View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2660_low_6 (Length: 740)

Name: NF2660_low_6
Description: NF2660
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2660_low_6
NF2660_low_6
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-722)||(32491518-32492229)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 722
Target Start/End: Complemental strand, 32492229 - 32491518
Alignment:
Q  18 gaactataagaaacatcaagctcatcaaaatgaaactaaaaatgttgtaaaaaacggattctcctagaatctcagtgattgagattttttctctactttt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32492229 gaactataagaaacatcaagctcatcaaaatgaaactaaaaatgctgtgaaaaacagattctcctagaatctcagtggttgagattttttctctactttt 32492130  T
Q  118 gtttagaaaaatttattgttctattaaatcaatatcttgttatcagttctactaagcatgcagaagcaagcaagagttnnnnnnnnn--tgtcaactaca 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||     
T  32492129 gtttagaaaaatttattgttctattaaatcaatatcttgttatcagttctactaagcatgcagaagcaagcaagagtttaaaaaaaaaatgtcaactacc 32492030  T
Q  216 acaatcttggttgcgacctcaacaatttggaatctccacaactataatgtggtcatgattgaggttgcatcagcgacatttgatagcagttctccacaat 315  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  32492029 acaatcttggttgcgacctcaacattttggagtctccacaactataatgtggtcatgattgaggttgcatcaacgacatttgacagcagttctccacaat 32491930  T
Q  316 ataaaggactgctacacaaccgcaaccgttaccgtgatttgtaaccttggctcaaccatgcgtgatgtgttcaattaattaaaggttcaatgcctactac 415  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32491929 ataaaggactgctacaccaccacaaccattaccgtgatttgtaaccttggctcaaccatgtgtgatgtgttcaattaattaaaggttcaatgcctactac 32491830  T
Q  416 ttatatctacaactaagatctgcatctattcgttcaaaaccaaaatctttagaaaaacaacctggtccaaaagtaagagatgcgaaaaacggtaacaaag 515  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32491829 ttatatctacaactaggatctgcatctattcgttcaaaaccaaaatctttagaaaaacaacctggtccaaaagtaagagatgcgaaaaacggtaacaaag 32491730  T
Q  516 aacacaca----ttttttatcacgaagttaggccaattgtgcatatttctatgactgcaatttacaaatattttctatcatcactaaaagcttagtgttt 611  Q
    ||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32491729 aacacacatttcttttttatcacgaagttaggccaattgtgcatatctctatgactgcaatttacaaatattttctatcatcactaaaagcttagtgttt 32491630  T
Q  612 acagagtacaattatgtttaaaatactatgatccagtttacaacatttgctcgagcgagttatgcccaac-aaaaatatgccttcttgaattgaaaaaca 710  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32491629 acagagtacaattatgtttaaaatactacgatccaatttacaacatttgctcgagcgagttatgcccaacaaaaaatatgccttcttgaattgaaaaaca 32491530  T
Q  711 tcaagataaact 722  Q
    ||||||||||||    
T  32491529 tcaagataaact 32491518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University