View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2663_high_3 (Length: 694)

Name: NF2663_high_3
Description: NF2663
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2663_high_3
NF2663_high_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-685)||(22364103-22364787)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 22364787 - 22364103
Alignment:
Q  1 cccagctgctagaaccatagctctacactcttcatctctatgctcagtctcatctgataaaccatcatcacctccttcaaccaatttaactcccaaaccc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364787 cccagctgctagaaccatagctctacactcttcatctctatgctcagtctcatctgataaaccatcatcacctccttcaaccaatttaactcccaaaccc 22364688  T
Q  101 aaaagtctccttcaaaaccacccactttacacaccaactaatgaaaaactctcacttcaattcaaagaaaaaattctttgtcttgaagttatgggcattg 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22364687 aaaagtctccttcaaaaccatccactttacacaccaactaatgaaaaactctcacttcaattcaaagaaaaaattctctgtcttgaagttatgggcattg 22364588  T
Q  201 attcaggtaaagcactctctcaaaaccctaaccttcatacagctaccttagaatccattcattccattatcacatttcttgtctctaaaggtatccaaca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364587 attcaggtaaagcactctctcaaaaccctaaccttcatacagctaccttagaatccattcattccattatcacatttcttgtctctaaaggtatccaaca 22364488  T
Q  301 taaagaccttccaagaatctttggcatgtgtcctaagattctcacatcaagtatcaaaactgatcttaacccagtttttgattttctcgtacatgatctt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22364487 taaagaccttccaagaatctttggcatgtgtcctaagattctcacatcaagtatcaaaactgatcttaacccagtttttgattttctcatacatgatctt 22364388  T
Q  401 aaagtgcccgatcatagctttagaaaagttatcaaaaagtgtccaagattgcttacttctagtgtggtggatcagcttaaaccagctttgttttatctta 500  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364387 aaagtgcctgatcatagctttagaaaagttatcaaaaagtgtccaagattgcttacttctagtgtggtggatcagcttaaaccagctttgttttatctta 22364288  T
Q  501 acagattaggattaagagatttagaagcattggcttatcaagattgtgttcttttggtttccaatgttgaaaggacaattattcctaaacttaagcattt 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364287 acagattaggattaagagatttagaagcattggcttatcaagattgtgttcttttggtttccaatgttgaaaggacaattattcctaaacttaagcattt 22364188  T
Q  601 ggagagtataggatttactaaagaagaagctaggtgtatggtgttgaggtgtcctgcattgttgacttttagtattgagaataat 685  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22364187 ggagagtctgggatttactaaagaagaggctaggtgtatggtgttgaggtgtcctgcattgttgacttttagtattgagaataat 22364103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University