View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2663_low_8 (Length: 452)

Name: NF2663_low_8
Description: NF2663
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2663_low_8
NF2663_low_8
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (45-441)||(13872301-13872702)
chr6 (45-295)||(13470228-13470474)
chr6 (45-295)||(14112989-14113240)
chr6 (46-297)||(14087136-14087386)
chr6 (47-264)||(14027595-14027811)
chr6 (45-294)||(14049380-14049616)
chr6 (45-264)||(13943490-13943708)
chr6 (45-192)||(14000429-14000576)
chr6 (45-211)||(13860399-13860568)
chr6 (45-211)||(14017552-14017721)
chr6 (51-205)||(13890395-13890552)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-48)||(4795623-4795670)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (405-441)||(50122331-50122367)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 13872702 - 13872301
Alignment:
Q  45 catcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacgccaa 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13872702 catcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacgccaa 13872603  T
Q  145 acacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatcgatcacaagttatttatcaagatatatttgtaa 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13872602 acacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatcgatcacaagttatttatcaagatatatttgtaa 13872503  T
Q  245 tttgattgattgttgtgtgttgttacattcacaatagctgaatttataatatactcgagtctttagagtccaatattatataatatagccaattgctacg 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13872502 tttgattgattgttgtgtgttgttacattcacaatagctgaatttataatatactcgagtctttagagtccaatattatataatatagccaattgctacg 13872403  T
Q  345 agtctatattgatttttgtgtgcannnnnnnnnnaaccctccagtttc-----aagagagcccgagtaatctgaagttcggctgtgagagaagtataatc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13872402 agtctatattgatttttgtgtgcattttttttttaaccctccagtttcaagctaagagagcctgagtaatctgaagttcggctgtgagagaagtatagtc 13872303  T
Q  440 ta 441  Q
    ||    
T  13872302 ta 13872301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 45 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 13470474 - 13470228
Alignment:
Q  45 catcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacgccaa 144  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||  | |||||||||| ||||    
T  13470474 catcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgtatgcacctgacaactttttttgaacaaacaaaatatgcttgcaacaccaa 13470375  T
Q  145 acacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatcgatcacaagttatttatcaagatatatttgtaa 244  Q
    ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||     ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13470374 acagatgagaaatattgtttgactcaatttcaaacaaaatggattcatcattgacattgtggtcatg----acaagttatgtatcaagatatatttgtaa 13470279  T
Q  245 tttgattgattgttgtgtgttgttacattcacaatagctgaatttataata 295  Q
    ||||||| ||||||||||| | || ||||  ||||||||||||||||||||    
T  13470278 tttgatttattgttgtgtgctctttcattgccaatagctgaatttataata 13470228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 45 - 295
Target Start/End: Original strand, 14112989 - 14113240
Alignment:
Q  45 catcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacgccaa 144  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14112989 catcagtaaggccagccttgaattgtagaagtgcctgcctctcactttgtatgcacctaacagcctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacaccaa 14113088  T
Q  145 acacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatcgatcacaag-ttatttatcaagatatatttgta 243  Q
    | ||||||||||||   |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||    |||||||| || | || |||||||| | ||||    
T  14113089 agacatgagaaataggatttgaatcaatttcaaacaaaatggatccatcattgacattgtggtc----atcacaagtttctgtagcaagatatgtatgta 14113184  T
Q  244 atttgattgattgttgtgtgttgtta----cattcacaatagctgaatttataata 295  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||    |||| |||||||||||||||||||||    
T  14113185 atttgattgaatgttgtgtgtacttaattgcattgacaatagctgaatttataata 14113240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 46 - 297
Target Start/End: Original strand, 14087136 - 14087386
Alignment:
Q  46 atcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtc-tctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaag---gtctgcttgcaacgc 141  Q
    |||| ||||| ||||||| |||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||| |    
T  14087136 atcagtaagggcagccttaaattgaagaagtgc-tgtcctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaagctggtctacttgcaacac 14087234  T
Q  142 caaacacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatcgatcacaagttatttatcaagatatatttg 241  Q
    |||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||| || ||||||| |||| || |||||||||     ||||||||| ||||||||||| | ||    
T  14087235 caaatatatgagaaatattgtttggaccaatttcaaacaaaatagattcatgattgacaatgtggtcatg----acaagttatgtatcaagatatgtatg 14087330  T
Q  242 taatttgattgattgttgtgtgttgttacattcacaatagctgaatttataatata 297  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  14087331 taatttgattgattgttgcgtgttcttgcattgccaatagctgaatttataatata 14087386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 47 - 264
Target Start/End: Original strand, 14027595 - 14027811
Alignment:
Q  47 tcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaa---ggtctgcttgcaacgcca 143  Q
    |||| |||||||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||    
T  14027595 tcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaaactggtctgcttgcaacacca 14027694  T
Q  144 aacacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatcgatcacaagttatttatcaagatatatttgta 243  Q
