View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2640-Insertion-26 (Length: 321)

Name: NF2640-Insertion-26
Description: NF2640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2640-Insertion-26
NF2640-Insertion-26
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (8-321)||(17676234-17676547)
chr4 (8-317)||(17649803-17650112)
chr4 (9-316)||(17663948-17664254)
chr4 (14-297)||(17645369-17645652)
chr4 (100-297)||(16481175-16481372)
chr4 (20-232)||(20751367-20751579)
chr4 (100-297)||(17604828-17605025)
chr4 (20-232)||(17949994-17950206)
chr4 (20-232)||(17953846-17954058)
chr4 (46-241)||(29883321-29883516)
chr4 (100-291)||(17631411-17631602)
chr4 (15-225)||(16480701-16480911)
chr4 (14-156)||(17605288-17605430)
chr4 (20-227)||(18766505-18766712)
chr4 (100-297)||(17644909-17645106)
chr4 (30-241)||(17631887-17632098)
chr4 (264-317)||(17632076-17632129)
chr4 (59-156)||(29880324-29880421)
chr4 (227-297)||(17605450-17605520)
chr4 (46-116)||(29890299-29890369)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (43-147)||(27929815-27929919)
chr8 (23-82)||(32669825-32669884)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 8 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 17676547 - 17676234
Alignment:
Q  8 ctccttttgtttacaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaag 107  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17676547 ctccttgtgtttacaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctgctttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaag 17676448  T
Q  108 aggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17676447 aggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataattccataccaggaacatcattatcct 17676348  T
Q  208 atgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaagaaaacatgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||     
T  17676347 atgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacatgaaaatgtgc 17676248  T
Q  308 ctaacccttctatg 321  Q
    |||| |||||||||    
T  17676247 ctaatccttctatg 17676234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 8 - 317
Target Start/End: Original strand, 17649803 - 17650112
Alignment:
Q  8 ctccttttgtttacaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17649803 ctccttttgtttacaattcagaaaataatcttgtcgaatctccaatttctgctttcatgagaaaatttcaagattcaatgatgaaatatgacaattcaag 17649902  T
Q  108 aggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcct 207  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  17649903 aggtagccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatcccataccaggaacatcattatcct 17650002  T
Q  208 atgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaagaaaacatgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17650003 atgaatggtagtaaccaacttgtgaatggtttccatgcctcacaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaagaaaacgtgt 17650102  T
Q  308 ctaacccttc 317  Q
    |||| |||||    
T  17650103 ctaatccttc 17650112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 9 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 17664254 - 17663948
Alignment:
Q  9 tccttttgtttacaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaaga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  17664254 tccttttgtttacaattcagaaaataatctttttgagtctccaatttctgctttcatgagaaaatttcaagattcaatgatgaa-tatgataattcaaga 17664156  T
Q  109 ggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatccta 208  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17664155 ggtaaccagtttcaaacctaccctcatcaaccacaagtattcaacaatttagatgtccaatattagccaataattccataccaggaacatcattatccta 17664056  T
Q  209 tgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaagaaaacatgtc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  17664055 tgaatggtagtaaccaacttgtgaatggtttccatacctcacaaacaaatgacaataaccaacttgtgaatggtttccctttaacacaagaaaacgtgtc 17663956  T
Q  309 taaccctt 316  Q
    ||| ||||    
T  17663955 taatcctt 17663948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 297
Target Start/End: Original strand, 17645369 - 17645652
Alignment:
Q  14 ttgtttacaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaa 113  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| |||   ||||||  |  ||||||||||||||    
