View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2682_low_2 (Length: 371)

Name: NF2682_low_2
Description: NF2682
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2682_low_2
NF2682_low_2
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (18-360)||(2972372-2972713)
chr6 (48-313)||(2997790-2998057)
chr6 (52-323)||(2963890-2964169)
chr6 (27-323)||(2659378-2659674)
chr6 (48-313)||(2934017-2934284)
chr6 (48-313)||(2951360-2951627)
chr6 (48-323)||(2926569-2926845)
chr6 (48-314)||(3004174-3004439)
chr6 (48-313)||(2982293-2982557)
chr6 (159-324)||(2929293-2929460)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (48-323)||(3338590-3338866)
chr7 (52-108)||(20012216-20012272)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (55-261)||(35627-35833)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (55-186)||(49612956-49613093)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 18 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 2972713 - 2972372
Alignment:
Q  18 ctatgtagttgaccaaggtgtttaaacaatatgcctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggg 117  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||     || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2972713 ctatatagttgaccaaggtgtttaaacatcc--ccccgtttcttttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggt 2972616  T
Q  118 gtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacaactttgggagtgtat--gcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagt 215  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2972615 ttgaacgtggtgaaaggggccaatggaaacgactttgggagtgtatatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagt 2972516  T
Q  216 caccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagcatcacattgatatccaccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctttg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2972515 caccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagcatcacattgatatccaccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagc-ttg 2972417  T
Q  316 gtctttggtctttggaattaggcttcaagaaaatgaaaagcttgg 360  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2972416 gtctttggtctttggaattaggtttcaagaaaatgaaaagcttgg 2972372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 48 - 313
Target Start/End: Original strand, 2997790 - 2998057
Alignment:
Q  48 atgcctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaac 147  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2997790 atgcctcagttcgttggagaaaagctttgaagtgaatgagtttctgaggttccatgttttggagctgtggatgaccatggtgaaaggggccaatggaaac 2997889  T
Q  148 aactttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagc 247  Q
     ||  |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   || |||    
T  2997890 gacagtgggggtgtatgcgtctgcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctctgctccttcaagc 2997989  T
Q  248 atcacattgat---atccaccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctt 313  Q
    ||  |||||||   |||||||||   ||| | |||||| |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  2997990 atggcattgatatcatccaccaaatcggaaaatgacatattgaga-gtcagcaagaaaatgaaaagctt 2998057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 52 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2964169 - 2963890
Alignment:
Q  52 ctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtg------accgtggtgaaaggggccaatggaa 145  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||      |||||||||||||||||| ||||||    
T  2964169 ctcggttcgttggagaaaatctttgaagtaaatgagtttttgtcgttccatgttttggatctgggggtgggggtgaccgtggtgaaaggggccgatggaa 2964070  T
Q  146 acaactttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcga 245  Q
    || |  ||||| |||||||| | |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||| |||||||||    
T  2964069 acgaacttgggggtgtatgcgttttcgttgagtgtgcgaatatcagaggggaccttgtagatgcaacaatcataggttgaaggtggctctgctgtgtcga 2963970  T
Q  246 gcatcacattgatatc---caccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctttggtctttgg 323  Q
    ||||    ||||||||    ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2963969 gcatggttttgatatcattaaccaagcgggagaatgacatcttgagaggtcagcaagaaaatgaaaagc-ttggtctttgg 2963890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 27 - 323
Target Start/End: Original strand, 2659378 - 2659674
Alignment:
Q  27 tgaccaaggtgtttaaacaatatgcctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtgaccgtg 126  Q
    |||||||||||| ||||||   ||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  2659378 tgaccaaggtgtctaaaca---tgcattggttcgttggagaaaagctttcaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtgatcatg 2659474  T
Q  127 gtgaaaggggccaatggaaacaactttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaa 226  Q
