View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2651_low_1 (Length: 1247)

Name: NF2651_low_1
Description: NF2651
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2651_low_1
NF2651_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (85-1227)||(44738823-44739966)
chr2 (11-90)||(44739995-44740074)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 1099; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 1099; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 85 - 1227
Target Start/End: Complemental strand, 44739966 - 44738823
Alignment:
Q  85 cataacctaacaaactcattgtagcttttgttaattatttgaaaatgatcagagttaaataattaaactttaaggtccaataagacaagaagtgatgatt 184  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739966 cataacctaacaaactcattgtagcttttgttaattatttgaaaatgatcagagttaaataatgaaactttaaggtccaataagacaagaagtgatgatt 44739867  T
Q  185 tgcaatttcgaaacaaaaactggaatgaaacaataatcataagcagacagagaaaaggcattggttgttggaatggaatggaataatggtcactgtaaat 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739866 tgcaatttcgaaacaaaaactggaatgaaacaataatcataagcagacagagaaaaggcattggttgttggaatggaatggaataatggtcactgtaaat 44739767  T
Q  285 aggcacgggagagtgggagattaaaaagcatggttaacaagtttatgtatggtcctatgacattggtatggttgcctcaaaaagttcatcccactagatt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739766 aggcacgggagagtgggagattaaaaagcatggttaacaagtttatgtatggtcctatgacattggtatggttgcctcaaaaagttcatcccactagatt 44739667  T
Q  385 aaataaaaaactatttttt-gtcaatttcgtagtacgccaaattctgtgttgttttaatcagccgtgtgcttagtgcttacgtctatgtaaagcacgctg 483  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739666 aaataaaaaactatttttttgtcaatttcgtagtacaccaaattctgtgttgttttaatcagccgtgtgcttagtgcttacgtctatgtaaagcacgctg 44739567  T
Q  484 ctattgctacttatatgcacaaattaaaataaggaaaatgcttttgtacaccataagtatgcactaactactactagtaaatcagacggttcatatttac 583  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739566 ctaccgctacttatatgcacaaattaaaataaggaaaatgcttttgtacaccataagtatgcactaactactactagtaaatcagacggttcatatttac 44739467  T
Q  584 atgctaacaatctcagctgttgattttaaattggatggctaacacgagtaactacgtgacacaattacaacgtctaatcaatttcatcctcatattcttc 683  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739466 atgctaacaatctcagctgttgattttaaattggatggctaacacgagtaactacgtgacacaattacaacgtctaatcaatttcatcctcatattcttc 44739367  T
Q  684 ttctacactcatttaccatttctatcacattatcgatctatcatataacnnnnnnnactctttctctctcaaaatatatacatgcaatcaagtgttaatc 783  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739366 ttctacactcatttaccatttctatcacattatcgatctatcatataactttttttactctttctctctcaaaatatatacatgcaatcaagtgttaatc 44739267  T
Q  784 aaaccttttttatactctaactagcactccaatatagcttggcaccatggccttctaatttaatttctcagcgtgtgaagttgggtccagtaagtaattt 883  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739266 aaaccttttttatactctaactagcactccaatatagcttggcaccatggccttctaatttaatttctcagcgtgtgaagttgggtccagtaagtaattt 44739167  T
Q  884 acggtttatggcatcataattgaaaagtatactcgtcatgctttgcaagtttaccgtttaaaaaatgttgaaagagacaaaaatgaattgtctcatatat 983  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739166 acggtttatggcatcataattgaaaagtatactcgtcatgctttgcaagtttaccgtttaaaaaatgttgaaagagacaaaaatgaattgtctcatatat 44739067  T
Q  984 ctccacgtgacagcctttggttaaacttttcaatataccacctgtcctgtctgagggaggaaccttaccctactgagcccccaagactcagacttcaaag 1083  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44739066 ctccacgtgacagcctttggttaaacttttcaatataccacctgtcctgtctgagggaggaaccttaccctactgagcccccaagactcagacttcaaag 44738967  T
Q  1084 cagcatcgcatattccactactggaacaagcaagttttttcatacctttgtcattctttttctcgggaaagacgataaatggtgacacaagaaaaagtgt 1183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44738966 cagcatcgcatattccactactggaacaagcaagttttttcatacctttgtcattctttttctcgggaaagacgataaatggtgacacaagaaaaagtgt 44738867  T
Q  1184 gaaggaagacagcttaagcacgtaatacaattaatctaaagaaa 1227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44738866 gaaggaagacagcttaagcacgtaatacaattaatctaaagaaa 44738823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 11 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 44740074 - 44739995
Alignment:
Q  11 atcatcatttattttttccctttctttctttcttcaccatctctagctcctaaatcactcattccaaacacactcataac 90  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  44740074 atcatcatttattttttccctttctttctttcttcaccatctctagctcctaaatcactcattccaaacagactcgtaac 44739995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University