View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2663_low_1 (Length: 785)

Name: NF2663_low_1
Description: NF2663
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2663_low_1
NF2663_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-772)||(36717168-36717919)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (17-772)||(1352124-1352872)
chr8 (17-649)||(2040772-2041407)
chr8 (123-576)||(1357444-1357894)
chr8 (99-522)||(1364328-1364735)
chr8 (10-130)||(10043769-10043881)
chr8 (620-753)||(1356960-1357077)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (274-570)||(24620337-24620630)
chr3 (44-243)||(24619728-24619936)
chr3 (262-400)||(18179888-18180026)
chr3 (408-548)||(18180117-18180255)
chr3 (50-102)||(18179206-18179255)
chr3 (605-651)||(18180252-18180298)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 36717919 - 36717168
Alignment:
Q  10 attattcttcattgctgtgatattttttacctcaaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttgatccaggt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36717919 attattcttcattgctgtgatattttttacctcaaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttgatccaggt 36717820  T
Q  110 ccgttgtctccagaaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36717819 ccgttgtctccagaaaatcttcttttattaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgttgcg 36717720  T
Q  210 caagtcgatcaactgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatct 309  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36717719 cgagtcgatcaactgcttcattctcagcctgagccatttttttt-accttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatct 36717621  T
Q  310 tcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36717620 tcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaattttttccacaatttatcagttatagggctcaaatccatcccttcacttgc 36717521  T
Q  410 cttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacattt 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  36717520 cttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--t 36717423  T
Q  510 tatcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacaggattcctttgaaacaaaagcagtgatgatgatgg 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            | |||||    
T  36717422 tatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacaggattcctttgaaaca------------acgatgg 36717335  T
Q  610 cttctttcttgcagatatttcatcccttctcatcataata----actgaattcacaaaagtgaactgaaaacaaggaacagtgaatattagtagatactg 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36717334 cttctttcttgcagatatttcatcccttctcatcataataactgactgaattcacaaaagtgaactgaaaacaaggaacagcgaatattagtagatactg 36717235  T
Q  706 actttgcaaatattcttctcttttttggtgcaaccctaacggaggcttccattctatatatagtatc 772  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36717234 actttgcaaatattcttctcttttttggtgcaaccctaacggaggcttccattctatatatagtatc 36717168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 1352872 - 1352124
Alignment:
Q  17 ttcattgctgtgatattttttacctcaaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcac-----atttg-atccaggtc 110  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||| |||||| ||    
T  1352872 ttcattgctgtgatatttttgacctcaaaactattaagaaaatccttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcactgacaagttgtatccagatc 1352773  T
Q  111 cgttgtctccagaaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcgc 210  Q
    | || |||||| |||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||     
T  1352772 cattatctccacaaaatcttctttcactgggtggaagtttggtgcatgttttgatttgcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgtttcgt 1352673  T
Q  211 aagtcgatcaactgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatctt 310  Q
     |||||||||||||||||||||||| || ||||||         || ||||||||||||| |||||||||||||             |||||||||||||    
T  1352672 gagtcgatcaactgcttcattctcagcccgagccatttttttg-actttagcctcatacaactgcaaccaagtg-------------tttctttcatctt 1352587  T
Q  311 cttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgcc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |    
T  1352586 cttaactacttcattagtgcaatttataccaaattgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttatagggctcaaatccatccctttatttgtc 1352487  T
Q  411 ttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacatttt 510  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  1352486 ttctcaatatgcatcaactgttcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--tt 1352389  T
Q  511 atcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacaggattcctttgaaacaaaagcagtgatgatgatggc 610  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  1352388 atcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacaggattcctttgaaacaaaagcaccgatgatgatggc 1352289  T
Q  611 ttctttcttgcagatatttcatcccttctcatcataataactgaattcacaaaagtgaactgaaaacaaggaacagtgaatat---tagtagatactgac 707  Q
    ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||    
T  1352288 ttccttctcgcagatatttcatctcttctcatcataataactgaattcacaaaagtgaactgaaaacaaggaacagtaaatattagtagtagatactgac 1352189  T
Q  708 tttgcaaatattcttctcttttttggtgcaaccctaacggaggcttccattctatatatagtatc 772  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  1352188 tttacaaatattcttctcttttttgctgcaaccctaatggaggctttcattctatatatactatc 1352124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 649
