcaacttctaaaattacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaagggaa |
32087317 |
T |
|
| Q |
205 |
aaagtgatacatatttatattatta-------------caaattatggcatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacattgaaccatat |
291 |
Q |
| |
|
|| |||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
32087318 |
aaggtgatacacatttatatgattagtaagttaattggcaaattatggtatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacatgaaaccatat |
32087417 |
T |
|
| Q |
292 |
at |
293 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
32087418 |
at |
32087419 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 6 - 293
Target Start/End: Original strand, 32074802 - 32075106
Alignment:
| Q |
6 |
agtgagatgaatgtataggatgaacattaaaccttaaaatgtaagttgtaattcaatcaatttgattaatcaagcatgtttacaatagaaagaacttaat |
105 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32074802 |
agtgatatgaatgtataggatgaacaataaaccataaaatgttagttgtaaatcaatcaatttgattaat-aagcatgtttacaatagaaagaacttaat |
32074900 |
T |
|
| Q |
106 |
aaatta----taatatcttataaagaaataatatt-gattcaacttctaaaactacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaag |
200 |
Q |
| |
|
| || | |||||||| | || ||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32074901 |
atataacttgtaatatctcaacaaaaaaaaaaatttgattcaacttctaaaattacctgctcttggctttcaccaacaaagcacctgcataaccatcaag |
32075000 |
T |
|
| Q |
201 |
ggaaaaagtgatacatatttatattatt-------------acaaattatggcatatttaaatcatagattataagcaaataaaccatttacattgaacc |
287 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
32075001 |
ggaaaaggtgatacacatttatatggttagtaagttaattgacaaattatggcatatctaaataatagattataagcaaataaaccatttacatgaaacc |
32075100 |
T |
|
| Q |
288 |
atatat |
293 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
32075101 |
atatat |
32075106 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University