View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2655_high_4 (Length: 538)

Name: NF2655_high_4
Description: NF2655
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2655_high_4
NF2655_high_4
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (253-522)||(10646643-10646912)
chr8 (253-522)||(8697631-8697900)
chr8 (253-522)||(45278434-45278703)
chr8 (290-522)||(41307731-41307963)
chr8 (253-522)||(40486191-40486455)
chr8 (1-231)||(41305959-41306190)
chr8 (1-121)||(45278209-45278329)
chr8 (1-121)||(10647018-10647138)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (253-522)||(25059866-25060135)
chr7 (253-522)||(2911281-2911550)
chr7 (1-195)||(25059647-25059841)
chr7 (5-121)||(2911060-2911176)
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (253-522)||(12094633-12094902)
chr3 (209-522)||(44277142-44277457)
chr3 (1-229)||(12095038-12095267)
chr3 (253-518)||(40931677-40931940)
chr3 (1-195)||(44276972-44277164)
chr3 (378-522)||(19911560-19911704)
chr3 (261-428)||(19911693-19911860)
chr3 (380-522)||(38805296-38805444)
chr3 (5-157)||(19911862-19912014)
chr3 (420-522)||(4226757-4226856)
chr3 (420-522)||(4235801-4235900)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (253-522)||(13984725-13984993)
chr1 (253-522)||(3943111-3943380)
chr1 (253-522)||(9588721-9588990)
chr1 (375-522)||(41959129-41959276)
chr1 (1-119)||(9589357-9589475)
chr1 (1-122)||(3943486-3943607)
chr1 (5-118)||(41959536-41959649)
chr1 (1-121)||(13984598-13984717)
chr1 (359-522)||(44228068-44228230)
chr1 (433-522)||(1168412-1168499)
chr1 (333-371)||(41959261-41959299)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-231)||(34222255-34222488)
chr2 (398-522)||(34224256-34224380)
[»] scaffold0257 (2 HSPs)
scaffold0257 (399-522)||(23518-23641)
scaffold0257 (1-63)||(23654-23716)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (399-522)||(19996594-19996717)
chr6 (1-63)||(19996519-19996581)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (399-519)||(15305094-15305214)
chr5 (1-61)||(15305019-15305079)
chr5 (359-441)||(31485620-31485702)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (403-522)||(19361698-19361817)
chr4 (398-522)||(20541512-20541640)
chr4 (137-219)||(19361816-19361898)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 10646912 - 10646643
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10646912 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattgtattggcatgctattttcaatacataaccgcagcaaaaacaatgtgatttactagatgaa 10646813  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10646812 ccatatgtattggtattgccagtatgtattggtattgaaggatgattcaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 10646713  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10646712 taaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 10646643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Original strand, 8697631 - 8697900
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8697631 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattgtattggcatgctattttcaatacataaccgcagcaaaaacaatgtgatttactagatgaa 8697730  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8697731 ccatatgtattggtattgccagtatatattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 8697830  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8697831 taaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagtttgtcctt 8697900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Original strand, 45278434 - 45278703
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  45278434 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattatattggcatgctattttcaatacataaccgcagtaaaaacaatgtgatttactagatgaa 45278533  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45278534 ccatatgtattggtattgccaatatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 45278633  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45278634 taaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaattagcttgtcctt 45278703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 290 - 522
Target Start/End: Original strand, 41307731 - 41307963
Alignment:
Q  290 ttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaaccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattg 389  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  41307731 ttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcagcaaaaacaatgtgatttactagatgaaccatatgtattggtattgtcagtatgtattggtattg 41307830  T
Q  390 aaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtata 489  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41307831 aaggatgattgaatttaattaattttgatattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtata 41307930  T
Q  490 ataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41307931 ataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 41307963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Original strand, 40486191 - 40486455
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||| |     ||||||||||||||||||||||||||    
T  40486191 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattgtattggcatgctattttcaatacataagc-----aaaaacaatgtgatttactagatgaa 40486285  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40486286 ccatatgtattggtattgccagtatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 40486385  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40486386 taaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaattagcttgtcctt 40486455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 41305959 - 41306190
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41305959 tctcctaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 41306058  T
Q  101 tttttataattaaaactaccgg-nnnnnnnntggaaaacaaaggaaagtctgtgaaagttgaatctctgcacaatgaaagagttgaagactcttttgaca 199  Q
    |||||||| |||||||||| ||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41306059 tttttatatttaaaactactggaaaaaaaaatggaaaacaaaggaaagtctgtgaaagttgaatctcagcacaatgaaagagttgaagactcttttgaca 41306158  T
Q  200 gcatacaatatgaaagggttgaagactctttt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41306159 gcatacaatatgaaagggttgaagactctttt 41306190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Original strand, 45278209 - 45278329
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45278209 tctcccaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 45278308  T
Q  101 tttttataattaaaactaccg 121  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  45278309 tttttataattaaaactaccg 45278329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 10647138 - 10647018
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10647138 tctcctaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 10647039  T