T  17645369 ttgtttacaattcacagaataatcttgttgagtctccagtttcttctttcatgagaaactttcaagatccaacattgaacttgggtaattcaagaggtaa 17645468  T
Q  114 ccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcctatgaat 213  Q
    |||||||||||  |  |||| ||||||| ||||| |||||||| || |||| ||| |||| |||||||||  ||  |||||||||   ||||||||||||    
T  17645469 ccagtttcaactatggcctcctcaaccaaaagtattcaacaatataaatgttcaacatcagccaataattcaatctcaggaacatttgtatcctatgaat 17645568  T
Q  214 ggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaa 297  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||| ||| | || ||||||||||  | ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  17645569 ggtagtaaccaagttgttaatggttttcattcttcacaaacaaatggtagtaaccaacttgtgaatggttttccttcaacacaa 17645652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 100 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 16481372 - 16481175
Alignment:
Q  100 aattcaagaggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatc 199  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||  |||||||  || |||| |||||||| |||||||||  || ||| ||||||     
T  16481372 aattcaggaggtaatcagtttcaaccttatcctcatcaatcacaagtcttcaacaacataaatgttcaatatcagccaataattaaatcccatgaacatt 16481273  T
Q  200 attatcctatgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaa 297  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||  ||||||||| || |||||||||| ||||||| ||||    
T  16481272 attatccaattaatggtagtaaccaaattgtgaattgtttccattcctcacaaacaaatgctaataaccaacttctgaatggttttccttcaatacaa 16481175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 20751579 - 20751367
Alignment:
Q  20 acaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaaccagtt 119  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||  |||| || ||| ||||||  ||||||||| ||    
T  20751579 acaatttacaaaataatcttgacgagtcttcaatttctgctttcatgagaaactttcaagagtcaaatatgagctttgataattcagaaggtaaccattt 20751480  T
Q  120 tcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcctatgaatggtagt 219  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| || |||| |||||||| |||||||    ||  || ||| || ||||||||||||||||||||    
T  20751479 tcaaccttaccctcatcaaccacaattattcaacaatataaatgttcaatatcagccaataacccaatctcaagaatattattatcctatgaatggtagt 20751380  T
Q  220 aaccaacttgtga 232  Q
     ||||||| ||||    
T  20751379 gaccaactagtga 20751367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 100 - 297
Target Start/End: Original strand, 17604828 - 17605025
Alignment:
Q  100 aattcaagaggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatc 199  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||| |||||||  |||||||| || || | |||||||| |||||||||  ||  || ||||||     
T  17604828 aattcaggaggtaatcagtttcagccttaccctcatcaatcacaagtcttcaacaatataaattttcaatatcatccaataattaaatctcaagaacatt 17604927  T
Q  200 attatcctatgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaa 297  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| |||  ||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  17604928 attatcctactaatggtagtaaccaatttgtgaatgattttcattccttacaaacaaatgctaataaccaaattctgaatggtttcccttcaacacaa 17605025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 17950206 - 17949994
Alignment:
Q  20 acaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaaccagtt 119  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||  ||||||| ||  ||||||  ||||||||  ||    
T  17950206 acaattcacagaataatcttgacgagtctccaatttctgctttcatgagaaactttcaagagtcaaatatgaactttggtaattcataaggtaacccttt 17950107  T
Q  120 tcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcctatgaatggtagt 219  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| | |||||||    ||  || ||| || |||||||||||||||| |||    
T  17950106 tcaaccttaccctcatcaaccacaattattcaacaatataaatgtccaatataatccaataacccaatctcaagaatattattatcctatgaatggcagt 17950007  T
Q  220 aaccaacttgtga 232  Q
     ||||||| ||||    
T  17950006 gaccaactagtga 17949994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 17954058 - 17953846
Alignment:
Q  20 acaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaaccagtt 119  Q
    |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||  ||||||| ||  ||||||  ||||||||  ||    
T  17954058 acaattcacagaataatcttgacgagtctccaatttctgctttcatgagaaactttcaagagtcaaatatgaactttggtaattcataaggtaacccttt 17953959  T
