View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2664R-Insertion-4 (Length: 895)

Name: NF2664R-Insertion-4
Description: NF2664R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2664R-Insertion-4
NF2664R-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-890)||(731929-732809)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 821; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 821; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 890
Target Start/End: Original strand, 731929 - 732809
Alignment:
Q  9 ctgctttgtcaagaaacctaatatatatagaatcaatagatgnnnnnnntaagagaaagaataagatcttaaattggtataatagaatattgaattgtgt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  731929 ctgctttgtcaagaaacctaatatatatagaatcaatagatgaaaaaaataagagaaagaataagatcttaaattggtataatagaatattgaattgtgt 732028  T
Q  109 aaataaattttagtggctgagaaaatcatgtatttgtaagttgtatctagcttagaattagcatatgcagcgtcgatagttcaaattaaaggcgtttctg 208  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  732029 aaataaatttgagtggctgagaaaatcatgtatttgtaagttgtatctagcttagaattagcatatgcagcgtcgatagttcaaattaaaggcgtttctg 732128  T
Q  209 gtttctgaaatgtgtcgctttcggacacggacaagacattggcacatgtgttaaatttatttatacactttgtcagtgtcgcgtcttgtgtttgtgtcta 308  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  732129 gtttctgaaatgtttcgctttcggacacggacaagacattggcacatgtgttaaatttatttatacactttgtcagtggtgcgtcctgtgtttgtgtcta 732228  T
Q  309 tattagtttttgatagctatcatgcaaatacgactatacgagtcatactaaacattatgtgatgtaaattttcatattctaacaaaatattttcaataaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  732229 tattagtttttgatagctatcatgcaaatacgactatacgagtcatactaaacattatgtgatgtaaattttcatattctaacaaaatattttcaataaa 732328  T
Q  409 tagaaagcatcaaaacttttgaagctgagtaacgagcaaggaaaaggactcaaacctgaaatcatcagtgtgagcgattttctgactaccctttatagca 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  732329 tagaaagcatcaaaacttttgaagctgagtaatgagcaaggaaaaggactcaaacctgaaatcatcagtgtgagcgattttctgactaccctttatagca 732428  T
Q  509 gatcttctaccgggaacctcatacaaccctacaacttcactattaccaaatgattcttttctctttcgatatgcggcaaccaatacttgagcgactcgtg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  732429 gatcttctaccgggaacctcatacaaccctacaacctcactattaccaaatgattcttttctctttcgatatgcggcaaccaatacttgagcgactcgtg 732528  T
Q  609 taagaggacttccacctgggcaacctatgtctatacaaaggtgtaccaataaagaaaagcatgttagatactccccttgctattgccaatgaaccaaaag 708  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  732529 taagaggacttccacct-ggcaacctatgtctatacaaaggtgtaccaataaagaaaagcatgttagatactcccattgctattgccaatgaaccaaaag 732627  T
Q  709 cagaaccccaacccaatttcatttgaacatagaccactgctgtgaatgctataattgcaccaattgtcacagaaagatagaataagttgaaaaatctgtc 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  732628 cagaaccccaacccaatttcatttgaacatagaccactgctgtgaatgctataattgcaccaattgtcacagaaagatagaataagttgaaaaatctgtc 732727  T
Q  809 aagatgtgatttgtagtttttgcttctttcgtcgaattggtctgctccgaaagaagatacacatggccttatacctgttgag 890  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  732728 aagatgtgatttgtagtttttgcttctttcgtcgaattggtctgctccgaaagaagatacacatggccttatacctgttgag 732809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University