Target Start/End: Original strand, 2040772 - 2041407
Alignment:
Q  17 ttcattgctgtgatattttttacctcaaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcac-----atttg-atccaggtc 110  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     | ||| |||||| ||    
T  2040772 ttcattgctgtgttatttttgacctccaagctattaagaaaatccttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcactgacaagttgtatccagatc 2040871  T
Q  111 cgttgtctccagaaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcgc 210  Q
    | || |||||| ||||||||||||  || ||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2040872 cattatctccacaaaatcttctttcgctgggtggaagtttggtgcatgttttgattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgttgcgc 2040971  T
Q  211 aagtcgatcaactgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatctt 310  Q
     ||||||||||||||||||||||||  ||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2040972 gagtcgatcaactgcttcattctcagtctgagccactcttttg-accttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatctt 2041070  T
Q  311 cttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgcc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| | | | |    
T  2041071 cttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttctcaaagaactttctccacaattgatctgttatagggctcaaatccatcccttgagtggac 2041170  T
Q  411 ttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacatttt 510  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  2041171 ttctcaatatgcatcaactggtcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatcatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--tt 2041268  T
Q  511 atcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacaggattcctttgaaacaaaagcagtgatgatgatggc 610  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  2041269 atcaatacctttctcaacacaaagatcaaccaaaggtgtttgatcctttcttttcatcataacaggattcctttgaaacaaaagcaccgatgatgatggc 2041368  T
Q  611 ttctttcttgcagatatttcatcccttctcatcataata 649  Q
    |||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  2041369 ttctttctcgcagatacttcgtcccttctcatcgtaata 2041407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 123 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 1357894 - 1357444
Alignment:
Q  123 aaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcgcaagtcgatcaac 222  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  1357894 aaaatcttcttttacttggtggaagtttggtgcatgttttgatttgcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcgttgcgcgagtcgatcaac 1357795  T
Q  223 tgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttc 322  Q
    |||||||||||||  ||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1357794 tgcttcattctcagtctgagccacttttttg-accttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttc 1357696  T
Q  323 attagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgccttctcaatatgc 422  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||    
T  1357695 attagtgcaatttataccaaattgcttttcaaagaactttttccacaatttatctgttatagggctcaaatccatcccttgagtggacttctcaatatgc 1357596  T
Q  423 atcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacattttatcaatagcttt 522  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  1357595 atcaactgttcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--ttatcaatagcttt 1357498  T
Q  523 ctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcataacagg 576  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1357497 ctcaacacaaagatcaaccaaacatgtttgatcctttctcttcatcataacagg 1357444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 99 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 1364735 - 1364328
Alignment:
Q  99 ttgatccaggtccgttgtctccagaaaatcttcttttactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttcctt 198  Q
    ||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1364735 ttgatccaggtccatcatctccacaaaatcttcttttacttggtggaagtttggtgcatgttttgatttgcctgctttgttttcttgcatcttcttcctt 1364636  T
Q  199 gtagcattgcgcaagtcgatcaactgcttcattctcaacctgagccannnnnnnnnaccttagcctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactctttt 298  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| || ||||||         || ||||||||||||| |||||||||||||             |    
T  1364635 gtagcgttgcgtgagtcgatcaactgcttcattctcagcccgagccatttttttg-actttagcctcatacaactgcaaccaagtg-------------t 1364550  T
Q  299 ttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatc 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  1364549 ttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaattgcttctcaaagaactttttccacaattgatctgttatagggctcaaatccatc 1364450  T
Q  399 ccttcacttgccttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggt 498  Q
    |||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1364449 ccttgagtggacttctcaatatgcatcaactgttcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggt 1364350  T
Q  499 attttacattttatcaatagcttt 522  Q
    ||||||||  ||||||||||||||    
T  1364349 attttaca--ttatcaatagcttt 1364328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Original strand, 10043769 - 10043881