    |||| ||||||||||| | ||| |||||||||| | || |||||||||| |||| ||||||||||    |||||||||||| | ||||||||| ||||||    
T  14027695 aacatatgagaaatatggcttgaatcaatttcatagaaaatggattcataattgacattgtggtc----atcacaagttatgtgtcaagatatgtttgta 14027790  T
Q  244 atttgattgattgttgtgtgt 264  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  14027791 atttgattgattgttgtgtgt 14027811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 45 - 294
Target Start/End: Original strand, 14049380 - 14049616
Alignment:
Q  45 catcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaa---ggtctgcttgcaacgc 141  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   |||||||||||||| |    
T  14049380 catcaataaggccagacttgaattgcagaagtgcctgtctctcactttgtatgcacctgacaacctcttttgagcaaacaagctggtctgcttgcaacac 14049479  T
Q  142 caaacacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatcgatcacaagttatttatcaagatatatttg 241  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||               |||||||||||||    
T  14049480 caaacacatgagaaatatgatttgaatcaatttaaaacaaaatggattcatgattgacattgtggtcat-ga---------------caagatatatttg 14049563  T
Q  242 taatttgattgattgttgtgtgttgttacattcacaatagctgaatttataat 294  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||    
T  14049564 taatttgattgattgtagtgtgttcttacatttccaataactgaatttataat 14049616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 45 - 264
Target Start/End: Original strand, 13943490 - 13943708
Alignment:
Q  45 catcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaa---ggtctgcttgcaacgc 141  Q
    |||||||||||||||| |||||||  || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| |||      
T  13943490 catcaataaggccagctttgaattgtagaagtgcttgcctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaa 13943589  T
Q  142 caaacacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatcgatcacaagttatttatcaagatatatttg 241  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||  | ||||||| |||| ||||||||||    |||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  13943590 caaacacatgagaaatatgatttgaatcaatttaaaacaaagttgattcataattgacattgtggtc----atcacaagttatgtgtcaagatatgtttg 13943685  T
Q  242 taatttgattgattgttgtgtgt 264  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  13943686 taatttgattgaatgttgtgtgt 13943708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 45 - 192
Target Start/End: Original strand, 14000429 - 14000576
Alignment:
Q  45 catcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacgccaa 144  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  14000429 catcaataaggccagccttgaattgaagaagtgctttcctctcactttgtatgcatctaacaacctcctttgaataaacaaagtctgcttgcaacaccaa 14000528  T
Q  145 acacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcat 192  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  14000529 acagatgagaaatattgtttgaatcaatttcaaacaaaatggattcat 14000576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 45 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 13860568 - 13860399
Alignment:
Q  45 catcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaa---ggtctgcttgcaacgc 141  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||||| |    
T  13860568 catcagtaaggccagccttgaattgtagaagcgcctgcctctcactttgtatgcacctaacaaactcttttgaacaaacaagctggtcagcttgcaacac 13860469  T
Q  142 caaacacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatc 211  Q
    |||||| ||||||||||| | ||| |||||||| | | || |||||||||| |||| |||| ||||||||    
T  13860468 caaacatatgagaaatatggcttgaatcaatttaatagaaaatggattcataattgacattttggtcatc 13860399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 45 - 211
Target Start/End: Original strand, 14017552 - 14017721
Alignment:
Q  45 catcaataaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaag---gtctgcttgcaacgc 141  Q
    |||||| |||||||  |||||| |  || |||||||  ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| |||   ||||||||| ||| |    
T  14017552 catcaacaaggccatacttgaactgtagaagtgccttcctctcactttgaatacatctaacaacctcttttgaacaaataagttggtctgcttgaaacac 14017651  T
Q  142 caaacacatgagaaatattgtttgtatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtggtcatc 211  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||||||    
T  14017652 caaacacatgagaaatatgatttgaatcaatttaaaacaaaatggattcataattgacattgtggtcatc 14017721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 13890552 - 13890395
Alignment:
Q  51 taaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacgccaaacacat 150  Q
    |||| ||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |    
T  13890552 taagaccagccttgaattgaagaagtgcatgcctctcactttgaatgcatttaacaacctcttttgaacaaacaaggtctgcttgcaacaccaaaagcgt 13890453  T
Q  151 gagaaatattgtttg---tatcaatttcaaacaagatggattcatcattggcattgtg 205  Q
     | |||||| |||||    || |||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||    
T  13890452 taaaaatatggtttgaataattaatttcaaacaaaatgggttcattattgtcattgtg 13890395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Original strand, 4795623 - 4795670
Alignment:
Q  1 agttggtttcgtcatcgacggctggtaggcagtgaagtccaaggcatc 48  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4795623 agttggtttcgtcatcgacggctgttaggcagtgaagtccaaggcatc 4795670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 405 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 50122367 - 50122331
Alignment:
Q  405 gtaatctgaagttcggctgtgagagaagtataatcta 441  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  50122367 gtaatctgaagttcggctgtgagataaatataatcta 50122331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University