View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2697_high_27 (Length: 342)

Name: NF2697_high_27
Description: NF2697
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2697_high_27
NF2697_high_27
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (2-324)||(41331872-41332194)
chr5 (2-297)||(41327886-41328181)
chr5 (5-324)||(41366052-41366371)
chr5 (24-324)||(41323961-41324261)
chr5 (5-324)||(41315892-41316211)
chr5 (11-324)||(31188686-31188999)
chr5 (2-324)||(41321942-41322265)
chr5 (85-324)||(41336801-41337040)
chr5 (86-306)||(31224832-31225052)
chr5 (122-324)||(31185277-31185479)
chr5 (111-228)||(41369541-41369658)
chr5 (148-324)||(41285960-41286139)
chr5 (4-324)||(31178634-31178951)
chr5 (83-306)||(41430843-41431064)
chr5 (140-228)||(41359803-41359890)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (73-324)||(17249436-17249687)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 2 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 41332194 - 41331872
Alignment:
Q  2 atgaacacatcttggtgtctattccttttcccaaaagccgcccgtgctgtaatcccatttgtcaatgagataatcttctgtgtgagattaacaatagatc 101  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||| ||||  ||||    
T  41332194 atgaacacatcttggtttctattccttttcccaaaagctgcccgcgctgttatcccatttgtcattgagaaaatcttccgagtgagatttacaaccgatc 41332095  T
Q  102 cttcacttctagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgca 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||| ||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  41332094 cttcacttgcagttattgatttaacaagatttgtcacttcatcttctcttatggacctaaatgattggacacgctttgcacttaatagctctataacaca 41331995  T
Q  202 tatctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcctatca 301  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41331994 tatctttcgtacttgcctccaatgttcacagtatgtagcgaagacaatatttgtagcattgtaactccatattgttgacaaaagaaggtttggcctatca 41331895  T
Q  302 caaaatgtgatgtcatgtgtttt 324  Q
    |||||||| | ||||||||||||    
T  41331894 caaaatgtaaggtcatgtgtttt 41331872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 41328181 - 41327886
Alignment:
Q  2 atgaacacatcttggtgtctattccttttcccaaaagccgcccgtgctgtaatcccatttgtcaatgagataatcttctgtgtgagattaacaatagatc 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||  ||||    
T  41328181 atgaacacatcttggtgtctattccttttcccaaaagctgcccgcgctgttatcccatttgtcattgagaaaatcttccgagtgagattaacaactgatc 41328082  T
Q  102 cttcacttctagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgca 201  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  41328081 cttcacttgcagttattgatttaacaaggtttgacacctcatcttctcttatggacctaaatgattgtacacgctttgcacttaatagctctataacaca 41327982  T
Q  202 tatctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcct 297  Q
    ||||||||||| |||| |||| ||||| ||||||| || |||  |||| | |||||||||||||||  ||||  | ||||||||||||||||||||    
T  41327981 tatctttcgtaattgcctccaatgttcaccgtatgcagcgaaggcaatgtctgtagcattgtaactatatatattggacaaaagaaggtttggcct 41327886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 41366371 - 41366052
Alignment:
Q  5 aacacatcttggtgtctattccttttcccaaaagccgcccgtgctgtaatcccatttgtcaatgagataatcttctgtgtgagattaacaatagatcctt 104  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||| || ||||| ||||| |||||| |||| ||||||| |||| | || |||||||||||||  |||||||    
T  41366371 aacacttcttggtgtttattcttttttccaaatgctgcccgcgctgtcatcccaattgttaatgagagaatcatttgagtgagattaacaaccgatcctt 41366272  T
Q  105 cacttctagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgcatat 204  Q
    |||||  || ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  41366271 cacttgcagttattgatttaacaagatttgacacctcttcttctctaatggacctaaatgattcgacacgttttgcacttaatagctcttcaacacatat 41366172  T
Q  205 ctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcctatcacaa 304  Q
     ||||||| |||| |||| | ||| || | |||||||||  ||||||  ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||     
T  41366171 ttttcgtaattgcctccaattttctccatgtgtagagaaggcaatatcagtagcattgtaactaaatattgtagacaaaagaagttttggcctatcacag 41366072  T
Q  305 aatgtgatgtcatgtgtttt 324  Q
    ||  |||| |||||||||||    
T  41366071 aagttgatatcatgtgtttt 41366052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 24 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 41324261 - 41323961