    ||||||||||||||||||||| |   |||| |||||||| | |||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||||||    || |  ||||     
T  2659475 gtgaaaggggccaatggaaacgagagtgggggtgtatgctttttcgttgagtgtgcgaatagcagaggggaccttgtagatgcaaacaccaaccattgag 2659574  T
Q  227 ggtggctcttctgtgtcgagcatcacattgatatccaccaagc---aggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctttggtctttgg 323  Q
      ||||||| |  ||||||||| | ||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2659575 aatggctctgcgctgtcgagcaacgcattgatatccaccaagcaggaggagaatgacatcttgagaggtcaacaagaaaatgaaaagctttggtcgttgg 2659674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 48 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 2934284 - 2934017
Alignment:
Q  48 atgcctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaac 147  Q
    |||||| ||||| || ||||||| | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2934284 atgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgactttccatgttttggagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaac 2934185  T
Q  148 aactttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagc 247  Q
     ||  |||| |||||||| |||| |||| || |||||||   | | |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||    
T  2934184 gacagtgggggtgtatgcgtctttgttgtgtctgcgaataacataagggaccttatagatgcaacagtcatcggttgaaggtgactctgctttgtcgagc 2934085  T
Q  248 atcacattgatatc---caccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctt 313  Q
    ||  ||||||||||    ||||||| |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  2934084 atggcattgatatcaataaccaagctggagagtgacatattgaga-gtcagcaagaaaatgaaaagctt 2934017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 48 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 2951627 - 2951360
Alignment:
Q  48 atgcctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaac 147  Q
    |||||| ||||| || ||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2951627 atgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgactttccatgttttggagctgggggtgaccatggtgaaaggggccaatggaaac 2951528  T
Q  148 aactttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagc 247  Q
     || ||||| |||||||| |||| |||| |  |||||||   | |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| | | |||||| ||||    
T  2951527 gaccttgggggtgtatgcgtctttgttgtgcctgcgaataacataggggaccttgtagatgcaacactcatctgttgaaggtggatgtgctgtgtggagc 2951428  T
Q  248 atcacattgatatc---caccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctt 313  Q
    ||| ||||||||||   |||||||||||||  ||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||    
T  2951427 atcgcattgatatcattcaccaagcaggaggatgacatcttcaga-gtcagcaagagaatgaaaagctt 2951360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 48 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 2926845 - 2926569
Alignment:
Q  48 atgcctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaac 147  Q
    |||||| ||||| || ||||||| | ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2926845 atgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgactttccatgttttggagctggggttgaccgtggtgaaaggggccaatagaaac 2926746  T
Q  148 aactttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagc 247  Q
     || ||||| |||||||| |||| |||| || |||||||   | |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  2926745 gaccttgggggtgtatgcgtctttgttgtgtctgcgaataacataggggaccttatagatacaacagtcatcggttgaaggtgactctgctgtgttgagc 2926646  T
Q  248 atcacattgatatc---caccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctttggtctttgg 323  Q
    ||   |||||||||   || ||||| ||||  ||||||||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  2926645 atggaattgatatccttcagcaagcgggaggatgacatcttgaga-gtcaccaagaaaatgaaaagc-ttggtctttgg 2926569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 48 - 314
Target Start/End: Original strand, 3004174 - 3004439
Alignment:
Q  48 atgcctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaac 147  Q
    |||||| ||||| || ||||||| | ||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3004174 atgccttggttctttggagaaaatccttgaagtaaatgagtttctgattttccatgttttggagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaac 3004273  T
Q  148 aactttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagc 247  Q
     ||  |||| |||||||| |||| |||| || |||||||   | |||||||||||||||||||||| | | ||   |||||||||||  |||||| ||||    
T  3004274 gacagtgggggtgtatgcgtctttgttgtgtctgcgaataacataggggaccttgtagatgcaacacttatcg---gaaggtggctcggctgtgttgagc 3004370  T
Q  248 atcacattgat---atccaccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagcttt 314  Q
    ||  |||||||   ||||||||||| ||||| |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||    
T  3004371 atggcattgatatcatccaccaagctggagaatgacatattgaga-gttagcaagaaaatgaaaagcttt 3004439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 48 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 2982557 - 2982293