Q  120 tcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcctatgaatggtagt 219  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| | |||||||    ||  || ||| || |||||||||||||||| |||    
T  17953958 tcaaccttaccctcatcaaccacaattattcaacaatataaatgtccaatataatccaataacccaatctcaagaatattattatcctatgaatggcagt 17953859  T
Q  220 aaccaacttgtga 232  Q
     ||||||| ||||    
T  17953858 gaccaactagtga 17953846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 46 - 241
Target Start/End: Original strand, 29883321 - 29883516
Alignment:
Q  46 tctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaag 145  Q
    |||||||||||| ||||||||||| | |||||| | ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||    
T  29883321 tctccaatttctgctttcatgagaaattttcaaaactcaatgatgaactttgatagttcaagaggtaaccagtttcaaccttaccctactcaatcacaag 29883420  T
Q  146 tagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcctatgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttcc 241  Q
    || | |||||| |  |||| |||| ||||  |||||||  || |||   |||  ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  29883421 tattgaacaatgtgaatgttcaatctcaattaataattcaatcccaaccacaatattatcctatgaatggtagtagccagcttgtgaatggtttcc 29883516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 100 - 291
Target Start/End: Original strand, 17631411 - 17631602
Alignment:
Q  100 aattcaagaggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatc 199  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| ||||| |||||||  |||||||| || |||| |||||| | ||||||||| |||  || ||||||     
T  17631411 aattcaggaggtaatcagtttcaatcttaccctaatcaatcacaagtcttcaacaatataaatgttcaatataatccaataattacatctcaagaacatt 17631510  T
Q  200 attatcctatgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttca 291  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||| | || |||| ||||||||||  |||| |||| || | |||||||||||||||    
T  17631511 attatcctattaatggtagcaaccaatttgtgaatggttccaattcctcacaaacaaatgctaatacccaacttctcaatggtttcccttca 17631602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 16480911 - 16480701
Alignment:
Q  15 tgtttacaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaac 114  Q
    ||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| | | ||||||  | |  ||||| | |||  ||||||||||||||    
T  16480911 tgtttacaatatacaaaataatcttgtcgagtttccaatgtctgctttcatgagaaactctcaagaccctacaatgaaatttgattattcaagaggtaac 16480812  T
Q  115 cagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcctatgaatg 214  Q
    || ||||||  || ||||| ||||||||||||| |||||||| || |||  |||||||| ||||||||   ||  |||||| || ||||||||  |||||    
T  16480811 caatttcaagtttgccctcctcaaccacaagtattcaacaatataaatgcgcaatatcagccaataatccaatctcaggaatattattatccttcgaatg 16480712  T
Q  215 gtagtaaccaa 225  Q
    |||||||||||    
T  16480711 gtagtaaccaa 16480701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 14 - 156
Target Start/End: Original strand, 17605288 - 17605430
Alignment:
Q  14 ttgtttacaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaa 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||| ||||||||||| |  |||||||  |||  ||||||| |||  |||||||||||||    
T  17605288 ttgtttacaattcagaaaataatcttgttgagtttccagtgtctgctttcatgagaaacgttcaagacccaacaatgaactttgatgattcaagaggtaa 17605387  T
Q  114 ccagtttcaaccttt-ccctcatcaaccacaagtagtcaacaat 156  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  17605388 ccagttt-aacctttaccctcttcaaccacaagtattaaacaat 17605430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 20 - 227
Target Start/End: Original strand, 18766505 - 18766712
Alignment:
Q  20 acaattcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaaccagtt 119  Q
    |||||||| ||||||||||    |||||| |||||||| |||| |||||| | |||||||| ||||  ||||||| ||  ||||||  |||||||   ||    
T  18766505 acaattcataaaataatctctatgagtcttcaatttctgcttttatgagaaactttcaagagtcaaatatgaactttggtaattcagaaggtaacatttt 18766604  T
Q  120 tcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcctatgaatggtagt 219  Q
    |||||||| |||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||| |||||||    ||  || ||| || |||||| |||||||||||||    
T  18766605 tcaaccttaccctcatcaaccacaattattcaacaatataaatgtccaatatcagccaataacccaatctcaagaatattattatcttatgaatggtagt 18766704  T
Q  220 aaccaact 227  Q
     |||||||    