Alignment:
Q  24 tccttttcccaaaagccgcccgtgctgtaatcccatttgtcaatgagataatcttctgtgtgagattaacaatagatccttcacttctagatattgattt 123  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||||| ||||| |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||  || ||||||| |    
T  41324261 tccttttgccaaaagccgcccgcgttgttatcccatatgtcattgagaaaatcttatgagtgagattaacaattgatccttcacttgcagttattgatgt 41324162  T
Q  124 aacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgcatatctttcgtagttgcttccag 223  Q
    | |||||| |||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||     
T  41324161 agcaagatttgatacttcatcttctcttgtggacctaaatgattggacacgctttgcacttaatagctctacaacacatatctttcgtagttgcctccac 41324062  T
Q  224 tgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgttt 323  Q
     |||| || ||| ||||||| | || ||  |||||||||||| |  ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||    
T  41324061 cgttctccatatttagagaatataacatcagtagcattgtaagttaatattgtggccaaaagaaggtttggcctatcactaaaggtaaggtcatgtgttt 41323962  T
Q  324 t 324  Q
    |    
T  41323961 t 41323961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 5 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 41316211 - 41315892
Alignment:
Q  5 aacacatcttggtgtctattccttttcccaaaagccgcccgtgctgtaatcccatttgtcaatgagataatcttctgtgtgagattaacaatagatcctt 104  Q
    ||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||  ||| | ||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  41316211 aacacttcttggtgtttgctccttttcccaaaagccgctcgcgctgttatcccatatgtcgttgacaaaatcttctgagtgagattaacaactgatcctt 41316112  T
Q  105 cacttctagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgcatat 204  Q
    |||||  || ||||||||||||||||| ||  || || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  41316111 cacttgcagttattgatttaacaagatttgtcacttcatcttctcttatagacctaaatgattggacacgctttgcgcttaatagttctataacacatat 41316012  T
Q  205 ctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcctatcacaa 304  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| || ||| | ||||| | || ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |    
T  41316011 ctttcgtagttgcctccaccgttctccatatatcgagaatataacatcagtagcattgtaactccatattgtagacaaaagaaggtttggcctaccacta 41315912  T
Q  305 aatgtgatgtcatgtgtttt 324  Q
    ||  |||  |||||||||||    
T  41315911 aagttgagatcatgtgtttt 41315892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 324
Target Start/End: Original strand, 31188686 - 31188999
Alignment:
Q  11 tcttggtgtctattccttttcccaaaagccgcccgtgctgtaatcccatttgtcaatgagataatcttctgtgtgagattaacaatagatccttcacttc 110  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| || || ||||  || |||||   ||||| | | | |||||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||     
T  31188686 tcttggtgtttactccttttcccaaacgctgctcgtgtcgttatccctgatgtcattaaaaaaatcttatgactgagattaacaattgatccttcacttg 31188785  T
Q  111 tagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgcatatctttcg 210  Q
     |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||  | || ||| |||||||||||    
T  31188786 cagatattgatttaacaagatttgacacctcttcttctcttatatacctaaacgattggacacgctttgcacttaataattgtaaaacacatatctttcg 31188885  T
Q  211 tagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcctatcacaaaatgtg 310  Q
    ||||||| |||||||||| || |||| |||||| | |||||   |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||    
T  31188886 tagttgcctccagtgttctccatatggagagaagataatatcaatagcattgtaactaaatattgtggacaaaagaaggtttggtctatcacaaaagttg 31188985  T
Q  311 atgtcatgtgtttt 324  Q
    | ||||||||||||    
T  31188986 aggtcatgtgtttt 31188999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 41322265 - 41321942
Alignment:
Q  2 atgaacacatcttggtgtctattccttttcccaaaagccgcccgtgctgtaatcccatttgtcaatgagataatcttctgtgtgagattaacaatagatc 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||   ||||||||||||  ||||    
T  41322265 atgaacacatcttggtgtctattccttttcccaaaaaccgccctcgctgttatcccatatgtcattgagaaaatcttctcactgagattaacaactgatc 41322166  T
Q  102 cttcacttcta-gatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgc 200  Q
    ||||||||  | | ||||||||||||||||| ||  || || ||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||    
