View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2640R-Insertion-3 (Length: 782)

Name: NF2640R-Insertion-3
Description: NF2640R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2640R-Insertion-3
NF2640R-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (9-782)||(13113971-13114733)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 656; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 656; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 782
Target Start/End: Original strand, 13113971 - 13114733
Alignment:
Q  9 atcaaagtgagaacgactcaaacaaaaaccacattttctttctttcnnnnnnnnnnccacattttcttatagacatggctgatcaatccaagagtacnnn 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  13113971 atcaaagtgagaacgactcaaacaaaaaccacattttctttctttaaaaaaaaaaaccacattttcttatagacatggctgatcaatccaagagtacttt 13114070  T
Q  109 nnnnattggtgtgccaaagatcaaaattggtgatggtgaaacacaaaaaactactcatccaagaatgccaccaagttccttaattcctttaccgggaagg 208  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114071 ttttattggtgtgccaaagatcaaaattggtgatggtgaaacacaaaaaactactcatccaagaatgccaccaagttccttaattcctttaccgggaagg 13114170  T
Q  209 aatcgatataatagctactacagctccaataggagttggaggcaaatgttcaataaattagggcagaacaacggcaactcgaacggggcgaatgagcaat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13114171 aatcgatataatagctactacagctccaataggagttggaggcaaatgttcaataaattagggcagaacaacggcaactcgaacggggcgaatgaacaat 13114270  T
Q  309 cgactttgaagacttgaaagctcactcaaaaggaagagtaaaactttagtcatgaataattgatgttgccttaaatatagttcattatgcatgttgtata 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13114271 cgactttgaagacttgaaagctcactcaaaaggaagagtaaaactttagtcatgaataattgatgttgccttaaatatagtttattatgcatgttgtata 13114370  T
Q  409 tattttaagcacttttattatagactagtattatgacaaaacattagtgtcgttcgatatatagccagtcttattttgttagataaaacttggttgttgt 508  Q
    ||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114371 tattttaagcac----------gactagtattatgacaaaacattagtgtcgttcgatgcatagccagtcttattttgttagataaaacttggttgttgt 13114460  T
Q  509 tgacgacttgttttataggctatagtaaaaatatcgtgctctttgcacgaatctagggcagcacaaggtagaaaaagacatgcgaaaatgtatcacatgt 608  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114461 tgacgacttattttataggctatagtaaaaatatcgtgctctttgcacgaatctagggcag-acaaggtagaaaaagacatgcgaaaatgtatcacatgt 13114559  T
Q  609 tattataagaaaacttttcttaaagtagatagataaatatggtgtatctgtattttaagagcttttcaaattacaagttgacaataaaaacctgtgtttg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114560 tattataagaaaacttttcttaaagtagatagataaatatggtgtatctgtattttaagagcttttcaaattacaagttgacaataaaaacctgtgtttg 13114659  T
Q  709 ttcttggtgtatgtatatttataccagccagggatatccatcccagtggtaattaatttggttttgcgtcaccc 782  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114660 ttcttggtgtatgtatatttataccagccagggatatccatcccagtggtaattaatttggttttgcgtcaccc 13114733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University