View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2696_low_26 (Length: 428)

Name: NF2696_low_26
Description: NF2696
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2696_low_26
NF2696_low_26
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (12-413)||(30431116-30431517)
chr8 (54-413)||(30419250-30419600)
chr8 (54-341)||(30431703-30431983)
chr8 (87-413)||(30429403-30429725)
chr8 (176-408)||(30447277-30447504)
chr8 (85-293)||(30430261-30430465)
chr8 (122-342)||(30414757-30414972)
chr8 (149-350)||(30440189-30440386)
chr8 (237-342)||(30430694-30430799)
chr8 (280-404)||(30430121-30430244)
chr8 (172-316)||(30439750-30439889)
chr8 (258-327)||(30436659-30436728)
chr8 (82-162)||(30447551-30447631)
chr8 (369-413)||(30415961-30416005)
chr8 (252-315)||(30415534-30415597)
chr8 (91-194)||(31223928-31224031)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30431517 - 30431116
Alignment:
Q  12 aagaaaaaggcaagaatggcctatattgcctagtgatattgcaccatttagtacagcatcaatgaataggatcttgcatagtgatgttgcacataatgaa 111  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30431517 aagaaaaaagcaagaatggcctatattgcctagtgatattgcaccatttagtacaccatcaatgaataggatcttgcatagtgatgttgcacagaatgaa 30431418  T
Q  112 gtggatcttcctctaaaagataaagtttatgttgatgaaggttagctttattaaatctatcaatttttgttagtgttttgttttctataatatgaatttg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30431417 gtggatcttcctctaaaagataaagtttatgttgatgaaggttagctttattaaatctatcaatttttgttagtgttttgttttctataatatgaatttg 30431318  T
Q  212 aacacaaaaataatgtaaacatatttaaattttgttaactgataagttttcatacgattaactataatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaacc 311  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30431317 aacataaaaataatgtaaacatatttaaattttgttaactgataagttttcatacgattaactataatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaacc 30431218  T
Q  312 atttagttaaagattttattgaggtttatgcttatacaaatacaaatgtaaggatggatcaatctattaaatatatgtcaatcatctaagatgattaatc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30431217 atttagttaaagattttattgaggtttatgcttatacaaatacaaatgtaaggatggatcaatctattaaatatatgtcaatcatctaagatgattaatc 30431118  T
Q  412 tt 413  Q
    ||    
T  30431117 tt 30431116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 54 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30419600 - 30419250
Alignment:
Q  54 accatttagtacagcatcaatgaataggatcttgcatagtgatgttgcacataatgaagtggatcttcctctaaaagataaagtttatgttgatgaaggt 153  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||||    
T  30419600 accatttagtacaccatcaatgaataggatcttgcacagtgatgttgcagagaatgaagtggatcttcctctaaaagataaagtttttgccgacgaaggt 30419501  T
Q  154 tagctttattaaatctatcaatttttgttagtgttttgttttctataatatgaatttgaacacaaaaataatgtaaacatatttaaattttgttaactga 253  Q
     ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||      ||||    
T  30419500 gagctttattaagtctatcaattttttttagtgttttgttttctata--atgaatttgaacacaaaaataatataaacatatttaaattt------ctga 30419409  T
Q  254 taagttttcatacgattaactataatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaaccatttagttaaagattttattgaggtttatgcttatacaaata 353  Q
     |||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||| |    
T  30419408 aaagttttcatac-attgactataacatggtgtggtacaaatatttggttctttaaccatttagttaaattatttattgagttttatgcttatacaaaca 30419310  T
Q  354 caaatgtaaggatggatcaatctattaaatatatgtcaatcatctaagatgattaatctt 413  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  30419309 caaatgtagggatggatcaatctattaaatatatgtcaatcatcttggatgattaatctt 30419250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 54 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 30431983 - 30431703
Alignment:
Q  54 accatttagtacagcatcaatgaataggatcttgcatagtgatgttgcacataatgaagtggatcttcctctaaaagataaagtttatgttgatgaaggt 153  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  |||||| ||||||| |||| || |||| |||||||| |||| || ||||||||||    
T  30431983 accatttagtacaccatcaatgaataggatcttggctagtgatactgcacacaatgaagcggatatttctcttaaagataatgtttctgctgatgaaggt 30431884  T
Q  154 tagctttattaaatctatcaatttttgttagtgttttgttttctataatatgaatttgaacacaaaaataatgtaaacatatttaaattttgttaactga 253  Q
    |||| ||||||| |   |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    |||||  |||||  |    
T  30431883 tagcgttattaagt---tcaatttttgttcgtgttttgtttcttataatatgaatttgaacacaaaaataatttaaacata----aatttcattaacata 30431791  T
Q  254 taagttttcatacgattaactataatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaaccatttagttaaagattttattgaggtttatg 341  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30431790 taagttttcatacgattgactataacatagtgcggtacaaatgtttgtttctttaaccatttagttaaagattttattgaggtttatg 30431703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 87 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30429725 - 30429403
