View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2674_low_7 (Length: 461)

Name: NF2674_low_7
Description: NF2674
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2674_low_7
NF2674_low_7
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (16-450)||(27518329-27518763)
chr7 (16-430)||(27388561-27388974)
chr7 (16-450)||(27496847-27497281)
chr7 (16-289)||(27494214-27494488)
chr7 (16-289)||(27500872-27501146)
chr7 (16-289)||(27515664-27515938)
chr7 (16-129)||(27503505-27503618)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (49-409)||(282353-282713)
chr8 (49-409)||(633139-633499)
chr8 (49-409)||(818942-819302)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 450
Target Start/End: Original strand, 27518329 - 27518763
Alignment:
Q  16 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaaggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27518329 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaaggagttgaacaaagcaagcctcgtggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 27518428  T
Q  116 aaaacaatagcataaccatcatctatattatccattccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagttta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27518429 aaaacaatagcataaccatcatccatattatccattccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagttta 27518528  T
Q  216 ggattgagctgtaaacagtgcttattaatgtgtctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgatacaccaaactcagaaaaaacaactggcat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27518529 ggattgagctgtaaacagtgcttattagtgtgtctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgatacaccaaactcagaaaaaataactggcat 27518628  T
Q  316 tccaagatacttttcagcatcctcaatgtgtgcattcatccatgattttacaaatgggatatgtgtatcagcaatttgttgtgaaacccttcaaacaaga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27518629 tccaagatacttttcagcatcctcaatgtgtgcatccatccatgattttacaaatgggatatgtgtatcagcaatttgttgtgaaacccttcaaacaaga 27518728  T
Q  416 taattgacttagttagaaactgttgtactattcat 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27518729 taattgacttagttagaaactgttgtactattcat 27518763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 27388974 - 27388561
Alignment:
Q  16 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaaggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27388974 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaaggagttgaacaaagcaagcctcgtggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 27388875  T
Q  116 aaaacaatagcataaccatcatctatattatccattccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagttta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27388874 aaaacaatagcataaccatcatccatattatccattccttcaaaaaatacctgccacaaaaggcttccagctccactccctcctttctttgtggagttta 27388775  T
Q  216 ggattgagctgtaaacagtgcttattaatgtgtctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgatacaccaaactcagaaaaaacaactggcat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27388774 ggattgagctgtaaacagtgcttattagtgtgtctctatatgttgagttgtagcca-gatccttggatgatacaccaaactcagaaaaaacaactggcat 27388676  T
Q  316 tccaagatacttttcagcatcctcaatgtgtgcattcatccatgattttacaaatgggatatgtgtatcagcaatttgttgtgaaacccttcaaacaaga 415  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27388675 tccaagatacttttcagtatcctcaatgtgtgcatccatccatgattttacaaatgagatatgtgtatcagcaatttgtagtgaaacccttcaaacaaga 27388576  T
Q  416 taattgacttagtta 430  Q
    |||||||||||||||    
T  27388575 taattgacttagtta 27388561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 450
Target Start/End: Original strand, 27496847 - 27497281
Alignment:
Q  16 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaaggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27496847 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaccgagttgaacaaagcaagcctcgtggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 27496946  T
Q  116 aaaacaatagcataaccatcatctatattatccattccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagttta 215  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27496947 aaaacaatagcatagccgtcatccatattatcggttccttcaggaaatacctgccacaaaaggcttccagctccactccctcctttctttgtggagttta 27497046  T
Q  216 ggattgagctgtaaacagtgcttattaatgtgtctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgatacaccaaactcagaaaaaacaactggcat 315  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27497047 ggactgcgctgtaaacagtgcttattagtgtgtctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgatacaccaaactcagaaaaaacaactggcat 27497146  T
