View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2640-Insertion-17 (Length: 484)

Name: NF2640-Insertion-17
Description: NF2640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2640-Insertion-17
NF2640-Insertion-17
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (4-484)||(5481542-5482014)
chr2 (4-457)||(5476466-5476922)
chr2 (4-459)||(5489591-5490046)
chr2 (4-443)||(5495373-5495812)
chr2 (5-381)||(5484407-5484783)
chr2 (201-458)||(5500605-5500862)
chr2 (191-409)||(5467021-5467239)
chr2 (4-176)||(5466798-5466970)
chr2 (372-457)||(5485000-5485084)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 484
Target Start/End: Original strand, 5481542 - 5482014
Alignment:
Q  4 aacacttgagtcacttggacctgagttacaataacttcaaaggaatttccattccagaatttattggttctctcaatatgctgaattatcttgacttatc 103  Q
    |||| ||||||||||||||||| || |  ||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5481542 aacatttgagtcacttggacctaagctttaatgatttcaaaggagttcccattccagaatttattggttctctcaatatgctcaattaccttgacttatc 5481641  T
Q  104 taattcaaaatttacaggaatggtccctactgatcttggtaatttgtcaaatttgcattatcttgatatctctaactcattttcgtcactttgggtcaga 203  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| | || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5481642 taatgcaaattttacaggaatggtccttcctcatcttggcaatctgtcaaatttgcattatcttgatatctctaactcattttcgtcactttgggtcaga 5481741  T
Q  204 gacttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttaccaactcgccccacgagttgtttcgaactgtgaata 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5481742 gacttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttatcaactcgccccacgagttgtttcgatctgtgaata 5481841  T
Q  304 agatgtcttctttgttagagttgcacttgtcctcttgcaatcttgttgctctcccttcatcttcaccgtttttaaatatgacatcactttctgtccttga 403  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5481842 agatgtcttctatgttagagttgcacttgtcc--------tcttgttgctctcccttcatcttcaccgtttttaaatatgacatcactttctgtccttga 5481933  T
Q  404 tctctcaggaaatccttttcattcctcaatgccttcttggatattctacatgagcagtctcatagaactagatcttcgtaa 484  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5481934 tctctcaggaaatccttttcattcctcaataccttcttggatattcaacatgagcagtctcatagaactagatctttgtaa 5482014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 4 - 457
Target Start/End: Original strand, 5476466 - 5476922
Alignment:
Q  4 aacacttgagtcacttggacctgagttacaataacttcaaaggaatttccattccagaatttattggttctctcaatatgctgaattatcttgacttatc 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5476466 aacacttgagtcacttggacctgagttacaataacttcaaaggaatttccattccagaatttattggttctctcaatatgctgaattatcttgacttatc 5476565  T
Q  104 taattcaaaatttacaggaatggtccctactgatcttggtaatttgtcaaatttgcattatcttgatatctctaactcattttcgtcactttgggtcaga 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||  ||| ||| |||||||||||    
T  5476566 taattcaaaatttacaggaatggtccctactgatcttggtaatttgtcaaatttgcaccatcttgatatctctagttcagattcttcagtttgggtcaga 5476665  T
Q  204 gacttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttaccaactcgccccacga---gttgtttcgaactgtga 300  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||| ||| | |   |||||||||| ||||||    
T  5476666 gacttaagctggctttctgctctgtcttcacttcaatatcttggcatggattatgtcaatgttaccaactcgtccctctagttgttgtttcgagctgtga 5476765  T
Q  301 ataagatgtcttctttgttagagttgcacttgtcctcttgcaatcttgttgctctcccttcatcttcaccgtttttaaatatgacatcactttctgtcct 400  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||    ||  | |||||||| || |||| || ||||||||||| ||| |||||||||| ||    
T  5476766 aaaagatgtcttctctgttagagttgcatttggcttcttgcggaatttcttctctccctccaacttcgccatttttaaatattacaccactttctgtgct 5476865  T
Q  401 tgatctctcaggaaatccttttcattcctcaatgccttcttggatattctacatgag 457  Q
    ||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||| | ||| |||||||    
T  5476866 tgatctctctggaaatcctttaaatacctcaatgccttcttggctgttcaacatgag 5476922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 4 - 459
Target Start/End: Original strand, 5489591 - 5490046