T  18766705 gaccaact 18766712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 297
Target Start/End: Original strand, 17644909 - 17645106
Alignment:
Q  100 aattcaagaggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatc 199  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||   | ||||||  | |||| ||| |||| |||||| ||  ||  ||  |||||     
T  17644909 aattcaagaggtaaccagttccaaccttaccctcctcaatcacaagccttgaacaatacaaatgttcaaaatcatccaatatttcaatctcaaaaacatt 17645008  T
Q  200 attatcctatgaatggtagtaaccaacttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaa 297  Q
    |||||||||| |||  ||||| ||||||||||||| || | ||| |||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  17645009 attatcctatcaatcatagtagccaacttgtgaatggtattcattcctcacaaacaaattacagtaaccaacttgtgaaaggcttcccttcaacacaa 17645106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 241
Target Start/End: Original strand, 17631887 - 17632098
Alignment:
Q  30 aaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaaccagtttcaacctttc 129  Q
    |||||||||  | ||||||||| | ||  ||||||||||| | ||||||||  |||| ||||||| |||  ||||||||| ||||| |||||||| || |    
T  17631887 aaataatctcattgagtctccattgtcagctttcatgagaaactttcaagacccaataatgaactttgatgattcaagagttaacccgtttcaactttac 17631986  T
Q  130 cctcatcaaccacaagtagtcaacaatttagatgtccaatatcaaccaataatttcataccaggaacatcattatcctatgaatggtagtaaccaacttg 229  Q
    |||  ||||||||||||| |||||||  || |||  |||||||| |||||||||  ||  || ||| || |  ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  17631987 cctgctcaaccacaagtattcaacaacataaatgctcaatatcagccaataattcaatctcatgaatattacgatcctctgaatggtagtaaccaagttg 17632086  T
Q  230 tgaatagtttcc 241  Q
    ||||| ||||||    
T  17632087 tgaatggtttcc 17632098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 264 - 317
Target Start/End: Original strand, 17632076 - 17632129
Alignment:
Q  264 taaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaagaaaacatgtctaacccttc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||    
T  17632076 taaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaaataaatatgtctaatccttc 17632129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 29880421 - 29880324
Alignment:
Q  59 ctttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccacaagtagtcaacaat 156  Q
    ||||||||||| | |||||| | |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| |||| |||||||| | ||||||    
T  29880421 ctttcatgagaaattttcaaaactcaacgatgaactttgataattcaagaggtaaccaatttcagtcttaccctcctcaatcacaagtattgaacaat 29880324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 227 - 297
Target Start/End: Original strand, 17605450 - 17605520
Alignment:
Q  227 ttgtgaatagtttccatgcctcccaaacaaatgacaataaccaagttgtgaatggtttcccttcaacacaa 297  Q
    |||||||| |||||||| | || |||||||||| || |||  || ||||||||||||||||||| ||||||    
T  17605450 ttgtgaatggtttccattcttcacaaacaaatgtcattaatgaacttgtgaatggtttcccttcgacacaa 17605520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 29890369 - 29890299
Alignment:
Q  46 tctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaacca 116  Q
    |||||||||| | ||||| ||||| | |||||| | ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  29890369 tctccaatttttgctttcgtgagaaattttcaaaactcaatgatgaactttgatagttcaagaggtaacca 29890299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 147
Target Start/End: Original strand, 27929815 - 27929919
Alignment:
Q  43 gagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagattcaatgatgaactatgacaattcaagaggtaaccagtttcaacctttccctcatcaaccac 142  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||| |||| ||||||| |  ||| ||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||| |||    
T  27929815 gagtctccaatctctgctttcatgagaaattttcaagactcaacgatgaaccaaaacacttcaagatgtaaccaatttcaaccttaccctcctcaaacac 27929914  T
Q  143 aagta 147  Q
    |||||    
T  27929915 aagta 27929919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 82
Target Start/End: Original strand, 32669825 - 32669884
Alignment:
Q  23 attcagaaaataatcttgtcgagtctccaatttctactttcatgagagaatttcaagatt 82  Q
    ||||| |||| |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  32669825 attcacaaaacaatcttgttgaatctccaatttctgctttcatgagagattttcaagatt 32669884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University