View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF2703_low_1 (Length: 1025)
Name: NF2703_low_1
Description: NF2703
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF2703_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 525
Target Start/End: Original strand, 455279 - 455789
Alignment:
| Q |
12 |
tcatcaccaactgaacccaatattattcaaagtaatcatgtgagatataaaataaggctaaagtaaaattggacattattttatttatttcaatttaatc |
111 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
455279 |
tcatcaccaactgaacccaatattattcaaagtaatcatgtgagatataaaataaggctaaagtaaaattggacattattttatttatttcaatttaatc |
455378 |
T |
|
| Q |
112 |
atatatatgtaacatacaattttccattatacttggcaatagtatcttcttctttgaccttctcttgaaatagtagcaacctagaaataagataattagg |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
455379 |
atatatatgtaacatacaattttccattatacttggcaatagtatcttcttctttgaccttctcttgaaatagtagcaacctagaaataagataattagg |
455478 |
T |
|
| Q |
212 |
nnnnnnntgggcacgacaaccacgaccgcaattgtgccaggcccaagtttcattccccctgcataaccaagtggaaattgtggaaaattttggtcaagta |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
455479 |
aaaaaaatgggcacgacaaccacgaccgcaattgtgccaggtccaagtttcattccccctgcataaccaagtggaaattgtggaaaattttggtcaagta |
455578 |
T |
|
| Q |
312 |
cattaattaattaaactatggtcaacaacgaagaatcaaaccaacaaatacgtcattaaaattaaggattaagaactcattatggaatatttttgttggt |
411 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
455579 |
cattaattaattaaactatggtcaacaacgaagaatcaaaccaacaaatactacattaaaattaaggattaagaac---ttatggaatatttttgttggt |
455675 |
T |
|
| Q |
412 |
tttgccaacgatgaaacacacaattgtgagatttcagttttaaatataagtgaagatgttcaatctaacaaaatctttagtggagttaggctcacaaatt |
511 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
455676 |
tttgccaacgatgaaacacacaattgtgaggtttcagttttaaatataagtgaagatgttcaatctaacaaaatctttagtggagttaggcttacaaatt |
455775 |
T |
|
| Q |
512 |
gtatttctactatc |
525 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
455776 |
gtatttctactatc |
455789 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 585 - 1009
Target Start/End: Original strand, 455849 - 456274
Alignment:
| Q |
585 |
gtgtatcttcacgagatttttaatgtttaagagacacgtcattttatgactaccctaactcagattgactcaattctctttactcgagtcacggtctttg |
684 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
455849 |
gtgtatcttcacgagatttttaatgtttaagagacacgtcattttatgactaccctaactcagattgactcaattcttttcactcgagtcacggtttttg |
455948 |
T |
|
| Q |
685 |
atatttgttggtcaataaatcaaatatcgaattttcaaaa-aatggtctttagtgctcgacgaggcccaaaggtgctcaccctagaatatttatacttgg |
783 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
455949 |
atatttgttggtcaataaattaaatatcgaattttcaaaaaaatggtctttagtgctcgacgaggcccaaaggtgctcgccctagaatatttatacttgg |
456048 |
T |
|
| Q |
784 |
ctcactctcctattccatgaaaattatagaaggaggaggaccaaaagaaggagagaatgataggtcatttatcccacctgaacactacactagaccttga |
883 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
456049 |
ctcactctcctattccatgaaaattatagaaggaggaggaccaaaagaaggagagaatgataggtcatttatcccacctaaacactacactagaccttga |
456148 |
T |
|
| Q |
884 |
gcacgacacaccacgacataggatctcgatgttctgttctagaataatataagacaaatgatggaaaaataaaattaagttcattgtaaaattacttgaa |
983 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
456149 |
gcacgacacaccacgacataggatctcgatgttctgttctagaataatataagacaaatgatggaaaaataaaattaagttcattgtaaaattacttgaa |
456248 |
T |
|
| Q |
984 |
tgatttcaacaagtcaatgtaatatc |
1009 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
456249 |
tgatttcaacaagtcaatgtaatatc |
456274 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University