View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2648_high_4 (Length: 602)

Name: NF2648_high_4
Description: NF2648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2648_high_4
NF2648_high_4
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (18-319)||(47064322-47064623)
chr4 (18-319)||(53301845-53302146)
chr4 (334-591)||(47065108-47065365)
chr4 (344-591)||(53301122-53301380)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (18-319)||(30268519-30268820)
chr2 (334-591)||(30267772-30268029)
chr2 (173-319)||(31332373-31332520)
chr2 (173-319)||(31339103-31339250)
chr2 (471-591)||(44924046-44924166)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (18-321)||(25640470-25640773)
chr8 (471-551)||(17633158-17633238)
chr8 (334-422)||(17632604-17632692)
chr8 (334-411)||(39586378-39586455)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-319)||(7404387-7404688)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-149)||(4683386-4683517)
[»] scaffold1808 (1 HSPs)
scaffold1808 (491-590)||(1242-1341)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (189-221)||(6761486-6761518)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Original strand, 47064322 - 47064623
Alignment:
18 ggtatgatgtccatgttaatttatgtccgtggctagtttccttggacaagattttgcatagttttcacatttatgataactagttctataatgctgcaat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47064322 ggtatgatgtccatgttaatttatgtccgtggctagtttccttggacaggattttgcatagttttcacatttatgataactagttctataatgctgcaat 47064421  T
118 ttggcatgagaaatttagaattgaacaaacagtgtgaaagctaacctttcagattagtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47064422 ttggcatgagaaatttagaattgaacaaacagtgtgaaagctaacctttcagattagtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttatg 47064521  T
218 tgtgtataagcttcccattgtatacgagaattgtaacttttcatgtttgaagcaatatataaacacaaggaatcttcaacttcagtttcataggacaaaa 317  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
47064522 tgtgtataagcttcccattgcataggagaaatgtaacttttcatgtttgaagcaatataaaaacacaaggaatcttcaccttcagattcataggaaaaaa 47064621  T
318 gt 319  Q
    ||    
47064622 gt 47064623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 53302146 - 53301845
Alignment:
18 ggtatgatgtccatgttaatttatgtccgtggctagtttccttggacaagattttgcatagttttcacatttatgataactagttctataatgctgcaat 117  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53302146 ggtatgatgtccatggtaatttatgtccgtggctagtttccttggacaggattttgcatagttttcacatttatgataactagttctataatgctgcaat 53302047  T
118 ttggcatgagaaatttagaattgaacaaacagtgtgaaagctaacctttcagattagtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53302046 ttggcatgagaaatttagaattgaacaaacagtgtgaaagctaacctttcagattagtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttatg 53301947  T
218 tgtgtataagcttcccattgtatacgagaattgtaacttttcatgtttgaagcaatatataaacacaaggaatcttcaacttcagtttcataggacaaaa 317  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
53301946 tgtgtataagcttcccattgcataggagaaatgtaacttttcatgtttgaagcaatataaaaacacaaggaatcttcaccttcagattcataggacaaaa 53301847  T
318 gt 319  Q
    ||    
53301846 gt 53301845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 334 - 591
Target Start/End: Original strand, 47065108 - 47065365
Alignment:
334 ttggctattgatgctcttcaaaagatggtctaaggttagcttcgttcctactgttaatacttaattcgattgttattactggactttagttgttaatact 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
47065108 ttggctattgatgctcttcaaaagatggtctaaggttagcttcgttcctactgttaatacttaatttgattgttattactggactttagatgttaatact 47065207  T
434 taattcacatcaaatacttaattcgattgttaatacttaatttagatgggcttttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattggacaat 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47065208 taattcacatcaaatacttaattcgattgttaatacttaatttagatgggcttttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattggacaat 47065307  T
534 tagctatagaaataacatgtacataaggaattaaaaagagcttgtttgattgttctgt 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
47065308 tagctatagaaataacatgtacataaggaattaaaaagagcttgtttgattgttctgt 47065365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 344 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 53301380 - 53301122
Alignment:
344 atgctcttcaaaagatggtctaaggttagcttcgttcctactgttaatacttaattcgattgttattactggactttagttgtt-----------aatac 432  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||           |||||    
53301380 atgctcttcaaaagatggtctaaggttagcttcgttcctactgttaatacttaattcgattattattactggactttagttgttctttagttgttaatac 53301281  T