Q  101 tttttataattaaaactaccg 121  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  10647038 tttttataattaaaactaccg 10647018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Original strand, 25059866 - 25060135
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  25059866 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattgtattggcatgctattttcaatacataaccgcagcaaaaacaatgtgatttactagatgaa 25059965  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25059966 ccatatgtattggtattgtcagtatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgagagtaattatgagatggggtaaa 25060065  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25060066 taaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 25060135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Original strand, 2911281 - 2911550
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2911281 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattatattggcatgctattttcaatacataaccgcagcaaaaacaatgtgatttactagatgaa 2911380  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2911381 ccatatgtattggtattgccagtatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 2911480  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2911481 taaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaattagcttgtcctt 2911550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Original strand, 25059647 - 25059841
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25059647 tctcccaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 25059746  T
Q  101 tttttataattaaaactaccggnnnnnnnntggaaaacaaaggaaagtctgtgaaagttgaatctctgcacaatgaaagagttgaagactctttt 195  Q
    |||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25059747 tttttataattaaaactaccgaaaaaaaaatggaaaacaaaggaaagtctgtgaaagttgaatctctgcacaatgaaagagttgaagactctttt 25059841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 121
Target Start/End: Original strand, 2911060 - 2911176
Alignment:
Q  5 ccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgagtttt 104  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2911060 ccaaaaaattattttccaatgactactgcactttaattcatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgagtttt 2911159  T
Q  105 tataattaaaactaccg 121  Q
    |||||||||||||||||    
T  2911160 tataattaaaactaccg 2911176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 12094902 - 12094633
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  12094902 tgataaccgaagcatgacaagagaagttgaaaaaaaattgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaataaaaacaatgtgatttactagatgaa 12094803  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12094802 ccatatgtattggtattgtcggtatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 12094703  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12094702 taaatgtaaaatagaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 12094633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 209 - 522
Target Start/End: Original strand, 44277142 - 44277457
Alignment:
Q  209 atgaaagggttgaagactctttt--caattgagtttnnnnnnnnnntgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctat 306  Q
    ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||        || ||||||||||||||    
T  44277142 atgaaagagttgaagactcttttttcaattgagtttaaaaaaaaattgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattatattggcatgctat 44277241  T
Q  307 tttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaaccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaattta 406  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44277242 tttcaatacataaccgcagcaaaaaccatgtgatttactagatgaaccatatgtattggtattgccagtatgtattggtattgaaggatgattgaattta 44277341  T
Q  407 attaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtc 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44277342 attaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggagaaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtc 44277441  T
Q  507 aaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||    
T  44277442 aaactagcttgtcctt 44277457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 12095267 - 12095038
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12095267 tctcccaagaaattattttcccatgactactccactctaatctatcgtaactaactacttctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 12095168  T
Q  101 tttttataattaaaactaccg-gnnnnnnnntggaaaacaaaggaaagtctgtgaaagttgaatctctgcacaatgaaagagttgaagactcttttgaca 199  Q
    ||||||||||||||||||| | |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  12095167 tttttataattaaaactactgagaaaaaaaatggaaaacaaaggaaagtctgtgaaagttgaatctctgcacaacgaaagagttgaagactcttttgaga 12095068  T
Q  200 gcatacaatatgaaagggttgaagactctt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12095067 gcatacaatatgaaagggttgaagactctt 12095038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 253 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 40931940 - 40931677
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        ||||  |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  40931940 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattgtgatggcatgctatttttaatacataaccgcagcaaaaacaat-tgatttactagatgaa 40931842  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    || ||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  40931841 ccgtatgtattggtattgtcactatgtatcggtattgaaggata-ttgactttaattaattttggtattggtattgggagtaactatgagatggggtaaa 40931743  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgt 518  Q
    ||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  40931742 taaacataaaatggaggaaatcaaagacaagagtataataggaacttttgtgttaatctagcttgt 40931677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Original strand, 44276972 - 44277164
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44276972 tctcccaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 44277071  T
Q  101 tttttataattaaaactaccggnnnnnnnntggaaaacaaaggaaagtctgtgaaagttgaatctctgcacaatgaaagagttgaagactctttt 195  Q
    |||||||||||||||||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  44277072 tttttataattaaaactacc-gaaaaaaaatggaaaacaaaggaaagtctgtgaaagttgaatct-tgcacaatgaaagagttgaagactctttt 44277164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 378 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 19911704 - 19911560
Alignment:
Q  378 gtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaa 477  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19911704 gtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgaggtggggtaaataaatgtaaaatggaggaaatcaaa 19911605  T
Q  478 gacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19911604 gacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactaacttgtcctt 19911560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 261 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 19911860 - 19911693
Alignment:
Q  261 gaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaaccatatgt 360  Q
