View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2664-Insertion-4 (Length: 558)

Name: NF2664-Insertion-4
Description: NF2664
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2664-Insertion-4
NF2664-Insertion-4
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (8-558)||(3809155-3809703)
chr4 (8-549)||(3816739-3817277)
chr4 (90-558)||(3920178-3920646)
chr4 (90-557)||(4024454-4024921)
chr4 (28-558)||(3986156-3986685)
chr4 (84-558)||(3800804-3801276)
chr4 (90-558)||(3933402-3933867)
chr4 (84-557)||(3955923-3956396)
chr4 (84-552)||(4009212-4009680)
chr4 (84-547)||(4001522-4001983)
chr4 (84-557)||(4217856-4218332)
chr4 (168-558)||(4018017-4018407)
chr4 (90-549)||(3963710-3964166)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (45-558)||(13397124-13397637)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (90-262)||(7074733-7074905)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (91-159)||(23454238-23454306)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 475; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 558
Target Start/End: Original strand, 3809155 - 3809703
Alignment:
Q  8 gaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacatttttaaccaacatgacaaatattaatctaaaaatgacatattttttaccttgtcatttttc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3809155 gaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacctttttaac-aacatgacaaatgtta-tctaaaaatgacatactttttaccttgtcatttttc 3809252  T
Q  108 aatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaa 207  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809253 aatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaa 3809352  T
Q  208 tgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809353 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatc 3809452  T
Q  308 tttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatca 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809453 tttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatca 3809552  T
Q  408 taactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3809553 taactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatat 3809652  T
Q  508 gagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccc 558  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||    
T  3809653 tagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcatattcggtcaccc 3809703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 549
Target Start/End: Original strand, 3816739 - 3817277
Alignment:
Q  8 gaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacatttttaaccaacatgacaaatattaatctaaaaatgacatattttttaccttgtcatttttc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3816739 gaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacatttttaatcgacatgacaaatattaatctaaaaatgacatattttttaccttgtcatttttc 3816838  T
Q  108 aatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaa 207  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||   | ||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| ||||    
T  3816839 aatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgttttccaaggt---cactagattcttgccgaacaatctcccaacccatttcttgaagaa 3816935  T
Q  208 tgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||  |||||||||| | | ||||    
T  3816936 tgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatc 3817035  T
Q  308 tttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatca 407  Q
    |||||||||| || | |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  3817036 tttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 3817135  T
Q  408 taactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatat 507  Q
    ||||||||||||||| | | || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3817136 taactgagtctcattgcatcataaactttttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatat 3817235  T
Q  508 gagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataat 549  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  3817236 gagctaaaaccttaagaactaacggaatccctttggcataat 3817277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 90 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 3920646 - 3920178
Alignment:
Q  90 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3920646 tttaccttgtcatttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 3920547  T
Q  190 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  3920546 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaagctttctaacccaccagccacgta 3920447  T
Q  290 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 389  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3920446 attatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct 3920347  T
Q  390 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 489  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3920346 aaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgt 3920247  T
Q  490 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccc 558  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  3920246 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccc 3920178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 90 - 557
Target Start/End: Original strand, 4024454 - 4024921
Alignment:
Q  90 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 189  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||  ||| |||||||||||||||||||  ||||| | | ||||||||||||||||| |||||||    
T  4024454 tttaccttgtcattttccaatacatcacaaatgtcatcatgatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaacaacctccc 4024553  T
Q  190 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  4024554 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataatattatcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaacagccactga 4024653  T
Q  290 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 389  Q
    |||||| || | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4024654 attatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct 4024753  T
Q  390 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 489  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4024754 aaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttat 4024853  T
Q  490 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcacc 557  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4024854 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcacc 4024921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 28 - 558
Target Start/End: Original strand, 3986156 - 3986685
Alignment:
Q  28 aaatctttgaaaggcacatttttaaccaacatgacaaatattaatctaaaaatgacatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatc 127  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| || |||||| ||| | |||| |||  ||||||| ||||||||||||||| || |||||  ||||||||||    
T  3986156 aaatcattgaaagacacattttaaaccaaaataacaaatgtta-tgtaaagatgctatattttataccttgtcattttttaagacatcgcaaatttcatc 3986254  T
Q  128 tggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataaca 227  Q
      ||| |||||||||||||||||| |  |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3986255 atgatcccataatcgactgcgtttgtttgggtattcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataaca 3986354  T
Q  228 ttatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgt 327  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||| | ||||    
T  3986355 ttatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctatcccaacagccactgaattatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgt 3986454  T