433 ttaattcacatcaaatacttaattcgattgttaatacttaatttagatgggcttttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattggacaa 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53301280 ttaattcacatcaaatacttaattcgattgttaatacttaatttagatgggcttttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattggacaa 53301181  T
533 ttagctatagaaataacatgtacataaggaattaaaaagagcttgtttgattgttctgt 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
53301180 ttagctatagaaataacatgtacataaggaattaaaaagagcttgtttgattgttctgt 53301122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 30268820 - 30268519
Alignment:
18 ggtatgatgtccatgttaatttatgtccgtggctagtttccttggacaagattttgcatagttttcacatttatgataactagttctataatgctgcaat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30268820 ggtatgatgtccatgttaatttatgtccgtggctagtttccttggacaggattttgcatagttttcacatttatgataactagttctataatgctgcaat 30268721  T
118 ttggcatgagaaatttagaattgaacaaacagtgtgaaagctaacctttcagattagtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttatg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30268720 ttggcatgagaaatttagaattgaacaaacagtgtgaaagctaacctttcagattagtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttatg 30268621  T
218 tgtgtataagcttcccattgtatacgagaattgtaacttttcatgtttgaagcaatatataaacacaaggaatcttcaacttcagtttcataggacaaaa 317  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
30268620 tgtgtataagcttcccattgcataggagaaatgtaacttttcatgtttgaagcaatataaaaacacaaggaatcttcaccttcagattcataggaaaaaa 30268521  T
318 gt 319  Q
    ||    
30268520 gt 30268519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 334 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 30268029 - 30267772
Alignment:
334 ttggctattgatgctcttcaaaagatggtctaaggttagcttcgttcctactgttaatacttaattcgattgttattactggactttagttgttaatact 433  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
30268029 ttggctattgatgctcttcaaaagatggtctaaggttagcttcgttcctactgttaatacttaatttgattgttattactggactttagatgttaatact 30267930  T
434 taattcacatcaaatacttaattcgattgttaatacttaatttagatgggcttttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattggacaat 533  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30267929 taattcacatcaaatacttaattcgattgttaatacttaatttagatgggcttttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattggacaat 30267830  T
534 tagctatagaaataacatgtacataaggaattaaaaagagcttgtttgattgttctgt 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
30267829 tagctatagaaataacatgtacataaggaattaaaaagagcttgtttgattgttctgt 30267772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 173 - 319
Target Start/End: Original strand, 31332373 - 31332520
Alignment:
173 agtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttatgtgtgtataagcttcccattgtatacgagaattgtaacttttcatgtttgaagcaa 272  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
31332373 agttcacttggcaatgtatgtgtttagttgtttggctgatttatgtgtgtataagcttcccattgcataggagaaatgtaacttttcatgtttgaagcaa 31332472  T
273 tatataaac-acaaggaatcttcaacttcagtttcataggacaaaagt 319  Q
    |||| |||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
31332473 tataaaaactacaaggaatctccaccttcagattcataggacaaaagt 31332520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 173 - 319
Target Start/End: Original strand, 31339103 - 31339250
Alignment:
173 agtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttatgtgtgtataagcttcccattgtatacgagaattgtaacttttcatgtttgaagcaa 272  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
31339103 agttcacttggcaatgtatgtgtttagttgtttggctgatttatgtgtgtataagcttcccattgcataggagaaatgtaacttttcatgtttgaagcaa 31339202  T
273 tatataaac-acaaggaatcttcaacttcagtttcataggacaaaagt 319  Q
    |||| |||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    
31339203 tataaaaactacaaggaatctccaccttcagattcataggacaaaagt 31339250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 471 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 44924166 - 44924046
Alignment:
471 taatttagatgggcttttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattggacaattagctatagaaataacatgtacataaggaattaaaaa 570  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
44924166 taatttagatgggctcttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattgggcaattaactatagaaataacatatacataaggaattaaaaa 44924067  T
571 gagcttgtttgattgttctgt 591  Q
    ||| ||||| |||||||||||    
44924066 gagtttgttggattgttctgt 44924046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 25640773 - 25640470
Alignment:
18 ggtatgatgtccatgttaatttatgtccgtggctagtttccttggacaagattttgcatagttttcacatttatgataa-ctagttctataatgctgcaa 116  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||    
