View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF2696_low_3 (Length: 690)
Name: NF2696_low_3
Description: NF2696
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2696_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 186 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 9418200 - 9417708
Alignment:
| Q |
186 |
ctatgatgctttggaagagcaactttagaaggtcatccaactcagaggtaataataattttaacatgttttttcttacttgaaaagtgatatgtttaact |
285 |
Q |
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| T |
9418200 |
ctatgatgctttggaagagcaactttagaaggtcatccaactcagaggtaataataattttaacatgttttttcttaattgaaaagtgacatgtttaact |
9418101 |
T |
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| Q |
286 |
aacaattttttataaaccttgtagcctattggtagtgctgtattgactgggataactaaaaagttatttcaaagtccatctcacagatcaaagatacctg |
385 |
Q |
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| T |
9418100 |
aacaattttttataaaccttgtagcctattggtagtgctgtattgactgggataactaaaaagttatttcaaagtccatctcacagatcaaagatacctg |
9418001 |
T |
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| Q |
386 |
ttaccaatccatatttgcaaccacgtcccagtccagttgggagaggaaagacaagggtcaacgaagtgcgcccattcattccaagagtcatgaatctcac |
485 |
Q |
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| T |
9418000 |
ttaccaatccatatttgcaaccacgtcccagtccagttgggagaggaaagacaagggtcaacgaagtgcgcccattcattccaagagtcatgaatctcac |
9417901 |
T |
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| Q |
486 |
tctcccaagggttattaccaatatcactcaatataaatatatagatattttgattattatgttctgtcctataacattatttttgaagttattaacc--- |
582 |
Q |
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| T |
9417900 |
tctcccaagggttattaccaatatcactcaatataaatatatagatattttgattattatgttctgtcctataacattatttttgaagttattaaccttt |
9417801 |
T |
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| Q |
583 |
nnnnnnnngtagggaattaagtggaggtttaagcctaccccagaaatgcacttgagtcctttagaagttcaagtttgtgcatatgtgtttcat |
675 |
Q |
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| T |
9417800 |
ttttttttgtagggaattaagtggaggtttaagcctaccccagaaatgcacttgagtcctttagaagttcaagtttgtgcatatgtgtttcat |
9417708 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 182 - 632
Target Start/End: Original strand, 12003378 - 12003827
Alignment:
| Q |
182 |
tctgctatgatgctttggaagagcaactttagaaggtcatccaactcagaggtaataataattttaacatgttttttcttacttgaaaagtgatatgttt |
281 |
Q |
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| T |
12003378 |
tctgctatgatgctttgcaagagcaactttagaaggtcatccaactcagaggtaataataattt-aacatgttttttcttacttgaaaagtgatatgttt |
12003476 |
T |
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| Q |
282 |
aactaacaattttttataaaccttgtagcctattggtagtgctgtattgactgggataactaaaaagttatttcaaagtccatctcacagatcaaagata |
381 |
Q |
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| T |
12003477 |
aactaacaattttttataaaccttgtagcctattggtagtgctgtattgactaggataactaaaaagttatttcaaagtccatctcacagatcaaagata |
12003576 |
T |
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| Q |
382 |
cctgttaccaatccatatttgcaaccacgtcccagtccagttgggagaggaaagacaagggtcaacgaagtgcgcccattcattccaagagtcatgaatc |
481 |
Q |
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| T |
12003577 |
catgttaccaatccatatttgcaaccacgtcccagtccagttgggagaggaaagacaagggtcaacgaagtgcgcccattcattccaagagtcatgaatc |
12003676 |
T |
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| Q |
482 |
tcactctcccaagggttattaccaatatcactcaatataaatatatagatattttgattattatgttctgtcctataacattatttttgaagttattaac |
581 |
Q |
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| T |
12003677 |
