View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2703_high_24 (Length: 399)

Name: NF2703_high_24
Description: NF2703
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2703_high_24
NF2703_high_24
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-399)||(4783438-4783836)
chr7 (1-399)||(4815867-4816265)
chr7 (1-399)||(4636951-4637349)
chr7 (1-399)||(4864016-4864414)
chr7 (1-352)||(4643848-4644199)
chr7 (1-395)||(4696793-4697187)
chr7 (1-353)||(4672843-4673195)
chr7 (1-395)||(4845615-4846012)
chr7 (4-399)||(4631021-4631416)
chr7 (1-245)||(4711675-4711919)
chr7 (128-395)||(4653618-4653885)
chr7 (3-243)||(4667191-4667431)
chr7 (190-398)||(4663086-4663294)
chr7 (1-64)||(4653925-4653988)
chr7 (307-396)||(4667035-4667124)
chr7 (294-395)||(4711971-4712072)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-399)||(18925345-18925743)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 399
Target Start/End: Original strand, 4783438 - 4783836
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4783438 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcttatcaatttacctggttttg 4783537  T
Q  101 acaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 200  Q
    |||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783538 acaacacggattatcaagttcttaactacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 4783637  T
Q  201 gtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4783638 gtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 4783737  T
Q  301 gtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaa 399  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||  |||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  4783738 gtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaa 4783836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 399
Target Start/End: Original strand, 4815867 - 4816265
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||    
T  4815867 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcgtatcaagttacctggttctg 4815966  T
Q  101 acaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4815967 acaacacggaataccaagttcttaacaacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 4816066  T
Q  201 gtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816067 gtttcgtaattgggacaatgattctcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 4816166  T
Q  301 gtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaa 399  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||  |||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  4816167 gtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaactttgaa 4816265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 1 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4637349 - 4636951
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttg 100  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||  || | ||   |  ||  |  |    
T  4637349 tatgcttttattaacgggatcgaagttgtgtcaatgccttcttttctctattacacaaacctcaatgacccaaattactatttgaaaccagttgactcag 4637250  T
Q  101 acaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 200  Q
    |  |||||||||||| | ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||||||| ||    
T  4637249 agtacacggaataccgaattcataaagacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaagtgatgatacaggtat 4637150  T
Q  201 gtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 300  Q
    ||||||  |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4637149 gtttcgcaattggggcaatgattttcctctttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 4637050  T
Q  301 gtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaa 399  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| |||| || |||||||||||||| ||||||    
T  4637049 gtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaactttgaa 4636951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4864414 - 4864016
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttg 100  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | | ||| || | || | || ||  ||||    
T  4864414 tatgccttcattaatggaatagaagtcgtgtctatgccttcttttctatattacacaaacctcaatgacccaaaatattatttgaaatcacttgactttg 4864315  T
Q  101 acaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 200  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||| |     | ||||| || ||    
T  4864314 acaacacgaactaccaagttcttaacgacaaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtcggtgaaagtcaagttccaccgggtgatgatactggtat 4864215  T
Q  201 gtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||   ||  |||||||||| |||| |||| | || |  ||| |||||||     
T  4864214 gtttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaactatgaaaacaac 4864115  T
Q  301 gtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaa 399  Q
      ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4864114 accattcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaa 4864016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 4644199 - 4643848
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  ||| | ||    
T  4644199 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtctatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcgtatcaagttagatggctctg 4644100  T
Q  101 acaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 200  Q
    |  | |    ||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  4644099 aagatataccataccaaattcttaatgacaaagctttggagatggtttatagagtcaacgttggtcgaattcaagttccaccaaaccaagatacaggtat 4644000  T
Q  201 gtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||    || ||||||| ||| | |  |||| | ||||  |||  ||| |||    
T  4643999 gtttcgtaattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaatatccgctaagcgtatcaaatgattatgaacatcatctaaactatttaaaaaat 4643900  T