Q  328 aacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattacttt 427  Q
    || ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||| |     
T  3986455 aatccactttcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcgtaactgagtttcactacatc 3986554  T
Q  428 atcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaact 527  Q
    || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3986555 atgaacttttttaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaact 3986654  T
Q  528 aatggatttcctttggcataatcgatcaccc 558  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||    
T  3986655 aatggatttcctttggcataattgaccaccc 3986685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 84 - 558
Target Start/End: Original strand, 3800804 - 3801276
Alignment:
Q  84 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||| ||||||  |||||| ||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||| |    
T  3800804 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttggcgaacaa 3800903  T
Q  184 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 283  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||    
T  3800904 cctcccgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacattatcg--agaaatagttataagagctttatcttttaacctttctaacccaacagc 3801001  T
Q  284 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 383  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||| ||||| | | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3801002 cactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 3801101  T
Q  384 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 483  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3801102 ttctctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttcttgaattggcagtcttttaagtttgtctagcagactttcccatactt 3801201  T
Q  484 ctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccc 558  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  3801202 ctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccc 3801276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 90 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 3933867 - 3933402
Alignment:
Q  90 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 189  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   || |||||||||||||| |||| || |||   | ||||||||||| ||||| |||||||    
T  3933867 tttaccttgtcatttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcattttccaaggt---cactagattcttgccgaacaacctccc 3933771  T
Q  190 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 289  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||  |    
T  3933770 aacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgta 3933671  T
Q  290 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 389  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  3933670 attatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 3933571  T
Q  390 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 489  Q
    ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| | || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  3933570 aaacgatcaagatcatcataactaagcctcattacatcatgaacttttggaattggcagtcttttaagtttgtctagcttactttcccatacttctttac 3933471  T
Q  490 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccc 558  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||    
T  3933470 attttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccc 3933402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 84 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 3956396 - 3955923
Alignment:
Q  84 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||  |||||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||||||||| |    
T  3956396 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttggcgaacaa 3956297  T
Q  184 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 283  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||| ||||    
T  3956296 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagatttatctttcaacctttctaaaccaacagc 3956197  T
Q  284 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 383  Q
    ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3956196 cactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 3956097  T
Q  384 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 483  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |  | || || || |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  3956096 tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaaattttttatttggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattctt 3955997  T
Q  484 ctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcacc 557  Q
    | || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3955996 ccttgtcttttccacgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcacc 3955923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 84 - 552
Target Start/End: Original strand, 4009212 - 4009680
Alignment:
Q  84 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 183  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||   ||| |||| ||||| | |||||| ||||  ||| | ||| ||||||||||  ||||| |    
T  4009212 atatattttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgactgcattttataggatcttcactagattcttaacgaacaa 4009311  T
Q  184 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 283  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||  |||    
T  4009312 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgttataagagctttatcttttaacctttctaacccaatagc 4009411  T
Q  284 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 383  Q
    ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| | ||| || ||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4009412 cactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 4009511  T
Q  384 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 483  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |  | || || || |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  4009512 tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaatttttttattcggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattctt 4009611  T
Q  484 ctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcga 552  Q
    | || | |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4009612 ccttgtcttttccacgaagtagatgagccaaaacttcaagaactaatggaattcctttggcataatcga 4009680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 84 - 547
Target Start/End: Original strand, 4001522 - 4001983
Alignment:
Q  84 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||   ||||| ||| ||||||||||||||||| |    
T  4001522 atattttttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgacttcgtttactagggtcttcactagattcttggcgaacaa 4001621  T
Q  184 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 283  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| || |    
T  4001622 cctcccgacccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaaaccaacaac 4001721  T
Q  284 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 383  Q
    ||||||||| ||||| | ||  ||| | |||| | || | |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4001722 cactgaattgtcactttcag--tctcttaatagatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 4001819  T
Q  384 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 483  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| || |  ||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  4001820 tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcataaacttttttacttggaagttttttaagtttatcaagctgactttcccatactt 4001919  T
