View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2687_high_1 (Length: 881)

Name: NF2687_high_1
Description: NF2687
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2687_high_1
NF2687_high_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-864)||(17798374-17799234)
chr5 (6-215)||(17787262-17787480)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 768; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 768; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 864
Target Start/End: Original strand, 17798374 - 17799234
Alignment:
Q  1 ggtagaaatttagatcatataattctgctgaatctgaggttcaaagctaaccttgatatgattggagaactaaatattaagaatggatggaaccatgccg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17798374 ggtagaaatttagatcatataattctgctgaatctgaggttcaaagctaaccttgatatgattggagaactaaatattaagaatggatggaaccatgccg 17798473  T
Q  101 agatttcattagcaagaaatgatgtgaaatggaaaagacttcatgtacaggaacaaaaaacaaacatggaagatattcaaattatcaatcctgatgatgc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17798474 agatttcattagcaaaaaatgatgtgaaatggaaaagacttcatgtacaggaacaaaaaacaaacatggaagatattcaaattatcaatcctgatgatgc 17798573  T
Q  201 aaaagaaggaaaagaaaaacgtcatgtgtgtaaattaaattaaatgaaatccaaagatctagctcgtagctactctcatcaagtatcatttatgatagat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17798574 aaaagaaggaaaagaaaaacgtcatgtgtgtaaattaaattaaatgaaatccaaagatctagctagtagctactctcatcaagtatcatttatgatagat 17798673  T
Q  301 gactgaatagaacctcttgaatgttgatggtatagtttatatacctccaaacaattaatgaatgtatgatttcctctgtaacttcaataaatatgtataa 400  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17798674 gactgaatagaacctcatgaatgttgatagtatagtttatatacctccaaacaattaatgaatgtatgatttcctctgtaacttaaataaatatgtataa 17798773  T
Q  401 nnnnnnngataatttgaacatttatatgcatgttatctagcaatgaacaagtaagaaacaaatgcattggatagagttagcccactattaagaacttatc 500  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17798774 attttttgataatttgaacatttatatgcatgttatctagcaat-aagaagtaagaaacaaatgcattggatagagttagcccactattaagaacttatc 17798872  T
Q  501 ttaagaacaacttatgacaaagtaacccatacaagaaaagatgtatcatacagtgcaggctatctccaattaccattcgtatctgaaaaataacgataga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17798873 ttaagaacaacttatgacaaagtaacccataaaagaaaagatgtatcttacagtgcaggctatctccaattaccattcgtatctgaaaaataacgataga 17798972  T
Q  601 agatacatgtttggctgcaatggatgaccaccagctgtttaatctatcaagagacattatgccgccagaaagcaatacctatagagatataggctagtaa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17798973 agatacatgtttggctgcaatggatgaccaccagctgtttaatctatcaagagacattatgccgccagaaagcaatacctatagagatataggctagtaa 17799072  T
Q  701 atgaaaatgattcaattcattaatttgttctttcagagtacaatcaaaactaagcaagagaacaatgctccaacatgcccctgcaagatggaggtggaat 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17799073 atgaaaatgattcaattcattaatttgttatttcagagtacaatcaaaactaagtaagagaacaatgctccaacgtgcccctgcaagatggaggtggaat 17799172  T
Q  801 taaaaactccaatctttgacttgagaaaattgtgatgtgaaaccaagaggggctttgtgagaag 864  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  17799173 caaaaacaccaatctttgacttgagaaaattgtgacgtgaaacca--aggggctttgtgagaag 17799234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Original strand, 17787262 - 17787480
Alignment:
Q  6 aaatttagatcatataattctgctgaatctgaggttcaaagctaaccttgatatgattggagaactaaatattaagaatggatggaaccatgccgagatt 105  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  17787262 aaatatagaacatataattatgctggatctgcggctcaaaactagccttggtatgattggaaaactacatattaagaatggatggaaacatgctgagatt 17787361  T
Q  106 tcattagcaagaaat---------gatgtgaaatggaaaagacttcatgtacaggaacaaaaaacaaacatggaagatattcaaattatcaatcctgatg 196  Q
    ||||||| || ||||         ||| |||||||||  |||||||||||||  ||  ||||| |||  |||| ||||||||||||||| |||||| | |    
T  17787362 tcattagtaaaaaatggtggagaagatatgaaatggatgagacttcatgtacgagatgaaaaatcaaggatggcagatattcaaattataaatccttagg 17787461  T
Q  197 atgcaaaagaaggaaaaga 215  Q
     | ||| ||||||||||||    
T  17787462 ttacaatagaaggaaaaga 17787480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University