View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2640_low_23 (Length: 433)

Name: NF2640_low_23
Description: NF2640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2640_low_23
NF2640_low_23
[»] chr4 (25 HSPs)
chr4 (1-414)||(27523808-27524230)
chr4 (4-414)||(27468773-27469192)
chr4 (4-414)||(27514178-27514588)
chr4 (1-414)||(27476003-27476422)
chr4 (85-411)||(27489399-27489723)
chr4 (121-414)||(27508204-27508486)
chr4 (1-225)||(27503399-27503629)
chr4 (123-242)||(27556962-27557081)
chr4 (1-85)||(27508488-27508572)
chr4 (130-242)||(27497858-27497971)
chr4 (344-411)||(27466484-27466551)
chr4 (344-411)||(27473557-27473624)
chr4 (344-411)||(27526520-27526587)
chr4 (120-185)||(27506260-27506325)
chr4 (120-185)||(27479399-27479464)
chr4 (344-411)||(27498076-27498143)
chr4 (344-411)||(27503205-27503272)
chr4 (344-411)||(27517012-27517079)
chr4 (120-182)||(27486459-27486521)
chr4 (118-175)||(27526689-27526747)
chr4 (118-192)||(27554101-27554174)
chr4 (122-189)||(27431871-27431937)
chr4 (348-411)||(27500739-27500802)
chr4 (1-82)||(27517369-27517451)
chr4 (345-409)||(27557154-27557220)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 25)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 27524230 - 27523808
Alignment:
Q  1 tagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgtgc--------aacct 92  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||        ||| |    
T  27524230 tagcatgtggtgttgtcttagagtgtaccctaccttcttaaacaatatccaatacaaagcttccaattgctaccaaatgagatgtgctcaagtgcaacgt 27524131  T
Q  93 catatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagt 192  Q
    ||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27524130 catatttcttcatgatttaattggtttccttcataatttcgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagt 27524031  T
Q  193 gactacatggctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtgg-ttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaag 291  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  27524030 gtctacatggctatggataacaattgatcaacataaaccattctacatgtctgtggtttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttttgcacaag 27523931  T
Q  292 aattatgcattatctatctactacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactca 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |    
T  27523930 aattatgcattatctatctactacaccatttgaagtatatccattcatttagagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatgattaa 27523831  T
Q  392 aatcttatggccctccttcattg 414  Q
    | ||| |||| ||||||||||||    
T  27523830 attctcatggtcctccttcattg 27523808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 4 - 414
Target Start/End: Original strand, 27468773 - 27469192
Alignment:
Q  4 catgtggtgttgtcttcgagtgtaccctaccttcttaaacaa-tgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgtgc--------aacctca 94  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        | |||||    
T  27468773 catgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgtgctcaagtgcagcctca 27468872  T
Q  95 tatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagtga 194  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  27468873 tatttcttcatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgccgatgtgaagctggtaagtga 27468972  T
Q  195 ctacatggctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaagaat 294  Q
    ||| | ||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| || |||||| |||||| | |||||||    
T  27468973 ctataaggccatggataacaatagatcaactcaaaccattctacatgtctgtggttctactttcaagtctatctatcatatgatgcttctactcaagaat 27469072  T
Q  295 tatgcattatctatctactacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaat 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||    
T  27469073 tatgcattatctatctactacaccatttgaagtatatccattcatttagagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatgactcatat 27469172  T
Q  395 cttatggccctccttcattg 414  Q
    || |||||||||||||||||    
T  27469173 ctcatggccctccttcattg 27469192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 4 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 27514588 - 27514178
Alignment:
Q  4 catgtggtgttgtcttcgagtgtaccctaccttcttaaacaa-tgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgtgcaacctcatatttgtt 102  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||    
T  27514588 catgtggtgttgtctaagagtgtaccctaccttcttaaacaaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgt-cagcctcatatttctt 27514490  T
Q  103 gatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagtgactacatgg 202  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |    
T  27514489 catgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgctttagacatgttttctgcattatgataatgctgatgtccagctagtaagtgactataatg 27514390  T
Q  203 ctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaagaattatgcatt 302  Q
    | || |||||||||  | ||||| ||||||||||| |||| ||||| | || |||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  27514389 ccatagataacaatataacaacataaaccattctatatgtttgtggctttactttcaagtctatcaattatatgatgcttatgctcaagaattatgcatt 27514290  T
Q  303 atctatctactacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggc 402  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||| || |||||    
T  27514289 atctatctactacaacacttgaagtttatccattcatctagagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatagctcaaacctcatggc 27514190  T
Q  403 cctccttcattg 414  Q
    ||||||||||||    
T  27514189 cctccttcattg 27514178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Original strand, 27476003 - 27476422
Alignment:
Q  1 tagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctacctt-cttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgtg--caa------cc 91  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||  |||      ||    
