View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2640_low_32 (Length: 339)

Name: NF2640_low_32
Description: NF2640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2640_low_32
NF2640_low_32
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (16-339)||(17676541-17676864)
chr4 (17-338)||(17649487-17649808)
chr4 (17-339)||(17664430-17664751)
chr4 (118-296)||(17950314-17950492)
chr4 (118-296)||(17954166-17954344)
chr4 (100-324)||(20751669-20751893)
chr4 (109-303)||(18766212-18766406)
chr4 (57-180)||(17664290-17664413)
chr4 (121-183)||(17605121-17605183)
chr4 (211-282)||(17604533-17604604)
chr4 (118-183)||(17645202-17645267)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (115-230)||(32669605-32669720)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 16 - 339
Target Start/End: Original strand, 17676541 - 17676864
Alignment:
Q  16 caaggaggaccagtaattgattgcacaggatgtcccgacattgaattgtatccacccattggaggaggtgcaggcaccgaaacttgaactgggattggcg 115  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17676541 caaggagaaccagtaattgattgcacaggatgtcccgacggtgaattgtatgcacccattggaggaggtgcaggcaccgaaacctgaactgggattggcg 17676640  T
Q  116 gtctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggttgattggattgttttccagtaacattttgaac 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17676641 gtctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggttgattggattgttttccagtaacattctgaac 17676740  T
Q  216 aaaactcttgaattcttcttggcgaacctcataaaaatcagagttaggataaagatgtctactgctacttatgatatcattgccaaaactaattgtttgt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17676741 aaaactcttgaattcttcttggcgaacctcataaaaatcagagtcaggataaagatgtctactgctacttatgatatcattgccaaaactaattgtttgt 17676840  T
Q  316 tggaaataactctttcttatgttc 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  17676841 tggaaataactctttcttatgttc 17676864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 17649808 - 17649487
Alignment:
Q  17 aaggaggaccagtaattgattgcacaggatgtcccgacattgaattgtatccacccattggaggaggtgcaggcaccgaaacttgaactgggattggcgg 116  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||    
T  17649808 aaggaggaccagtaattggttgtacaggatgtcccgacattgaattgtatgcacccattggaggaggtgcaggcaccgaatcctgaactgggattggggg 17649709  T
Q  117 tctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggttgattggattgttttccagtaacattttgaaca 216  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  17649708 cctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaactttagcttgagattttggttgattggattgttttccagtaatattctgaaca 17649609  T
Q  217 aaactcttgaattcttcttggcgaacctcataaaaatcagagttaggataaagatgtctactgctacttatgatatcattgccaaaactaattgtttgtt 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17649608 aaactcttgaattcttcttggggaactacataaaaatcagagtcaggataaagatgtctactgctacttatgatatcattgccaaaactaattgtttgtt 17649509  T
Q  317 ggaaataactctttcttatgtt 338  Q
    | |||||||  |||||||||||    
T  17649508 gaaaataaccatttcttatgtt 17649487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 339
Target Start/End: Original strand, 17664430 - 17664751
Alignment:
Q  17 aaggaggaccagtaattgattgcacaggatgtcccgacattgaattgtatccacccattggaggaggtgcaggcaccgaaacttgaactgggattggcgg 116  Q
    |||||||| ||||| | | ||||| ||||||| || ||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||  || ||||||| ||||| ||    
T  17664430 aaggaggatcagtactaggttgcataggatgttccaacagtgaattgtatgcaccaattggaggaggtgtaggctccgagcct-gaactggaattggtgg 17664528  T
Q  117 tctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggttgattggattgttttccagtaacattttgaaca 216  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  17664529 cctcacaatggacaatggtggagatcgattattctgtaaatttgtaaccttagcatgagatttcagttgattggattgttttccagtaacattctaaaca 17664628  T
Q  217 aaactcttgaattcttcttggcgaacctcataaaaatcagagttaggataaagatgtctactgctacttatgatatcattgccaaaactaattgtttgtt 316  Q
    || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17664629 aatctcttgaattcttcttggcgaaccaaataaaaatcagagtcaggataaagatatatgctgctatttatgatatcattgccaaaactaattgtttgtt 17664728  T
Q  317 ggaaataactctttcttatgttc 339  Q
    | ||| |||||||||||||||||    
T  17664729 gaaaagaactctttcttatgttc 17664751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 118 - 296
Target Start/End: Original strand, 17950314 - 17950492
Alignment:
Q  118 ctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggttgattggattgttttccagtaacattttgaacaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||  ||| ||||| |||||||||| |  ||||| ||    
T  17950314 ctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgcaaccttgtaaccttagtgtgaggttttggtgaatttgattgatttccagtaatacgttgaataa 17950413  T
Q  218 aactcttgaattcttcttggcgaacctcataaaaatcagagttaggataaagatgtctactgctacttatgatatcatt 296  Q
    ||||||||||||| |||    |||||||||||||||  || | |||||| |||||||||||| || |||| ||||||||    
T  17950414 aactcttgaattcatctctatgaacctcataaaaatttgaataaggatatagatgtctactggtagttataatatcatt 17950492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 118 - 296
