View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2673_low_5 (Length: 671)

Name: NF2673_low_5
Description: NF2673
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2673_low_5
NF2673_low_5
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (25-653)||(31835560-31836197)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 653
Target Start/End: Original strand, 31835560 - 31836197
Alignment:
Q  25 ttgtgtagagaaatagaaaaatctgatcaatgtctaacacattatt----ctaaggctaagacnnnnnnnttgaactccataaatcaaagcttagacatt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31835560 ttgtgtagagaaatagaaaaatctgatcaatgtctaacacattattttatctaaggctaagagaaaaaaattgaactccataaatcaaagcttagacatt 31835659  T
Q  121 ttaagt-gagtgtaccggttgcttagtctaaccaaactttggtcgatctataagctcaagtta--------------gtttcttttcccaccctcatggt 205  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              ||||||||||||| | |||||||    
T  31835660 ttaagttgagtgtaccggttgcttagtctaaccaaactttggtcgatctataagctcaagttaattaatattaggtagtttcttttcccatcttcatggt 31835759  T
Q  206 ttctcttgcgtctacaacatttcaaattatagaattcgaaaggtgtnnnnnnnncgtttgaaaaacaccctccaacatcctaaaatattccatattatac 305  Q
    |||||||||         |||||| ||||||||||||||||||||         ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||     
T  31835760 ttctcttgc---------atttcagattatagaattcgaaaggtgaaaaaaaaacgtttgaaaaataccctccaacatcctaaaatattccggatgatag 31835850  T
Q  306 aattcgaaccagatgaaaagggtaggaaaaaactctcttaatactaacttataacttcgtaggttgctgtcaatggccttgtgtagtaggcaggcacctg 405  Q
    ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  31835851 aatccgaaccaggtgaaaagggtag-aaaaaactctctta-tactaacttataacttcgtaggctgctgtcaaaggccttgtgtagtaggcaggcatctg 31835948  T
Q  406 ttggcctacattatagacaacgagcttcttctcagagaattgattcttccatcttttcatctattgtatggttactatgttttgtaatgtaacacatttt 505  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31835949 ttggcctacattatagacaacaagcttcttctcagagaattgattcttccatcttttcatctattgtatggttactatgttttgtaatgtaacacatttt 31836048  T
Q  506 tcaagttttgtctcatgcaaaggatgatatatatgaggtatcacatttttcaagttttgtcttatgcaaaggatgatccatatgagaaagagctacgtgt 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31836049 tcaagttttgtctcatgcaaaggatgatacatatgaggtatcacatttttcaagttttgtcttatgcaaaggatgatacatatgagaaagagctacgtgt 31836148  T
Q  606 gtacaattaaccaatatgtcac-aaattggttcttctcatgtcatatgt 653  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31836149 gtacaattaaccaatatgtcacaaaattggttcttctcatgtcatatgt 31836197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University