Q  301 gtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagtt 352  Q
    | ||| |||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||||    
T  4643899 gccattccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 4696793 - 4697187
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| | |  | || ||  || |    
T  4696793 tatgctttcattaacggaatagaagttgtgtcaatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaaatatcatttgatatcacttgacttag 4696892  T
Q  101 acaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 200  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||   |||||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  4696893 acaacagggactaccaagttcttaacgacaaagcgttagagacggtttatagagtcaatgtgggtggcaatcaagttccaccaaaccaagatactggtat 4696992  T
Q  201 gtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 300  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||   ||  |||||||||| |||| |||| | || |  ||| |||||||     
T  4696993 gtttcgtaactgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaacatcatcttaactatgaaaacaac 4697092  T
Q  301 gtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattt 395  Q
      ||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||  | |||  |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4697093 accattcaaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaattt 4697187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 4673195 - 4672843
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | || | || ||  || |    
T  4673195 tatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtcaatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaattatcatttgaaatcacttgacttag 4673096  T
Q  101 acaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 200  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |     | ||||| || ||    
T  4673095 acaacacggaataccaaattcataacgaaaaagctttggaaatggtttatagagtcaacgttggtgaaagtcaagttccaccgggtgacgatactggtat 4672996  T
Q  201 gtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 300  Q
    ||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||||| | || |||  ||||||||||||||| | ||  ||| | || |  | |  |||||||    
T  4672995 gtttcgtaattgggacaatgattttcatggttacttggagaaacaatatccacttagtgtatcaagtgagtatatgcatcatctcaactttttaaacaat 4672896  T
Q  301 gtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagtta 353  Q
      ||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  4672895 accattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagtta 4672843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 4845615 - 4846012
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcag-tgaccaagattatcatgtcaatttacctggtttt 99  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  | ||||| || |||| |||  ||| |||    
T  4845615 tatgctttcgttaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacc-cagatgacttaaattattatttcaaattaattggcttt 4845713  T
Q  100 gacaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggca 199  Q
    |||||||  |||||| || ||| ||| || |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||   | |||||||| |    
T  4845714 gacaacagagaatacgaaattcgtaatgataaagctttggagatggtttatagagtcaatgttggtgaaaatcaagttcaaccaagtgatgatacaggta 4845813  T
Q  200 tgtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgacttt---acacataacctaacatataaaaa 296  Q
    |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||   | |   |   || | ||||  |||  |||    
T  4845814 tgtttcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaa 4845913  T
Q  297 caatgtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattt 395  Q
    ||||   || |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||| || |||||||||||||||||    
T  4845914 caatactattccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattt 4846012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 4 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4631416 - 4631021
Alignment:
Q  4 gctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgaca 103  Q
    |||||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    | || ||| | ||  ||| || ||||||||    
T  4631416 gctttcatcaacggaattgagattgtgtctatgccttcttttctctattacactaatctcagtgacacgaactaccatttaaagatacttgattttgaca 4631317  T
Q  104 acacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtt 203  Q
     |   ||||||||  |||||||| |||||||| | || || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||  | |||||||| |||||    
T  4631316 gcggtgaataccagattcttaacaacaaagctatggaaacagtttatagagtcaacgctggtgaaaatcaagttccaccaaattatgatacaggtatgtt 4631217  T
Q  204 tcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaatgtc 303  Q
    |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||| | |||  |||| | ||||  |||  |||||||  |    
T  4631216 tcgcaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagttattttggacatcatctaaactatttaaacaatacc 4631117  T
Q  304 atcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaa 399  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |||  | |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4631116 atttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaa 4631021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Original strand, 4711675 - 4711919
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| | ||||| | | || | | | || | || ||  ||||    
T  4711675 tatgctttcattaacggaatcgaaattgtgtctatgccttcttttctctattacacggaccttaatgacccaaaataccttttgaaatcacttgactttg 4711774  T
Q  101 acaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 200  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  4711775 acaacacggaataccaaattcataacgacaaagctttggaaatggtatatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccaccaaaccaagatacaggtat 4711874  T