Q  316 tccaagatacttttcagcatcctcaatgtgtgcattcatccatgattttacaaatgggatatgtgtatcagcaatttgttgtgaaacccttcaaacaaga 415  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27497147 tccaagatacttttcagcatcctctatgtgtgcatccatccatgattttacaaatgagatatgtgtatcagcaatttgtggtgaaacccttcaaacaaga 27497246  T
Q  416 taattgacttagttagaaactgttgtactattcat 450  Q
    | | ||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  27497247 tgactgacttagttataaacggttatactattcat 27497281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Original strand, 27494214 - 27494488
Alignment:
Q  16 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaaggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||| ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27494214 cttacaactccaattgcatttggaagaacacaactagttaaacaaagcaagcctataggattgaagggatacaatacttgaagtggaaggggattttgag 27494313  T
Q  116 aaaacaatagcataaccatcatctatattatccatt---ccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagt 212  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||   |||||||| || ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  27494314 aaaacaa--gcataaccatcatccatattatccgttaatccttcagataacacctgccacacgaggcttccagctccactccctcctttctttgttgaat 27494411  T
Q  213 ttaggattgagctgtaaacagtgcttattaatgtgtctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgataca 289  Q
    ||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  27494412 ttaggatggaactgttaacggtgcttattaatgtgtctctatatgttgagttgtagccaggattcttggaagataca 27494488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Original strand, 27500872 - 27501146
Alignment:
Q  16 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaaggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||| ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27500872 cttacaactccaattgcatttggaagaacacaactagttaaacaaagcaagcctataggattgaagggatacaatacttgaagtggaaggggattttgag 27500971  T
Q  116 aaaacaatagcataaccatcatctatattatccatt---ccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagt 212  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||   |||||||| || ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  27500972 aaaacaa--gcataaccatcatccatattatccgttaatccttcagataacacctgccacacgaggcttccagctccactccctcctttctttgttgaat 27501069  T
Q  213 ttaggattgagctgtaaacagtgcttattaatgtgtctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgataca 289  Q
    ||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  27501070 ttaggatggaactgttaacggtgcttattaatgtgtctctatatgttgagttgtagccaggattcttggaagataca 27501146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 289
Target Start/End: Original strand, 27515664 - 27515938
Alignment:
Q  16 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaaggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||  |||| ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27515664 cttacaactccaattgcatttggaagaacacaactagttaaacaaagcaagcctataggattgaagggatacaatacttgaagtggaaggggattttgag 27515763  T
Q  116 aaaacaatagcataaccatcatctatattatccatt---ccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagt 212  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||   |||||||| || ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |    
T  27515764 aaaacaa--gcataaccatcatccatattatccgttaatccttcagataacacctgccacacgaggcttccagctccactccctcctttctttgttgaat 27515861  T
Q  213 ttaggattgagctgtaaacagtgcttattaatgtgtctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgataca 289  Q
    ||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  27515862 ttaggatggaactgttaacggtgcttattaatgtgtctctatatgttgagttgtagccaggattcttggaagataca 27515938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 129
Target Start/End: Original strand, 27503505 - 27503618
Alignment:
Q  16 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaaggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27503505 cttacaactccaattgcatctggtagaacacaccgagttgaacaaagcaagcctcgtggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgag 27503604  T
Q  116 aaaacaatagcata 129  Q
    ||||||||||||||    