Q  484 ctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcata 547  Q
    | ||   |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||    
T  4001920 ccttaacttttccacgaagtaaatgagccaaaactttaacacctaatggaattccttttgcata 4001983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 84 - 557
Target Start/End: Original strand, 4217856 - 4218332
Alignment:
Q  84 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 183  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||   |||| ||||| |||| |||||| |||||  ||||   ||||| ||   |||||||| ||||||| |    
T  4217856 atattttttaccttgtcattttccaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaa 4217955  T
Q  184 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 283  Q
    ||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||    
T  4217956 cctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatattacattatcttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggc 4218055  T
Q  284 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 383  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4218056 cactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 4218155  T
Q  384 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 483  Q
    | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||  ||||| ||||| |||    ||||   ||    
T  4218156 tgctctaagagatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaatttcttgaattggcactttttccagtttttctagttgataaacccacgttt 4218255  T
Q  484 ctttctt---ttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcacc 557  Q
      || ||   ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  4218256 tcttattatgttttccacgaaacatatgacccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccacc 4218332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 168 - 558
Target Start/End: Original strand, 4018017 - 4018407
Alignment:
Q  168 gattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagc 267  Q
    |||||||||||||| |  |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||| |    
T  4018017 gattcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacattatctttagaaaaagatataagacctttatctttcaacc 4018116  T
Q  268 tttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaat 367  Q
    |||||||||||   || |||||||||||||| | |||||||||||| |||| | |||||||  ||| |||||||||  | |||||||| ||||||||||     
T  4018117 tttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagtccactttcaaatttgatccattgaaaaaacatgcaag 4018216  T
Q  368 atctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagc 467  Q
    |||| |||||  ||| ||||||    |||| |||||||||||||| | |||| |||| |  | ||||| || |  ||||| | ||||||| ||||||||     
T  4018217 atctgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatcataactcaatctcgttacatcttgaacttttttacttggcatttttttaagcttgtctagt 4018316  T
Q  468 tgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccc 558  Q
    |||||||||||||||   || | |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||    
T  4018317 tgactttcccatactagcttatcttttccgcgaagaagatgagccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattgaccaccc 4018407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 90 - 549
Target Start/End: Complemental strand, 3964166 - 3963710
Alignment:
Q  90 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 189  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   || |||||||||||| ||  || |||||| | | || |||||||||||||| | |||||    
T  3964166 tttaccttgtcattttttaatacttcataaatgtcatc---atcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccc 3964070  T
Q  190 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 289  Q
     |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||| |||| |||||||| ||||||||||||   || |||||    
T  3964069 tacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactga 3963970  T
Q  290 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 389  Q
    ||||||||| | |||||||||| | || ||| ||| |||  ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| | ||||    
T  3963969 attatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctct 3963870  T
Q  390 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 489  Q
        |||| |||||||||||||| | ||||||||| |  | ||||| || |  ||||| | || |||| |||||||| |||||||||||||||   || |    
T  3963869 tcgcgatctagatcatcataactcaatctcattacatcttgaacttttttacttggcatttttctaagcttgtctagttgactttcccatactagcttat 3963770  T
Q  490 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataat 549  Q
     |||||| || |  | ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  3963769 cttttccgcggacaagatgcgccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataat 3963710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 45 - 558
Target Start/End: Original strand, 13397124 - 13397637
Alignment:
Q  45 atttttaaccaacatgacaaatattaatctaaaaatgacatatttt-ttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcga 143  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||   ||| |||| ||||||||||    
T  13397124 attttttaccaaaatgacaaatgtta-tctaaaattgccaaatttttttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatcga 13397222  T
Q  144 ctgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatag 243  Q
    |||| ||||  ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13397223 ctgcattttctagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatag 13397322  T
Q  244 ttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaatt 343  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| || ||||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||||  ||| ||||||| |    
T  13397323 ttataagagctttatctttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaact 13397422  T
Q  344 caacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaact 443  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||||| ||||| |    
T  13397423 catcccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttctgctctaaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaactttttgaatt 13397522  T
Q  444 ggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttgg 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  13397523 ggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatagttctttattctttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatgggattcctttgg 13397622  T
Q  544 cataatcgatcaccc 558  Q
    ||||||||| |||||    
T  13397623 cataatcgaccaccc 13397637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 90 - 262
Target Start/End: Original strand, 7074733 - 7074905
Alignment:
Q  90 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 189  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||| | ||| ||| || || ||| |||| | |||   ||||||||||||||| | |||||    
T  7074733 tttaccttgtcatctttcaatacatgataaatgtcatcaggatccaatagtcggcttcggtttccaggttcttcaacagattcttggcgaacaatctccc 7074832  T
Q  190 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtcttt 262  Q
     | |  ||||||||| |||||||||||| |||| ||   | | || ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  7074833 tagctgtttcttgtataatgtcatgcattgatacaatgctttgttgagaaatagttacaagagctttatcttt 7074905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 91 - 159
Target Start/End: Original strand, 23454238 - 23454306
Alignment:
Q  91 ttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggt 159  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| | ||||| || | |||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  23454238 ttaccttgttttttttcaatacatcagatatttcttcagcattccacaatcgacttcgttttccagggt 23454306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University