Q  201 gtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaaga 245  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||| |||| |||||    
T  4711875 gtttcgtaattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaaga 4711919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 128 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 4653885 - 4653618
Alignment:
Q  128 acaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgtttcgttattgggacaatgattatcc 227  Q
    |||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||  |||||||| ||||||| || ||||||||    
T  4653885 acaaagctctggagacagtttatagtgtcaacgttggtgaaaatcaagttccaccaaacctagatactggtttgtttcgtaattgggataacgattatcc 4653786  T
Q  228 tcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaatgtcatcccaaattacattgcaccagaa 327  Q
    ||||||||| |||||| | || |||   |||||||||||||| |||  | || | || |  ||||||||||||   || ||||||||||| |||||||||    
T  4653785 tcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaaatcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattacatcgcaccagaa 4653686  T
Q  328 gttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattt 395  Q
    | ||| ||| ||||||| |||||||| |||  | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4653685 gctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaattt 4653618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 4667431 - 4667191
Alignment:
Q  3 tgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttgac 102  Q
    ||||||||| |||||||| ||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | |  |||| ||  ||||||    
T  4667431 tgctttcatcaacggaattgagattgtgtctatgccgtcttttctctattacacaaacctcagtgacccaaattatcatttgacattacttgactttgac 4667332  T
Q  103 aacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcatgt 202  Q
    | ||  ||||||||  ||| |||| |||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |     | ||||| || ||||    
T  4667331 agcaatgaataccatattcctaacaacaaagctatggagacggtttatagagtcagcgttggtgaaagtcaagttccacctggtgacgatactggtatgt 4667232  T
Q  203 ttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaa 243  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4667231 ttcgtaattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaa 4667191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 190 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 4663294 - 4663086
Alignment:
Q  190 gatacaggcatgtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacat 289  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||   |||||||||||||| |||  | || | ||||  |    
T  4663294 gatacaggtatgtttcgttattgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttggagatcatctaaact 4663195  T
Q  290 ataaaaacaatgtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttg 389  Q
    ||  |||||||  ||| |||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||| ||| ||||||  |||||||| || |||||||||||    
T  4663194 atttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttg 4663095  T
Q  390 gaattttga 398  Q
    |||||||||    
T  4663094 gaattttga 4663086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 4653988 - 4653925
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctca 64  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4653988 tatgctttcattaatggaattgaagttgtgtctatgccttcttttctctattactcaaacctca 4653925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 307 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 4667124 - 4667035
Alignment:
Q  307 ccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaatttt 396  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||| |||| | || ||||| || |||||||||    
T  4667124 ccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaatttt 4667035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 294 - 395
Target Start/End: Original strand, 4711971 - 4712072
Alignment:
Q  294 aaacaatgtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaat 393  Q
    |||||||  ||| || ||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||  | |||  |||||||| || |||||||||||||||    
T  4711971 aaacaataccattcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 4712070  T
Q  394 tt 395  Q
    ||    
T  4712071 tt 4712072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 399
Target Start/End: Original strand, 18925345 - 18925743
Alignment:
Q  1 tatgctttcattaacggaatcgaagttgtgtcgatgccttcttttctctattacacaaacctcagtgaccaagattatcatgtcaatttacctggttttg 100  Q
    ||||||||||| |||||||| ||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || ||||| | || |||| |||  |||    
T  18925345 tatgctttcatcaacggaattgagatcgtgtccatgccttcttttctctattacacaaacctcaatgactcaaatcatcatttaaagttacttggccttg 18925444  T
Q  101 acaacacggaataccaagttcttaacgacaaagctttagagacggtttatagagtcaacgttggtcaaaatcaagttccagcaaaccaagatacaggcat 200  Q
    | |||| | ||||| || |    |  |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||  ||   | || ||||| ||    
T  18925445 aaaacatgaaatacaaaatcagcagtgacaaagtgttagagacggtttatagagtcagcgttggtgataatcaagttccacgaagtaatgacacaggtat 18925544  T
Q  201 gtttcgttattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaagagtacccatctagtgtatcaagtgactttacacataacctaacatataaaaacaat 300  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | || |||   |||||||||| ||| ||||||||||| || |  |||| |||||||    
T  18925545 gtttcgttattgggacaacgattttcctcgttacttggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacacataatctcaactatataaacaat 18925644  T
Q  301 gtcatcccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaa 399  Q
      ||| ||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  | |||| ||| |||| || |||||||||||||||||||||    
T  18925645 accattccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaa 18925743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University