25640773 ggtatgatgtccatgttagtttatgcccgtggctagtttccttggacaggattttgcatagttttcacatttatgattatctagttctataacgctgcaa 25640674  T
117 tttggcatgagaaatttagaattgaacaaacagtgtgaaagctaacctttcagattagtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttat 216  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
25640673 tttggcatgagaaatttaga-ttgaacaaacagtatgaaagctaacctttaagattagtttacttggcaatgtatgtgtttagttgtttggctgatttat 25640575  T
217 gtgtgtataagcttcccattgtatacgagaattgtaacttttcatgtttgaagcaatatataaacacaaggaatcttcaacttcagtttcataggacaaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
25640574 gtgtgtataagcttcccattgcataggagaaatgtaacttttcatgtttgaagcaatataaaaacacaaggaatctccaccttcagattcataggacaaa 25640475  T
317 agtaa 321  Q
    |||||    
25640474 agtaa 25640470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 471 - 551
Target Start/End: Original strand, 17633158 - 17633238
Alignment:
471 taatttagatgggcttttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattggacaattagctatagaaataacat 551  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
17633158 taatctagatgggcttttagaaggtatgcttcttgtaggaaggagactcacgaattgggcaattagctatagaaataacat 17633238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 334 - 422
Target Start/End: Original strand, 17632604 - 17632692
Alignment:
334 ttggctattgatgctcttcaaaagatggtctaaggttagcttcgttcctactgttaatacttaattcgattgttattactggactttag 422  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
17632604 ttggctattgatgctcatcaaaagatggtccatggttggcttcattcctactgttaatacttaatatcattgttattactggactttag 17632692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 334 - 411
Target Start/End: Original strand, 39586378 - 39586455
Alignment:
334 ttggctattgatgctcttcaaaagatggtctaaggttagcttcgttcctactgttaatacttaattcgattgttatta 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||   ||||||||||    
39586378 ttggctattgatgctcttcaaaagatggtacaaggttagcttcattcctagtgttaatacttaatatcattgttatta 39586455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 319
Target Start/End: Original strand, 7404387 - 7404688
Alignment:
18 ggtatgatgtccatgttaatttatgtccgtggctagtttccttggacaagattttgcatagttttcacatttatgataa-ctagttctataatgctgcaa 116  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
7404387 ggtatgatgtctatgttagtttatgcccgtggctagcttccttggacaggattttgcatagttttcacatttatgattatctagttctataatgctgcaa 7404486  T
117 tttggcatgagaaatttagaattgaacaaacagtgtgaaagctaacctttcagattagtttacttggcaatttatgtgtttagttgtttggatgatttat 216  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
7404487 tttggcatgagaaattcaga-ttgaacaaacagtatgaaagctaacctttcagattagtttacttggcaatgtatgtgtttagttgtttggctgatttat 7404585  T
217 gtgtgtataagcttcccattgtatacgagaattgtaacttttcatgtttgaagcaatatataaacacaaggaatcttcaacttcagtttcataggacaaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
7404586 gtgtgtataagcttcccattgcataggagaaatgtaacttttcatgtttgaagcaatataaaaacacaaggaatctccaccttcagattcataggacaaa 7404685  T
317 agt 319  Q
    |||    
7404686 agt 7404688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 149
Target Start/End: Original strand, 4683386 - 4683517
Alignment:
18 ggtatgatgtccatgttaatttatgtccgtggctagtttccttggacaagattttgcatagttttcacatttatga-taactagttctataatgctgcaa 116  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||    
4683386 ggtatgatgtccatgttagtttatgcccgtggctagtttccttggacatgattttgcatagttttcacatttatgattatctagttctataacgctgcaa 4683485  T
117 tttggcatgagaaatttagaattgaacaaacag 149  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
4683486 tttggcatgagaaatttag-attgaacaaacag 4683517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1808 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold1808
Description:

Target: scaffold1808; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 491 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 1341 - 1242
Alignment:
491 aaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattggacaattagctatagaaataacatgtacataaggaattaaaaagagcttgtttgattgttctg 590  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
1341 aaggtatgcttcttgtaggaaggagactcaagaattgggcaattagctatagaaataacatatacataaggaattaaaaagaacttgttggattgttctg 1242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 189 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6761518 - 6761486
Alignment:
189 tatgtgtttagttgtttggatgatttatgtgtg 221  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
6761518 tatgtgattagttgtttggatgatttatgtgtg 6761486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University