View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2695_low_1 (Length: 907)

Name: NF2695_low_1
Description: NF2695
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2695_low_1
NF2695_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (30-900)||(38723014-38723880)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 807; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 807; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 38723880 - 38723014
Alignment:
Q  30 aaaaaataaaacagttt-gagttatagtgagcatattcgtacctatagtaacccggtgcaatggagataatcactcttctaatgttataaggttgaatgc 128  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38723880 aaaaaataaaacagttttgagttatagtcagcatattcgtacctatagtaacccggtgcaatggagataatcactcttctaatgttataaggttgaatgc 38723781  T
Q  129 tattaagagcttctgtaatactcttaaattgagctgaaccatcttgactaactgttaatctaactttattactctcagctttcttcagcttaggatcaag 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38723780 tattaagagcttctgtaatactcttaaattgagctgaaccatcttgactaacttttaatctaactttattactctcagctttcttcagcttaggatcaag 38723681  T
Q  229 accttgcacattgccactaacattcctatatctcttttccataatggtctttctctggtaattcttgacgttccatgttatccatttgtcaaaatcagac 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38723680 accttgcacattgccactaacattcctatatctcttttccataatggtctttctctggtaattcttgacgttccatgatatccatttgtcaaaatcagac 38723581  T
Q  329 tccatttctgatctgcagctgaagcataaacatgaaagaaccaacaaaataaggtggaaacaccttcttggaaccataatgctaatattagtatataata 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38723580 tccatttctgatctgcagctgaagcataaacatgaaagaaccaacaaaataaggtggaaacaccttcttggaaccataatgctaatattagtatataata 38723481  T
Q  429 ttactatgcgatttgtttcaagacagtgcactagaatatatataaggtcatacacacataaatatatagatacacattaaatgttaatactcattgccat 528  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38723480 ttactatacgatttgtttcaagacagtgcactagaa----tataaggtcatacacacataaatatatagatacacattaaatgttaatgctcattgccat 38723385  T
Q  529 ttaccaaactaaccctcatttataagtaaatagagacagacttagtatatgttctgacgcatgacagtgttgaagggtatgctcattttattttttctac 628  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38723384 ttaccaaactaaccctcatttataagtaaatagagacaaac-tagtatatgttctgacgcatgacagtgttgaagggtatgctcattttattttttctac 38723286  T
Q  629 tctttgaacaaaattagtagatagaattaaatataagtgggcactaattttttgtggaactatatcaggaactggagtagttgtattatgggaccccaat 728  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38723285 tctttgaacaaaattagtagatagaattaaatataagtgggcactaattttttgtggaactatatcaggaactggagtaattgtattatgggaccccaat 38723186  T
Q  729 ttcaaactatgatcaaataaggtgtaatcaattaatgtacatatcagattgaagataatccattgacattggggatggattttggcacagaaggaagaaa 828  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38723185 ttcaaactatgatcaaataaggtgtaatcaattaatgtacatatcagattgaagataatccattgacattggggatggattttggcacagaaggaagaaa 38723086  T
Q  829 attggttaagttcatacctgtaatccattttcaaaatgctcaaatttggtgtagtggtcactcaggtctgtg 900  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38723085 attggttaagttcatagctgtaatccattttcaaaatgctcaaatttggtgtagtggtcactcaggtctgtg 38723014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University