T  41322165 cttcacttaaaagttattgatttaacaagatttgtcacttcatcttctcttatagacctaaatgattggatgcgctttgcacttaatagttctataacgc 41322066  T
Q  201 atatctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcctatc 300  Q
    ||||||||||||||| | ||||   ||| |  ||  | || || | || ||  ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41322065 atatctttcgtagttccctccaccattctcgatacatcgaaaatataacatcagtagcattgtaactaaatattgtagacaaaagaaggtttggcctatc 41321966  T
Q  301 acaaaatgtgatgtcatgtgtttt 324  Q
    ||||||  |||  |||||||||||    
T  41321965 acaaaagttgagatcatgtgtttt 41321942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 85 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 41337040 - 41336801
Alignment:
Q  85 gagattaacaatagatccttcacttctagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcactt 184  Q
    ||||||||| || ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  41337040 gagattaacgattgatccttcatttgcagatattgatttaacaagatcggacacctcttcttctcttatgaaactaaaagattggacacgttttgcactt 41336941  T
Q  185 aatagctctataacgcatatctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaa 284  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||| |||  ||||  |||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |  ||| | | |  ||||    
T  41336940 aatagctctacaacacatatctttcgtaattgtctccaaagttctccgtatgtagagaaagcaatatctctagcattgtaagtaaatactctaggtaaaa 41336841  T
Q  285 gaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgtttt 324  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41336840 gaacatttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgtttt 41336801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 86 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 31225052 - 31224832
Alignment:
Q  86 agattaacaatagatccttcacttctagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcactta 185  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31225052 agattaacaattgatccttcacttgcagatattgattcaacaagatttgacacctcttcttctcttatatacctaaatgattggacacgctttgcactta 31224953  T
Q  186 atagctctataacgcatatctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaag 285  Q
    |||  | || ||| ||||||||||||| |||| |||||||||| || |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  31224952 ataattgtaaaacacatatctttcgtatttgcctccagtgttctccatatgcagagaaaacaatactagtagcattgtaactaaatattgtggacaaaag 31224853  T
Q  286 aaggtttggcctatcacaaaa 306  Q
    ||||||||  || ||||||||    
T  31224852 aaggtttgctctgtcacaaaa 31224832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 122 - 324
Target Start/End: Original strand, 31185277 - 31185479
Alignment:
Q  122 ttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgcatatctttcgtagttgcttcc 221  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||  | || |   ||||||||||| |||||| |||    
T  31185277 ttaacaagatttgacacctcttcttctcttatatacctaaatgattagacacgctttgcacttaataattgtaaagtacatatctttcgcagttgcctcc 31185376  T
Q  222 agtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgt 321  Q
    | |||||  | |||||||||||| |||||   ||||| ||||||||  ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||| |||||||||    
T  31185377 aatgttcttcatatgtagagaaagcaataccagtagcgttgtaactaaatattgtggacaaaagaaagtttggtctatcacaaaagttgaggtcatgtgt 31185476  T
Q  322 ttt 324  Q
    |||    
T  31185477 ttt 31185479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 111 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 41369658 - 41369541
Alignment:
Q  111 tagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgcatatctttcg 210  Q
    |||||||||||||||| ||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| |||||||||||    
T  41369658 tagatattgatttaactagtgatgaaacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgctttgcatttaatagctctacaacacatatctttcg 41369559  T
Q  211 tagttgcttccagtgttc 228  Q
    ||||||| |||| |||||    
T  41369558 tagttgcctccaatgttc 41369541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 148 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 41286139 - 41285960
Alignment:
Q  148 tcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgcatatctttcgtagttgcttccagtgttcccc--gtatg-tagagaaa 244  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||  |||||||||| ||  ||||  |||||||     