Alignment:
Q  4 aacacttgagtcacttggacctgagttacaataacttcaaaggaatttccattccagaatttattggttctctcaatatgctgaattatcttgacttatc 103  Q
    |||||||||||||||||||||| || || | | ||||  |||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  5489591 aacacttgagtcacttggacctaagctatagtgactttgaaggagctcccattccagaatttattggttatctcaatatgctcaattaccttgacttgtc 5489690  T
Q  104 taattcaaaatttacaggaatggtccctactgatcttggtaatttgtcaaatttgcattatcttgatatctctaactcattttcgtcactttgggtcaga 203  Q
     ||| |||| || || ||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||  |||    
T  5489691 caatgcaaatttcactggaatggtcccgactaatcttggcaatttatcaaatttacactatcttgatatctctagcccatattcgtcactttgggctaga 5489790  T
Q  204 gacttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttaccaactcgccccacgagttgtttcgaactgtgaata 303  Q
    |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||  ||  ||||||||||||| || |||||||| | |  ||||||||    
T  5489791 gacttaagctggctatctgctctgtcttcgcttcgatatcttgacatgaattttgtaaacattaccaactcgccacatgagttgttccaagttgtgaata 5489890  T
Q  304 agatgtcttctttgttagagttgcacttgtcctcttgcaatcttgttgctctcccttcatcttcaccgtttttaaatatgacatcactttctgtccttga 403  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||  ||||||||| |||| ||||| |||||||||   |||||||||||||| |||||    
T  5489891 agatgtcatatttgttagaattgcatttggcttcttgcaatcttggcgctctccctccatcgtcaccatttttaaattctacatcactttctgtgcttga 5489990  T
Q  404 tctctcaggaaatccttttcattcctcaatgccttcttggatattctacatgagca 459  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||    
T  5489991 tctctctggaaatcattttaattcctcaataccttcttggatgttcaacatgagca 5490046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 4 - 443
Target Start/End: Original strand, 5495373 - 5495812
Alignment:
Q  4 aacacttgagtcacttggacctgagttacaataacttcaaaggaatttccattccagaatttattggttctctcaatatgctgaattatcttgacttatc 103  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||| | ||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5495373 aacacttgagtcacttggacctaagatataatgatttcgaaggagttcccattccagaatttattggttccctcaatatgctcaattaccttgacttatc 5495472  T
Q  104 taattcaaaatttacaggaatggtccctactgatcttggtaatttgtcaaatttgcattatcttgatatctctaactcattttcgtcactttgggtcaga 203  Q
      ||||| | ||| | |||||||||||  || ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||    
T  5495473 agattcatatttttctggaatggtcccccctcatcttggcaatttgtcaaacttgcattatcttgatatctctaccccattttcatccctttgggtcaga 5495572  T
Q  204 gacttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttaccaactcgccccacgagttgtttcgaactgtgaata 303  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||| |||| ||||| ||| ||  ||  |||||| ||||||||| |||| ||||| |||| ||||||    
T  5495573 gactttagttggctctctgctttgtcttcacttcaatttcttagcatgaattatgtaaatattaccacctcgccccatgagtggtttcaaactatgaata 5495672  T
Q  304 agatgtcttctttgttagagttgcacttgtcctcttgcaatcttgttgctctcccttcatcttcaccgtttttaaatatgacatcactttctgtccttga 403  Q
    ||||  | ||| | ||||||||||| ||    | ||||||||||| |  ||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  5495673 agataccatctctattagagttgcatttaatgtattgcaatcttgcttttctcccaccatcttcaccatttttaaatattacatcactttctgtgcttga 5495772  T
Q  404 tctctcaggaaatccttttcattcctcaatgccttcttgg 443  Q
    |||||| |||||||||||| |||| || || |||||||||    
T  5495773 tctctctggaaatccttttaattcatctataccttcttgg 5495812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 5 - 381
Target Start/End: Original strand, 5484407 - 5484783
Alignment:
Q  5 acacttgagtcacttggacctgagttacaataacttcaaaggaatttccattccagaatttattggttctctcaatatgctgaattatcttgacttatct 104  Q
    ||||||||||||||||||| | || | |||| | ||| |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||     
T  5484407 acacttgagtcacttggacttaagcttcaatgatttcgaaggaattcccattccagaacatattggttctctcaaaatgttgaattaccttgacctatca 5484506  T
Q  105 aattcaaaatttacaggaatggtccctactgatcttggtaatttgtcaaatttgcattatcttgatatctctaactcattttcgtcactttgggtcagag 204  Q
