View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2642_low_1 (Length: 729)
Name: NF2642_low_1
Description: NF2642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2642_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 11106943 - 11106244
Alignment:
| Q |
11 |
agaatattgcattcgtgttatgatcgatagggaaaatgtagtaacgagtaatgaccccgattataataaggaagatgatgaaagaggaagagattattgc |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11106943 |
agaatattgcattcgtgttatgatcgatagggaaaatgtagtaacgagtaatgaccccgattataataaggaagatgatgaaagaggaagagattattgc |
11106844 |
T |
|
| Q |
111 |
gccaagccaaagccaactgtttggacctaacatagcatgtattggttcatcggatggatttggcttgagccatagagtttggggatgaattggagtatct |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11106843 |
gccaagccaaagccaactgtttggacctaacatagcatgtattggttcatcggatggatttggcttgagccatagagtttggggatgaattggagtatct |
11106744 |
T |
|
| Q |
211 |
ggtttaaactctttgtctcttgtgatgtatgcctcaatttgtaattgaatattagaaatgtcagatggtgtaccagaaattggtaagatcaaatcaagca |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
11106743 |
ggtttaaactctttgtctcttgtgatgtatgcctcaatttgtaattgaatattagaaatgtcacatg---tgccagaaattggtaggatcaaatctagca |
11106647 |
T |
|
| Q |
311 |
ttgatagacatgaagtgttcttgaaggaagatattaagacaatgtttggtgttttgcatttgaatgtattgctaagatatattaactctctaattattga |
410 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11106646 |
ttgatagacatgaagtgtttttgaaggaacatattaagacaatgtttggtgttttgcatttgaatgtattgctaagatatattaactctctaattattga |
11106547 |
T |
|
| Q |
411 |
gaaaaatggtgtgattccacttcctccactcaccatcacaagtgtgtcatgcctgatacaagacaaacagaaaatactatgtgaaaaatcaatgaaatta |
510 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11106546 |
gaaaaatggtgtgattccacttcctccactcaccatcacaagtgtgtcatgcctgatacaagacaaacagaaaatactgtgtgaaaaatcaatgaaatta |
11106447 |
T |
|
| Q |
511 |
tttctaacaaagcaaaagacattgttatatctatacttcaaattggttttaatttattaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccata |
610 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
11106446 |
tttctaacaaagcaaaagacattgttatatctatacttcaaattggttttaattttttaagatgtagagaccttagataattggtagaagcaggtccata |
11106347 |
T |
|
| Q |
611 |
aggaccttcaacagatattccaaggcgacctataggcgaaggatttgaaagcaactggtagagcttctgtgtccaagctcctccgcatttaatgacaaca |
710 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
11106346 |
aggaccttcaacagatattccaaggcgaccgataggcgaaggatttgaaagcaactggtagagcttctgtgtccaagctcctccacatttaatgacaaca |
11106247 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 714
Target Start/End: Complemental strand, 11593168 - 11592465
Alignment:
| Q |
12 |
gaatattgcattcgtgttatgatcgatagggaaaatgtagtaacgagtaatgaccccgattataataaggaagatgatgaaagaggaagagattattgcg |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
11593168 |
gaatattgcatttgtgttatgatcgatagggaaaatgtagtaacgagtaatgaccccgattataataaggaagatgatgaaagaggatgagattattgcg |
11593069 |
T |
|
| Q |
112 |
ccaagccaaagccaactgtttggacctaacatagcatgtattggttcatcggatggatttggcttgagccatagagtttggggatgaattggagtatctg |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11593068 |
ccaagccaaagctaactgtttggacctaacatagcatgtattggttcatcggatggattgggcttgagccatagagtttggggatgaattggagtatctg |
11592969 |
T |
|
| Q |
212 |
gtttaaactctttgtctcttgtgatgtatgcctcaatttgtaattgaatattagaaatgtcagatggtgtaccagaaattggtaagatcaaatcaagcat |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592968 |
gtttaaactctttgtctcttgtgatgtatgcctcaatttgtaattgaatattagaaatgtcagatggtgtgccagaaattggtaagatcaaatcaagcat |
11592869 |
T |
|
| Q |
312 |
tgatagacatgaagtgttcttgaaggaagatattaagacaatgtttggtgttttgcatttgaatgtattgctaagatatattaactctctaattattgag |
411 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||| |
|
|
| T |
11592868 |
tgatagacatgaagtgttctcgaatgaagaaattaggacaatgtttggtgtcttgcatttgaatgtagtgctaagatatattagctctctaatgatagag |