T  41286139 tcttatagaactaaatgattgaacacgctttgcacttaatagctctataacacatagctttcgcagttgtctccagtgttctccatgtataatagagaat 41286040  T
Q  245 acaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgtttt 324  Q
     |||||| ||||  ||||||| |   |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41286039 gcaatatctgtattattgtaagtaagtattgtgggcaaaagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgtttt 41285960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 324
Target Start/End: Original strand, 31178634 - 31178951
Alignment:
Q  4 gaacacatcttggtgtctattccttttcccaaaagccgcccgtgctgtaatcccatttgtcaatgagataatcttctgtgtgagattaacaatagatcct 103  Q
    |||||| | ||||||| |||||||||||||||| || || ||||  || ||| |   ||||| || || |||||| ||  ||||||| ||||  ||||||    
T  31178634 gaacacttgttggtgtttattccttttcccaaacgctgctcgtgtcgttatcgccgatgtcattgcgaaaatcttatgactgagatttacaactgatcct 31178733  T
Q  104 tcacttctagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgcata 203  Q
    | |||| ||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||  | || |   ||||    
T  31178734 ttacttgtagatatcgatttaataagatttgacacctcttattctcttatatacctaaatgattggacatgctttgcacttaataattgtaaagtacata 31178833  T
Q  204 tctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcgacaaaagaaggtttggcctatcaca 303  Q
    ||||||| |||||| |||||||||| || |||| ||||||  ||||||  ||||| ||||||  ||| |  |  |||||||||||||| || ||||||||    
T  31178834 tctttcgcagttgcctccagtgttctccatatggagagaaggcaatatcagtagcgttgtaa--cca-aaagaagacaaaagaaggttcggtctatcaca 31178930  T
Q  304 aaatgtgatgtcatgtgtttt 324  Q
    |||  ||| ||||||||||||    
T  31178931 aaagttgaggtcatgtgtttt 31178951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 83 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 41431064 - 41430843
Alignment:
Q  83 gtgagattaacaatagatccttcacttctagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcac 182  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | || |||| |||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||| ||    
T  41431064 gtgagattaacaattgatccttcacatgtacatatggatttaactagttttgaaacctcttcttctcttatggactgaaatgactggacacattttgaac 41430965  T
Q  183 ttaatagctctataac----gcatatctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccatattgtcg 278  Q
    ||||||||||| ||||    | |||| ||| |||||||| |||| |  ||      || | ||||  ||||||||||| |||||||| |  ||||||| |    
T  41430964 ttaatagctctgtaacatatgtatattttttgtagttgcctccaataatc------tggacagaatgcaatatttgtatcattgtaagtaaatattgtag 41430871  T
Q  279 acaaaagaaggtttggcctatcacaaaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  41430870 acaaaagaaggtttggcctatcacaaaa 41430843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 140 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 41359890 - 41359803
Alignment:
Q  140 tcttcttctcttatggacctaaatgattggacacgttttgcacttaatagctctataacgcatatctttcgtagttgcttccagtgttc 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| || | |||||| |||||  ||||||||||    
T  41359890 tcttcttctcttatggacctaaatgattggacacatttt-cacttaatagctctgtaacacacaactttcggagttgtctccagtgttc 41359803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 73 - 324
Target Start/End: Original strand, 17249436 - 17249687
Alignment:
Q  73 aatcttctgtgtgagattaacaatagatccttcacttctagatattgatttaacaagatctgatacctcttcttctcttatggacctaaatgattggaca 172  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||  || ||||| |||||||||    
T  17249436 aatcttctgagtgagattaacaacacatccttcacttgaaaatattgatttaacaagatctaacacttcttcttctcttaccgatctaaacgattggaca 17249535  T
Q  173 cgttttgcacttaatagctctataacgcatatctttcgtagttgcttccagtgttccccgtatgtagagaaaacaatatttgtagcattgtaactccata 272  Q
    |||||  ||||||| || | |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||  | |||||||||| |  |||    
T  17249536 cgtttaacacttaaaagttgttcaacgcatatctttcgcagttgcttccagtgttctccatatgtagagaatacaatatcagaagcattgtaagtaaata 17249635  T
Q  273 ttgtcgacaaaagaaggtttggcctatcacaaaatgtgatgtcatgtgtttt 324  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  17249636 ttgtggacaaaagaaggttaggcctatcacaaaaggtaaggtcatgtgtttt 17249687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University