    |||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19911860 gaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattgtattggcatgctattttcaatacataaccgaagcaaaaacaatgtgatttaatagatgaaccatatgt 19911761  T
Q  361 attggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattg 428  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19911760 attggtattgccagtatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattg 19911693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 380 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 38805444 - 38805296
Alignment:
Q  380 attggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgg------gagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaat 473  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38805444 attggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaat 38805345  T
Q  474 taaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38805344 caaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 38805296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 5 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 19912014 - 19911862
Alignment:
Q  5 ccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgagtttt 104  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  19912014 ccaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaattaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgattttt 19911915  T
Q  105 tataattaaaactaccggnnnnnnnntggaaaacaaaggaaagtctgtgaaag 157  Q
    ||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||    
T  19911914 tataattaaaactaccggaaaaaaaatggaaaacaaaggaaagtctgtgaaag 19911862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 420 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 4226856 - 4226757
Alignment:
Q  420 ttggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtc 519  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  4226856 ttggtattgagagtaattatgagatggggtaaataaat--aaaatggaggaaatcaaacacaagggtataataggaac-tttgtgtcaaactagtttgtc 4226760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 420 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 4235900 - 4235801
Alignment:
Q  420 ttggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtc 519  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  4235900 ttggtattgagagtaattatgagattgggtaaataaat--aaaatggaggaaatcaaacacaagggtataataggaac-tttgtatcaaactagcttgtc 4235804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Original strand, 13984725 - 13984993
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13984725 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaa-ttgtattggcatgctattttcaatacataaccacaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 13984823  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13984824 ccatatgtattggtattgccagtatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 13984923  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13984924 taaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 13984993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 3943380 - 3943111
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  3943380 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattatattggcatgctattttcaatacataaccgcagtaaaaacaatgtgatttactagatgaa 3943281  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3943280 ccatatgtattggtattgccagtatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 3943181  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3943180 taaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaattagcttgtcctt 3943111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 253 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 9588990 - 9588721
Alignment:
Q  253 tgataaccgaagcatgataagagaagttgnnnnnnnnttgtattggcatgctattttcaatacataaccgcaacaaaaacaatgtgatttactagatgaa 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9588990 tgataaccgaagcatgataagagaagttgaaaaaaaattgtattggcatgctattttcaatatataaccgcagcaaaaacaatgtgatttactagatgaa 9588891  T
Q  353 ccatatgtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 452  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9588890 ccatatgtattggtattgccagtatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaa 9588791  T
Q  453 taaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  9588790 taaatgtaaaatggagaaaatcaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaaatagattgtcctt 9588721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 375 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 41959276 - 41959129
Alignment:
Q  375 tatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaatt 474  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41959276 tatgtattggtattgaaggatgattgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaatc 41959177  T
Q  475 aaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41959176 aaagacaagggtataatatgaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 41959129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 9589475 - 9589357
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9589475 tctcccaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 9589376  T
Q  101 tttttataattaaaactac 119  Q
    |||||||||||||||||||    
T  9589375 tttttataattaaaactac 9589357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 3943607 - 3943486
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3943607 tctcccaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgaa 3943508  T
Q  101 tttttataattaaaactaccgg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  3943507 tttttataattaaaactaccgg 3943486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 5 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 41959649 - 41959536
Alignment:
Q  5 ccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgagtttt 104  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41959649 ccaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgagtttt 41959550  T
Q  105 tataattaaaacta 118  Q
    ||||||||||||||    
T  41959549 tataattaaaacta 41959536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Original strand, 13984598 - 13984717
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13984598 tctcccaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 13984697  T
Q  101 tttttataattaaaactaccg 121  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  13984698 -ttttataattaaaactaccg 13984717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 359 - 522
Target Start/End: Original strand, 44228068 - 44228230
Alignment:
Q  359 gtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatg 458  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||     || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  44228068 gtatcggtattgccggtatgtattggtattgccatttgattgactttaattaaatttggtattggtattggaagtgattattagatggggtaaataaatg 44228167  T
