View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2640_low_4 (Length: 810)

Name: NF2640_low_4
Description: NF2640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2640_low_4
NF2640_low_4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-800)||(13113971-13114740)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 800
Target Start/End: Original strand, 13113971 - 13114740
Alignment:
Q  21 atcaaagtgagaacgactcaaacaaaaaccacattttctttctttcnnnnnnnnn-ccacattttcttatagacatggctgatcaatccaagagtacnnn 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  13113971 atcaaagtgagaacgactcaaacaaaaaccacattttctttctttaaaaaaaaaaaccacattttcttatagacatggctgatcaatccaagagtacttt 13114070  T
Q  120 nnnnattggtgtgccaaagatcaaaattggtgatggtgaaacacaaaaaactactcatccaagaatgccaccaagttccttaattcctttaccgggaagg 219  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114071 ttttattggtgtgccaaagatcaaaattggtgatggtgaaacacaaaaaactactcatccaagaatgccaccaagttccttaattcctttaccgggaagg 13114170  T
Q  220 aatcgatataatagctactacagctccaataggagttggaggcaaatgttcaataaattagggcagaacaacggcaactcgaacggggcgaatgagcaat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13114171 aatcgatataatagctactacagctccaataggagttggaggcaaatgttcaataaattagggcagaacaacggcaactcgaacggggcgaatgaacaat 13114270  T
Q  320 cgactttgaagacttgaaagctcactcaaaaggaagagtaaaactttagtcatgaataattgatgttgccttaaatatagttcattatgcatgttgtata 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13114271 cgactttgaagacttgaaagctcactcaaaaggaagagtaaaactttagtcatgaataattgatgttgccttaaatatagtttattatgcatgttgtata 13114370  T
Q  420 tattttaagcacttttattatagactagtattatgacaaaacattagtgtcgttcgatatatagccagtcttattttgttagataaaacttggttgttgt 519  Q
    ||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114371 tattttaagcac----------gactagtattatgacaaaacattagtgtcgttcgatgcatagccagtcttattttgttagataaaacttggttgttgt 13114460  T
Q  520 tgacgacttgttttataggctatagtaaaaatatcgtgctctttgcacgaatctagggcagcacaaggtagaaaaagacatgcgaaaatgtatcacatgt 619  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114461 tgacgacttattttataggctatagtaaaaatatcgtgctctttgcacgaatctagggcag-acaaggtagaaaaagacatgcgaaaatgtatcacatgt 13114559  T
Q  620 tattataagaaaacttttcttaaagtagatagataaatatggtgtatctgtattttaagagcttttcaaattacaagttgacaataaaaacctgtgtttg 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114560 tattataagaaaacttttcttaaagtagatagataaatatggtgtatctgtattttaagagcttttcaaattacaagttgacaataaaaacctgtgtttg 13114659  T
Q  720 ttcttggtgtatgtatatttataccagccagggatatccatcccagtggtaattaatttggttttgcgtcacccctctctg 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13114660 ttcttggtgtatgtatatttataccagccagggatatccatcccagtggtaattaatttggttttgcgtcacccctctctg 13114740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University