11592769 |
T |
|
| Q |
412 |
aaaaatggtgtgattccacttcctccactcaccatcacaagtgtgtcatgcctgatacaag-acaaacagaaaatactatgtgaaaaatcaatgaaatta |
510 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
11592768 |
ataaatggtgtgatgccacttcctccactcaccatcacaagtgtgtcatgcctgatacaagaacaaacaacagttactatgtgaaacatcaatgaaatta |
11592669 |
T |
|
| Q |
511 |
tttctaacaaagcaaaagacattgttatatctatacttcaaattggttttaatttattaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccata |
610 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592668 |
tttctaacaaagcataagacaatcttatatatatacttcaaattggttttaattttttaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccata |
11592569 |
T |
|
| Q |
611 |
aggaccttcaacagatattccaaggcgacctataggcgaaggatttgaaagcaactggtagagcttctgtgtccaagctcctccgcatttaatgacaaca |
710 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
11592568 |
aggaccttcaacagatattccaaggcgaccgataggcaaaggatttgaaagcaactggtagagcttctgtgtccaatttcctccacatttaatgacaaca |
11592469 |
T |
|
| Q |
711 |
cttg |
714 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
11592468 |
cttg |
11592465 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 713
Target Start/End: Complemental strand, 11120097 - 11119394
Alignment:
| Q |
11 |
agaatattgcattcgtgttatgatcgatagggaaaatgtagtaacgagtaatgaccccgattataataaggaagatgatgaaagaggaagagattattgc |
110 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| || |
|
|
| T |
11120097 |
agaatattttattcgtgttatgatcaatcgggaaaatgtagtatcgagtaatgatcccgattatgataaggaagataatgaaagaagatgagattatagc |
11119998 |
T |
|
| Q |
111 |
gccaagccaaagccaactgtttggacctaacatagcatgtattggttcatcggatggatttggcttgagccatagagtttggggatgaattggagtatct |
210 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||| ||||| |
|
|
| T |
11119997 |
accaagccaaagccaagtgtttggacctaacatagaatgtattggtgcatctgttggatttggcttaaaccataaagtttgaggatgaattgagctatct |
11119898 |
T |
|
| Q |
211 |
ggtttaaactctttgtctcttgtgatgtatgcctcaatttgtaattgaatattagaaatgtcagatggtgtaccagaaattggtaagatcaaatcaagca |
310 |
Q |
| |
|
| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| |||| |
|
|
| T |
11119897 |
gatttaaactctctgtctcttgtgatgtatgcctcaatttggagttgaatattagaaatgtcagatggtgtgccagaaataggtaggatcaaatctagca |
11119798 |
T |
|
| Q |
311 |
ttgatagacatgaagtgttcttgaaggaagatattaagacaatgtttggtgttttgcatttgaatgtattgctaagatatattaactctctaattattga |
410 |
Q |
| |
|
|||| | ||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || || |
|
|
| T |
11119797 |
ttgacaaacatgaagtattcttgaatgaagaaattaggacaatgtttggtgtcttgcatttgaatgtagtgctaagatatattagctctctaatgataga |
11119698 |
T |
|
| Q |
411 |
gaaaaatggtgtgattccacttcctccactcaccatcacaagtgtgtcatgcctgatacaag-acaaacagaaaatactatgtgaaaaatcaatgaaatt |
509 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
11119697 |
gataaatggtgtgatgccacttcctccactcaccatcacaagtgtgtcatgcctgatacaagaacaaacataagttactatgtgaaaaatcaataaaatt |
11119598 |
T |
|
| Q |
510 |
atttctaacaaagcaaaagacattgttatatctatacttcaaattggttttaatttattaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccat |
609 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11119597 |
atttctaacaaagcaaaagacaatcttatatctatacttcaaaatggttttaattttttaagatgtagagaccttagataattggttgaagcaggtccat |
11119498 |
T |
|
| Q |
610 |
aaggaccttcaacagatattccaaggcgacctataggcgaaggatttgaaagcaactggtagagcttctgtgtccaagctcctccgcatttaatgacaac |
709 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| | | |||||||||||| |
|
|
| T |
11119497 |
aaggaccttcaacagatattccaaggcgatcgataggcgaaggatttgaaagcaactggtagagcttttttgtccaagttccttcacttttaatgacaac |
11119398 |
T |
|
| Q |
710 |
actt |
713 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
11119397 |
actt |
11119394 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University