Alignment:
Q  48 atgcctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctggggg------tgaccgtggtgaaaggggccaat 141  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| ||| ||      |||||||||||||||||||||||    
T  2982557 atgcctcggttcgttgaagaaaagctttgaagtgaatgagcttctgacgttccatgttttggagatggaggcctaggtgaccgtggtgaaaggggccaat 2982458  T
Q  142 ggaaacaactttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtg 241  Q
    |||||| || ||||| |||||||| | |||||||| | |||||||   ||||||||||||||||||||||| |||   ||||| |||||||||| |  ||    
T  2982457 ggaaacgacattgggggtgtatgcgttttcgttgactgtgcgaataacagaggggaccttgtagatgcaacggtccttggttggaggtggctctgcgctg 2982358  T
Q  242 tcgagcatcacattgatatccaccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctt 313  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |      ||||||||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  2982357 tcgagcatcgcattgatatccaccaagga------tgacatcttgaga-gtcagcaaggaaatgaaaagctt 2982293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 159 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 2929460 - 2929293
Alignment:
Q  159 tgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagcatcacattgat 258  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||    
T  2929460 tgtatgcgtcttcgttgagtttgcgaattttagagggaaccttgtagatgcaacagtcatcagttgaaggtggctctgctgtgttgagcatggcattgat 2929361  T
Q  259 ---atccaccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctttggtctttggt 324  Q
       ||||||||||| ||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || |||||    
T  2929360 atcatccaccaagcgggaggatgacatcttgaga-gttagcaagaaaatgaaaagctttgatcgttggt 2929293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 48 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 3338866 - 3338590
Alignment:
Q  48 atgcctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaac 147  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  3338866 atgcctcggttcgttggagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttagagtcgggttttaccgtggtgaaaggggccaatggaaac 3338767  T
Q  148 -aactttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcgag 246  Q
     ||||| ||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||   |||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||    
T  3338766 gaacttaggg-gtgtatgcgtcttcattgtgtttgcgaataacagagggtactttgtagatgcaacagtcatcggttgaaggtggctctgatgtgtcgag 3338668  T
Q  247 catcacattgat---atccaccaagcaggagagtgacatcttgagaggtgagcaagaaaatgaaaagctttggtctttgg 323  Q
    |||| |||||||   ||||||||||| ||||  ||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||    
T  3338667 catcgcattgatatcatccaccaagcgggaggatgacatcttgaga-gtcagcaagaaaatgaaaag-gttggtctttgg 3338590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 52 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 20012272 - 20012216
Alignment:
Q  52 ctcggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttg 108  Q
    ||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  20012272 ctcggatcgttggagaaatgctttgaagtaactgagtttgtgacattccatgttttg 20012216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 55 - 261
Target Start/End: Original strand, 35627 - 35833
Alignment:
Q  55 ggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttggagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacaactttg 154  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||     
T  35627 ggttcgttggagaaaatctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgtttttgagctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaacgaaatta 35726  T
Q  155 ggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaattttagaggggaccttgtagatgcaacagtcaccggttgaaggtggctcttctgtgtcgagcatcacat 254  Q
    || |||||||| ||||| ||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||    
T  35727 ggggtgtatgcgtcttcattgtgtttgcgaataacagaggggaccttgtagatgcaacgattatcggttgaaggtgcatctgctgtgtggagcatcacat 35826  T
Q  255 tgatatc 261  Q
    | |||||    
T  35827 tcatatc 35833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 55 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 49613093 - 49612956
Alignment:
Q  55 ggttcgtttgagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtgacgttccatgttttgga------gctgggggtgaccgtggtgaaaggggccaatggaaaca 148  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||      | ||| |||||| |||||| || |||||||||||||      
T  49613093 ggttcgttggagaaaagctttgaagtaaatgagtttgtggcgctccatgttttggaggtggtggtggcggtgactgtggtggaaagggccaatggaaatg 49612994  T
Q  149 actttgggagtgtatgcctcttcgttgagtttgcgaat 186  Q
    |||||||| |||||||| |||  ||||||  |||||||    
T  49612993 actttgggggtgtatgcgtctgggttgagactgcgaat 49612956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University