T  27476003 tagcatggggtgttgtcttagagtgtaccctacctttcctaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaaaaaataagatgtgatcaagtatagcc 27476102  T
Q  92 tcatatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaag 191  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | ||     |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||| |    
T  27476103 tcatatttgttcatgatttaattagcgtca---ataattttgtaagcatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgccgatgtgaagctggtatg 27476199  T
Q  192 tgactacatggctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaag 291  Q
    |||||  | ||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  27476200 tgactctaaggacatggataacaatagatcaacataaaccattctacatgtctgtggttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttctgctcaag 27476299  T
Q  292 aattatgcattatctatctactacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactca 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |    
T  27476300 aattatgcattatctatctactacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctggccatggctaa 27476399  T
Q  392 aatcttatggccctccttcattg 414  Q
    | ||| |||| ||||||| ||||    
T  27476400 attctaatggtcctccttaattg 27476422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 85 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 27489723 - 27489399
Alignment:
Q  85 tgcaacctcatatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagc 184  Q
    ||||||||||||||| || |||  |||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||    
T  27489723 tgcaacctcatatttattcatgcattaattggt--actttgtaattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgaaaatgtcgatgtccagc 27489626  T
Q  185 tggtaagtgactacatggctatggataacaattgatcaacagaaaccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttct 284  Q
    |||| ||||| || | ||| ||| ||||  || ||||| || |  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  27489625 tggttagtgattataaggcaatgtataattatggatcatcataggccattctacatgtctgtggttgtactttcaagtctatcaattatatgatgcttct 27489526  T
Q  285 gcacaagaattatgcattatctatctactacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaaca 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27489525 gcacaagaattatgcattatctatctactacaccatttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaaca 27489426  T
Q  385 tgactcaaatcttatggccctccttca 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  27489425 tgactcaaatcttatggccctccttca 27489399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 121 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 27508486 - 27508204
Alignment:
Q  121 cttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagtgactacatggctatggataacaattgat 220  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| || ||||||||| |||    
T  27508486 cttcataattttataaacatgctgaagacatgttttcttcattatgacaatgctgatgtccagctagtaagtgactataaggccatagataacaatagat 27508387  T
Q  221 caacagaaaccattctacatgtctgtggttgtaatttcaagtttatcaattatatgacgcttctgcacaagaattatgcattatctatctactacaccat 320  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||| | | |      
T  27508386 caacagaaaccattctacatgtttgtggttctacttacaagtctatcaattatatgatgcttcttctcaagaattatgcattatctagctaccataacgc 27508287  T
Q  321 ttgaagtatatccattcatttcgagacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttcattg 414  Q
    ||||||| | |            ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27508286 ttgaagtctct-----------aagacaactccatgtgatctttcatatgcccttgtctgggcatgactcatatcttatggccctccttcattg 27508204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 27503629 - 27503399
Alignment:
Q  1 tagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctacctt-cttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgtg--caa------cc 91  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||  |||      ||    
T  27503629 tagcatgtggtgttgtcttagagtgtcccctacctttcctaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaaaaaataagatgtgatcaagtatagcc 27503530  T
Q  92 tcatatttgttgatgatttaattggtgtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaag 191  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | ||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  27503529 tcatatttgttcatgatttaattagcgtca---ataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgttgatgtccagctgataag 27503433  T
Q  192 tgactacatggctatggataacaattgatcaaca 225  Q
    |||||| | ||| |||||||||||| ||||||||    
T  27503432 tgactataaggcaatggataacaatagatcaaca 27503399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 123 - 242
Target Start/End: Original strand, 27556962 - 27557081
Alignment:
Q  123 tcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagtgactacatggctatggataacaattgatca 222  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| || |  || |||||||||||| |||||    
T  27556962 tcataattttgtaaacatgctttagacatgttttcttcattatgatagtgttgatttccagctggtaagtgattataacgcaatggataacaatagatca 27557061  T
Q  223 acagaaaccattctacatgt 242  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  27557062 acataaaccattctacatgt 27557081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 27508572 - 27508488
Alignment:
Q  1 tagcatgtggtgttgtcttcgagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgagatgt 85  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27508572 tagcatgtggtgctgtcttagagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttcctaccaaatgagatgt 27508488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 130 - 242
Target Start/End: Original strand, 27497858 - 27497971
Alignment:
Q  130 tttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagtga-ctacatggctatggataacaattgatcaacagaa 228  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  || | |||  ||||||||||| |||||||| ||    
T  27497858 tttgtaaacaggcttaggacatgttttcttcattatgataatgttgatgtctagctggtaagtgagatataaggcagtggataacaatagatcaacataa 27497957  T