Target Start/End: Original strand, 17954166 - 17954344
Alignment:
Q  118 ctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggttgattggattgttttccagtaacattttgaacaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||  ||| ||||| |||||||||| |  ||||| ||    
T  17954166 ctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgcaaccttgtaaccttagtgtgaggttttggtgaatttgattgatttccagtaatacgttgaataa 17954265  T
Q  218 aactcttgaattcttcttggcgaacctcataaaaatcagagttaggataaagatgtctactgctacttatgatatcatt 296  Q
    ||||||||||||| |||    |||||||||||||||  || | |||||| |||||||||||| || |||| ||||||||    
T  17954266 aactcttgaattcatctctatgaacctcataaaaatttgaataaggatatagatgtctactggtagttataatatcatt 17954344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 100 - 324
Target Start/End: Original strand, 20751669 - 20751893
Alignment:
Q  100 tgaactgggattggcggtctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggttgattggattgttttc 199  Q
    |||||||  ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||  ||||||||| || |    
T  20751669 tgaactgaaattggtggcctcacaatggacaaaggtggaggtcgatttttctgcaaccttgtaaccttagtgtgaggttttggtgaattggattgattcc 20751768  T
Q  200 cagtaacattttgaacaaaactcttgaattcttcttggcgaacctcataaaaatcagagttaggataaagatgtctactgctacttatgatatcattgcc 299  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||||| |||    |||||||||||||||  || | |||||| |||| ||||||| || |||| || || ||| |    
T  20751769 cagtaatatgttgaataaaactcttgaattcatctctatgaacctcataaaaatttgaataaggatatagatttctactggtagttataatttcgttgtc 20751868  T
Q  300 aaaactaattgtttgttggaaataa 324  Q
    ||||  |||| | ||||| ||||||    
T  20751869 aaaatcaattttgtgttgaaaataa 20751893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 109 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 18766406 - 18766212
Alignment:
Q  109 attggcggtctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggttgattggattgttttccagtaacat 208  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| |||||||  ||||||||| || ||||||| ||    
T  18766406 attggtggtcttacaatggacaatgatggaggtcgattcttctgcaaccttgtaactttagtgtgaggttttggtgaattggattgattcccagtaatat 18766307  T
Q  209 tttgaacaaaactcttgaattcttcttggcgaacctcataaaaatcagagttaggataaagatgtctactgctacttatgatatcattgccaaaa 303  Q
     ||||| |||| | |||||||| |||    |||||||||||||||  || | |||||| | ||||||||   || |||| ||||||||| |||||    
T  18766306 gttgaataaaagttttgaattcatctctatgaacctcataaaaattcgaataaggatatatatgtctaccaatagttataatatcattgtcaaaa 18766212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 57 - 180
Target Start/End: Original strand, 17664290 - 17664413
Alignment:
Q  57 tgaattgtatccacccattggaggaggtgcaggcaccgaaacttgaactgggattggcggtctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaac 156  Q
    |||||| ||| ||||  ||||||||||| ||||| | ||||| ||||| || ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  17664290 tgaattatatgcaccatttggaggaggtacaggctctgaaacctgaacaggaattggtggcctaacaattgacaacggtggaggtcgattcttttgtaac 17664389  T
Q  157 cttgtaaccttagcctgagatttt 180  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    
T  17664390 cttgtaaccttggcctgagatttt 17664413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 121 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 17605183 - 17605121
Alignment:
Q  121 acaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggt 183  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  17605183 acaatggacaatggtggaggccgaatcttctgcaaccttgtaaccatttcctgagattttggt 17605121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 211 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 17604604 - 17604533
Alignment:
Q  211 tgaacaaaactcttgaattcttcttggcgaacctcataaaaatcagagttaggataaagatgtctactgcta 282  Q
    |||||||||||||||||||| |||| | ||||| | |||||||| || | |||||| |||||||||| ||||    
T  17604604 tgaacaaaactcttgaattcatcttcgtgaaccacgtaaaaatctgaataaggatatagatgtctaccgcta 17604533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 17645267 - 17645202
Alignment:
Q  118 ctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggt 183  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| || ||  ||||| ||||||||    
T  17645267 ctcacagtggacaatggtggaggccgaatcttctgcaaccttgtgacattttcctgatattttggt 17645202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 5e-16; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 115 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 32669720 - 32669605
Alignment:
Q  115 ggtctcacaatggacaatggtggaggtcgattcttctgtaaccttgtaaccttagcctgagattttggttgattggattgttttccagtaacattttgaa 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| |||| |  ||| ||||| ||||| ||||  | ||| |    
T  32669720 ggtctcacaatggacaatggtggaggccgattcttctgcaaccttgtaacttaagcttgagaatttgatgcattagattgctttcctgtaatctgttgga 32669621  T
Q  215 caaaactcttgaattc 230  Q
     ||||| |||||||||    
T  32669620 taaaacacttgaattc 32669605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University