Alignment:
Q  10 attattcttcattgctgtgatattttttacctc-aaaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttgatccagg 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||         | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10043769 attattcttcattgctgtgatattttttacctcaaaaactattaagaaaatctttctttgact---------tattgctgctcttcacatttgatccagg 10043859  T
Q  109 tccgttgtctccagaaaatctt 130  Q
    ||| || |||||| ||||||||    
T  10043860 tccattatctccacaaaatctt 10043881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 620 - 753
Target Start/End: Complemental strand, 1357077 - 1356960
Alignment:
Q  620 gcagatatttcatcccttctcatcataataactgaattcacaaaagtgaactgaaaacaaggaacagtgaatattagtagatactgactttgcaaatatt 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||              |||||  || |||||||||||||||||||||    
T  1357077 gcagatatttcatcccttctcatcataatcactgaattcacaaaagtgaactgaa--------------aatat--gtggatactgactttgcaaatatt 1356994  T
Q  720 cttctcttttttggtgcaaccctaacggaggctt 753  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  1356993 cttctcttttttgctgcaaccctaatgtaggctt 1356960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 182; Significance: 6e-98; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 274 - 570
Target Start/End: Original strand, 24620337 - 24620630
Alignment:
Q  274 gcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactttttccacaattt 373  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||    
T  24620337 gcaaccatgtgaatgaaactattttttctttcatatccttaactacttcatttgtgcaaattataccaaactgcttttcaataaactttttccacagttt 24620436  T
Q  374 atctcttatagggctcaaatccatcccttcacttgccttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatga 473  Q
    ||    |||| ||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||   | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24620437 attcgatatatggctcaaatccatcc-ttcattggccttctcaatatgcatgttccggtcaagtgtgcagtgaggcaagattcactcaagcatatgatga 24620535  T
Q  474 tcaacatgactaacatctccaaggtattttacattttatcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatgtttgatcctttctcttcatcat 570  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24620536 tcaacatgactaacatctccaaggtattttaca--ttatcaatagctttctcaacacaaagatcaaccaaatatgtttgatcctttctcttcatcat 24620630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 44 - 243
Target Start/End: Original strand, 24619728 - 24619936
Alignment:
Q  44 aaactattaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttga---------tccaggtccgttgtctccagaaaatcttcttt 134  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||         || |||||| ||  ||||| | ||||||||||    
T  24619728 aaacaattaagaaaatatttctttgatttcttcattatgttgctgctcttcacatttgagaagttgtatctaggtccattacctccacacaatcttcttt 24619827  T
Q  135 tactaggtggaactatggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttgtagcattgcgcaagtcgatcaactgcttcattctc 234  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| |     
T  24619828 tactaggtggaattttggtgcatgtttttattttcctgctttgttttcttgcatcttcttccttttagcattgcgtgggtcgatcaactgcttcattttt 24619927  T
Q  235 aacctgagc 243  Q
    |||||||||    
T  24619928 aacctgagc 24619936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 262 - 400
Target Start/End: Original strand, 18179888 - 18180026
Alignment:
Q  262 cctcatacagctgcaaccaagtgaatgaaactcttttttctttcatcttcttaactacttcattagtgcaatttataccaaactgcttttcaaagaactt 361  Q
    ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||| || ||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18179888 cctcatacaactgcaaccatctgaatgacactcttttttctgtcatcctcctaattatttcatttgtgcaacttataccaaactgcttttcaaagaactt 18179987  T
Q  362 tttccacaatttatctcttatagggctcaaatccatccc 400  Q
    |||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||    
T  18179988 tttccacaatttatctgttaccgggctcaaatccatccc 18180026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 408 - 548
Target Start/End: Original strand, 18180117 - 18180255
Alignment:
Q  408 gccttctcaatatgcatcaactgatcaagtgtgcagtgaggcaagattctctcaagcatatgatgatcaacatgactaacatctccaaggtattttacat 507  Q
    |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||| |     
T  18180117 gccttctcgatatgcgtcaactggtcaagtgtgcagtgtggcaagattcgttcaagcagatgatgatcaacaggaccaacatttccaaggtatcttaaa- 18180215  T
Q  508 tttatcaatagctttctcaacacaaagttcaaccaaagatg 548  Q
     ||||| |||||| | | ||||||||| ||||||| |||||    
T  18180216 -ttatctatagctgtttgaacacaaagatcaaccagagatg 18180255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 50 - 102
Target Start/End: Original strand, 18179206 - 18179255
Alignment:
Q  50 ttaagaaaatctttctttgacttcttcattatgttgctgctcttcacatttga 102  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  18179206 ttaagaaattctatctttgacttcttcattatgt---tgctcttcacatttga 18179255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 605 - 651
Target Start/End: Original strand, 18180252 - 18180298
Alignment:
Q  605 gatggcttctttcttgcagatatttcatcccttctcatcataataac 651  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  18180252 gatggcgtctttctcgcagatatttgaccccttctcatcataataac 18180298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University