Q  229 accattctacatgt 242  Q
    ||||||||||||||    
T  27497958 accattctacatgt 27497971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 344 - 411
Target Start/End: Original strand, 27466484 - 27466551
Alignment:
Q  344 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttca 411  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27466484 agacaacaccatgtgatgtttcatatgctcttgtctgaccatgactcaaatcttatggccctcattca 27466551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 344 - 411
Target Start/End: Original strand, 27473557 - 27473624
Alignment:
Q  344 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttca 411  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  27473557 agacaacaccatgtgatgtttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatattatggccctcattca 27473624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 344 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 27526587 - 27526520
Alignment:
Q  344 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttca 411  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27526587 agacaacaccatgtgatcattcatatgctcttgtctaaccatgactcaaatcttatggccctccttca 27526520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 120 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 27506325 - 27506260
Alignment:
Q  120 acttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagct 185  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  27506325 acttcataattttgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcaaagtgctgatgtccagct 27506260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 120 - 185
Target Start/End: Original strand, 27479399 - 27479464
Alignment:
Q  120 acttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagct 185  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||    
T  27479399 acttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattatcatggtgctgatgtccagct 27479464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 344 - 411
Target Start/End: Original strand, 27498076 - 27498143
Alignment:
Q  344 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttca 411  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  27498076 agacaacaccatgtgattattcatatgcttttgtctaaccacgactcaaatcttatggccctccttca 27498143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 344 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 27503272 - 27503205
Alignment:
Q  344 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttca 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||  ||||||||||||| ||||    
T  27503272 agacaacaccatgtgatctttcatatgcccttgtctggccatgaatcatttcttatggccctcattca 27503205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 344 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 27517079 - 27517012
Alignment:
Q  344 agacaacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttca 411  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||    
T  27517079 agacaacaccatgtgacgtttcatatgctgttgtctgaacataactctaatcctatggtcctccttca 27517012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 120 - 182
Target Start/End: Original strand, 27486459 - 27486521
Alignment:
Q  120 acttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtcca 182  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | || |||||||||    
T  27486459 acttcataattgtgtaaacatgtttcagacatgttttcttcattattaaagtgttgatgtcca 27486521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 118 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 27526747 - 27526689
Alignment:
Q  118 gtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatg-ttttcttcattatgataatgctg 175  Q
    |||||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27526747 gtacttcataattttgaaaacattgttcagacatgtttttcttcattatgataatgctg 27526689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 118 - 192
Target Start/End: Original strand, 27554101 - 27554174
Alignment:
Q  118 gtacttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggtaagt 192  Q
    |||||||||||||||| |||||||  | |||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  27554101 gtacttcataattttgcaaacatgtctaagacatgttt-cttcattttgataatgttgatctccagctggtaagt 27554174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 122 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 27431937 - 27431871
Alignment:
Q  122 ttcataattttgtaaacatgcttcagacatgttttcttcattatgataatgctgatgtccagctggta 189  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  27431937 ttcataattttgtaaacatgcattatacatgttt-cttcatcttgataatgttgatgtccagctggta 27431871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 348 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 27500802 - 27500739
Alignment:
Q  348 aacaccatgtgatctttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctccttca 411  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  27500802 aacaccatgtgatgtttcatttgatcttgtctaaacatgactctaatcctatggtcctccttca 27500739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 27517451 - 27517369
Alignment:
Q  1 tagcatgtggtgttgtcttc-gagtgtaccctaccttcttaaacaatgtccaatacaaagcttccacttgctaccaaatgaga 82  Q
    |||||||||| ||||||||  || ||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  27517451 tagcatgtggcgttgtcttaagattgtaccccaccttctcaaacaatggccaacacaaagcttccacttggaaccaattgaga 27517369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 345 - 409
Target Start/End: Original strand, 27557154 - 27557220
Alignment:
Q  345 gacaacaccatgtgatct--ttcatatgctcttgtctgaacatgactcaaatcttatggccctcctt 409  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||||||| | |||||| |||||    
T  27557154 gacaacaccatgtgatctgattcatatgctcttgtctggccataactcaaatttcatggccttcctt 27557220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University