T  27503605 aaaacaatagcata 27503618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 133; Significance: 6e-69; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 49 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 282713 - 282353
Alignment:
Q  49 ggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgagaaaacaatagcataaccatcatctatattatcc 148  Q
    ||||||||| | |||||||||  |||||||||||| ||  || |||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || | |||     
T  282713 ggagttgaatagagcaagccttgtggattgaagggatatcatgcttgaagtagaaggagcttttgagagaacaattgcataaccatcatccatgtaatct 282614  T
Q  149 attccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagtttaggattgagctgtaaacagtgcttattaatgtgt 248  Q
     |||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||   |||| |||||  |||| | ||| |    
T  282613 gttccatcaggaaagaactgccacaaaaggcttccagccccactacctcctttctttgtagagtttagaattgtcttgtacacagtatttataagtgtat 282514  T
Q  249 ctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgatacaccaaactcagaaaaaacaactggcattccaagatacttttcagcatcctcaatgtgtgc 348  Q
    ||||||||||||| || || |||||||| || |  |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  282513 ctctatatgttgaattataaccaggatcttttgcagatacaccaaactcaccaaaaacaaccggcattccaagatacttttcagcatcatctatgtgggc 282414  T
Q  349 attcatccatgattttacaaatgggatatgtgtatcagcaatttgttgtgaaacccttcaa 409  Q
     | |||||| || || ||||||||||||||  ||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  282413 ttccatccaagacttcacaaatgggatatggctatcagcaactgattgtgaaatccttcaa 282353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 49 - 409
Target Start/End: Original strand, 633139 - 633499
Alignment:
Q  49 ggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgagaaaacaatagcataaccatcatctatattatcc 148  Q
    ||||||||| | |||||||||  |||||||||||| ||  || |||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || | |||     
T  633139 ggagttgaatagagcaagccttgtggattgaagggatatcatgcttgaagtagaaggagcttttgagagaacaattgcataaccatcatccatgtaatct 633238  T
Q  149 attccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagtttaggattgagctgtaaacagtgcttattaatgtgt 248  Q
     |||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||   |||| |||||  |||| | ||| |    
T  633239 gttccatcaggaaagaactgccacaaaaggcttccagccccactacctcctttctttgtagagtttagaattgtcttgtacacagtatttataagtgtat 633338  T
Q  249 ctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgatacaccaaactcagaaaaaacaactggcattccaagatacttttcagcatcctcaatgtgtgc 348  Q
    ||||||||||||| || || |||||||| || |  |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  633339 ctctatatgttgaattataaccaggatcttttgcagatacaccaaactcaccaaaaacaaccggcattccaagatacttttcagcatcatctatgtgggc 633438  T
Q  349 attcatccatgattttacaaatgggatatgtgtatcagcaatttgttgtgaaacccttcaa 409  Q
     | |||||| || || ||||||||||||||  ||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  633439 ttccatccaagacttcacaaatgggatatggctatcagcaactgattgtgaaatccttcaa 633499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 49 - 409
Target Start/End: Original strand, 818942 - 819302
Alignment:
Q  49 ggagttgaacaaagcaagcctcatggattgaagggttacaatacttgaagtggaaggagattttgagaaaacaatagcataaccatcatctatattatcc 148  Q
    ||||||||| | |||||||||  |||||||||||| ||  || |||||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| || | |||     
T  818942 ggagttgaatagagcaagccttgtggattgaagggatatcatgcttgaagtagaaggagcttttgagagaacaattgcataaccatcatccatgtaatct 819041  T
Q  149 attccttcagaaaatacctgccacaaaaggcttccagccccactccctcctttctttgtggagtttaggattgagctgtaaacagtgcttattaatgtgt 248  Q
     |||| |||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||   |||| |||||  |||| | ||| |    
T  819042 gttccatcaggaaagaactgccacaaaagggttccagccccactacctcctttctttgtagagtttagaattgtcttgtacacagtatttataagtgtat 819141  T
Q  249 ctctatatgttgagttgtagccaggatccttggatgatacaccaaactcagaaaaaacaactggcattccaagatacttttcagcatcctcaatgtgtgc 348  Q
    ||||||||||||| || || |||||||| || |  |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  819142 ctctatatgttgaattataaccaggatcttttgcagatacaccaaactcaccaaaaacaaccggcattccaagatacttttcagcatcatctatgtgggc 819241  T
Q  349 attcatccatgattttacaaatgggatatgtgtatcagcaatttgttgtgaaacccttcaa 409  Q
     | |||||| || || ||||||||||||||  ||||||||| |  |||||||| |||||||    
T  819242 ttccatccaagacttcacaaatgggatatggctatcagcaactgattgtgaaatccttcaa 819302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University