Q  459 taaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  44228168 taaaatgaaggaaataaaaaacaagggtataataggaacttttatgtc-agctagcttgtcctt 44228230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 433 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 1168499 - 1168412
Alignment:
Q  433 taattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1168499 taattatgagacggggtaaataaat--aaaatggaggaaatcaaagacaagggtaaactatgaacttttgtgtcaaaatagcttgtcctt 1168412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 333 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 41959299 - 41959261
Alignment:
Q  333 aatgtgatttactagatgaaccatatgtattggtattga 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41959299 aatgtgatttactagatgaaccatatgtattggtattga 41959261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 34222255 - 34222488
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctagttaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34222255 tctcccaagaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcctaattaattggactctctaatttgtttataaaaattgag 34222354  T
Q  101 tttttataattaaaactaccg---gnnnnnnnntggaaaacaaaggaaagtctgtgaaagttgaatctctgcacaatgaaagagttgaagactcttttga 197  Q
    |||||||||||||||||||||            |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34222355 tttttataattaaaactaccgagaaaaaaaaaatggaaaacaaaggaaaatctgtgaaacttgaatctctgcacaatgaaagagttgaagactcttttga 34222454  T
Q  198 cagcatacaatatgaaagggttgaagactctttt 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34222455 cagcatacaatatgaaagggttgaagactctttt 34222488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 398 - 522
Target Start/End: Original strand, 34224256 - 34224380
Alignment:
Q  398 ttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaac 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34224256 ttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaac 34224355  T
Q  498 ttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  34224356 ttttgtgtcaaactagcttgtcctt 34224380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0257 (Bit Score: 120; Significance: 4e-61; HSPs: 2)
Name: scaffold0257
Description:

Target: scaffold0257; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 399 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 23641 - 23518
Alignment:
Q  399 tgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaact 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23641 tgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaact 23542  T
Q  499 tttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  23541 tttgtgtcaaactagcttgtcctt 23518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0257; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 23716 - 23654
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactccta 63  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23716 tctcccaagaaattattttcccatgactattgcactctaatccatcgtaactaaccactccta 23654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 9e-59; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 399 - 522
Target Start/End: Original strand, 19996594 - 19996717
Alignment:
Q  399 tgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaact 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19996594 tgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaatcaaagacaaaggtataataggaact 19996693  T
Q  499 tttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  19996694 tttgtgtcaaactagcttgtcctt 19996717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 19996519 - 19996581
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactccta 63  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19996519 tctcccaagaaattattttcccatgactattgcactctaatccatcgtaactaaccactccta 19996581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 399 - 519
Target Start/End: Original strand, 15305094 - 15305214
Alignment:
Q  399 tgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaact 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15305094 tgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggatgaaatcaaagacaagggtataataggaact 15305193  T
Q  499 tttgtgtcaaactagcttgtc 519  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  15305194 tttgtgtcaaacttgcttgtc 15305214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 61
Target Start/End: Original strand, 15305019 - 15305079
Alignment:
Q  1 tctcccaaaaaattattttcccatgactactgcactctaatccatcgtaactaactactcc 61  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15305019 tctcccaagaaattattttcccatgactattgcactctaatccatcgtaactaactactcc 15305079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 359 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 31485702 - 31485620
Alignment:
Q  359 gtattggtattgacggtatgtattggtattgaaggatggttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatga 441  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||     || |||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  31485702 gtattggtattaccggtatgtattggtattgccatttgattgactttaattaattttggtattggtattcgaagtaattatga 31485620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 5e-54; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 403 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 19361817 - 19361698
Alignment:
Q  403 tttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagacaagggtataataggaacttttg 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19361817 tttaattaattttggtattggtattgggagtaattattagatggggtaaataaatataaaatggaggaaatcaaagacaagggtataataggaacttttg 19361718  T
Q  503 tgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  19361717 tgtcaaactagcttgtcctt 19361698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 398 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 20541640 - 20541512
Alignment:
Q  398 ttgaatttaattaattttggtattggtattgggagtaattatgagatggggtaaataaatgtaaaatggaggaaattaaagac----aagggtataatag 493  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||    |||||||||||||    
T  20541640 ttgactttaattagttttgatattggtatcaggagtaattatgagatgaggtaaataaatgtaaaacagaggaaatcaaagacaagtaagggtataatag 20541541  T
Q  494 gaacttttgtgtcaaactagcttgtcctt 522  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  20541540 gaacttttgtgtcgaactagtttgtcctt 20541512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 137 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 19361898 - 19361816
Alignment:
Q  137 acaaaggaaagtctgtgaaagttgaatctctgcacaatgaaagagttgaagactcttttgacagcatacaatatgaaagggtt 219  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||    
T  19361898 acaaaggaaagtctctgaaagttgaagatttgcaaaatgaaagagttgaagactctttcgacaatatacaatatgaaagggtt 19361816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University