Alignment:
Q  87 gcatagtgatgttgcacataatgaagtggatcttcctctaaaagataaagtttatgttgatgaaggttagctttattaaatctatcaatttttgttagtg 186  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||  | ||| |||||||||| ||||| || ||| ||| || | ||| |||||||||| |||||     
T  30429725 gcatagtgatcttgcacacaatgacgtggatctttctcctatagacaaagtttatgctgatgtagattatcttgat-acatcgatcaatttttattagta 30429627  T
Q  187 ttttgttttctataatatgaatttgaacacaaaaataatgta-aacatatttaaattttgttaactgataagttttcatacgattaactataatatggtg 285  Q
    ||||||||  |||||| | |||||||||||||||||| |||  ||||||    ||||   ||||   ||| |||||||||||||| ||||||| |||| |    
T  30429626 ttttgtttcttataatgtaaatttgaacacaaaaatattgtctaacata----aattcgattaagatatatgttttcatacgattgactataacatggag 30429531  T
Q  286 tggcacaaatgtttggttctttaaccatttagttaaagattttattgaggtttatgcttatacaaatacaaatgtaaggatggatcaatctattaaatat 385  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||| |||| |||||||  |||||||||||| | |||| ||     
T  30429530 tagcacaaatgtttggttctttaaccatttagctaaagatttgattgtggtttatgcatataaaaattcaaatgttgggatggatcaatatcttaattag 30429431  T
Q  386 atgtcaatcatctaagatgattaatctt 413  Q
    || |||||||||| |||| |||| ||||    
T  30429430 atctcaatcatcttagattattagtctt 30429403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 176 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 30447504 - 30447277
Alignment:
Q  176 ttttgttagtgttttgttttctataatatgaatttgaacacaaaaataatgtaaacatatttaaattttgttaactgataagttttcatacgattaacta 275  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    |||||  |||||  | | ||||||||| |||| ||||    
T  30447504 ttttgttagtgttttgtttcttataatgtgaatttgaacacaaaaataatgtaaatata----aatttcattaacatacatgttttcatatgatttacta 30447409  T
Q  276 taatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaaccatttagttaaagattttattgaggtttatgcttatacaaatacaaatgtaaggatggatcaatc 375  Q
    ||  ||||| || ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||| |||| |  ||||| |||||||    
T  30447408 tagcatggtatgtcacaaatgtttggctcttgaaccattttgttaaagatttgattgtggtttatgcatatagaaatataaat-tttggatgcatcaatc 30447310  T
Q  376 tattaaatatatgtcaatcatctaagatgatta 408  Q
    | |||||||  | |||||||||| |||||||||    
T  30447309 tcttaaataggtctcaatcatctcagatgatta 30447277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 85 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 30430465 - 30430261
Alignment:
Q  85 ttgcatagtgatgttgcacataatgaagtggatcttcctctaaaagataaagtttatgttgatgaaggttagctttattaaatctatcaatttttgttag 184  Q
    ||||||||| || ||||||| ||| |||| |||||| |||| ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||| ||  || |||||||||| || |    
T  30430465 ttgcatagttattttgcacacaataaagtagatctttctcttaaaggcaaagtttatgtcgatgaaggttagcttta-tatgtcgatcaatttttatttg 30430367  T
Q  185 tgttttgttttctataatatgaatttgaaca-caaaaataatgtaaacatatttaaattttgttaactgataagttttcatacgattaactataatatgg 283  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| |||| |||| ||| |||    |||||||  |||||  ||| ||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  30430366 tgttttgtttcttataatgtgaatttgaacaccaaatataaagtataca----taaatttcattaacatatatgttttcacacgattgactataacatgg 30430271  T
Q  284 tgtggcacaa 293  Q
    |||| |||||    
T  30430270 tgtgtcacaa 30430261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 122 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30414972 - 30414757
Alignment:
Q  122 ctctaaaagataaagtttatgttgatgaaggttagctttattaaatctatcaatttttgttagtgttttgttttctataatatgaatttgaacacaaaaa 221  Q
    |||| ||||| |||| ||||| ||||||| ||||| ||||| ||    ||||||| ||||||||||||  |||||||  || |||| |||||||||||||    
T  30414972 ctcttaaagacaaagcttatgctgatgaaagttagttttataaacatgatcaattattgttagtgtttgtttttcta--atgtgaacttgaacacaaaaa 30414875  T
Q  222 taatgtaaacatatttaaattttgttaactgataa--gttttcatacgattaactataatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaaccatttagtt 319  Q
    |||||||||||||    ||||||||||||  |||   |||||||||||  | ||||||| ||||||||  ||| ||| | ||||||||||| ||||||||    
T  30414874 taatgtaaacata----aattttgttaaccaatatatgttttcatacggctgactataaaatggtgtgcaacatatgctcggttctttaac-atttagtt 30414780  T
Q  320 aaagattttattgaggtttatgc 342  Q
    |||||||| |||| ||| |||||    
T  30414779 aaagatttgattgtggtatatgc 30414757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 149 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 30440386 - 30440189
Alignment:
Q  149 aaggttagctttattaaatctatcaatttttgttagtgttttgttttctataatatgaatttgaacacaaaaataatgtaaacatatttaaattttgtta 248  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||  |||||  |||| || |||||||||||||||||||||    |||||||  | |    
T  30440386 aaggttagctttattatgtcgatcaatttttgttagtg-tttgtttcttataacgtgaagtttaacacaaaaataatgtaaaca----taaatttcatca 30440292  T
Q  249 actgataagttttcatacgattaactataatatggtgtggcacaaa-tgtttggttctttaaccatttagttaaagattttattgaggtttatgcttata 347  Q
       ||| |||||| ||| |||| ||||| | ||| || ||  |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||    
T  30440291 gtagatgagtttttatatgattgactatcacatgatgcgggccaaatttttttgttctttaaccatttagttaaagatttgattgtggtttatgcatata 30440192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 237 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 30430799 - 30430694
Alignment:
Q  237 taaattttgttaactgataagttttcatacgattaactataatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaaccatttagttaaagattttattgaggt 336  Q
    |||||||  ||||| |||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| || |||| |||    
T  30430799 taaatttcattaacggatatgttttcatactattgactataacatggtgtggtacaaaagcttggtactttaaccatttagttaaagaattgattgtggt 30430700  T
Q  337 ttatgc 342  Q
     |||||    
T  30430699 atatgc 30430694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 280 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 30430244 - 30430121
Alignment:
Q  280 atggtgtggcacaaatgtttggttctttaaccatttagttaaagattttattgaggtttatgcttatacaaatacaaatgtaaggatggatcaatctatt 379  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||||  |||||||| |||| |||| ||||| |  ||||| | |||| | ||    
T  30430244 atggtgtgtcacaaatgtttgggtctttaacaattttgttaaagatttgattgttgtttatgcatatagaaatgcaaat-ttgggatgcaccaatatctt 30430146  T
Q  380 aaatatatgtcaatcatctaagatg 404  Q
    ||||| || |||||||||| |||||    
T  30430145 aaatagatctcaatcatctcagatg 30430121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 30439889 - 30439750
Alignment:
Q  172 caatttttgttagtgttttgttttctataatatgaatttgaacacaaaaataatgtaaacatatttaaattttgttaactgataagttttcatacgatta 271  Q
    ||||| |||||||||||| ||||  | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||    |||||||  |||||  ||| ||||||||||||  |    
T  30439889 caattattgttagtgttt-gtttcttgtaatgtgaatttgaacgcaaaaataatgtaaaca----taaatttcattaacatatatgttttcatacgacaa 30439795  T
Q  272 actataatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaaccattta 316  Q
    |||||||  || |||||||||||   ||||||| |||||||||||    
T  30439794 actataaactgatgtggcacaaactcttggttcattaaccattta 30439750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 258 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 30436728 - 30436659
Alignment:
Q  258 ttttcatacgattaactataatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaaccatttagttaaagattt 327  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||| || | ||||||||||||| |||||||||||    
T  30436728 ttttcatacgattgactataacatggtgtgacaccaatgcttagctctttaaccattttgttaaagattt 30436659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 30447631 - 30447551
Alignment:
Q  82 atcttgcatagtgatgttgcacataatgaagtggatcttcctctaaaagataaagtttatgttgatgaaggttagctttat 162  Q
    ||||||||||||||| ||||||  ||| |||| |||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  30447631 atcttgcatagtgatcttgcacgcaataaagtagatctttctcttaaagacaaagtttatgctgacgaaggttaactttat 30447551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 30416005 - 30415961
Alignment:
Q  369 atcaatctattaaatatatgtcaatcatctaagatgattaatctt 413  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  30416005 atcaatctattaaatacatgttaatcatctaggatgattaatctt 30415961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 252 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 30415597 - 30415534
Alignment:
Q  252 gataagttttcatacgattaactataatatggtgtggcacaaatgtttggttctttaaccattt 315  Q
    |||| |||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  30415597 gatatgttttcatactattgactataacatggggtggcacaaaagcttggtactttaaccattt 30415534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 91 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 31224031 - 31223928
Alignment:
Q  91 agtgatgttgcacataatgaagtggatcttcctctaaaagataaagtttatgttgatgaaggttagctttattaaatctatcaatttttgttagtgtttt 190  Q
    ||||||||||||   || |||||||||| | || ||||||  |||| || || |||| |||||||||||||||| ||| || |||| ||||||| |||||    
T  31224031 agtgatgttgcattcaacgaagtggatcattctttaaaaggcaaagcttctgctgataaaggttagctttattatatcaataaattattgttagggtttt 31223932  T
Q  191 gttt 194  Q
    ||||    
T  31223931 gttt 31223928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University