    ||| |||| ||||| ||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||| ||  ||| ||| || ||  || |||||    
T  5484507 aatgcaaattttactggaattgtccctaatcatcttggcaatttgtcaaatttgcgctaccttgatatctctgaccaattctcgccaattatgggcagag 5484606  T
Q  205 acttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttaccaactcgccccacgagttgtttcgaactgtgaataa 304  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  5484607 acttaagttggctctctgctctatcttcgcttcactatcttggcatggattttgtcaacatcaccaactcgccccatgagttgtttcgagctgtgaataa 5484706  T
Q  305 gatgtcttctttgttagagttgcacttgtcctcttgcaatcttgttgctctcccttcatcttcaccgtttttaaata 381  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||  | |||||||| ||||||||||    
T  5484707 gatgtcatctctattagagttgcatttgtcctcttgcaatcttgcttctcttccaccgtcttcaccatttttaaata 5484783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 201 - 458
Target Start/End: Original strand, 5500605 - 5500862
Alignment:
Q  201 agagacttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttaccaactcgccccacgagttgtttcgaactgtga 300  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||  | ||||||||| |||  |||||||||||| ||||||    
T  5500605 agagacttaagctggctatctgctctgacttcgcttcaatatcttggcatggattttatcaacatcaccaactcgtcccgtgagttgtttcgagctgtga 5500704  T
Q  301 ataagatgtcttctttgttagagttgcacttgtcctcttgcaatcttgttgctctcccttcatcttcaccgtttttaaatatgacatcactttctgtcct 400  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||| ||||| ||||| | | |||||| || ||||||| ||| ||||||| ||||| |||||    ||    
T  5500705 ataagatgtcatctctattagagttgcatttgtccttttgcagtcttgcttcactccctccagcttcaccatttctaaatattacatctctttccaggct 5500804  T
Q  401 tgatctctcaggaaatccttttcattcctcaatgccttcttggatattctacatgagc 458  Q
    | ||||| | ||||||| |||| ||||| | || ||||||||| | ||| ||||||||    
T  5500805 ttatctcactggaaatctttttaattccactataccttcttggctgttcaacatgagc 5500862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 191 - 409
Target Start/End: Original strand, 5467021 - 5467239
Alignment:
Q  191 actttgggtcagagacttaagttggctctctactctgtcttcgcttcaatatcttggcatggattttgccaaatttaccaactcgccccacgagttgttt 290  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||  |||||| ||||  ||  | ||  |||| ||||  |||||||||    
T  5467021 actttgggtcagagacataagctggctctataccttgtcttcgcttcaatatcttaacatggactttgttaacatcacagactcaccccgtgagttgttt 5467120  T
Q  291 cgaactgtgaataagatgtcttctttgttagagttgcacttgtcctcttgcaatcttgttgctctcccttcatcttcaccgtttttaaatatgacatcac 390  Q
    ||| |||| ||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||    
T  5467121 cgagctgttaataagatgccatctctgttagagttgcatttgtccttttgcaatcttgctgcactccctccatcttcaccctttttaaatatttcatcac 5467220  T
Q  391 tttctgtccttgatctctc 409  Q
    ||| ||| ||||| |||||    
T  5467221 tttatgtgcttgacctctc 5467239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 176
Target Start/End: Original strand, 5466798 - 5466970
Alignment:
Q  4 aacacttgagtcacttggacctgagttacaataacttcaaaggaatttccattccagaatttattggttctctcaatatgctgaattatcttgacttatc 103  Q
    |||| ||||||||||||||| |||| || ||| | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||    
T  5466798 aacatttgagtcacttggacttgagctataatgatttcaaaggagttcccattcctgaatttattggttctctcaatacgctcaattaccttgatttatc 5466897  T
Q  104 taattcaaaatttacaggaatggtccctactgatcttggtaatttgtcaaatttgcattatcttgatatctct 176  Q
      || |||| ||| | |||||||||||| || |||| || |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  5466898 ccatgcaaatttttctggaatggtccctcctcatctcggaaatttgtcaaatttgcatcatcttgatgtctct 5466970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 372 - 457
Target Start/End: Original strand, 5485000 - 5485084
Alignment:
Q  372 tttttaaatatgacatcactttctgtccttgatctctcaggaaatccttttcattcctcaatgccttcttggatattctacatgag 457  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||| ||| |||||||    
T  5485000 tttttaaatattacatcactttatgtg-ttgatctctctggaaatccttttaattcctcattaccttcttggatgttcaacatgag 5485084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University