tcactctaccaagggttattatcaatatcactcaatataaatatatagatattttgattattatgttctgtcctataacgttatttttgaagttaattaa |
12003776 |
T |
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| Q |
582 |
cnnnnnnnngtagggaattaagtggaggtttaagcctaccccagaaatgca |
632 |
Q |
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| T |
12003777 |
cttttttttgtagggcattaagtgaaggtttaagcctaccccagaaatgca |
12003827 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 189
Target Start/End: Original strand, 12001951 - 12002139
Alignment:
| Q |
1 |
aatcattgatgactttaacaatgttattgtggatgtgtctgacagtgatgatgacacaaaaggaaagaaaatgcataggtcagcaatgaatggaatgtat |
100 |
Q |
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| T |
12001951 |
aatcattgatgactttaacaatgttattgtggatgtgtctgacggtgatgatgacacaaaaggaaagaaagtgcataggtcagtgatgaatggaatgtat |
12002050 |
T |
|
| Q |
101 |
aacaacactatgtttgaaatgaaaccacctctcccaaaagagtggaccacaggtgaaaaatcaggtgttaaggacaacacttctgctat |
189 |
Q |
| |
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|
|
| T |
12002051 |
aataacactatatttggaatgaaaccacctctcctaaaagagtggaccacaggtgaaaaatcaggtgttaaggacaacacttttgctat |
12002139 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 675
Target Start/End: Complemental strand, 17813847 - 17813187
Alignment:
| Q |
1 |
aatcattgatgactttaacaatgttattgtggatgtgtctgacagtgatgatgacacaaaaggaaagaaaatgcataggtcagcaatgaatggaatgtat |
100 |
Q |
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| T |
17813847 |
aatctttgatgaccttaacaatgttattgtggatgtgtctgacaatgataatgacacaaaagaaaagaaagtgcataggtcagtgttgaatggaatgtat |
17813748 |
T |
|
| Q |
101 |
aacaacactatgtttgaaatgaaaccacctctcccaaaagagtggaccacaggtgaaaaatcaggtgttaaggacaacacttctgctatgatgctttgga |
200 |
Q |
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| T |
17813747 |
ggcaacattatatttggaatgaaaccaactctcctaaaagagtggaacacaggtg------------ttaaggacaacgattttgctatgatgttttgca |
17813660 |
T |
|
| Q |
201 |
agagcaactttagaaggtcatccaactcagaggtaataataattttaacatgttttttcttacttgaaaagtgatatgtttaactaacaattttttataa |
300 |
Q |
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| T |
17813659 |
agagcaactt-ataaggtcatccaactcagaggtaataattattttaacgtgttttttcttacttgaaaagtgatatgtttaattaacgatcttt-ataa |
17813562 |
T |
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| Q |
301 |
accttgtagcctattggtagtgctgtattgactgggataactaaaaagttatttcaaagtccatctcacagatcaaagatacctgttaccaatccatatt |
400 |
Q |
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| T |
17813561 |
tccttgtagcctattggcagtactggattgactgggataactaaaaagttatttcaaagtccatctcacatatcaaggatacctgttaccaatccatata |
17813462 |
T |
|
| Q |
401 |
tgcaaccacgtcccagtccagttgggagaggaaagacaagggtcaacgaagtgcgcccattcattccaagagtcatgaatctcactctcccaagggttat |
500 |
Q |
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| T |
17813461 |
tgcaaccacgttgcagtttatttgggagaggaaagacaagggtcaacgaagtgcgcccattcattccaagagtcattaatctcattatcccaagggttat |
17813362 |
T |
|
| Q |
501 |
taccaatatcactcaatataaatatatagatattttgattattatgttctgtcctataacattatttttgaagttattaaccnnnnnnnngtagggaatt |
600 |
Q |
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| T |
17813361 |
taccaatatcattcattataaatatatagatattttgattattacgttttgtcctataacgttattttttaagttaattaacctttttttgtagggcatt |
17813262 |
T |
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| Q |
601 |
aagtggaggtttaagcctaccccagaaatgcacttgagtcctttagaagttcaagtttgtgcatatgtgtttcat |
675 |
Q |
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| T |
17813261 |
aagtggaggtttaagcctaccccagaaatgcagttaagtcctttagaagtccaagtttgtgcatatgtgtttcat |
17813187 |
T |
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